src/gromacs/fileio/mtxio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 /* This module provides routines to read/write sparse or full storage
  39  * matrices from/to files. It is normally used for the Hessian matrix
  40  * in normal mode analysis.
  41  */
  42
  43 #ifndef GMX_FILEIO_MTXIO_H
  44 #define GMX_FILEIO_MTXIO_H
  45
  46 #include "gromacs/linearalgebra/sparsematrix.h"
  47 #include "gromacs/utility/real.h"
  48
  49 /* Write a full or sparse matrix to a file.
  50  *
  51  * You should provide the filename, dimensions (nrow/ncol), and
  52  * EITHER a pointer to a full storage matrix or a sparse storage
  53  * matrix. If both pointers are non-NULL a fatal error will occur.
  54  */
  55 void gmx_mtxio_write(const char* filename, int nrow, int ncol, real* full_matrix, gmx_sparsematrix_t* sparse_matrix);
  56
  57
  58 /* Read a matrix from file.
  59  *
  60  * This routine will autodetect the matrix format stored in the file
  61  * (sparse or full) and set either the full or sparse matrix arguments (ptr to ptr)
  62  * to a newly allocated matrix structure. Note that the full storage
  63  * structure is simply nrow*ncol floating-point elements. The sparse
  64  * matrix structure should be freed with gmx_sparsematrix_destroy() when you are done.
  65  *
  66  * To determine the format you should set *full_matrix and *sparse_matrix to NULL
  67  * before calling this routine, and check which one is non-NULL on return.
  68  */
  69 void gmx_mtxio_read(const char* filename, int* nrow, int* ncol, real** full_matrix, gmx_sparsematrix_t** sparse_matrix);
  70
  71 #endif