src/gromacs/fileio/gmxfio_xdr.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include <string.h>
  41
  42 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  43 #include "gromacs/fileio/xdrf.h"
  44 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  45 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  46
  47 #include "gmxfio-impl.h"
  48
  49 /* This is the part that reads xdr files.  */
  50
  51 gmx_bool do_xdr(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  52                 const char *desc, const char *srcfile, int line)
  53 {
  54     unsigned char   ucdum, *ucptr;
  55     bool_t          res = 0;
  56     float           fvec[DIM];
  57     double          dvec[DIM];
  58     int             j, m, *iptr, idum;
  59     gmx_int64_t     sdum;
  60     real           *ptr;
  61     unsigned short  us;
  62     double          d = 0;
  63     float           f = 0;
  64
  65     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
  66     switch (eio)
  67     {
  68         case eioREAL:
  69             if (fio->bDouble)
  70             {
  71                 if (item && !fio->bRead)
  72                 {
  73                     d = *((real *) item);
  74                 }
  75                 res = xdr_double(fio->xdr, &d);
  76                 if (item)
  77                 {
  78                     *((real *) item) = d;
  79                 }
  80             }
  81             else
  82             {
  83                 if (item && !fio->bRead)
  84                 {
  85                     f = *((real *) item);
  86                 }
  87                 res = xdr_float(fio->xdr, &f);
  88                 if (item)
  89                 {
  90                     *((real *) item) = f;
  91                 }
  92             }
  93             break;
  94         case eioFLOAT:
  95             if (item && !fio->bRead)
  96             {
  97                 f = *((float *) item);
  98             }
  99             res = xdr_float(fio->xdr, &f);
 100             if (item)
 101             {
 102                 *((float *) item) = f;
 103             }
 104             break;
 105         case eioDOUBLE:
 106             if (item && !fio->bRead)
 107             {
 108                 d = *((double *) item);
 109             }
 110             res = xdr_double(fio->xdr, &d);
 111             if (item)
 112             {
 113                 *((double *) item) = d;
 114             }
 115             break;
 116         case eioINT:
 117             if (item && !fio->bRead)
 118             {
 119                 idum = *(int *) item;
 120             }
 121             res = xdr_int(fio->xdr, &idum);
 122             if (item)
 123             {
 124                 *(int *) item = idum;
 125             }
 126             break;
 127         case eioINT64:
 128             if (item && !fio->bRead)
 129             {
 130                 sdum = *(gmx_int64_t *) item;
 131             }
 132             res = xdr_int64(fio->xdr, &sdum);
 133             if (item)
 134             {
 135                 *(gmx_int64_t *) item = sdum;
 136             }
 137             break;
 138         case eioUCHAR:
 139             if (item && !fio->bRead)
 140             {
 141                 ucdum = *(unsigned char *) item;
 142             }
 143             res = xdr_u_char(fio->xdr, &ucdum);
 144             if (item)
 145             {
 146                 *(unsigned char *) item = ucdum;
 147             }
 148             break;
 149         case eioNUCHAR:
 150             ucptr = (unsigned char *) item;
 151             res   = 1;
 152             for (j = 0; (j < nitem) && res; j++)
 153             {
 154                 res = xdr_u_char(fio->xdr, &(ucptr[j]));
 155             }
 156             break;
 157         case eioUSHORT:
 158             if (item && !fio->bRead)
 159             {
 160                 us = *(unsigned short *) item;
 161             }
 162             res = xdr_u_short(fio->xdr, (unsigned short *) &us);
 163             if (item)
 164             {
 165                 *(unsigned short *) item = us;
 166             }
 167             break;
 168         case eioRVEC:
 169             if (fio->bDouble)
 170             {
 171                 if (item && !fio->bRead)
 172                 {
 173                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 174                     {
 175                         dvec[m] = ((real *) item)[m];
 176                     }
 177                 }
 178                 res = xdr_vector(fio->xdr, (char *) dvec, DIM,
 179                                  (unsigned int) sizeof(double),
 180                                  (xdrproc_t) xdr_double);
 181                 if (item)
 182                 {
 183                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 184                     {
 185                         ((real *) item)[m] = dvec[m];
 186                     }
 187                 }
 188             }
 189             else
 190             {
 191                 if (item && !fio->bRead)
 192                 {
 193                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 194                     {
 195                         fvec[m] = ((real *) item)[m];
 196                     }
 197                 }
 198                 res = xdr_vector(fio->xdr, (char *) fvec, DIM,
 199                                  (unsigned int) sizeof(float),
 200                                  (xdrproc_t) xdr_float);
 201                 if (item)
 202                 {
 203                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 204                     {
 205                         ((real *) item)[m] = fvec[m];
 206                     }
 207                 }
 208             }
 209             break;
 210         case eioNRVEC:
 211             ptr = NULL;
 212             res = 1;
 213             for (j = 0; (j < nitem) && res; j++)
 214             {
 215                 if (item)
 216                 {
 217                     ptr = ((rvec *) item)[j];
 218                 }
 219                 res = do_xdr(fio, ptr, 1, eioRVEC, desc, srcfile, line);
 220             }
 221             break;
 222         case eioIVEC:
 223             iptr = (int *) item;
 224             res  = 1;
 225             for (m = 0; (m < DIM) && res; m++)
 226             {
 227                 if (item && !fio->bRead)
 228                 {
 229                     idum = iptr[m];
 230                 }
 231                 res = xdr_int(fio->xdr, &idum);
 232                 if (item)
 233                 {
 234                     iptr[m] = idum;
 235                 }
 236             }
 237             break;
 238         case eioSTRING:
 239         {
 240             char *cptr;
 241             int   slen;
 242
 243             if (item)
 244             {
 245                 if (!fio->bRead)
 246                 {
 247                     slen = strlen((char *) item) + 1;
 248                 }
 249                 else
 250                 {
 251                     slen = 0;
 252                 }
 253             }
 254             else
 255             {
 256                 slen = 0;
 257             }
 258
 259             if (xdr_int(fio->xdr, &slen) <= 0)
 260             {
 261                 gmx_fatal(FARGS, "wrong string length %d for string %s"
 262                           " (source %s, line %d)", slen, desc, srcfile, line);
 263             }
 264             if (!item && fio->bRead)
 265             {
 266                 snew(cptr, slen);
 267             }
 268             else
 269             {
 270                 cptr = (char *)item;
 271             }
 272             if (cptr)
 273             {
 274                 res = xdr_string(fio->xdr, &cptr, slen);
 275             }
 276             else
 277             {
 278                 res = 1;
 279             }
 280             if (!item && fio->bRead)
 281             {
 282                 sfree(cptr);
 283             }
 284             break;
 285         }
 286         default:
 287             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 288     }
 289     if ((res == 0) && (fio->bDebug))
 290     {
 291         fprintf(stderr, "Error in xdr I/O %s %s to file %s (source %s, line %d)\n",
 292                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 293     }
 294
 295     return (res != 0);
 296 }