src/gromacs/fileio/oenv.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "oenv.h"
  40
  41 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  42 #include "gromacs/utility/programcontext.h"
  43 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  44
  45 struct gmx_output_env_t
  46 {
  47     explicit gmx_output_env_t(const gmx::IProgramContext &context)
  48         : programContext(context)
  49     {
  50         time_unit               = time_ps;
  51         view                    = FALSE;
  52         xvg_format              = exvgNONE;
  53         verbosity               = 0;
  54         trajectory_io_verbosity = 1;
  55     }
  56
  57     const gmx::IProgramContext  &programContext;
  58
  59     /* the time unit, enum defined in oenv.h */
  60     time_unit_t                          time_unit;
  61     /* view of file requested */
  62     gmx_bool                             view;
  63     /* xvg output format, enum defined in oenv.h */
  64     xvg_format_t                         xvg_format;
  65     /* The level of verbosity for this program */
  66     int                                  verbosity;
  67     /* The level of verbosity during trajectory I/O. Default=1, quiet=0. */
  68     int                                  trajectory_io_verbosity;
  69 };
  70
  71 /* The source code in this file should be thread-safe.
  72       Please keep it that way. */
  73
  74 /******************************************************************
  75  *
  76  *             T R A J E C T O R Y   S T U F F
  77  *
  78  ******************************************************************/
  79
  80 /* read only time names */
  81 /* These must correspond to the time units type time_unit_t in oenv.h */
  82 static const real  timefactors[] =   { real(0),  real(1e3),  real(1), real(1e-3), real(1e-6), real(1e-9), real(1e-12), real(0) };
  83 static const real  timeinvfactors[] = { real(0), real(1e-3),  real(1),  real(1e3),  real(1e6),  real(1e9),  real(1e12), real(0) };
  84 static const char *time_units_str[] = {
  85     NULL, "fs", "ps", "ns", "us",
  86     "\\mus", "ms", "s"
  87 };
  88 static const char *time_units_xvgr[] = {
  89     NULL, "fs", "ps", "ns",
  90     "ms", "s", NULL
  91 };
  92
  93
  94 /***** OUTPUT_ENV MEMBER FUNCTIONS ******/
  95
  96 void output_env_init(gmx_output_env_t **oenvp,
  97                      const gmx::IProgramContext &context,
  98                      time_unit_t tmu, gmx_bool view, xvg_format_t xvg_format,
  99                      int verbosity)
 100 {
 101     try
 102     {
 103         gmx_output_env_t *oenv = new gmx_output_env_t(context);
 104         *oenvp            = oenv;
 105         oenv->time_unit   = tmu;
 106         oenv->view        = view;
 107         oenv->xvg_format  = xvg_format;
 108         oenv->verbosity   = verbosity;
 109         const char *env = getenv("GMX_TRAJECTORY_IO_VERBOSITY");
 110         oenv->trajectory_io_verbosity = (env != nullptr ? strtol(env, NULL, 10) : 1);
 111
 112     }
 113     GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR;
 114 }
 115
 116 void output_env_init_default(gmx_output_env_t **oenvp)
 117 {
 118     try
 119     {
 120         gmx_output_env_t *oenv = new gmx_output_env_t(gmx::getProgramContext());
 121         *oenvp = oenv;
 122     }
 123     GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR;
 124 }
 125
 126 void output_env_done(gmx_output_env_t *oenv)
 127 {
 128     delete oenv;
 129 }
 130
 131
 132 int output_env_get_verbosity(const gmx_output_env_t *oenv)
 133 {
 134     return oenv->verbosity;
 135 }
 136
 137 int output_env_get_trajectory_io_verbosity(const gmx_output_env_t *oenv)
 138 {
 139     return oenv->trajectory_io_verbosity;
 140 }
 141
 142 const char *output_env_get_time_unit(const gmx_output_env_t *oenv)
 143 {
 144     return time_units_str[oenv->time_unit];
 145 }
 146
 147 const char *output_env_get_time_label(const gmx_output_env_t *oenv)
 148 {
 149     char *label;
 150     snew(label, 20);
 151
 152     sprintf(label, "Time (%s)", time_units_str[oenv->time_unit] ?
 153             time_units_str[oenv->time_unit] : "ps");
 154
 155     return label;
 156 }
 157
 158 const char *output_env_get_xvgr_tlabel(const gmx_output_env_t *oenv)
 159 {
 160     char *label;
 161     snew(label, 20);
 162
 163     sprintf(label, "Time (%s)", time_units_xvgr[oenv->time_unit] ?
 164             time_units_xvgr[oenv->time_unit] : "ps");
 165
 166     return label;
 167 }
 168
 169 real output_env_get_time_factor(const gmx_output_env_t *oenv)
 170 {
 171     return timefactors[oenv->time_unit];
 172 }
 173
 174 real output_env_get_time_invfactor(const gmx_output_env_t *oenv)
 175 {
 176     return timeinvfactors[oenv->time_unit];
 177 }
 178
 179 real output_env_conv_time(const gmx_output_env_t *oenv, real time)
 180 {
 181     return time*timefactors[oenv->time_unit];
 182 }
 183
 184 void output_env_conv_times(const gmx_output_env_t *oenv, int n, real *time)
 185 {
 186     int    i;
 187     double fact = timefactors[oenv->time_unit];
 188
 189     if (fact != 1.)
 190     {
 191         for (i = 0; i < n; i++)
 192         {
 193             time[i] *= fact;
 194         }
 195     }
 196 }
 197
 198 gmx_bool output_env_get_view(const gmx_output_env_t *oenv)
 199 {
 200     return oenv->view;
 201 }
 202
 203 xvg_format_t output_env_get_xvg_format(const gmx_output_env_t *oenv)
 204 {
 205     return oenv->xvg_format;
 206 }
 207
 208 const char *output_env_get_program_display_name(const gmx_output_env_t *oenv)
 209 {
 210     const char *displayName = NULL;
 211
 212     try
 213     {
 214         displayName = oenv->programContext.displayName();
 215     }
 216     GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR;
 217
 218     return displayName;
 219 }
 220
 221 const gmx::IProgramContext &
 222 output_env_get_program_context(const gmx_output_env_t *oenv)
 223 {
 224     return oenv->programContext;
 225 }