src/gromacs/fileio/gmxfio_xdr.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <ctype.h>
  42 #include <stdio.h>
  43 #include <errno.h>
  44 #ifdef HAVE_IO_H
  45 #include <io.h>
  46 #endif
  47
  48 #include "gmx_fatal.h"
  49 #include "macros.h"
  50 #include "smalloc.h"
  51 #include "futil.h"
  52 #include "filenm.h"
  53 #include "string2.h"
  54 #include "gmxfio.h"
  55 #include "md5.h"
  56
  57 #include "gmxfio_int.h"
  58
  59 /* This is the part that reads xdr files.  */
  60
  61
  62 /* file type functions */
  63 static gmx_bool do_xdrread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  64                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
  65 static gmx_bool do_xdrwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  66                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
  67
  68
  69 const t_iotype xdr_iotype = {do_xdrread, do_xdrwrite};
  70
  71
  72 #ifdef USE_XDR
  73
  74 static gmx_bool do_xdr(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  75                        const char *desc, const char *srcfile, int line)
  76 {
  77     unsigned char   ucdum, *ucptr;
  78     bool_t          res = 0;
  79     float           fvec[DIM];
  80     double          dvec[DIM];
  81     int             j, m, *iptr, idum;
  82     gmx_int64_t     sdum;
  83     real           *ptr;
  84     unsigned short  us;
  85     double          d = 0;
  86     float           f = 0;
  87
  88     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
  89     switch (eio)
  90     {
  91         case eioREAL:
  92             if (fio->bDouble)
  93             {
  94                 if (item && !fio->bRead)
  95                 {
  96                     d = *((real *) item);
  97                 }
  98                 res = xdr_double(fio->xdr, &d);
  99                 if (item)
 100                 {
 101                     *((real *) item) = d;
 102                 }
 103             }
 104             else
 105             {
 106                 if (item && !fio->bRead)
 107                 {
 108                     f = *((real *) item);
 109                 }
 110                 res = xdr_float(fio->xdr, &f);
 111                 if (item)
 112                 {
 113                     *((real *) item) = f;
 114                 }
 115             }
 116             break;
 117         case eioFLOAT:
 118             if (item && !fio->bRead)
 119             {
 120                 f = *((float *) item);
 121             }
 122             res = xdr_float(fio->xdr, &f);
 123             if (item)
 124             {
 125                 *((float *) item) = f;
 126             }
 127             break;
 128         case eioDOUBLE:
 129             if (item && !fio->bRead)
 130             {
 131                 d = *((double *) item);
 132             }
 133             res = xdr_double(fio->xdr, &d);
 134             if (item)
 135             {
 136                 *((double *) item) = d;
 137             }
 138             break;
 139         case eioINT:
 140             if (item && !fio->bRead)
 141             {
 142                 idum = *(int *) item;
 143             }
 144             res = xdr_int(fio->xdr, &idum);
 145             if (item)
 146             {
 147                 *(int *) item = idum;
 148             }
 149             break;
 150         case eioINT64:
 151             if (item && !fio->bRead)
 152             {
 153                 sdum = *(gmx_int64_t *) item;
 154             }
 155             res = xdr_int64(fio->xdr, &sdum);
 156             if (item)
 157             {
 158                 *(gmx_int64_t *) item = sdum;
 159             }
 160             break;
 161         case eioUCHAR:
 162             if (item && !fio->bRead)
 163             {
 164                 ucdum = *(unsigned char *) item;
 165             }
 166             res = xdr_u_char(fio->xdr, &ucdum);
 167             if (item)
 168             {
 169                 *(unsigned char *) item = ucdum;
 170             }
 171             break;
 172         case eioNUCHAR:
 173             ucptr = (unsigned char *) item;
 174             res   = 1;
 175             for (j = 0; (j < nitem) && res; j++)
 176             {
 177                 res = xdr_u_char(fio->xdr, &(ucptr[j]));
 178             }
 179             break;
 180         case eioUSHORT:
 181             if (item && !fio->bRead)
 182             {
 183                 us = *(unsigned short *) item;
 184             }
 185             res = xdr_u_short(fio->xdr, (unsigned short *) &us);
 186             if (item)
 187             {
 188                 *(unsigned short *) item = us;
 189             }
 190             break;
 191         case eioRVEC:
 192             if (fio->bDouble)
 193             {
 194                 if (item && !fio->bRead)
 195                 {
 196                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 197                     {
 198                         dvec[m] = ((real *) item)[m];
 199                     }
 200                 }
 201                 res = xdr_vector(fio->xdr, (char *) dvec, DIM,
 202                                  (unsigned int) sizeof(double),
 203                                  (xdrproc_t) xdr_double);
 204                 if (item)
 205                 {
 206                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 207                     {
 208                         ((real *) item)[m] = dvec[m];
 209                     }
 210                 }
 211             }
 212             else
 213             {
 214                 if (item && !fio->bRead)
 215                 {
 216                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 217                     {
 218                         fvec[m] = ((real *) item)[m];
 219                     }
 220                 }
 221                 res = xdr_vector(fio->xdr, (char *) fvec, DIM,
 222                                  (unsigned int) sizeof(float),
 223                                  (xdrproc_t) xdr_float);
 224                 if (item)
 225                 {
 226                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 227                     {
 228                         ((real *) item)[m] = fvec[m];
 229                     }
 230                 }
 231             }
 232             break;
 233         case eioNRVEC:
 234             ptr = NULL;
 235             res = 1;
 236             for (j = 0; (j < nitem) && res; j++)
 237             {
 238                 if (item)
 239                 {
 240                     ptr = ((rvec *) item)[j];
 241                 }
 242                 res = do_xdr(fio, ptr, 1, eioRVEC, desc, srcfile, line);
 243             }
 244             break;
 245         case eioIVEC:
 246             iptr = (int *) item;
 247             res  = 1;
 248             for (m = 0; (m < DIM) && res; m++)
 249             {
 250                 if (item && !fio->bRead)
 251                 {
 252                     idum = iptr[m];
 253                 }
 254                 res = xdr_int(fio->xdr, &idum);
 255                 if (item)
 256                 {
 257                     iptr[m] = idum;
 258                 }
 259             }
 260             break;
 261         case eioSTRING:
 262         {
 263             char *cptr;
 264             int   slen;
 265
 266             if (item)
 267             {
 268                 if (!fio->bRead)
 269                 {
 270                     slen = strlen((char *) item) + 1;
 271                 }
 272                 else
 273                 {
 274                     slen = 0;
 275                 }
 276             }
 277             else
 278             {
 279                 slen = 0;
 280             }
 281
 282             if (xdr_int(fio->xdr, &slen) <= 0)
 283             {
 284                 gmx_fatal(FARGS, "wrong string length %d for string %s"
 285                           " (source %s, line %d)", slen, desc, srcfile, line);
 286             }
 287             if (!item && fio->bRead)
 288             {
 289                 snew(cptr, slen);
 290             }
 291             else
 292             {
 293                 cptr = (char *)item;
 294             }
 295             if (cptr)
 296             {
 297                 res = xdr_string(fio->xdr, &cptr, slen);
 298             }
 299             else
 300             {
 301                 res = 1;
 302             }
 303             if (!item && fio->bRead)
 304             {
 305                 sfree(cptr);
 306             }
 307             break;
 308         }
 309         default:
 310             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 311     }
 312     if ((res == 0) && (fio->bDebug))
 313     {
 314         fprintf(stderr, "Error in xdr I/O %s %s to file %s (source %s, line %d)\n",
 315                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 316     }
 317
 318     return (res != 0);
 319 }
 320
 321
 322 static gmx_bool do_xdrread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
 323                            const char *desc, const char *srcfile, int line)
 324 {
 325     return do_xdr(fio, item, nitem, eio, desc, srcfile, line);
 326 }
 327
 328
 329 static gmx_bool do_xdrwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
 330                             const char *desc, const char *srcfile, int line)
 331 {
 332     void *it = (void*)item; /* ugh.. */
 333     return do_xdr(fio, it, nitem, eio, desc, srcfile, line);
 334 }
 335
 336 #endif