src/gromacs/fileio/espio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2005, The GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_FILEIO_ESPIO_H
  38 #define GMX_FILEIO_ESPIO_H
  39
  40 #include <cstdio>
  41
  42 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  43
  44 struct t_atoms;
  45 struct t_symtab;
  46
  47 void gmx_espresso_read_conf(const char* infile,
  48                             t_symtab*   symtab,
  49                             char**      name,
  50                             t_atoms*    atoms,
  51                             rvec        x[],
  52                             rvec*       v,
  53                             matrix      box);
  54 /* If name is not nullptr, gmx_strdup the title string into
  55  * it. Reading a title from espresso format is not , so this will
  56  * always be an empty string. */
  57
  58 int get_espresso_coordnum(const char* infile);
  59
  60 void write_espresso_conf_indexed(FILE*          out,
  61                                  const char*    title,
  62                                  const t_atoms* atoms,
  63                                  int            nx,
  64                                  const int*     index,
  65                                  const rvec*    x,
  66                                  const rvec*    v,
  67                                  const matrix   box);
  68
  69 #endif