src/gromacs/fileio/mdoutf.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 #ifndef GMX_FILEIO_MDOUTF_H
  37 #define GMX_FILEIO_MDOUTF_H
  38
  39 #include "filenm.h"
  40 #include <stdio.h>
  41 #include "../legacyheaders/types/simple.h"
  42 #include "enxio.h"
  43 #include "gmxfio.h"
  44
  45 typedef struct {
  46     t_fileio     *fp_trn;
  47     t_fileio     *fp_xtc;
  48     int           xtc_prec;
  49     ener_file_t   fp_ene;
  50     const char   *fn_cpt;
  51     gmx_bool      bKeepAndNumCPT;
  52     int           eIntegrator;
  53     gmx_bool      bExpanded;
  54     int           elamstats;
  55     int           simulation_part;
  56     FILE         *fp_dhdl;
  57     FILE         *fp_field;
  58     int           natoms_global;
  59     int           natoms_xtc;
  60     gmx_groups_t *groups; /* for XTC writing */
  61 } gmx_mdoutf_t;
  62
  63 gmx_mdoutf_t *init_mdoutf(int nfile, const t_filenm fnm[],
  64                           int mdrun_flags,
  65                           const t_commrec *cr, const t_inputrec *ir,
  66                           gmx_mtop_t *top_global,
  67                           const output_env_t oenv);
  68 /* Returns a pointer to a data structure with all output file pointers
  69  * and names required by mdrun.
  70  */
  71
  72 void done_mdoutf(gmx_mdoutf_t *of);
  73 /* Close all open output files and free the of pointer */
  74
  75 #define MDOF_X   (1<<0)
  76 #define MDOF_V   (1<<1)
  77 #define MDOF_F   (1<<2)
  78 #define MDOF_XTC (1<<3)
  79 #define MDOF_CPT (1<<4)
  80
  81 #endif /* GMX_FILEIO_MDOUTF_H */