src/gromacs/fileio/readinp.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_FILEIO_READINP_H
  38 #define GMX_FILEIO_READINP_H
  39
  40 #include <cstring>
  41
  42 #include <string>
  43 #include <vector>
  44
  45 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  46 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  47
  48 struct warninp;
  49 typedef warninp *warninp_t;
  50
  51 namespace gmx
  52 {
  53 class KeyValueTreeObject;
  54 class TextInputStream;
  55 class TextOutputStream;
  56 }
  57
  58 /* !\brief Input file structure that is populated with entries read from a file.
  59  *
  60  * This structure contains the information read from the mdp file that is later used
  61  * to build the ir from it. It is first constructed with a set of names and values,
  62  * and later populated when checking against the available options in readir.
  63  * Uses the functions below to both check entries and set the information.
  64  */
  65 struct t_inpfile
  66 {
  67     /*!\brief Minimum allowed constructor sets all elements */
  68     t_inpfile (int count, int inp_count, bool bObsolete, bool bSet, bool bHandledAsKeyValueTree,
  69                std::string name, std::string value) :
  70         count_(count),
  71         bObsolete_(bObsolete),
  72         bSet_(bSet),
  73         bHandledAsKeyValueTree_(bHandledAsKeyValueTree),
  74         name_(name),
  75         value_(value),
  76         inp_count_(inp_count)
  77     {
  78     }
  79     int         count_;                  /* sort order for output  */
  80     bool        bObsolete_;              /* whether it is an obsolete param value */
  81     bool        bSet_;                   /* whether it it has been read out */
  82     bool        bHandledAsKeyValueTree_; /* whether it it has been handled with key-value machinery */
  83     std::string name_;                   /* name of the parameter */
  84     std::string value_;                  /* parameter value string */
  85     int         inp_count_;              /* number of einps read. Only valid for the first item
  86                                                                  in the inpfile list. */
  87 };
  88
  89 /*! \brief Create and return a vector of t_inpfile structs
  90  * from "key = value" lines in \c stream corresponding to file \c fn.
  91  *
  92  * \param[in]  stream          Text stream to read.
  93  * \param[in]  fn              Filename corresponding to \c reader.
  94  * \param[out] wi              Handler for context-sensitive warnings.
  95  * \throws     std::bad_alloc  If out of memory.
  96  * \throws     Anything the stream underlying \c reader can throw. */
  97 std::vector<t_inpfile>
  98 read_inpfile(gmx::TextInputStream *stream, const char *fn,
  99              warninp_t wi);
 100
 101 gmx::KeyValueTreeObject flatKeyValueTreeFromInpFile(gmx::ArrayRef<const t_inpfile> inp);
 102
 103 enum class WriteMdpHeader
 104 {
 105     no, yes
 106 };
 107
 108 /*! \brief Write "key = value" lines from \c inp to \c stream.
 109  *
 110  * \param[in]  stream          Text stream to write.
 111  * \param[in]  fn              Filename corresponding to \c stream.
 112  * \param[in]  inp             vector of key-value pairs.
 113  * \param[in]  bHaltOnUnknown  Whether to issue a fatal error if an unknown key is found.
 114  * \param[in]  writeHeader     Whether to write a header recording some context a user might like.
 115  * \param[out] wi              Handler for context-sensitive warnings.
 116  * \throws     std::bad_alloc  If out of memory.
 117  * \throws     Anything the stream underlying \c writer can throw. */
 118 void write_inpfile(gmx::TextOutputStream *stream, const char *fn, std::vector<t_inpfile> *inp,
 119                    gmx_bool bHaltOnUnknown,
 120                    WriteMdpHeader writeHeader,
 121                    warninp_t wi);
 122 /* Write inp to fn, warning (and perhaps halting) if any fields are
 123  * unknown. The helpful header contains irreproducible content, so
 124  * its writing can be suppressed to make testing more useful. */
 125
 126 void replace_inp_entry(gmx::ArrayRef<t_inpfile> inp,
 127                        const char *old_entry, const char *new_entry);
 128
 129 int search_einp(gmx::ArrayRef<const t_inpfile> inp, const char *name);
 130 /* Return the index of an .mdp field with the given name within the
 131  * inp vector, if it exists. Return -1 if it does not exist. */
 132
 133 void mark_einp_set(gmx::ArrayRef<t_inpfile> inp, const char *name);
 134
 135 int get_eint(std::vector<t_inpfile> *inp, const char *name, int def,
 136              warninp_t wi);
 137
 138 int64_t get_eint64(std::vector<t_inpfile> *inp,
 139                    const char *name, int64_t def,
 140                    warninp_t);
 141
 142 double get_ereal(std::vector<t_inpfile> *inp, const char *name, double def,
 143                  warninp_t wi);
 144
 145 const char *get_estr(std::vector<t_inpfile> *inp, const char *name, const char *def);
 146
 147 int get_eeenum(std::vector<t_inpfile> *inp, const char *name, const char **defs,
 148                warninp_t wi);
 149 /* defs must be NULL terminated */
 150
 151 int get_eenum(std::vector<t_inpfile> *inp, const char *name, const char **defs);
 152 /* defs must be NULL terminated */
 153
 154 //! Replace for macro CCTYPE, prints comment string after newline
 155 void printStringNewline(std::vector<t_inpfile> *inp, const char *line);
 156 //! Replace for macro CTYPE, prints comment string
 157 void printStringNoNewline(std::vector<t_inpfile> *inp, const char *line);
 158 //! Replace for macro STYPE, checks for existing string entry and if possible replaces it
 159 void setStringEntry(std::vector<t_inpfile> *inp, const char *name, char *newName, const char *def);
 160
 161 #endif