src/gromacs/fileio/groio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_FILEIO_GROIO_H
  38 #define GMX_FILEIO_GROIO_H
  39
  40 #include <stdio.h>
  41
  42 #include "gromacs/legacyheaders/types/simple.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48 struct gmx_mtop_t;
  49 struct t_atoms;
  50 struct t_topology;
  51 struct t_trxframe;
  52
  53 void get_coordnum(const char *infile, int *natoms);
  54 void read_whole_conf(const char *infile, char *title,
  55                      struct t_atoms *atoms, rvec x[], rvec *v, matrix box);
  56
  57 gmx_bool gro_next_x_or_v(FILE *status, struct t_trxframe *fr);
  58 int gro_first_x_or_v(FILE *status, struct t_trxframe *fr);
  59 /* read first/next x and/or v frame from gro file */
  60
  61 void write_hconf_indexed_p(FILE *out, const char *title, struct t_atoms *atoms,
  62                            int nx, const atom_id index[], int ndec,
  63                            rvec *x, rvec *v, matrix box);
  64
  65 void write_hconf_mtop(FILE *out, const char *title, struct gmx_mtop_t *mtop, int pr,
  66                       rvec *x, rvec *v, matrix box);
  67
  68 void write_hconf_p(FILE *out, const char *title, struct t_atoms *atoms, int ndec,
  69                    rvec *x, rvec *v, matrix box);
  70 /* Write a Gromos file with precision ndec: number of decimal places in x,
  71  * v has one place more. */
  72
  73 void write_conf_p(const char *outfile, const char *title,
  74                   struct t_atoms *atoms, int pr,
  75                   rvec *x, rvec *v, matrix box);
  76
  77 #ifdef __cplusplus
  78 }
  79 #endif
  80
  81 #endif