src/gromacs/fileio/oenv.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015,2017,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_FILEIO_OENV_H
  38 #define GMX_FILEIO_OENV_H
  39
  40 #include <string>
  41
  42 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  43 #include "gromacs/utility/real.h"
  44
  45 struct gmx_output_env_t;
  46
  47 /* output_env member functions */
  48
  49 /* The output_env structure holds information about program name, cmd
  50    line, default times, etc. along with verbosity levels for code
  51    components that use this structure for regulating output.
  52
  53    There are still legacy functions for the program name, and the command
  54    line, but the output_env versions are now preferred.*/
  55
  56 namespace gmx
  57 {
  58
  59 /*! \brief
  60  * Time values for TimeUnitManager and legacy oenv module.
  61  *
  62  * \inpublicapi
  63  */
  64 enum class TimeUnit : int
  65 {
  66     Femtoseconds,
  67     Picoseconds,
  68     Nanoseconds,
  69     Microseconds,
  70     Milliseconds,
  71     Seconds,
  72     Count,
  73     Default = Picoseconds
  74 };
  75
  76 } // namespace gmx
  77
  78 //! The xvg output format
  79 enum class XvgFormat : int
  80 {
  81     // Select,
  82     Xmgrace,
  83     Xmgr,
  84     None,
  85     Count
  86 };
  87
  88 void output_env_init_default(gmx_output_env_t** oenvp);
  89 /* initialize an output_env structure, with reasonable default settings.
  90     (the time unit is set to time_ps, which means no conversion).  */
  91
  92 void output_env_done(gmx_output_env_t* oenv);
  93 /* free memory allocated for an output_env structure. */
  94
  95
  96 int output_env_get_verbosity(const gmx_output_env_t* oenv);
  97 /* return the verbosity */
  98
  99 int output_env_get_trajectory_io_verbosity(const gmx_output_env_t* oenv);
 100 /* return the verbosity for trajectory IO handling */
 101
 102 std::string output_env_get_time_unit(const gmx_output_env_t* oenv);
 103 /* return time unit (e.g. ps or ns) */
 104
 105 std::string output_env_get_time_label(const gmx_output_env_t* oenv);
 106 /* return time unit label (e.g. "Time (ps)") */
 107
 108 std::string output_env_get_xvgr_tlabel(const gmx_output_env_t* oenv);
 109 /* return x-axis time label for xmgr */
 110
 111 real output_env_get_time_factor(const gmx_output_env_t* oenv);
 112 /* return time conversion factor from ps (i.e. 1e-3 for ps->ns) */
 113
 114 real output_env_get_time_invfactor(const gmx_output_env_t* oenv);
 115 /* return inverse time conversion factor to ps (i.e. 1e3 for ns->ps) */
 116
 117 real output_env_conv_time(const gmx_output_env_t* oenv, real time);
 118 /* return converted time */
 119
 120 void output_env_conv_times(const gmx_output_env_t* oenv, int n, real* time);
 121 /* convert array of times */
 122
 123 gmx_bool output_env_get_view(const gmx_output_env_t* oenv);
 124 /* Return TRUE when user requested viewing of the file */
 125
 126 XvgFormat output_env_get_xvg_format(const gmx_output_env_t* oenv);
 127 /* Returns enum (see above) for xvg output formatting */
 128
 129 /*! \brief
 130  * Returns display name for the currently running program.
 131  */
 132 const char* output_env_get_program_display_name(const gmx_output_env_t* oenv);
 133
 134 namespace gmx
 135 {
 136 class IProgramContext;
 137 } // namespace gmx
 138
 139 void output_env_init(gmx_output_env_t**          oenvp,
 140                      const gmx::IProgramContext& context,
 141                      gmx::TimeUnit               tmu,
 142                      gmx_bool                    view,
 143                      XvgFormat                   xvgFormat,
 144                      int                         verbosity);
 145 /* initialize an output_env structure, setting the command line,
 146    the default time value a gmx_boolean view that is set to TRUE when the
 147    user requests direct viewing of graphs,
 148    the graph formatting type, the verbosity, and debug level */
 149
 150 /*! \brief
 151  * Returns gmx::IProgramContext from an output_env structure.
 152  */
 153 const gmx::IProgramContext& output_env_get_program_context(const gmx_output_env_t* oenv);
 154
 155 #endif