src/gromacs/fileio/gmxfio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_FILEIO_GMXFIO_H
  39 #define GMX_FILEIO_GMXFIO_H
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include "../legacyheaders/typedefs.h"
  43 #include "xdrf.h"
  44 #include "futil.h"
  45
  46 #ifdef __cplusplus
  47 extern "C" {
  48 #endif
  49 /* types */
  50
  51
  52 /* Enumerated for different items in files */
  53 enum {
  54     eitemHEADER, eitemIR, eitemBOX,
  55     eitemTOP, eitemX, eitemV, eitemF, eitemNR
  56 };
  57
  58 /* Enumerated for data types in files */
  59 enum {
  60     eioREAL, eioFLOAT, eioDOUBLE, eioINT, eioGMX_LARGE_INT,
  61     eioUCHAR, eioNUCHAR, eioUSHORT,
  62     eioRVEC, eioNRVEC, eioIVEC, eioSTRING, eioNR
  63 };
  64
  65 typedef struct t_fileio t_fileio;
  66
  67 extern const char *itemstr[eitemNR];
  68 extern const char *comment_str[eitemNR];
  69
  70 /* NOTE ABOUT THREAD SAFETY:
  71
  72    The functions are all thread-safe, provided that two threads don't
  73    do something silly like closing the same file, or one thread
  74    accesses a file that has been closed by another.
  75  */
  76
  77 /********************************************************
  78  * Open and Close
  79  ********************************************************/
  80
  81 t_fileio *gmx_fio_open(const char *fn, const char *mode);
  82 /* Open a new file for reading or writing.
  83  * The file type will be deduced from the file name.
  84  * If fn is NULL, stdin / stdout will be used for Ascii I/O (TPA type)
  85  * mode may be "r", "w", or "a". You should append a "b" to the mode
  86  * if you are writing a binary file, but the routine will also
  87  * doublecheck it and try to do it if you forgot. This has no effect on
  88  * unix, but is important on windows.
  89  */
  90
  91 int gmx_fio_close(t_fileio *fp);
  92 /* Close the file corresponding to fp (if not stdio)
  93  * The routine will exit when an invalid fio is handled.
  94  * Returns 0 on success.
  95  */
  96
  97 int gmx_fio_fp_close(t_fileio *fp);
  98 /* Close the file corresponding to fp without closing the FIO entry
  99  * Needed e.g. for trxio because the FIO entries are used to store
 100  * additional data.
 101  * NOTE that the fp still needs to be properly closed with gmx_fio_close().
 102  * The routine will exit when an invalid fio is handled.
 103  * Returns 0 on success.
 104  */
 105
 106
 107 /* Open a file, return a stream, record the entry in internal FIO object */
 108 FILE* gmx_fio_fopen(const char *fn, const char *mode);
 109
 110 /* Close a file previously opened with gmx_fio_fopen.
 111  * Do not mix these calls with standard fopen/fclose ones!
 112  * Returns 0 on success.  */
 113 int gmx_fio_fclose(FILE *fp);
 114
 115
 116
 117 /********************************************************
 118  * Change properties of the open file
 119  ********************************************************/
 120
 121 void gmx_fio_setprecision(t_fileio *fio, gmx_bool bDouble);
 122 /* Select the floating point precision for reading and writing files */
 123
 124 char *gmx_fio_getname(t_fileio *fio);
 125 /* Return the filename corresponding to the fio index */
 126
 127 int gmx_fio_getftp(t_fileio *fio);
 128 /* Return the filetype corresponding to the fio index.
 129     There is as of now no corresponding setftp function because the file
 130     was opened as a specific file type and changing that midway is most
 131     likely an evil hack. */
 132
 133 void gmx_fio_setdebug(t_fileio *fio, gmx_bool bDebug);
 134 /* Set the debug mode */
 135
 136 gmx_bool gmx_fio_getdebug(t_fileio *fio);
 137 /* Return  whether debug mode is on in fio  */
 138
 139 gmx_bool gmx_fio_getread(t_fileio *fio);
 140 /* Return  whether read mode is on in fio  */
 141
 142
 143 void gmx_fio_checktype(t_fileio *fio);
 144 /* Check whether the fio is of a sane type */
 145
 146 /***************************************************
 147  * FILE Operations
 148  ***************************************************/
 149
 150 void gmx_fio_rewind(t_fileio *fio);
 151 /* Rewind the tpa file in fio */
 152
 153 int gmx_fio_flush(t_fileio *fio);
 154 /* Flush the fio, returns 0 on success */
 155
 156 int gmx_fio_fsync(t_fileio *fio);
 157 /* fsync the fio, returns 0 on success.
 158    NOTE: don't use fsync function unless you're absolutely sure you need it
 159    because it deliberately interferes with the OS's caching mechanisms and
 160    can cause dramatically slowed down IO performance. Some OSes (Linux,
 161    for example), may implement fsync as a full sync() point. */
 162
 163 gmx_off_t gmx_fio_ftell(t_fileio *fio);
 164 /* Return file position if possible */
 165
 166 int gmx_fio_seek(t_fileio *fio, gmx_off_t fpos);
 167 /* Set file position if possible, quit otherwise */
 168
 169 FILE *gmx_fio_getfp(t_fileio *fio);
 170 /* Return the file pointer itself */
 171
 172 XDR *gmx_fio_getxdr(t_fileio *fio);
 173 /* Return the file pointer itself */
 174
 175
 176
 177
 178
 179 /* Element with information about position in a currently open file.
 180  * gmx_off_t should be defined by autoconf if your system does not have it.
 181  * If you do not have it on some other platform you do not have largefile
 182  * support at all, and you can define it to int (or better, find out how to
 183  * enable large files).  */
 184 typedef struct
 185 {
 186     char          filename[STRLEN];
 187     gmx_off_t     offset;
 188     unsigned char chksum[16];
 189     int           chksum_size;
 190 }
 191 gmx_file_position_t;
 192
 193
 194 int gmx_fio_check_file_position(t_fileio *fio);
 195 /* Check if the file position is out of the range of off_t.
 196  * The result is stored along with the other file data of fio.
 197  */
 198
 199 int gmx_fio_get_output_file_positions(gmx_file_position_t ** outputfiles,
 200                                       int                   *nfiles );
 201 /* Return the name and file pointer positions for all currently open
 202  * output files. This is used for saving in the checkpoint files, so we
 203  * can truncate output files upon restart-with-appending.
 204  *
 205  * For the first argument you should use a pointer, which will be set to
 206  * point to a list of open files.
 207  */
 208
 209 t_fileio *gmx_fio_all_output_fsync(void);
 210 /* fsync all open output files. This is used for checkpointing, where
 211    we need to ensure that all output is actually written out to
 212    disk.
 213    This is most important in the case of some networked file systems,
 214    where data is not synced with the file server until close() or
 215    fsync(), so data could remain in cache for days.
 216    Note the caveats reported with gmx_fio_fsync().
 217
 218     returns: NULL if no error occurred, or a pointer to the first file that
 219              failed if an error occurred
 220  */
 221
 222
 223 int gmx_fio_get_file_md5(t_fileio *fio, gmx_off_t offset,
 224                          unsigned char digest[]);
 225
 226
 227 int xtc_seek_frame(t_fileio *fio, int frame, int natoms);
 228
 229 int xtc_seek_time(t_fileio *fio, real time, int natoms, gmx_bool bSeekForwardOnly);
 230
 231
 232 /* Add this to the comment string for debugging */
 233 void gmx_fio_set_comment(t_fileio *fio, const char *comment);
 234
 235 /* Remove previously set comment */
 236 void gmx_fio_unset_comment(t_fileio *fio);
 237
 238
 239
 240
 241 /********************************************************
 242  * Read and write
 243  ********************************************************/
 244
 245
 246 /* basic reading & writing */
 247 gmx_bool gmx_fio_reade_real(t_fileio *fio, real *item,
 248                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 249 gmx_bool gmx_fio_reade_float(t_fileio *fio, float *item,
 250                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 251 gmx_bool gmx_fio_reade_double(t_fileio *fio, double *item,
 252                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 253 gmx_bool gmx_fio_reade_int(t_fileio *fio, int *item,
 254                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 255 gmx_bool gmx_fio_reade_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item,
 256                                      const char *desc, const char *srcfile, int line);
 257 gmx_bool gmx_fio_reade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
 258                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 259 gmx_bool gmx_fio_reade_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item,
 260                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 261 gmx_bool gmx_fio_reade_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 262                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 263 gmx_bool gmx_fio_reade_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 264                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 265 gmx_bool gmx_fio_reade_string(t_fileio *fio, char *item,
 266                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 267
 268 gmx_bool gmx_fio_writee_real(t_fileio *fio, real item,
 269                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 270 gmx_bool gmx_fio_writee_float(t_fileio *fio, float item,
 271                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 272 gmx_bool gmx_fio_writee_double(t_fileio *fio, double item,
 273                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 274 gmx_bool gmx_fio_writee_int(t_fileio *fio, int item,
 275                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 276 gmx_bool gmx_fio_writee_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t item,
 277                                       const char *desc, const char *srcfile, int line);
 278 gmx_bool gmx_fio_writee_uchar(t_fileio *fio, unsigned char item,
 279                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 280 gmx_bool gmx_fio_writee_ushort(t_fileio *fio, unsigned short item,
 281                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 282 gmx_bool gmx_fio_writee_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 283                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 284 gmx_bool gmx_fio_writee_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 285                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 286 gmx_bool gmx_fio_writee_string(t_fileio *fio, const char *item,
 287                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 288
 289 /* reading or writing, depending on the file's opening mode string */
 290 gmx_bool gmx_fio_doe_real(t_fileio *fio, real *item,
 291                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 292 gmx_bool gmx_fio_doe_float(t_fileio *fio, float *item,
 293                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 294 gmx_bool gmx_fio_doe_double(t_fileio *fio, double *item,
 295                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 296 gmx_bool gmx_fio_doe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item,
 297                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 298 gmx_bool gmx_fio_doe_int(t_fileio *fio, int *item,
 299                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 300 gmx_bool gmx_fio_doe_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item,
 301                                    const char *desc, const char *srcfile, int line);
 302 gmx_bool gmx_fio_doe_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
 303                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 304 gmx_bool gmx_fio_doe_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item,
 305                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 306 gmx_bool gmx_fio_doe_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 307                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 308 gmx_bool gmx_fio_doe_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 309                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 310 gmx_bool gmx_fio_doe_string(t_fileio *fio, char *item,
 311                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 312
 313
 314
 315
 316 /* array reading & writing */
 317 gmx_bool gmx_fio_nreade_real(t_fileio *fio, real *item, int n,
 318                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 319 gmx_bool gmx_fio_nreade_float(t_fileio *fio, float *item, int n,
 320                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 321 gmx_bool gmx_fio_nreade_double(t_fileio *fio, double *item, int n,
 322                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 323 gmx_bool gmx_fio_nreade_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
 324                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 325 gmx_bool gmx_fio_nreade_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item, int n,
 326                                       const char *desc, const char *srcfile,
 327                                       int line);
 328 gmx_bool gmx_fio_nreade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item, int n,
 329                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 330 gmx_bool gmx_fio_nreade_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item, int n,
 331                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 332 gmx_bool gmx_fio_nreade_rvec(t_fileio *fio, rvec *item, int n,
 333                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 334 gmx_bool gmx_fio_nreade_ivec(t_fileio *fio, ivec *item, int n,
 335                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 336 gmx_bool gmx_fio_nreade_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
 337                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 338
 339 gmx_bool gmx_fio_nwritee_real(t_fileio *fio, const real *item, int n,
 340                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 341 gmx_bool gmx_fio_nwritee_float(t_fileio *fio, const float *item, int n,
 342                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 343 gmx_bool gmx_fio_nwritee_double(t_fileio *fio, const double *item, int n,
 344                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 345 gmx_bool gmx_fio_nwritee_int(t_fileio *fio, const int *item, int n,
 346                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 347 gmx_bool gmx_fio_nwritee_gmx_large_int(t_fileio *fio,
 348                                        const gmx_large_int_t *item, int n,
 349                                        const char *desc, const char *srcfile,
 350                                        int line);
 351 gmx_bool gmx_fio_nwritee_uchar(t_fileio *fio, const unsigned char *item, int n,
 352                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 353 gmx_bool gmx_fio_nwritee_ushort(t_fileio *fio, const unsigned short *item, int n,
 354                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 355 gmx_bool gmx_fio_nwritee_rvec(t_fileio *fio, const rvec *item, int n,
 356                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 357 gmx_bool gmx_fio_nwritee_ivec(t_fileio *fio, const ivec *item, int n,
 358                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 359 gmx_bool gmx_fio_nwritee_string(t_fileio *fio, const char *item[], int n,
 360                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 361
 362 gmx_bool gmx_fio_ndoe_real(t_fileio *fio, real *item, int n,
 363                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 364 gmx_bool gmx_fio_ndoe_float(t_fileio *fio, float *item, int n,
 365                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 366 gmx_bool gmx_fio_ndoe_double(t_fileio *fio, double *item, int n,
 367                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 368 gmx_bool gmx_fio_ndoe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item, int n,
 369                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 370 gmx_bool gmx_fio_ndoe_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
 371                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 372 gmx_bool gmx_fio_ndoe_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item, int n,
 373                                     const char *desc, const char *srcfile,
 374                                     int line);
 375 gmx_bool gmx_fio_ndoe_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item, int n,
 376                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 377 gmx_bool gmx_fio_ndoe_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item, int n,
 378                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 379 gmx_bool gmx_fio_ndoe_rvec(t_fileio *fio, rvec *item, int n,
 380                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 381 gmx_bool gmx_fio_ndoe_ivec(t_fileio *fio, ivec *item, int n,
 382                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 383 gmx_bool gmx_fio_ndoe_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
 384                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 385
 386
 387
 388 /* convenience macros */
 389 #define gmx_fio_read_real(fio, item)           gmx_fio_reade_real(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 390 #define gmx_fio_read_float(fio, item)          gmx_fio_reade_float(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 391 #define gmx_fio_read_double(fio, item)         gmx_fio_reade_double(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 392 #define gmx_fio_read_int(fio, item)            gmx_fio_reade_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 393 #define gmx_fio_read_gmx_large_int(fio, item)  gmx_fio_reade_gmx_large_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 394 #define gmx_fio_read_uchar(fio, item)          gmx_fio_reade_uchar(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 395 #define gmx_fio_read_ushort(fio, item)         gmx_fio_reade_ushort(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 396 #define gmx_fio_read_rvec(fio, item)           gmx_fio_reade_rvec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 397 #define gmx_fio_read_ivec(fio, item)           gmx_fio_reade_ivec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 398 #define gmx_fio_read_string(fio, item)         gmx_fio_reade_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 399
 400 #define gmx_fio_write_real(fio, item)           gmx_fio_writee_real(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 401 #define gmx_fio_write_float(fio, item)          gmx_fio_writee_float(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 402 #define gmx_fio_write_double(fio, item)         gmx_fio_writee_double(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 403 #define gmx_fio_write_int(fio, item)            gmx_fio_writee_int(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 404 #define gmx_fio_write_gmx_large_int(fio, item)  gmx_fio_writee_gmx_large_int(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 405 #define gmx_fio_write_uchar(fio, item)          gmx_fio_writee_uchar(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 406 #define gmx_fio_write_ushort(fio, item)         gmx_fio_writee_ushort(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 407 #define gmx_fio_write_rvec(fio, item)           gmx_fio_writee_rvec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 408 #define gmx_fio_write_ivec(fio, item)           gmx_fio_writee_ivec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 409 #define gmx_fio_write_string(fio, item)         gmx_fio_writee_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 410
 411 #define gmx_fio_do_real(fio, item)              gmx_fio_doe_real(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 412 #define gmx_fio_do_float(fio, item)             gmx_fio_doe_float(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 413 #define gmx_fio_do_double(fio, item)            gmx_fio_doe_double(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 414 #define gmx_fio_do_gmx_bool(fio, item)              gmx_fio_doe_gmx_bool(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 415 #define gmx_fio_do_int(fio, item)               gmx_fio_doe_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 416 #define gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, item)     gmx_fio_doe_gmx_large_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 417 #define gmx_fio_do_uchar(fio, item)             gmx_fio_doe_uchar(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 418 #define gmx_fio_do_ushort(fio, item)            gmx_fio_doe_ushort(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 419 #define gmx_fio_do_rvec(fio, item)              gmx_fio_doe_rvec(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 420 #define gmx_fio_do_ivec(fio, item)              gmx_fio_doe_ivec(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 421 #define gmx_fio_do_string(fio, item)            gmx_fio_doe_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 422
 423
 424
 425
 426 #define gmx_fio_nread_real(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 427 #define gmx_fio_nread_float(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 428 #define gmx_fio_nread_double(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 429 #define gmx_fio_nread_int(fio, item, n)             gmx_fio_nreade_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 430 #define gmx_fio_nread_gmx_large_int(fio, item, n)   gmx_fio_nreade_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 431 #define gmx_fio_nread_uchar(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 432 #define gmx_fio_nread_ushort(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 433 #define gmx_fio_nread_rvec(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 434 #define gmx_fio_nread_ivec(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 435 #define gmx_fio_nread_string(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 436
 437 #define gmx_fio_nwrite_real(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 438 #define gmx_fio_nwrite_float(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 439 #define gmx_fio_nwrite_double(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 440 #define gmx_fio_nwrite_int(fio, item, n)            gmx_fio_nwritee_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 441 #define gmx_fio_nwrite_gmx_large_int(fio, item, n)  gmx_fio_nwritee_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 442 #define gmx_fio_nwrite_uchar(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 443 #define gmx_fio_nwrite_ushort(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 444 #define gmx_fio_nwrite_rvec(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 445 #define gmx_fio_nwrite_ivec(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 446 #define gmx_fio_nwrite_string(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 447
 448 #define gmx_fio_ndo_real(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 449 #define gmx_fio_ndo_float(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 450 #define gmx_fio_ndo_double(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 451 #define gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_gmx_bool(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 452 #define gmx_fio_ndo_int(fio, item, n)               gmx_fio_ndoe_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 453 #define gmx_fio_ndo_gmx_large_int(fio, item, n)     gmx_fio_ndoe_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 454 #define gmx_fio_ndo_uchar(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 455 #define gmx_fio_ndo_ushort(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 456 #define gmx_fio_ndo_rvec(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 457 #define gmx_fio_ndo_ivec(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 458 #define gmx_fio_ndo_string(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 459
 460 #ifdef __cplusplus
 461 }
 462 #endif
 463
 464 #endif