src/gromacs/fileio/gmxfio_bin.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <ctype.h>
  42 #include <stdio.h>
  43 #include <errno.h>
  44 #ifdef HAVE_IO_H
  45 #include <io.h>
  46 #endif
  47
  48 #include "gmx_fatal.h"
  49 #include "macros.h"
  50 #include "smalloc.h"
  51 #include "futil.h"
  52 #include "filenm.h"
  53 #include "string2.h"
  54 #include "gmxfio.h"
  55 #include "md5.h"
  56
  57 #ifdef GMX_THREAD_MPI
  58 #include "thread_mpi.h"
  59 #endif
  60
  61 #include "gmxfio_int.h"
  62
  63 /* This is the part that reads dummy and ascii files.  */
  64
  65
  66 static gmx_bool do_binread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  67                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
  68 static gmx_bool do_binwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  69                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
  70
  71
  72 const t_iotype bin_iotype = {do_binread, do_binwrite};
  73
  74
  75 static gmx_bool do_binwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  76                             const char *desc, const char *srcfile, int line)
  77 {
  78     size_t size = 0, wsize;
  79     int    ssize;
  80
  81     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
  82     switch (eio)
  83     {
  84         case eioREAL:
  85             size = sizeof(real);
  86             break;
  87         case eioFLOAT:
  88             size = sizeof(float);
  89             break;
  90         case eioDOUBLE:
  91             size = sizeof(double);
  92             break;
  93         case eioINT:
  94             size = sizeof(int);
  95             break;
  96         case eioGMX_LARGE_INT:
  97             size = sizeof(gmx_large_int_t);
  98             break;
  99         case eioUCHAR:
 100             size = sizeof(unsigned char);
 101             break;
 102         case eioNUCHAR:
 103             size = sizeof(unsigned char);
 104             break;
 105         case eioUSHORT:
 106             size = sizeof(unsigned short);
 107             break;
 108         case eioRVEC:
 109             size = sizeof(rvec);
 110             break;
 111         case eioNRVEC:
 112             size = sizeof(rvec);
 113             break;
 114         case eioIVEC:
 115             size = sizeof(ivec);
 116             break;
 117         case eioSTRING:
 118             size = ssize = strlen((char *) item) + 1;
 119             do_binwrite(fio, &ssize, 1, eioINT, desc, srcfile, line);
 120             break;
 121         default:
 122             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 123     }
 124
 125     wsize = fwrite(item, size, nitem, fio->fp);
 126
 127     if ((wsize != nitem) && fio->bDebug)
 128     {
 129         fprintf(stderr,
 130                 "Error writing %s %s to file %s (source %s, line %d)\n",
 131                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 132         fprintf(stderr, "written size %u bytes, source size %u bytes\n",
 133                 (unsigned int) wsize, (unsigned int) size);
 134     }
 135     return (wsize == nitem);
 136 }
 137
 138 static gmx_bool do_binread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
 139                            const char *desc, const char *srcfile, int line)
 140 {
 141     size_t size = 0, rsize;
 142     int    ssize;
 143
 144     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
 145     switch (eio)
 146     {
 147         case eioREAL:
 148             if (fio->bDouble)
 149             {
 150                 size = sizeof(double);
 151             }
 152             else
 153             {
 154                 size = sizeof(float);
 155             }
 156             break;
 157         case eioFLOAT:
 158             size = sizeof(float);
 159             break;
 160         case eioDOUBLE:
 161             size = sizeof(double);
 162             break;
 163         case eioINT:
 164             size = sizeof(int);
 165             break;
 166         case eioGMX_LARGE_INT:
 167             size = sizeof(gmx_large_int_t);
 168             break;
 169         case eioUCHAR:
 170             size = sizeof(unsigned char);
 171             break;
 172         case eioNUCHAR:
 173             size = sizeof(unsigned char);
 174             break;
 175         case eioUSHORT:
 176             size = sizeof(unsigned short);
 177             break;
 178         case eioRVEC:
 179         case eioNRVEC:
 180             if (fio->bDouble)
 181             {
 182                 size = sizeof(double) * DIM;
 183             }
 184             else
 185             {
 186                 size = sizeof(float) * DIM;
 187             }
 188             break;
 189         case eioIVEC:
 190             size = sizeof(ivec);
 191             break;
 192         case eioSTRING:
 193             do_binread(fio, &ssize, 1, eioINT, desc, srcfile, line);
 194             size = ssize;
 195             break;
 196         default:
 197             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 198     }
 199     if (item)
 200     {
 201         rsize = fread(item, size, nitem, fio->fp);
 202     }
 203     else
 204     {
 205         /* Skip over it if we have a NULL pointer here */
 206         gmx_fseek(fio->fp, (gmx_off_t)(size*nitem), SEEK_CUR);
 207         rsize = nitem;
 208     }
 209     if ((rsize != nitem) && (fio->bDebug))
 210     {
 211         fprintf(stderr,
 212                 "Error reading %s %s from file %s (source %s, line %d)\n",
 213                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 214     }
 215
 216     return (rsize == nitem);
 217 }