src/gromacs/fileio/readinp.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifndef GMX_FILEIO_READINP_H
  39 #define GMX_FILEIO_READINP_H
  40
  41 #include <cstring>
  42
  43 #include <string>
  44 #include <utility>
  45 #include <vector>
  46
  47 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  48 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  49
  50 struct warninp;
  51 typedef warninp* warninp_t;
  52
  53 namespace gmx
  54 {
  55 class KeyValueTreeObject;
  56 class TextInputStream;
  57 class TextOutputStream;
  58 } // namespace gmx
  59
  60 /* !\brief Input file structure that is populated with entries read from a file.
  61  *
  62  * This structure contains the information read from the mdp file that is later used
  63  * to build the ir from it. It is first constructed with a set of names and values,
  64  * and later populated when checking against the available options in readir.
  65  * Uses the functions below to both check entries and set the information.
  66  */
  67 struct t_inpfile
  68 {
  69     /*!\brief Minimum allowed constructor sets all elements */
  70     t_inpfile(int         count,
  71               int         inp_count,
  72               bool        bObsolete,
  73               bool        bSet,
  74               bool        bHandledAsKeyValueTree,
  75               std::string name,
  76               std::string value) :
  77         count_(count),
  78         bObsolete_(bObsolete),
  79         bSet_(bSet),
  80         bHandledAsKeyValueTree_(bHandledAsKeyValueTree),
  81         name_(std::move(name)),
  82         value_(std::move(value)),
  83         inp_count_(inp_count)
  84     {
  85     }
  86     int  count_;                  /* sort order for output  */
  87     bool bObsolete_;              /* whether it is an obsolete param value */
  88     bool bSet_;                   /* whether it it has been read out */
  89     bool bHandledAsKeyValueTree_; /* whether it it has been handled with key-value machinery */
  90     std::string name_;            /* name of the parameter */
  91     std::string value_;           /* parameter value string */
  92     int         inp_count_;       /* number of einps read. Only valid for the first item
  93                                                           in the inpfile list. */
  94 };
  95
  96 /*! \brief Create and return a vector of t_inpfile structs
  97  * from "key = value" lines in \c stream corresponding to file \c fn.
  98  *
  99  * \param[in]  stream          Text stream to read.
 100  * \param[in]  fn              Filename corresponding to \c reader.
 101  * \param[out] wi              Handler for context-sensitive warnings.
 102  * \throws     std::bad_alloc  If out of memory.
 103  * \throws     Anything the stream underlying \c reader can throw. */
 104 std::vector<t_inpfile> read_inpfile(gmx::TextInputStream* stream, const char* fn, warninp_t wi);
 105
 106 gmx::KeyValueTreeObject flatKeyValueTreeFromInpFile(gmx::ArrayRef<const t_inpfile> inp);
 107
 108 enum class WriteMdpHeader
 109 {
 110     no,
 111     yes
 112 };
 113
 114 /*! \brief Write "key = value" lines from \c inp to \c stream.
 115  *
 116  * \param[in]  stream          Text stream to write.
 117  * \param[in]  fn              Filename corresponding to \c stream.
 118  * \param[in]  inp             vector of key-value pairs.
 119  * \param[in]  bHaltOnUnknown  Whether to issue a fatal error if an unknown key is found.
 120  * \param[in]  writeHeader     Whether to write a header recording some context a user might like.
 121  * \param[out] wi              Handler for context-sensitive warnings.
 122  * \throws     std::bad_alloc  If out of memory.
 123  * \throws     Anything the stream underlying \c writer can throw. */
 124 void write_inpfile(gmx::TextOutputStream*  stream,
 125                    const char*             fn,
 126                    std::vector<t_inpfile>* inp,
 127                    gmx_bool                bHaltOnUnknown,
 128                    WriteMdpHeader          writeHeader,
 129                    warninp_t               wi);
 130 /* Write inp to fn, warning (and perhaps halting) if any fields are
 131  * unknown. The helpful header contains irreproducible content, so
 132  * its writing can be suppressed to make testing more useful. */
 133
 134 void replace_inp_entry(gmx::ArrayRef<t_inpfile> inp, const char* old_entry, const char* new_entry);
 135
 136 int search_einp(gmx::ArrayRef<const t_inpfile> inp, const char* name);
 137 /* Return the index of an .mdp field with the given name within the
 138  * inp vector, if it exists. Return -1 if it does not exist. */
 139
 140 void mark_einp_set(gmx::ArrayRef<t_inpfile> inp, const char* name);
 141
 142 int get_eint(std::vector<t_inpfile>* inp, const char* name, int def, warninp_t wi);
 143 int get_eint(std::vector<t_inpfile>* inp, const std::string& name, int def, warninp_t wi);
 144
 145 int64_t get_eint64(std::vector<t_inpfile>* inp, const char* name, int64_t def, warninp_t wi);
 146 int64_t get_eint64(std::vector<t_inpfile>* inp, const std::string& name, int64_t def, warninp_t wi);
 147
 148 double get_ereal(std::vector<t_inpfile>* inp, const char* name, double def, warninp_t wi);
 149 double get_ereal(std::vector<t_inpfile>* inp, const std::string& name, double def, warninp_t wi);
 150
 151 const char* get_estr(std::vector<t_inpfile>* inp, const char* name, const char* def);
 152 const char* get_estr(std::vector<t_inpfile>* inp, const std::string& name, const char* def);
 153
 154 int get_eeenum(std::vector<t_inpfile>* inp, const char* name, const char** defs, warninp_t wi);
 155 /* defs must be NULL terminated */
 156 int get_eeenum(std::vector<t_inpfile>* inp, const std::string& name, const char** defs, warninp_t wi);
 157 /* defs must be NULL terminated */
 158
 159 int get_eenum(std::vector<t_inpfile>* inp, const char* name, const char** defs);
 160 /* defs must be NULL terminated */
 161
 162 //! Replace for macro CCTYPE, prints comment string after newline
 163 void printStringNewline(std::vector<t_inpfile>* inp, const char* line);
 164 //! Replace for macro CTYPE, prints comment string
 165 void printStringNoNewline(std::vector<t_inpfile>* inp, const char* line);
 166 //! Replace for macro STYPE, checks for existing string entry and if possible replaces it
 167 void setStringEntry(std::vector<t_inpfile>* inp, const char* name, char* newName, const char* def);
 168
 169 #endif