src/gromacs/fileio/enxio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_FILEIO_ENXIO_H
  38 #define GMX_FILEIO_ENXIO_H
  39
  40 #include "../legacyheaders/types/energy.h"
  41 #include "../legacyheaders/types/inputrec.h"
  42 #include "../legacyheaders/types/state.h"
  43 #include "../legacyheaders/types/topology.h"
  44 #include "gmxfio.h"
  45 #include "xdr_datatype.h"
  46
  47 #ifdef __cplusplus
  48 extern "C" {
  49 #endif
  50
  51 /**************************************************************
  52  * These are the base datatypes + functions for reading and
  53  * writing energy files (.edr). They are either called directly
  54  * (as in the processing tools), or indirectly through mdebin.c
  55  * during mdrun.
  56  *
  57  * The routines in the corresponding c-file enxio.c
  58  * are based on the lower level routines in gmxfio.c.
  59  * The file pointer returned from open_enx
  60  * can also be used with the routines in gmxfio.h
  61  *
  62  **************************************************************/
  63
  64 typedef struct {
  65     char *name;
  66     char *unit;
  67 } gmx_enxnm_t;
  68
  69 /*
  70  * Index for the IDs of additional blocks in the energy file.
  71  * Blocks can be added without sacrificing backward and forward
  72  * compatibility of the energy files.
  73  *
  74  * For backward compatibility, the order of these should not be changed.
  75  */
  76 enum {
  77     enxOR,     /* Time and ensemble averaged data for orientation restraints */
  78     enxORI,    /* Instantaneous data for orientation restraints              */
  79     enxORT,    /* Order tensor(s) for orientation restraints                 */
  80     enxDISRE,  /* Distance restraint blocks                                  */
  81
  82     enxDHCOLL, /* Data about the free energy blocks in this frame.           */
  83     enxDHHIST, /* BAR histogram                                              */
  84     enxDH,     /* BAR raw delta H data                                       */
  85
  86     enxNR      /* Total number of extra blocks in the current code,
  87                 * note that the enxio code can read files written by
  88                 * future code which contain more blocks.
  89                 */
  90 };
  91
  92 /* names for the above enum */
  93 extern const char *enx_block_id_name[];
  94
  95
  96 /* the subblocks that are contained in energy file blocks. Each of these
  97    has a number of values of a single data type in a .edr file. */
  98 typedef struct
  99 {
 100     int          nr;        /* number of items in subblock */
 101     xdr_datatype type;      /* the block type */
 102
 103     /* the values: pointers for each type */
 104     float*             fval;
 105     double*            dval;
 106     int*               ival;
 107     gmx_int64_t*       lval;
 108     unsigned char*     cval;
 109     char**             sval;
 110
 111     /* the allocated sizes, defined separately.
 112        (nonzero sizes can be free()d later): */
 113     int fval_alloc;
 114     int dval_alloc;
 115     int ival_alloc;
 116     int lval_alloc;
 117     int cval_alloc;
 118     int sval_alloc;
 119 } t_enxsubblock;
 120
 121
 122 /* the energy file blocks. Each block contains a number of sub-blocks
 123    of a single type that contain the actual data. */
 124 typedef struct t_enxblock{
 125     int            id;         /* block id, from the enx enums above */
 126     int            nsub;       /* number of subblocks */
 127     t_enxsubblock *sub;        /* the subblocks */
 128     int            nsub_alloc; /* number of allocated subblocks */
 129 } t_enxblock;
 130
 131
 132 /* The frames that are read/written */
 133 typedef struct {
 134     double          t;            /* Timestamp of this frame                         */
 135     gmx_int64_t     step;         /* MD step                                 */
 136     gmx_int64_t     nsteps;       /* The number of steps between frames            */
 137     double          dt;           /* The MD time step                              */
 138     int             nsum;         /* The number of terms for the sums in ener      */
 139     int             nre;          /* Number of energies                      */
 140     int             e_size;       /* Size (in bytes) of energies                     */
 141     int             e_alloc;      /* Allocated size (in elements) of ener          */
 142     t_energy       *ener;         /* The energies                                  */
 143     int             nblock;       /* Number of following energy blocks             */
 144     t_enxblock     *block;        /* The blocks                                    */
 145     int             nblock_alloc; /* The number of blocks allocated                */
 146 } t_enxframe;
 147
 148 /* file handle */
 149 typedef struct ener_file *ener_file_t;
 150
 151 /*
 152  * An energy file is read like this:
 153  *
 154  * ener_file_t fp;
 155  * t_enxframe *fr;
 156  *
 157  * fp = open_enx(...);
 158  * do_enxnms(fp,...);
 159  * snew(fr,1);
 160  * while (do_enx(fp,fr)) {
 161  * ...
 162  * }
 163  * free_enxframe(fr);
 164  * sfree(fr);
 165  */
 166 /* New energy reading and writing interface */
 167
 168
 169 /* initialize a pre-allocated frame */
 170 void init_enxframe(t_enxframe *ef);
 171 /* delete a frame's memory (except the ef itself) */
 172 void free_enxframe(t_enxframe *ef);
 173
 174
 175 ener_file_t open_enx(const char *fn, const char *mode);
 176
 177 t_fileio *enx_file_pointer(const ener_file_t ef);
 178
 179 void close_enx(ener_file_t ef);
 180
 181 void do_enxnms(ener_file_t ef, int *nre, gmx_enxnm_t **enms);
 182
 183 void free_enxnms(int n, gmx_enxnm_t *nms);
 184 /* Frees nms and all strings in it */
 185
 186 gmx_bool do_enx(ener_file_t ef, t_enxframe *fr);
 187 /* Reads enx_frames, memory in fr is (re)allocated if necessary */
 188
 189 void get_enx_state(const char *fn, real t,
 190                    gmx_groups_t *groups, t_inputrec *ir,
 191                    t_state *state);
 192 /*
 193  * Reads state variables from enx file fn at time t.
 194  * atoms and ir are required for determining which things must be read.
 195  * Currently pcoupl and tcoupl state are read from enx.
 196  */
 197
 198
 199 /* block funtions */
 200
 201 /* allocate n blocks to a frame (if neccesary). Don't touch existing blocks */
 202 void add_blocks_enxframe(t_enxframe *ef, int n);
 203
 204 /* find a block by id number; if prev!=NULL, it searches from
 205    that block's next block.
 206    Returns NULL if no block is found with the given id. */
 207 t_enxblock *find_block_id_enxframe(t_enxframe *ef, int id, t_enxblock *prev);
 208
 209
 210 /* allocate n subblocks to a block (if neccesary). Don't touch existing
 211    subbblocks. */
 212 void add_subblocks_enxblock(t_enxblock *eb, int n);
 213
 214
 215
 216 #ifdef __cplusplus
 217 }
 218 #endif
 219
 220 #endif