src/gromacs/fileio/gmxfio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_FILEIO_GMXFIO_H
  39 #define GMX_FILEIO_GMXFIO_H
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include "../legacyheaders/typedefs.h"
  43 #include "futil.h"
  44
  45 #ifdef __cplusplus
  46 extern "C" {
  47 #endif
  48 /* types */
  49
  50
  51 /* Enumerated for different items in files */
  52 enum {
  53     eitemHEADER, eitemIR, eitemBOX,
  54     eitemTOP, eitemX, eitemV, eitemF, eitemNR
  55 };
  56
  57 /* Enumerated for data types in files */
  58 enum {
  59     eioREAL, eioFLOAT, eioDOUBLE, eioINT, eioGMX_LARGE_INT,
  60     eioUCHAR, eioNUCHAR, eioUSHORT,
  61     eioRVEC, eioNRVEC, eioIVEC, eioSTRING, eioNR
  62 };
  63
  64 typedef struct t_fileio t_fileio;
  65
  66 extern const char *itemstr[eitemNR];
  67 extern const char *comment_str[eitemNR];
  68
  69 /* NOTE ABOUT THREAD SAFETY:
  70
  71    The functions are all thread-safe, provided that two threads don't
  72    do something silly like closing the same file, or one thread
  73    accesses a file that has been closed by another.
  74  */
  75
  76 /********************************************************
  77  * Open and Close
  78  ********************************************************/
  79
  80 t_fileio *gmx_fio_open(const char *fn, const char *mode);
  81 /* Open a new file for reading or writing.
  82  * The file type will be deduced from the file name.
  83  * If fn is NULL, stdin / stdout will be used for Ascii I/O (TPA type)
  84  * mode may be "r", "w", or "a". You should append a "b" to the mode
  85  * if you are writing a binary file, but the routine will also
  86  * doublecheck it and try to do it if you forgot. This has no effect on
  87  * unix, but is important on windows.
  88  */
  89
  90 int gmx_fio_close(t_fileio *fp);
  91 /* Close the file corresponding to fp (if not stdio)
  92  * The routine will exit when an invalid fio is handled.
  93  * Returns 0 on success.
  94  */
  95
  96 int gmx_fio_fp_close(t_fileio *fp);
  97 /* Close the file corresponding to fp without closing the FIO entry
  98  * Needed e.g. for trxio because the FIO entries are used to store
  99  * additional data.
 100  * NOTE that the fp still needs to be properly closed with gmx_fio_close().
 101  * The routine will exit when an invalid fio is handled.
 102  * Returns 0 on success.
 103  */
 104
 105
 106 /* Open a file, return a stream, record the entry in internal FIO object */
 107 FILE* gmx_fio_fopen(const char *fn, const char *mode);
 108
 109 /* Close a file previously opened with gmx_fio_fopen.
 110  * Do not mix these calls with standard fopen/fclose ones!
 111  * Returns 0 on success.  */
 112 int gmx_fio_fclose(FILE *fp);
 113
 114
 115
 116 /********************************************************
 117  * Change properties of the open file
 118  ********************************************************/
 119
 120 void gmx_fio_setprecision(t_fileio *fio, gmx_bool bDouble);
 121 /* Select the floating point precision for reading and writing files */
 122
 123 char *gmx_fio_getname(t_fileio *fio);
 124 /* Return the filename corresponding to the fio index */
 125
 126 int gmx_fio_getftp(t_fileio *fio);
 127 /* Return the filetype corresponding to the fio index.
 128     There is as of now no corresponding setftp function because the file
 129     was opened as a specific file type and changing that midway is most
 130     likely an evil hack. */
 131
 132 void gmx_fio_setdebug(t_fileio *fio, gmx_bool bDebug);
 133 /* Set the debug mode */
 134
 135 gmx_bool gmx_fio_getdebug(t_fileio *fio);
 136 /* Return  whether debug mode is on in fio  */
 137
 138 gmx_bool gmx_fio_getread(t_fileio *fio);
 139 /* Return  whether read mode is on in fio  */
 140
 141
 142 void gmx_fio_checktype(t_fileio *fio);
 143 /* Check whether the fio is of a sane type */
 144
 145 /***************************************************
 146  * FILE Operations
 147  ***************************************************/
 148
 149 void gmx_fio_rewind(t_fileio *fio);
 150 /* Rewind the tpa file in fio */
 151
 152 int gmx_fio_flush(t_fileio *fio);
 153 /* Flush the fio, returns 0 on success */
 154
 155 int gmx_fio_fsync(t_fileio *fio);
 156 /* fsync the fio, returns 0 on success.
 157    NOTE: don't use fsync function unless you're absolutely sure you need it
 158    because it deliberately interferes with the OS's caching mechanisms and
 159    can cause dramatically slowed down IO performance. Some OSes (Linux,
 160    for example), may implement fsync as a full sync() point. */
 161
 162 gmx_off_t gmx_fio_ftell(t_fileio *fio);
 163 /* Return file position if possible */
 164
 165 int gmx_fio_seek(t_fileio *fio, gmx_off_t fpos);
 166 /* Set file position if possible, quit otherwise */
 167
 168 FILE *gmx_fio_getfp(t_fileio *fio);
 169 /* Return the file pointer itself */
 170
 171
 172 /* Element with information about position in a currently open file.
 173  * gmx_off_t should be defined by autoconf if your system does not have it.
 174  * If you do not have it on some other platform you do not have largefile
 175  * support at all, and you can define it to int (or better, find out how to
 176  * enable large files).  */
 177 typedef struct
 178 {
 179     char          filename[STRLEN];
 180     gmx_off_t     offset;
 181     unsigned char chksum[16];
 182     int           chksum_size;
 183 }
 184 gmx_file_position_t;
 185
 186
 187 int gmx_fio_check_file_position(t_fileio *fio);
 188 /* Check if the file position is out of the range of off_t.
 189  * The result is stored along with the other file data of fio.
 190  */
 191
 192 int gmx_fio_get_output_file_positions(gmx_file_position_t ** outputfiles,
 193                                       int                   *nfiles );
 194 /* Return the name and file pointer positions for all currently open
 195  * output files. This is used for saving in the checkpoint files, so we
 196  * can truncate output files upon restart-with-appending.
 197  *
 198  * For the first argument you should use a pointer, which will be set to
 199  * point to a list of open files.
 200  */
 201
 202 t_fileio *gmx_fio_all_output_fsync(void);
 203 /* fsync all open output files. This is used for checkpointing, where
 204    we need to ensure that all output is actually written out to
 205    disk.
 206    This is most important in the case of some networked file systems,
 207    where data is not synced with the file server until close() or
 208    fsync(), so data could remain in cache for days.
 209    Note the caveats reported with gmx_fio_fsync().
 210
 211     returns: NULL if no error occurred, or a pointer to the first file that
 212              failed if an error occurred
 213  */
 214
 215
 216 int gmx_fio_get_file_md5(t_fileio *fio, gmx_off_t offset,
 217                          unsigned char digest[]);
 218
 219
 220 int xtc_seek_frame(t_fileio *fio, int frame, int natoms);
 221
 222 int xtc_seek_time(t_fileio *fio, real time, int natoms, gmx_bool bSeekForwardOnly);
 223
 224
 225 /* Add this to the comment string for debugging */
 226 void gmx_fio_set_comment(t_fileio *fio, const char *comment);
 227
 228 /* Remove previously set comment */
 229 void gmx_fio_unset_comment(t_fileio *fio);
 230
 231
 232
 233
 234 /********************************************************
 235  * Read and write
 236  ********************************************************/
 237
 238
 239 /* basic reading & writing */
 240 gmx_bool gmx_fio_reade_real(t_fileio *fio, real *item,
 241                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 242 gmx_bool gmx_fio_reade_float(t_fileio *fio, float *item,
 243                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 244 gmx_bool gmx_fio_reade_double(t_fileio *fio, double *item,
 245                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 246 gmx_bool gmx_fio_reade_int(t_fileio *fio, int *item,
 247                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 248 gmx_bool gmx_fio_reade_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_int64_t *item,
 249                                      const char *desc, const char *srcfile, int line);
 250 gmx_bool gmx_fio_reade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
 251                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 252 gmx_bool gmx_fio_reade_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item,
 253                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 254 gmx_bool gmx_fio_reade_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 255                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 256 gmx_bool gmx_fio_reade_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 257                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 258 gmx_bool gmx_fio_reade_string(t_fileio *fio, char *item,
 259                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 260
 261 gmx_bool gmx_fio_writee_real(t_fileio *fio, real item,
 262                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 263 gmx_bool gmx_fio_writee_float(t_fileio *fio, float item,
 264                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 265 gmx_bool gmx_fio_writee_double(t_fileio *fio, double item,
 266                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 267 gmx_bool gmx_fio_writee_int(t_fileio *fio, int item,
 268                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 269 gmx_bool gmx_fio_writee_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_int64_t item,
 270                                       const char *desc, const char *srcfile, int line);
 271 gmx_bool gmx_fio_writee_uchar(t_fileio *fio, unsigned char item,
 272                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 273 gmx_bool gmx_fio_writee_ushort(t_fileio *fio, unsigned short item,
 274                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 275 gmx_bool gmx_fio_writee_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 276                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 277 gmx_bool gmx_fio_writee_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 278                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 279 gmx_bool gmx_fio_writee_string(t_fileio *fio, const char *item,
 280                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 281
 282 /* reading or writing, depending on the file's opening mode string */
 283 gmx_bool gmx_fio_doe_real(t_fileio *fio, real *item,
 284                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 285 gmx_bool gmx_fio_doe_float(t_fileio *fio, float *item,
 286                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 287 gmx_bool gmx_fio_doe_double(t_fileio *fio, double *item,
 288                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 289 gmx_bool gmx_fio_doe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item,
 290                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 291 gmx_bool gmx_fio_doe_int(t_fileio *fio, int *item,
 292                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 293 gmx_bool gmx_fio_doe_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_int64_t *item,
 294                                    const char *desc, const char *srcfile, int line);
 295 gmx_bool gmx_fio_doe_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
 296                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 297 gmx_bool gmx_fio_doe_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item,
 298                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 299 gmx_bool gmx_fio_doe_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 300                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 301 gmx_bool gmx_fio_doe_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 302                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 303 gmx_bool gmx_fio_doe_string(t_fileio *fio, char *item,
 304                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 305
 306
 307
 308
 309 /* array reading & writing */
 310 gmx_bool gmx_fio_nreade_real(t_fileio *fio, real *item, int n,
 311                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 312 gmx_bool gmx_fio_nreade_float(t_fileio *fio, float *item, int n,
 313                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 314 gmx_bool gmx_fio_nreade_double(t_fileio *fio, double *item, int n,
 315                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 316 gmx_bool gmx_fio_nreade_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
 317                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 318 gmx_bool gmx_fio_nreade_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_int64_t *item, int n,
 319                                       const char *desc, const char *srcfile,
 320                                       int line);
 321 gmx_bool gmx_fio_nreade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item, int n,
 322                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 323 gmx_bool gmx_fio_nreade_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item, int n,
 324                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 325 gmx_bool gmx_fio_nreade_rvec(t_fileio *fio, rvec *item, int n,
 326                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 327 gmx_bool gmx_fio_nreade_ivec(t_fileio *fio, ivec *item, int n,
 328                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 329 gmx_bool gmx_fio_nreade_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
 330                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 331
 332 gmx_bool gmx_fio_nwritee_real(t_fileio *fio, const real *item, int n,
 333                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 334 gmx_bool gmx_fio_nwritee_float(t_fileio *fio, const float *item, int n,
 335                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 336 gmx_bool gmx_fio_nwritee_double(t_fileio *fio, const double *item, int n,
 337                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 338 gmx_bool gmx_fio_nwritee_int(t_fileio *fio, const int *item, int n,
 339                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 340 gmx_bool gmx_fio_nwritee_gmx_large_int(t_fileio *fio,
 341                                        const gmx_int64_t *item, int n,
 342                                        const char *desc, const char *srcfile,
 343                                        int line);
 344 gmx_bool gmx_fio_nwritee_uchar(t_fileio *fio, const unsigned char *item, int n,
 345                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 346 gmx_bool gmx_fio_nwritee_ushort(t_fileio *fio, const unsigned short *item, int n,
 347                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 348 gmx_bool gmx_fio_nwritee_rvec(t_fileio *fio, const rvec *item, int n,
 349                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 350 gmx_bool gmx_fio_nwritee_ivec(t_fileio *fio, const ivec *item, int n,
 351                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 352 gmx_bool gmx_fio_nwritee_string(t_fileio *fio, const char *item[], int n,
 353                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 354
 355 gmx_bool gmx_fio_ndoe_real(t_fileio *fio, real *item, int n,
 356                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 357 gmx_bool gmx_fio_ndoe_float(t_fileio *fio, float *item, int n,
 358                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 359 gmx_bool gmx_fio_ndoe_double(t_fileio *fio, double *item, int n,
 360                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 361 gmx_bool gmx_fio_ndoe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item, int n,
 362                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 363 gmx_bool gmx_fio_ndoe_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
 364                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 365 gmx_bool gmx_fio_ndoe_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_int64_t *item, int n,
 366                                     const char *desc, const char *srcfile,
 367                                     int line);
 368 gmx_bool gmx_fio_ndoe_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item, int n,
 369                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 370 gmx_bool gmx_fio_ndoe_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item, int n,
 371                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 372 gmx_bool gmx_fio_ndoe_rvec(t_fileio *fio, rvec *item, int n,
 373                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 374 gmx_bool gmx_fio_ndoe_ivec(t_fileio *fio, ivec *item, int n,
 375                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 376 gmx_bool gmx_fio_ndoe_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
 377                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 378
 379
 380
 381 /* convenience macros */
 382 #define gmx_fio_read_real(fio, item)           gmx_fio_reade_real(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 383 #define gmx_fio_read_float(fio, item)          gmx_fio_reade_float(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 384 #define gmx_fio_read_double(fio, item)         gmx_fio_reade_double(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 385 #define gmx_fio_read_int(fio, item)            gmx_fio_reade_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 386 #define gmx_fio_read_gmx_large_int(fio, item)  gmx_fio_reade_gmx_large_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 387 #define gmx_fio_read_uchar(fio, item)          gmx_fio_reade_uchar(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 388 #define gmx_fio_read_ushort(fio, item)         gmx_fio_reade_ushort(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 389 #define gmx_fio_read_rvec(fio, item)           gmx_fio_reade_rvec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 390 #define gmx_fio_read_ivec(fio, item)           gmx_fio_reade_ivec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 391 #define gmx_fio_read_string(fio, item)         gmx_fio_reade_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 392
 393 #define gmx_fio_write_real(fio, item)           gmx_fio_writee_real(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 394 #define gmx_fio_write_float(fio, item)          gmx_fio_writee_float(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 395 #define gmx_fio_write_double(fio, item)         gmx_fio_writee_double(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 396 #define gmx_fio_write_int(fio, item)            gmx_fio_writee_int(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 397 #define gmx_fio_write_gmx_large_int(fio, item)  gmx_fio_writee_gmx_large_int(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 398 #define gmx_fio_write_uchar(fio, item)          gmx_fio_writee_uchar(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 399 #define gmx_fio_write_ushort(fio, item)         gmx_fio_writee_ushort(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 400 #define gmx_fio_write_rvec(fio, item)           gmx_fio_writee_rvec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 401 #define gmx_fio_write_ivec(fio, item)           gmx_fio_writee_ivec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 402 #define gmx_fio_write_string(fio, item)         gmx_fio_writee_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 403
 404 #define gmx_fio_do_real(fio, item)              gmx_fio_doe_real(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 405 #define gmx_fio_do_float(fio, item)             gmx_fio_doe_float(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 406 #define gmx_fio_do_double(fio, item)            gmx_fio_doe_double(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 407 #define gmx_fio_do_gmx_bool(fio, item)              gmx_fio_doe_gmx_bool(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 408 #define gmx_fio_do_int(fio, item)               gmx_fio_doe_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 409 #define gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, item)     gmx_fio_doe_gmx_large_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 410 #define gmx_fio_do_uchar(fio, item)             gmx_fio_doe_uchar(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 411 #define gmx_fio_do_ushort(fio, item)            gmx_fio_doe_ushort(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 412 #define gmx_fio_do_rvec(fio, item)              gmx_fio_doe_rvec(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 413 #define gmx_fio_do_ivec(fio, item)              gmx_fio_doe_ivec(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 414 #define gmx_fio_do_string(fio, item)            gmx_fio_doe_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 415
 416
 417
 418
 419 #define gmx_fio_nread_real(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 420 #define gmx_fio_nread_float(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 421 #define gmx_fio_nread_double(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 422 #define gmx_fio_nread_int(fio, item, n)             gmx_fio_nreade_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 423 #define gmx_fio_nread_gmx_large_int(fio, item, n)   gmx_fio_nreade_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 424 #define gmx_fio_nread_uchar(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 425 #define gmx_fio_nread_ushort(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 426 #define gmx_fio_nread_rvec(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 427 #define gmx_fio_nread_ivec(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 428 #define gmx_fio_nread_string(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 429
 430 #define gmx_fio_nwrite_real(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 431 #define gmx_fio_nwrite_float(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 432 #define gmx_fio_nwrite_double(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 433 #define gmx_fio_nwrite_int(fio, item, n)            gmx_fio_nwritee_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 434 #define gmx_fio_nwrite_gmx_large_int(fio, item, n)  gmx_fio_nwritee_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 435 #define gmx_fio_nwrite_uchar(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 436 #define gmx_fio_nwrite_ushort(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 437 #define gmx_fio_nwrite_rvec(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 438 #define gmx_fio_nwrite_ivec(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 439 #define gmx_fio_nwrite_string(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 440
 441 #define gmx_fio_ndo_real(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 442 #define gmx_fio_ndo_float(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 443 #define gmx_fio_ndo_double(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 444 #define gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_gmx_bool(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 445 #define gmx_fio_ndo_int(fio, item, n)               gmx_fio_ndoe_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 446 #define gmx_fio_ndo_gmx_large_int(fio, item, n)     gmx_fio_ndoe_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 447 #define gmx_fio_ndo_uchar(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 448 #define gmx_fio_ndo_ushort(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 449 #define gmx_fio_ndo_rvec(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 450 #define gmx_fio_ndo_ivec(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 451 #define gmx_fio_ndo_string(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 452
 453 #ifdef __cplusplus
 454 }
 455 #endif
 456
 457 #endif