src/gromacs/fileio/gmxfio_xdr.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include <string.h>
  41
  42 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  43 #include "gromacs/fileio/xdrf.h"
  44 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  45 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  46
  47 #include "gmxfio-impl.h"
  48
  49 /* This is the part that reads xdr files.  */
  50
  51 /* file type functions */
  52 static gmx_bool do_xdrread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  53                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
  54 static gmx_bool do_xdrwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  55                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
  56
  57
  58 const t_iotype xdr_iotype = {do_xdrread, do_xdrwrite};
  59
  60
  61 static gmx_bool do_xdr(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  62                        const char *desc, const char *srcfile, int line)
  63 {
  64     unsigned char   ucdum, *ucptr;
  65     bool_t          res = 0;
  66     float           fvec[DIM];
  67     double          dvec[DIM];
  68     int             j, m, *iptr, idum;
  69     gmx_int64_t     sdum;
  70     real           *ptr;
  71     unsigned short  us;
  72     double          d = 0;
  73     float           f = 0;
  74
  75     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
  76     switch (eio)
  77     {
  78         case eioREAL:
  79             if (fio->bDouble)
  80             {
  81                 if (item && !fio->bRead)
  82                 {
  83                     d = *((real *) item);
  84                 }
  85                 res = xdr_double(fio->xdr, &d);
  86                 if (item)
  87                 {
  88                     *((real *) item) = d;
  89                 }
  90             }
  91             else
  92             {
  93                 if (item && !fio->bRead)
  94                 {
  95                     f = *((real *) item);
  96                 }
  97                 res = xdr_float(fio->xdr, &f);
  98                 if (item)
  99                 {
 100                     *((real *) item) = f;
 101                 }
 102             }
 103             break;
 104         case eioFLOAT:
 105             if (item && !fio->bRead)
 106             {
 107                 f = *((float *) item);
 108             }
 109             res = xdr_float(fio->xdr, &f);
 110             if (item)
 111             {
 112                 *((float *) item) = f;
 113             }
 114             break;
 115         case eioDOUBLE:
 116             if (item && !fio->bRead)
 117             {
 118                 d = *((double *) item);
 119             }
 120             res = xdr_double(fio->xdr, &d);
 121             if (item)
 122             {
 123                 *((double *) item) = d;
 124             }
 125             break;
 126         case eioINT:
 127             if (item && !fio->bRead)
 128             {
 129                 idum = *(int *) item;
 130             }
 131             res = xdr_int(fio->xdr, &idum);
 132             if (item)
 133             {
 134                 *(int *) item = idum;
 135             }
 136             break;
 137         case eioINT64:
 138             if (item && !fio->bRead)
 139             {
 140                 sdum = *(gmx_int64_t *) item;
 141             }
 142             res = xdr_int64(fio->xdr, &sdum);
 143             if (item)
 144             {
 145                 *(gmx_int64_t *) item = sdum;
 146             }
 147             break;
 148         case eioUCHAR:
 149             if (item && !fio->bRead)
 150             {
 151                 ucdum = *(unsigned char *) item;
 152             }
 153             res = xdr_u_char(fio->xdr, &ucdum);
 154             if (item)
 155             {
 156                 *(unsigned char *) item = ucdum;
 157             }
 158             break;
 159         case eioNUCHAR:
 160             ucptr = (unsigned char *) item;
 161             res   = 1;
 162             for (j = 0; (j < nitem) && res; j++)
 163             {
 164                 res = xdr_u_char(fio->xdr, &(ucptr[j]));
 165             }
 166             break;
 167         case eioUSHORT:
 168             if (item && !fio->bRead)
 169             {
 170                 us = *(unsigned short *) item;
 171             }
 172             res = xdr_u_short(fio->xdr, (unsigned short *) &us);
 173             if (item)
 174             {
 175                 *(unsigned short *) item = us;
 176             }
 177             break;
 178         case eioRVEC:
 179             if (fio->bDouble)
 180             {
 181                 if (item && !fio->bRead)
 182                 {
 183                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 184                     {
 185                         dvec[m] = ((real *) item)[m];
 186                     }
 187                 }
 188                 res = xdr_vector(fio->xdr, (char *) dvec, DIM,
 189                                  (unsigned int) sizeof(double),
 190                                  (xdrproc_t) xdr_double);
 191                 if (item)
 192                 {
 193                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 194                     {
 195                         ((real *) item)[m] = dvec[m];
 196                     }
 197                 }
 198             }
 199             else
 200             {
 201                 if (item && !fio->bRead)
 202                 {
 203                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 204                     {
 205                         fvec[m] = ((real *) item)[m];
 206                     }
 207                 }
 208                 res = xdr_vector(fio->xdr, (char *) fvec, DIM,
 209                                  (unsigned int) sizeof(float),
 210                                  (xdrproc_t) xdr_float);
 211                 if (item)
 212                 {
 213                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 214                     {
 215                         ((real *) item)[m] = fvec[m];
 216                     }
 217                 }
 218             }
 219             break;
 220         case eioNRVEC:
 221             ptr = NULL;
 222             res = 1;
 223             for (j = 0; (j < nitem) && res; j++)
 224             {
 225                 if (item)
 226                 {
 227                     ptr = ((rvec *) item)[j];
 228                 }
 229                 res = do_xdr(fio, ptr, 1, eioRVEC, desc, srcfile, line);
 230             }
 231             break;
 232         case eioIVEC:
 233             iptr = (int *) item;
 234             res  = 1;
 235             for (m = 0; (m < DIM) && res; m++)
 236             {
 237                 if (item && !fio->bRead)
 238                 {
 239                     idum = iptr[m];
 240                 }
 241                 res = xdr_int(fio->xdr, &idum);
 242                 if (item)
 243                 {
 244                     iptr[m] = idum;
 245                 }
 246             }
 247             break;
 248         case eioSTRING:
 249         {
 250             char *cptr;
 251             int   slen;
 252
 253             if (item)
 254             {
 255                 if (!fio->bRead)
 256                 {
 257                     slen = strlen((char *) item) + 1;
 258                 }
 259                 else
 260                 {
 261                     slen = 0;
 262                 }
 263             }
 264             else
 265             {
 266                 slen = 0;
 267             }
 268
 269             if (xdr_int(fio->xdr, &slen) <= 0)
 270             {
 271                 gmx_fatal(FARGS, "wrong string length %d for string %s"
 272                           " (source %s, line %d)", slen, desc, srcfile, line);
 273             }
 274             if (!item && fio->bRead)
 275             {
 276                 snew(cptr, slen);
 277             }
 278             else
 279             {
 280                 cptr = (char *)item;
 281             }
 282             if (cptr)
 283             {
 284                 res = xdr_string(fio->xdr, &cptr, slen);
 285             }
 286             else
 287             {
 288                 res = 1;
 289             }
 290             if (!item && fio->bRead)
 291             {
 292                 sfree(cptr);
 293             }
 294             break;
 295         }
 296         default:
 297             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 298     }
 299     if ((res == 0) && (fio->bDebug))
 300     {
 301         fprintf(stderr, "Error in xdr I/O %s %s to file %s (source %s, line %d)\n",
 302                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 303     }
 304
 305     return (res != 0);
 306 }
 307
 308
 309 static gmx_bool do_xdrread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
 310                            const char *desc, const char *srcfile, int line)
 311 {
 312     return do_xdr(fio, item, nitem, eio, desc, srcfile, line);
 313 }
 314
 315
 316 static gmx_bool do_xdrwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
 317                             const char *desc, const char *srcfile, int line)
 318 {
 319     void *it = (void*)item; /* ugh.. */
 320     return do_xdr(fio, it, nitem, eio, desc, srcfile, line);
 321 }