src/gromacs/fileio/gmxfio_xdr.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "config.h"
  38
  39 #include <errno.h>
  40 #include <stdio.h>
  41 #include <string.h>
  42 #ifdef HAVE_IO_H
  43 #include <io.h>
  44 #endif
  45
  46 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  47 #include "macros.h"
  48 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  49 #include "gromacs/utility/futil.h"
  50 #include "filenm.h"
  51 #include "gmxfio.h"
  52 #include "md5.h"
  53
  54 #include "gmxfio_int.h"
  55
  56 /* This is the part that reads xdr files.  */
  57
  58
  59 /* file type functions */
  60 static gmx_bool do_xdrread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  61                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
  62 static gmx_bool do_xdrwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  63                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
  64
  65
  66 const t_iotype xdr_iotype = {do_xdrread, do_xdrwrite};
  67
  68
  69 #ifdef USE_XDR
  70
  71 static gmx_bool do_xdr(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  72                        const char *desc, const char *srcfile, int line)
  73 {
  74     unsigned char   ucdum, *ucptr;
  75     bool_t          res = 0;
  76     float           fvec[DIM];
  77     double          dvec[DIM];
  78     int             j, m, *iptr, idum;
  79     gmx_int64_t     sdum;
  80     real           *ptr;
  81     unsigned short  us;
  82     double          d = 0;
  83     float           f = 0;
  84
  85     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
  86     switch (eio)
  87     {
  88         case eioREAL:
  89             if (fio->bDouble)
  90             {
  91                 if (item && !fio->bRead)
  92                 {
  93                     d = *((real *) item);
  94                 }
  95                 res = xdr_double(fio->xdr, &d);
  96                 if (item)
  97                 {
  98                     *((real *) item) = d;
  99                 }
 100             }
 101             else
 102             {
 103                 if (item && !fio->bRead)
 104                 {
 105                     f = *((real *) item);
 106                 }
 107                 res = xdr_float(fio->xdr, &f);
 108                 if (item)
 109                 {
 110                     *((real *) item) = f;
 111                 }
 112             }
 113             break;
 114         case eioFLOAT:
 115             if (item && !fio->bRead)
 116             {
 117                 f = *((float *) item);
 118             }
 119             res = xdr_float(fio->xdr, &f);
 120             if (item)
 121             {
 122                 *((float *) item) = f;
 123             }
 124             break;
 125         case eioDOUBLE:
 126             if (item && !fio->bRead)
 127             {
 128                 d = *((double *) item);
 129             }
 130             res = xdr_double(fio->xdr, &d);
 131             if (item)
 132             {
 133                 *((double *) item) = d;
 134             }
 135             break;
 136         case eioINT:
 137             if (item && !fio->bRead)
 138             {
 139                 idum = *(int *) item;
 140             }
 141             res = xdr_int(fio->xdr, &idum);
 142             if (item)
 143             {
 144                 *(int *) item = idum;
 145             }
 146             break;
 147         case eioINT64:
 148             if (item && !fio->bRead)
 149             {
 150                 sdum = *(gmx_int64_t *) item;
 151             }
 152             res = xdr_int64(fio->xdr, &sdum);
 153             if (item)
 154             {
 155                 *(gmx_int64_t *) item = sdum;
 156             }
 157             break;
 158         case eioUCHAR:
 159             if (item && !fio->bRead)
 160             {
 161                 ucdum = *(unsigned char *) item;
 162             }
 163             res = xdr_u_char(fio->xdr, &ucdum);
 164             if (item)
 165             {
 166                 *(unsigned char *) item = ucdum;
 167             }
 168             break;
 169         case eioNUCHAR:
 170             ucptr = (unsigned char *) item;
 171             res   = 1;
 172             for (j = 0; (j < nitem) && res; j++)
 173             {
 174                 res = xdr_u_char(fio->xdr, &(ucptr[j]));
 175             }
 176             break;
 177         case eioUSHORT:
 178             if (item && !fio->bRead)
 179             {
 180                 us = *(unsigned short *) item;
 181             }
 182             res = xdr_u_short(fio->xdr, (unsigned short *) &us);
 183             if (item)
 184             {
 185                 *(unsigned short *) item = us;
 186             }
 187             break;
 188         case eioRVEC:
 189             if (fio->bDouble)
 190             {
 191                 if (item && !fio->bRead)
 192                 {
 193                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 194                     {
 195                         dvec[m] = ((real *) item)[m];
 196                     }
 197                 }
 198                 res = xdr_vector(fio->xdr, (char *) dvec, DIM,
 199                                  (unsigned int) sizeof(double),
 200                                  (xdrproc_t) xdr_double);
 201                 if (item)
 202                 {
 203                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 204                     {
 205                         ((real *) item)[m] = dvec[m];
 206                     }
 207                 }
 208             }
 209             else
 210             {
 211                 if (item && !fio->bRead)
 212                 {
 213                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 214                     {
 215                         fvec[m] = ((real *) item)[m];
 216                     }
 217                 }
 218                 res = xdr_vector(fio->xdr, (char *) fvec, DIM,
 219                                  (unsigned int) sizeof(float),
 220                                  (xdrproc_t) xdr_float);
 221                 if (item)
 222                 {
 223                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 224                     {
 225                         ((real *) item)[m] = fvec[m];
 226                     }
 227                 }
 228             }
 229             break;
 230         case eioNRVEC:
 231             ptr = NULL;
 232             res = 1;
 233             for (j = 0; (j < nitem) && res; j++)
 234             {
 235                 if (item)
 236                 {
 237                     ptr = ((rvec *) item)[j];
 238                 }
 239                 res = do_xdr(fio, ptr, 1, eioRVEC, desc, srcfile, line);
 240             }
 241             break;
 242         case eioIVEC:
 243             iptr = (int *) item;
 244             res  = 1;
 245             for (m = 0; (m < DIM) && res; m++)
 246             {
 247                 if (item && !fio->bRead)
 248                 {
 249                     idum = iptr[m];
 250                 }
 251                 res = xdr_int(fio->xdr, &idum);
 252                 if (item)
 253                 {
 254                     iptr[m] = idum;
 255                 }
 256             }
 257             break;
 258         case eioSTRING:
 259         {
 260             char *cptr;
 261             int   slen;
 262
 263             if (item)
 264             {
 265                 if (!fio->bRead)
 266                 {
 267                     slen = strlen((char *) item) + 1;
 268                 }
 269                 else
 270                 {
 271                     slen = 0;
 272                 }
 273             }
 274             else
 275             {
 276                 slen = 0;
 277             }
 278
 279             if (xdr_int(fio->xdr, &slen) <= 0)
 280             {
 281                 gmx_fatal(FARGS, "wrong string length %d for string %s"
 282                           " (source %s, line %d)", slen, desc, srcfile, line);
 283             }
 284             if (!item && fio->bRead)
 285             {
 286                 snew(cptr, slen);
 287             }
 288             else
 289             {
 290                 cptr = (char *)item;
 291             }
 292             if (cptr)
 293             {
 294                 res = xdr_string(fio->xdr, &cptr, slen);
 295             }
 296             else
 297             {
 298                 res = 1;
 299             }
 300             if (!item && fio->bRead)
 301             {
 302                 sfree(cptr);
 303             }
 304             break;
 305         }
 306         default:
 307             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 308     }
 309     if ((res == 0) && (fio->bDebug))
 310     {
 311         fprintf(stderr, "Error in xdr I/O %s %s to file %s (source %s, line %d)\n",
 312                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 313     }
 314
 315     return (res != 0);
 316 }
 317
 318
 319 static gmx_bool do_xdrread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
 320                            const char *desc, const char *srcfile, int line)
 321 {
 322     return do_xdr(fio, item, nitem, eio, desc, srcfile, line);
 323 }
 324
 325
 326 static gmx_bool do_xdrwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
 327                             const char *desc, const char *srcfile, int line)
 328 {
 329     void *it = (void*)item; /* ugh.. */
 330     return do_xdr(fio, it, nitem, eio, desc, srcfile, line);
 331 }
 332
 333 #endif