src/gromacs/fileio/groio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifndef GMX_FILEIO_GROIO_H
  39 #define GMX_FILEIO_GROIO_H
  40
  41 #include <stdio.h>
  42
  43 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  44 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  45
  46 struct gmx_mtop_t;
  47 struct t_atoms;
  48 struct t_symtab;
  49 struct t_trxframe;
  50
  51 void get_coordnum(const char* infile, int* natoms);
  52 void gmx_gro_read_conf(const char* infile, t_symtab* symtab, char** name, t_atoms* atoms, rvec x[], rvec* v, matrix box);
  53 /* If name is not nullptr, gmx_strdup the title string into it. */
  54
  55 gmx_bool gro_next_x_or_v(FILE* status, struct t_trxframe* fr);
  56 int      gro_first_x_or_v(FILE* status, struct t_trxframe* fr);
  57 /* read first/next x and/or v frame from gro file */
  58
  59 void write_hconf_indexed_p(FILE*          out,
  60                            const char*    title,
  61                            const t_atoms* atoms,
  62                            int            nx,
  63                            const int      index[],
  64                            const rvec*    x,
  65                            const rvec*    v,
  66                            const matrix   box);
  67
  68 void write_hconf_mtop(FILE* out, const char* title, const gmx_mtop_t& mtop, const rvec* x, const rvec* v, const matrix box);
  69
  70 void write_hconf_p(FILE* out, const char* title, const t_atoms* atoms, const rvec* x, const rvec* v, const matrix box);
  71 /* Write a Gromos file with precision ndec: number of decimal places in x,
  72  * v has one place more. */
  73
  74 void write_conf_p(const char*    outfile,
  75                   const char*    title,
  76                   const t_atoms* atoms,
  77                   const rvec*    x,
  78                   const rvec*    v,
  79                   const matrix   box);
  80
  81 #endif