src/gromacs/fileio/gmxfio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_FILEIO_GMXFIO_H
  39 #define GMX_FILEIO_GMXFIO_H
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "typedefs.h"
  44 #include "xdrf.h"
  45 #include "futil.h"
  46
  47 #ifdef __cplusplus
  48 extern "C" {
  49 #endif
  50 /* types */
  51
  52
  53 /* Enumerated for different items in files */
  54 enum {
  55     eitemHEADER, eitemIR, eitemBOX,
  56     eitemTOP, eitemX, eitemV, eitemF, eitemNR
  57 };
  58
  59 /* Enumerated for data types in files */
  60 enum {
  61     eioREAL, eioFLOAT, eioDOUBLE, eioINT, eioGMX_LARGE_INT,
  62     eioUCHAR, eioNUCHAR, eioUSHORT,
  63     eioRVEC, eioNRVEC, eioIVEC, eioSTRING, eioNR
  64 };
  65
  66 typedef struct t_fileio t_fileio;
  67
  68 extern const char *itemstr[eitemNR];
  69 extern const char *comment_str[eitemNR];
  70
  71 /* NOTE ABOUT THREAD SAFETY:
  72
  73    The functions are all thread-safe, provided that two threads don't
  74    do something silly like closing the same file, or one thread
  75    accesses a file that has been closed by another.
  76  */
  77
  78 /********************************************************
  79  * Open and Close
  80  ********************************************************/
  81
  82 t_fileio *gmx_fio_open(const char *fn, const char *mode);
  83 /* Open a new file for reading or writing.
  84  * The file type will be deduced from the file name.
  85  * If fn is NULL, stdin / stdout will be used for Ascii I/O (TPA type)
  86  * mode may be "r", "w", or "a". You should append a "b" to the mode
  87  * if you are writing a binary file, but the routine will also
  88  * doublecheck it and try to do it if you forgot. This has no effect on
  89  * unix, but is important on windows.
  90  */
  91
  92 int gmx_fio_close(t_fileio *fp);
  93 /* Close the file corresponding to fp (if not stdio)
  94  * The routine will exit when an invalid fio is handled.
  95  * Returns 0 on success.
  96  */
  97
  98 int gmx_fio_fp_close(t_fileio *fp);
  99 /* Close the file corresponding to fp without closing the FIO entry
 100  * Needed e.g. for trxio because the FIO entries are used to store
 101  * additional data.
 102  * NOTE that the fp still needs to be properly closed with gmx_fio_close().
 103  * The routine will exit when an invalid fio is handled.
 104  * Returns 0 on success.
 105  */
 106
 107
 108 /* Open a file, return a stream, record the entry in internal FIO object */
 109 FILE* gmx_fio_fopen(const char *fn, const char *mode);
 110
 111 /* Close a file previously opened with gmx_fio_fopen.
 112  * Do not mix these calls with standard fopen/fclose ones!
 113  * Returns 0 on success.  */
 114 int gmx_fio_fclose(FILE *fp);
 115
 116
 117
 118 /********************************************************
 119  * Change properties of the open file
 120  ********************************************************/
 121
 122 void gmx_fio_setprecision(t_fileio *fio, gmx_bool bDouble);
 123 /* Select the floating point precision for reading and writing files */
 124
 125 char *gmx_fio_getname(t_fileio *fio);
 126 /* Return the filename corresponding to the fio index */
 127
 128 int gmx_fio_getftp(t_fileio *fio);
 129 /* Return the filetype corresponding to the fio index.
 130     There is as of now no corresponding setftp function because the file
 131     was opened as a specific file type and changing that midway is most
 132     likely an evil hack. */
 133
 134 void gmx_fio_setdebug(t_fileio *fio, gmx_bool bDebug);
 135 /* Set the debug mode */
 136
 137 gmx_bool gmx_fio_getdebug(t_fileio *fio);
 138 /* Return  whether debug mode is on in fio  */
 139
 140 gmx_bool gmx_fio_getread(t_fileio *fio);
 141 /* Return  whether read mode is on in fio  */
 142
 143
 144 void gmx_fio_checktype(t_fileio *fio);
 145 /* Check whether the fio is of a sane type */
 146
 147 /***************************************************
 148  * FILE Operations
 149  ***************************************************/
 150
 151 void gmx_fio_rewind(t_fileio *fio);
 152 /* Rewind the tpa file in fio */
 153
 154 int gmx_fio_flush(t_fileio *fio);
 155 /* Flush the fio, returns 0 on success */
 156
 157 int gmx_fio_fsync(t_fileio *fio);
 158 /* fsync the fio, returns 0 on success.
 159    NOTE: don't use fsync function unless you're absolutely sure you need it
 160    because it deliberately interferes with the OS's caching mechanisms and
 161    can cause dramatically slowed down IO performance. Some OSes (Linux,
 162    for example), may implement fsync as a full sync() point. */
 163
 164 gmx_off_t gmx_fio_ftell(t_fileio *fio);
 165 /* Return file position if possible */
 166
 167 int gmx_fio_seek(t_fileio *fio, gmx_off_t fpos);
 168 /* Set file position if possible, quit otherwise */
 169
 170 FILE *gmx_fio_getfp(t_fileio *fio);
 171 /* Return the file pointer itself */
 172
 173 XDR *gmx_fio_getxdr(t_fileio *fio);
 174 /* Return the file pointer itself */
 175
 176
 177
 178
 179
 180 /* Element with information about position in a currently open file.
 181  * gmx_off_t should be defined by autoconf if your system does not have it.
 182  * If you do not have it on some other platform you do not have largefile
 183  * support at all, and you can define it to int (or better, find out how to
 184  * enable large files).  */
 185 typedef struct
 186 {
 187     char          filename[STRLEN];
 188     gmx_off_t     offset;
 189     unsigned char chksum[16];
 190     int           chksum_size;
 191 }
 192 gmx_file_position_t;
 193
 194
 195 int gmx_fio_check_file_position(t_fileio *fio);
 196 /* Check if the file position is out of the range of off_t.
 197  * The result is stored along with the other file data of fio.
 198  */
 199
 200 int gmx_fio_get_output_file_positions(gmx_file_position_t ** outputfiles,
 201                                       int                   *nfiles );
 202 /* Return the name and file pointer positions for all currently open
 203  * output files. This is used for saving in the checkpoint files, so we
 204  * can truncate output files upon restart-with-appending.
 205  *
 206  * For the first argument you should use a pointer, which will be set to
 207  * point to a list of open files.
 208  */
 209
 210 t_fileio *gmx_fio_all_output_fsync(void);
 211 /* fsync all open output files. This is used for checkpointing, where
 212    we need to ensure that all output is actually written out to
 213    disk.
 214    This is most important in the case of some networked file systems,
 215    where data is not synced with the file server until close() or
 216    fsync(), so data could remain in cache for days.
 217    Note the caveats reported with gmx_fio_fsync().
 218
 219     returns: NULL if no error occurred, or a pointer to the first file that
 220              failed if an error occurred
 221  */
 222
 223
 224 int gmx_fio_get_file_md5(t_fileio *fio, gmx_off_t offset,
 225                          unsigned char digest[]);
 226
 227
 228 int xtc_seek_frame(t_fileio *fio, int frame, int natoms);
 229
 230 int xtc_seek_time(t_fileio *fio, real time, int natoms, gmx_bool bSeekForwardOnly);
 231
 232
 233 /* Add this to the comment string for debugging */
 234 void gmx_fio_set_comment(t_fileio *fio, const char *comment);
 235
 236 /* Remove previously set comment */
 237 void gmx_fio_unset_comment(t_fileio *fio);
 238
 239
 240
 241
 242 /********************************************************
 243  * Read and write
 244  ********************************************************/
 245
 246
 247 /* basic reading & writing */
 248 gmx_bool gmx_fio_reade_real(t_fileio *fio, real *item,
 249                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 250 gmx_bool gmx_fio_reade_float(t_fileio *fio, float *item,
 251                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 252 gmx_bool gmx_fio_reade_double(t_fileio *fio, double *item,
 253                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 254 gmx_bool gmx_fio_reade_int(t_fileio *fio, int *item,
 255                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 256 gmx_bool gmx_fio_reade_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item,
 257                                      const char *desc, const char *srcfile, int line);
 258 gmx_bool gmx_fio_reade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
 259                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 260 gmx_bool gmx_fio_reade_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item,
 261                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 262 gmx_bool gmx_fio_reade_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 263                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 264 gmx_bool gmx_fio_reade_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 265                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 266 gmx_bool gmx_fio_reade_string(t_fileio *fio, char *item,
 267                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 268
 269 gmx_bool gmx_fio_writee_real(t_fileio *fio, real item,
 270                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 271 gmx_bool gmx_fio_writee_float(t_fileio *fio, float item,
 272                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 273 gmx_bool gmx_fio_writee_double(t_fileio *fio, double item,
 274                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 275 gmx_bool gmx_fio_writee_int(t_fileio *fio, int item,
 276                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 277 gmx_bool gmx_fio_writee_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t item,
 278                                       const char *desc, const char *srcfile, int line);
 279 gmx_bool gmx_fio_writee_uchar(t_fileio *fio, unsigned char item,
 280                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 281 gmx_bool gmx_fio_writee_ushort(t_fileio *fio, unsigned short item,
 282                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 283 gmx_bool gmx_fio_writee_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 284                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 285 gmx_bool gmx_fio_writee_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 286                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 287 gmx_bool gmx_fio_writee_string(t_fileio *fio, const char *item,
 288                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 289
 290 /* reading or writing, depending on the file's opening mode string */
 291 gmx_bool gmx_fio_doe_real(t_fileio *fio, real *item,
 292                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 293 gmx_bool gmx_fio_doe_float(t_fileio *fio, float *item,
 294                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 295 gmx_bool gmx_fio_doe_double(t_fileio *fio, double *item,
 296                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 297 gmx_bool gmx_fio_doe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item,
 298                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 299 gmx_bool gmx_fio_doe_int(t_fileio *fio, int *item,
 300                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 301 gmx_bool gmx_fio_doe_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item,
 302                                    const char *desc, const char *srcfile, int line);
 303 gmx_bool gmx_fio_doe_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
 304                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 305 gmx_bool gmx_fio_doe_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item,
 306                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 307 gmx_bool gmx_fio_doe_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 308                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 309 gmx_bool gmx_fio_doe_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 310                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 311 gmx_bool gmx_fio_doe_string(t_fileio *fio, char *item,
 312                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 313
 314
 315
 316
 317 /* array reading & writing */
 318 gmx_bool gmx_fio_nreade_real(t_fileio *fio, real *item, int n,
 319                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 320 gmx_bool gmx_fio_nreade_float(t_fileio *fio, float *item, int n,
 321                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 322 gmx_bool gmx_fio_nreade_double(t_fileio *fio, double *item, int n,
 323                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 324 gmx_bool gmx_fio_nreade_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
 325                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 326 gmx_bool gmx_fio_nreade_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item, int n,
 327                                       const char *desc, const char *srcfile,
 328                                       int line);
 329 gmx_bool gmx_fio_nreade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item, int n,
 330                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 331 gmx_bool gmx_fio_nreade_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item, int n,
 332                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 333 gmx_bool gmx_fio_nreade_rvec(t_fileio *fio, rvec *item, int n,
 334                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 335 gmx_bool gmx_fio_nreade_ivec(t_fileio *fio, ivec *item, int n,
 336                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 337 gmx_bool gmx_fio_nreade_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
 338                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 339
 340 gmx_bool gmx_fio_nwritee_real(t_fileio *fio, const real *item, int n,
 341                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 342 gmx_bool gmx_fio_nwritee_float(t_fileio *fio, const float *item, int n,
 343                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 344 gmx_bool gmx_fio_nwritee_double(t_fileio *fio, const double *item, int n,
 345                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 346 gmx_bool gmx_fio_nwritee_int(t_fileio *fio, const int *item, int n,
 347                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 348 gmx_bool gmx_fio_nwritee_gmx_large_int(t_fileio *fio,
 349                                        const gmx_large_int_t *item, int n,
 350                                        const char *desc, const char *srcfile,
 351                                        int line);
 352 gmx_bool gmx_fio_nwritee_uchar(t_fileio *fio, const unsigned char *item, int n,
 353                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 354 gmx_bool gmx_fio_nwritee_ushort(t_fileio *fio, const unsigned short *item, int n,
 355                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 356 gmx_bool gmx_fio_nwritee_rvec(t_fileio *fio, const rvec *item, int n,
 357                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 358 gmx_bool gmx_fio_nwritee_ivec(t_fileio *fio, const ivec *item, int n,
 359                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 360 gmx_bool gmx_fio_nwritee_string(t_fileio *fio, const char *item[], int n,
 361                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 362
 363 gmx_bool gmx_fio_ndoe_real(t_fileio *fio, real *item, int n,
 364                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 365 gmx_bool gmx_fio_ndoe_float(t_fileio *fio, float *item, int n,
 366                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 367 gmx_bool gmx_fio_ndoe_double(t_fileio *fio, double *item, int n,
 368                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 369 gmx_bool gmx_fio_ndoe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item, int n,
 370                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 371 gmx_bool gmx_fio_ndoe_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
 372                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 373 gmx_bool gmx_fio_ndoe_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item, int n,
 374                                     const char *desc, const char *srcfile,
 375                                     int line);
 376 gmx_bool gmx_fio_ndoe_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item, int n,
 377                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 378 gmx_bool gmx_fio_ndoe_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item, int n,
 379                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 380 gmx_bool gmx_fio_ndoe_rvec(t_fileio *fio, rvec *item, int n,
 381                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 382 gmx_bool gmx_fio_ndoe_ivec(t_fileio *fio, ivec *item, int n,
 383                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 384 gmx_bool gmx_fio_ndoe_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
 385                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 386
 387
 388
 389 /* convenience macros */
 390 #define gmx_fio_read_real(fio, item)           gmx_fio_reade_real(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 391 #define gmx_fio_read_float(fio, item)          gmx_fio_reade_float(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 392 #define gmx_fio_read_double(fio, item)         gmx_fio_reade_double(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 393 #define gmx_fio_read_int(fio, item)            gmx_fio_reade_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 394 #define gmx_fio_read_gmx_large_int(fio, item)  gmx_fio_reade_gmx_large_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 395 #define gmx_fio_read_uchar(fio, item)          gmx_fio_reade_uchar(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 396 #define gmx_fio_read_ushort(fio, item)         gmx_fio_reade_ushort(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 397 #define gmx_fio_read_rvec(fio, item)           gmx_fio_reade_rvec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 398 #define gmx_fio_read_ivec(fio, item)           gmx_fio_reade_ivec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 399 #define gmx_fio_read_string(fio, item)         gmx_fio_reade_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 400
 401 #define gmx_fio_write_real(fio, item)           gmx_fio_writee_real(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 402 #define gmx_fio_write_float(fio, item)          gmx_fio_writee_float(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 403 #define gmx_fio_write_double(fio, item)         gmx_fio_writee_double(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 404 #define gmx_fio_write_int(fio, item)            gmx_fio_writee_int(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 405 #define gmx_fio_write_gmx_large_int(fio, item)  gmx_fio_writee_gmx_large_int(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 406 #define gmx_fio_write_uchar(fio, item)          gmx_fio_writee_uchar(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 407 #define gmx_fio_write_ushort(fio, item)         gmx_fio_writee_ushort(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 408 #define gmx_fio_write_rvec(fio, item)           gmx_fio_writee_rvec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 409 #define gmx_fio_write_ivec(fio, item)           gmx_fio_writee_ivec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 410 #define gmx_fio_write_string(fio, item)         gmx_fio_writee_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 411
 412 #define gmx_fio_do_real(fio, item)              gmx_fio_doe_real(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 413 #define gmx_fio_do_float(fio, item)             gmx_fio_doe_float(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 414 #define gmx_fio_do_double(fio, item)            gmx_fio_doe_double(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 415 #define gmx_fio_do_gmx_bool(fio, item)              gmx_fio_doe_gmx_bool(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 416 #define gmx_fio_do_int(fio, item)               gmx_fio_doe_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 417 #define gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, item)     gmx_fio_doe_gmx_large_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 418 #define gmx_fio_do_uchar(fio, item)             gmx_fio_doe_uchar(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 419 #define gmx_fio_do_ushort(fio, item)            gmx_fio_doe_ushort(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 420 #define gmx_fio_do_rvec(fio, item)              gmx_fio_doe_rvec(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 421 #define gmx_fio_do_ivec(fio, item)              gmx_fio_doe_ivec(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 422 #define gmx_fio_do_string(fio, item)            gmx_fio_doe_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 423
 424
 425
 426
 427 #define gmx_fio_nread_real(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 428 #define gmx_fio_nread_float(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 429 #define gmx_fio_nread_double(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 430 #define gmx_fio_nread_int(fio, item, n)             gmx_fio_nreade_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 431 #define gmx_fio_nread_gmx_large_int(fio, item, n)   gmx_fio_nreade_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 432 #define gmx_fio_nread_uchar(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 433 #define gmx_fio_nread_ushort(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 434 #define gmx_fio_nread_rvec(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 435 #define gmx_fio_nread_ivec(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 436 #define gmx_fio_nread_string(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 437
 438 #define gmx_fio_nwrite_real(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 439 #define gmx_fio_nwrite_float(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 440 #define gmx_fio_nwrite_double(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 441 #define gmx_fio_nwrite_int(fio, item, n)            gmx_fio_nwritee_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 442 #define gmx_fio_nwrite_gmx_large_int(fio, item, n)  gmx_fio_nwritee_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 443 #define gmx_fio_nwrite_uchar(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 444 #define gmx_fio_nwrite_ushort(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 445 #define gmx_fio_nwrite_rvec(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 446 #define gmx_fio_nwrite_ivec(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 447 #define gmx_fio_nwrite_string(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 448
 449 #define gmx_fio_ndo_real(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 450 #define gmx_fio_ndo_float(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 451 #define gmx_fio_ndo_double(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 452 #define gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_gmx_bool(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 453 #define gmx_fio_ndo_int(fio, item, n)               gmx_fio_ndoe_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 454 #define gmx_fio_ndo_gmx_large_int(fio, item, n)     gmx_fio_ndoe_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 455 #define gmx_fio_ndo_uchar(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 456 #define gmx_fio_ndo_ushort(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 457 #define gmx_fio_ndo_rvec(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 458 #define gmx_fio_ndo_ivec(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 459 #define gmx_fio_ndo_string(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 460
 461 #ifdef __cplusplus
 462 }
 463 #endif
 464
 465 #endif