src/gromacs/fileio/tngio_for_tools.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 #ifndef GMX_FILEIO_TNGIO_FOR_TOOLS_H
  37 #define GMX_FILEIO_TNGIO_FOR_TOOLS_H
  38
  39 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  40 #include "../../external/tng_io/include/tng_io_fwd.h"
  41
  42 #ifdef __cplusplus
  43 extern "C" {
  44 #endif
  45 #if 0
  46 }
  47 #endif
  48
  49 /*! \brief Prepare to write TNG output from trajectory conversion tools */
  50 void gmx_prepare_tng_writing(const char              *filename,
  51                              char                     mode,
  52                              tng_trajectory_t        *in,
  53                              tng_trajectory_t        *out,
  54                              int                      nAtoms,
  55                              const gmx_mtop_t        *mtop,
  56                              const atom_id           *index,
  57                              const char              *indexGroupName);
  58
  59 /*! \brief Write a trxframe to a TNG file
  60  *
  61  * \param natoms Number of atoms to actually write
  62  *
  63  * The natoms field in frame is the number of atoms in the system. The
  64  * parameter natoms supports writing an index-group subset of the
  65  * atoms.
  66  */
  67 void gmx_write_tng_from_trxframe(tng_trajectory_t        output,
  68                                  t_trxframe             *frame,
  69                                  int                     natoms);
  70
  71 /*! \brief Creates a molecule containing only the indexed atoms and sets
  72  * the number of all other molecules to 0. Works similar to a
  73  * selection group. */
  74 void gmx_tng_setup_atom_subgroup(tng_trajectory_t tng,
  75                                  const int        nind,
  76                                  const atom_id   *ind,
  77                                  const char      *name);
  78
  79 /*! \brief Read the first/next TNG frame. */
  80 gmx_bool gmx_read_next_tng_frame(tng_trajectory_t            input,
  81                                  t_trxframe                 *fr,
  82                                  gmx_int64_t                *requestedIds,
  83                                  int                         numRequestedIds);
  84
  85 /*! \brief Print the molecule system to stream */
  86 void gmx_print_tng_molecule_system(tng_trajectory_t input,
  87                                    FILE            *stream);
  88
  89 /*! \brief Get a list of block IDs present in the next frame with data. */
  90 gmx_bool gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng_trajectory_t     input,
  91                                                     int                  frame,
  92                                                     int                  nRequestedIds,
  93                                                     gmx_int64_t         *requestedIds,
  94                                                     gmx_int64_t         *nextFrame,
  95                                                     gmx_int64_t         *nBlocks,
  96                                                     gmx_int64_t        **blockIds);
  97
  98 /*! \brief Get data of the next frame with data from the data block
  99  * with the specified block ID. */
 100 gmx_bool gmx_get_tng_data_next_frame_of_block_type(tng_trajectory_t     input,
 101                                                    gmx_int64_t          blockId,
 102                                                    real               **values,
 103                                                    gmx_int64_t         *frameNumber,
 104                                                    double              *frameTime,
 105                                                    gmx_int64_t         *nValuesPerFrame,
 106                                                    gmx_int64_t         *nAtoms,
 107                                                    real                *prec,
 108                                                    char                *name,
 109                                                    int                  maxLen,
 110                                                    gmx_bool            *bOK);
 111
 112 /*! \brief Implements TNG file reading for gmxdump. */
 113 void list_tng_for_gmx_dump(const char *fn);
 114
 115 #ifdef __cplusplus
 116 }
 117 #endif
 118
 119 #endif