src/gromacs/fileio/espio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2005, The GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 #ifndef GMX_FILEIO_ESPIO_H
  37 #define GMX_FILEIO_ESPIO_H
  38
  39 #include <cstdio>
  40
  41 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  42
  43 struct t_atoms;
  44 struct t_symtab;
  45
  46 void gmx_espresso_read_conf(const char* infile,
  47                             t_symtab*   symtab,
  48                             char**      name,
  49                             t_atoms*    atoms,
  50                             rvec        x[],
  51                             rvec*       v,
  52                             matrix      box);
  53 /* If name is not nullptr, gmx_strdup the title string into
  54  * it. Reading a title from espresso format is not , so this will
  55  * always be an empty string. */
  56
  57 int get_espresso_coordnum(const char* infile);
  58
  59 void write_espresso_conf_indexed(FILE*          out,
  60                                  const char*    title,
  61                                  const t_atoms* atoms,
  62                                  int            nx,
  63                                  const int*     index,
  64                                  const rvec*    x,
  65                                  const rvec*    v,
  66                                  const matrix   box);
  67
  68 #endif