src/gromacs/fileio/mdoutf.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "mdoutf.h"
  36
  37 #include "gromacs/legacyheaders/xvgr.h"
  38 #include "trnio.h"
  39 #include "xtcio.h"
  40 #include "gromacs/legacyheaders/mdrun.h"
  41 #include "gromacs/legacyheaders/smalloc.h"
  42
  43 gmx_mdoutf_t *init_mdoutf(int nfile, const t_filenm fnm[], int mdrun_flags,
  44                           const t_commrec *cr, const t_inputrec *ir,
  45                           const output_env_t oenv)
  46 {
  47     gmx_mdoutf_t *of;
  48     char          filemode[3];
  49     gmx_bool      bAppendFiles;
  50
  51     snew(of, 1);
  52
  53     of->fp_trn   = NULL;
  54     of->fp_ene   = NULL;
  55     of->fp_xtc   = NULL;
  56     of->fp_dhdl  = NULL;
  57     of->fp_field = NULL;
  58
  59     of->eIntegrator     = ir->eI;
  60     of->bExpanded       = ir->bExpanded;
  61     of->elamstats       = ir->expandedvals->elamstats;
  62     of->simulation_part = ir->simulation_part;
  63
  64     if (MASTER(cr))
  65     {
  66         bAppendFiles = (mdrun_flags & MD_APPENDFILES);
  67
  68         of->bKeepAndNumCPT = (mdrun_flags & MD_KEEPANDNUMCPT);
  69
  70         sprintf(filemode, bAppendFiles ? "a+" : "w+");
  71
  72         if ((EI_DYNAMICS(ir->eI) || EI_ENERGY_MINIMIZATION(ir->eI))
  73 #ifndef GMX_FAHCORE
  74             &&
  75             !(EI_DYNAMICS(ir->eI) &&
  76               ir->nstxout == 0 &&
  77               ir->nstvout == 0 &&
  78               ir->nstfout == 0)
  79 #endif
  80             )
  81         {
  82             of->fp_trn = open_trn(ftp2fn(efTRN, nfile, fnm), filemode);
  83         }
  84         if (EI_DYNAMICS(ir->eI) &&
  85             ir->nstxtcout > 0)
  86         {
  87             of->fp_xtc   = open_xtc(ftp2fn(efXTC, nfile, fnm), filemode);
  88             of->xtc_prec = ir->xtcprec;
  89         }
  90         if (EI_DYNAMICS(ir->eI) || EI_ENERGY_MINIMIZATION(ir->eI))
  91         {
  92             of->fp_ene = open_enx(ftp2fn(efEDR, nfile, fnm), filemode);
  93         }
  94         of->fn_cpt = opt2fn("-cpo", nfile, fnm);
  95
  96         if ((ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp) && ir->fepvals->nstdhdl > 0 &&
  97             (ir->fepvals->separate_dhdl_file == esepdhdlfileYES ) &&
  98             EI_DYNAMICS(ir->eI))
  99         {
 100             if (bAppendFiles)
 101             {
 102                 of->fp_dhdl = gmx_fio_fopen(opt2fn("-dhdl", nfile, fnm), filemode);
 103             }
 104             else
 105             {
 106                 of->fp_dhdl = open_dhdl(opt2fn("-dhdl", nfile, fnm), ir, oenv);
 107             }
 108         }
 109
 110         if (opt2bSet("-field", nfile, fnm) &&
 111             (ir->ex[XX].n || ir->ex[YY].n || ir->ex[ZZ].n))
 112         {
 113             if (bAppendFiles)
 114             {
 115                 of->fp_dhdl = gmx_fio_fopen(opt2fn("-field", nfile, fnm),
 116                                             filemode);
 117             }
 118             else
 119             {
 120                 of->fp_field = xvgropen(opt2fn("-field", nfile, fnm),
 121                                         "Applied electric field", "Time (ps)",
 122                                         "E (V/nm)", oenv);
 123             }
 124         }
 125     }
 126
 127     return of;
 128 }
 129
 130 void done_mdoutf(gmx_mdoutf_t *of)
 131 {
 132     if (of->fp_ene != NULL)
 133     {
 134         close_enx(of->fp_ene);
 135     }
 136     if (of->fp_xtc)
 137     {
 138         close_xtc(of->fp_xtc);
 139     }
 140     if (of->fp_trn)
 141     {
 142         close_trn(of->fp_trn);
 143     }
 144     if (of->fp_dhdl != NULL)
 145     {
 146         gmx_fio_fclose(of->fp_dhdl);
 147     }
 148     if (of->fp_field != NULL)
 149     {
 150         gmx_fio_fclose(of->fp_field);
 151     }
 152
 153     sfree(of);
 154 }