src/gromacs/fileio/gmxfio_bin.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <ctype.h>
  42 #include <stdio.h>
  43 #include <errno.h>
  44 #ifdef HAVE_IO_H
  45 #include <io.h>
  46 #endif
  47
  48 #include "gmx_fatal.h"
  49 #include "macros.h"
  50 #include "smalloc.h"
  51 #include "futil.h"
  52 #include "filenm.h"
  53 #include "string2.h"
  54 #include "gmxfio.h"
  55 #include "md5.h"
  56
  57 #include "gmxfio_int.h"
  58
  59 /* This is the part that reads dummy and ascii files.  */
  60
  61
  62 static gmx_bool do_binread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  63                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
  64 static gmx_bool do_binwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  65                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
  66
  67
  68 const t_iotype bin_iotype = {do_binread, do_binwrite};
  69
  70
  71 static gmx_bool do_binwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  72                             const char *desc, const char *srcfile, int line)
  73 {
  74     size_t size = 0, wsize;
  75     int    ssize;
  76
  77     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
  78     switch (eio)
  79     {
  80         case eioREAL:
  81             size = sizeof(real);
  82             break;
  83         case eioFLOAT:
  84             size = sizeof(float);
  85             break;
  86         case eioDOUBLE:
  87             size = sizeof(double);
  88             break;
  89         case eioINT:
  90             size = sizeof(int);
  91             break;
  92         case eioINT64:
  93             size = sizeof(gmx_int64_t);
  94             break;
  95         case eioUCHAR:
  96             size = sizeof(unsigned char);
  97             break;
  98         case eioNUCHAR:
  99             size = sizeof(unsigned char);
 100             break;
 101         case eioUSHORT:
 102             size = sizeof(unsigned short);
 103             break;
 104         case eioRVEC:
 105             size = sizeof(rvec);
 106             break;
 107         case eioNRVEC:
 108             size = sizeof(rvec);
 109             break;
 110         case eioIVEC:
 111             size = sizeof(ivec);
 112             break;
 113         case eioSTRING:
 114             size = ssize = strlen((char *) item) + 1;
 115             do_binwrite(fio, &ssize, 1, eioINT, desc, srcfile, line);
 116             break;
 117         default:
 118             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 119     }
 120
 121     wsize = fwrite(item, size, nitem, fio->fp);
 122
 123     if ((wsize != nitem) && fio->bDebug)
 124     {
 125         fprintf(stderr,
 126                 "Error writing %s %s to file %s (source %s, line %d)\n",
 127                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 128         fprintf(stderr, "written size %u bytes, source size %u bytes\n",
 129                 (unsigned int) wsize, (unsigned int) size);
 130     }
 131     return (wsize == nitem);
 132 }
 133
 134 static gmx_bool do_binread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
 135                            const char *desc, const char *srcfile, int line)
 136 {
 137     size_t size = 0, rsize;
 138     int    ssize;
 139
 140     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
 141     switch (eio)
 142     {
 143         case eioREAL:
 144             if (fio->bDouble)
 145             {
 146                 size = sizeof(double);
 147             }
 148             else
 149             {
 150                 size = sizeof(float);
 151             }
 152             break;
 153         case eioFLOAT:
 154             size = sizeof(float);
 155             break;
 156         case eioDOUBLE:
 157             size = sizeof(double);
 158             break;
 159         case eioINT:
 160             size = sizeof(int);
 161             break;
 162         case eioINT64:
 163             size = sizeof(gmx_int64_t);
 164             break;
 165         case eioUCHAR:
 166             size = sizeof(unsigned char);
 167             break;
 168         case eioNUCHAR:
 169             size = sizeof(unsigned char);
 170             break;
 171         case eioUSHORT:
 172             size = sizeof(unsigned short);
 173             break;
 174         case eioRVEC:
 175         case eioNRVEC:
 176             if (fio->bDouble)
 177             {
 178                 size = sizeof(double) * DIM;
 179             }
 180             else
 181             {
 182                 size = sizeof(float) * DIM;
 183             }
 184             break;
 185         case eioIVEC:
 186             size = sizeof(ivec);
 187             break;
 188         case eioSTRING:
 189             do_binread(fio, &ssize, 1, eioINT, desc, srcfile, line);
 190             size = ssize;
 191             break;
 192         default:
 193             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 194     }
 195     if (item)
 196     {
 197         rsize = fread(item, size, nitem, fio->fp);
 198     }
 199     else
 200     {
 201         /* Skip over it if we have a NULL pointer here */
 202         gmx_fseek(fio->fp, (gmx_off_t)(size*nitem), SEEK_CUR);
 203         rsize = nitem;
 204     }
 205     if ((rsize != nitem) && (fio->bDebug))
 206     {
 207         fprintf(stderr,
 208                 "Error reading %s %s from file %s (source %s, line %d)\n",
 209                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 210     }
 211
 212     return (rsize == nitem);
 213 }