src/gromacs/fileio/confio.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <math.h>
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "typedefs.h"
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "sysstuff.h"
  46 #include <errno.h>
  47 #include "macros.h"
  48 #include "string2.h"
  49 #include "confio.h"
  50 #include "vec.h"
  51 #include "symtab.h"
  52 #include "futil.h"
  53 #include "xdrf.h"
  54 #include "filenm.h"
  55 #include "pdbio.h"
  56 #include "tpxio.h"
  57 #include "trxio.h"
  58 #include "gmx_fatal.h"
  59 #include "copyrite.h"
  60 #include "statutil.h"
  61 #include "pbc.h"
  62 #include "mtop_util.h"
  63 #include "gmxfio.h"
  64
  65 #define CHAR_SHIFT 24
  66
  67 static int read_g96_pos(char line[], t_symtab *symtab,
  68                         FILE *fp, const char *infile,
  69                         t_trxframe *fr)
  70 {
  71     t_atoms   *atoms;
  72     gmx_bool   bEnd;
  73     int        nwanted, natoms, atnr, resnr = 0, oldres, newres, shift;
  74     char       anm[STRLEN], resnm[STRLEN];
  75     char       c1, c2;
  76     double     db1, db2, db3;
  77
  78     nwanted = fr->natoms;
  79
  80     atoms = fr->atoms;
  81
  82     natoms = 0;
  83
  84     if (fr->bX)
  85     {
  86         if (fr->bAtoms)
  87         {
  88             shift = CHAR_SHIFT;
  89         }
  90         else
  91         {
  92             shift = 0;
  93         }
  94         newres  = -1;
  95         oldres  = -666; /* Unlikely number for the first residue! */
  96         bEnd    = FALSE;
  97         while (!bEnd && fgets2(line, STRLEN, fp))
  98         {
  99             bEnd = (strncmp(line, "END", 3) == 0);
 100             if (!bEnd  && (line[0] != '#'))
 101             {
 102                 if (sscanf(line+shift, "%15lf%15lf%15lf", &db1, &db2, &db3) != 3)
 103                 {
 104                     gmx_fatal(FARGS, "Did not find 3 coordinates for atom %d in %s\n",
 105                               natoms+1, infile);
 106                 }
 107                 if ((nwanted != -1) && (natoms >= nwanted))
 108                 {
 109                     gmx_fatal(FARGS,
 110                               "Found more coordinates (%d) in %s than expected %d\n",
 111                               natoms, infile, nwanted);
 112                 }
 113                 if (atoms)
 114                 {
 115                     if (fr->bAtoms &&
 116                         (sscanf(line, "%5d%c%5s%c%5s%7d", &resnr, &c1, resnm, &c2, anm, &atnr)
 117                          != 6))
 118                     {
 119                         if (oldres >= 0)
 120                         {
 121                             resnr = oldres;
 122                         }
 123                         else
 124                         {
 125                             resnr    = 1;
 126                             strncpy(resnm, "???", sizeof(resnm)-1);
 127                         }
 128                         strncpy(anm, "???", sizeof(anm)-1);
 129                     }
 130                     atoms->atomname[natoms] = put_symtab(symtab, anm);
 131                     if (resnr != oldres)
 132                     {
 133                         oldres = resnr;
 134                         newres++;
 135                         if (newres >= atoms->nr)
 136                         {
 137                             gmx_fatal(FARGS, "More residues than atoms in %s (natoms = %d)",
 138                                       infile, atoms->nr);
 139                         }
 140                         atoms->atom[natoms].resind = newres;
 141                         if (newres+1 > atoms->nres)
 142                         {
 143                             atoms->nres = newres+1;
 144                         }
 145                         t_atoms_set_resinfo(atoms, natoms, symtab, resnm, resnr, ' ', 0, ' ');
 146                     }
 147                     else
 148                     {
 149                         atoms->atom[natoms].resind = newres;
 150                     }
 151                 }
 152                 if (fr->x)
 153                 {
 154                     fr->x[natoms][0] = db1;
 155                     fr->x[natoms][1] = db2;
 156                     fr->x[natoms][2] = db3;
 157                 }
 158                 natoms++;
 159             }
 160         }
 161         if ((nwanted != -1) && natoms != nwanted)
 162         {
 163             fprintf(stderr,
 164                     "Warning: found less coordinates (%d) in %s than expected %d\n",
 165                     natoms, infile, nwanted);
 166         }
 167     }
 168
 169     fr->natoms = natoms;
 170
 171     return natoms;
 172 }
 173
 174 static int read_g96_vel(char line[], FILE *fp, const char *infile,
 175                         t_trxframe *fr)
 176 {
 177     gmx_bool   bEnd;
 178     int        nwanted, natoms = -1, shift;
 179     double     db1, db2, db3;
 180
 181     nwanted = fr->natoms;
 182
 183     if (fr->v && fr->bV)
 184     {
 185         if (strcmp(line, "VELOCITYRED") == 0)
 186         {
 187             shift = 0;
 188         }
 189         else
 190         {
 191             shift = CHAR_SHIFT;
 192         }
 193         natoms = 0;
 194         bEnd   = FALSE;
 195         while (!bEnd && fgets2(line, STRLEN, fp))
 196         {
 197             bEnd = (strncmp(line, "END", 3) == 0);
 198             if (!bEnd && (line[0] != '#'))
 199             {
 200                 if (sscanf(line+shift, "%15lf%15lf%15lf", &db1, &db2, &db3) != 3)
 201                 {
 202                     gmx_fatal(FARGS, "Did not find 3 velocities for atom %d in %s",
 203                               natoms+1, infile);
 204                 }
 205                 if ((nwanted != -1) && (natoms >= nwanted))
 206                 {
 207                     gmx_fatal(FARGS, "Found more velocities (%d) in %s than expected %d\n",
 208                               natoms, infile, nwanted);
 209                 }
 210                 if (fr->v)
 211                 {
 212                     fr->v[natoms][0] = db1;
 213                     fr->v[natoms][1] = db2;
 214                     fr->v[natoms][2] = db3;
 215                 }
 216                 natoms++;
 217             }
 218         }
 219         if ((nwanted != -1) && (natoms != nwanted))
 220         {
 221             fprintf(stderr,
 222                     "Warning: found less velocities (%d) in %s than expected %d\n",
 223                     natoms, infile, nwanted);
 224         }
 225     }
 226
 227     return natoms;
 228 }
 229
 230 int read_g96_conf(FILE *fp, const char *infile, t_trxframe *fr, char *line)
 231 {
 232     t_symtab  *symtab = NULL;
 233     gmx_bool   bAtStart, bTime, bAtoms, bPos, bVel, bBox, bEnd, bFinished;
 234     int        natoms, nbp;
 235     double     db1, db2, db3, db4, db5, db6, db7, db8, db9;
 236
 237     bAtStart = (ftell(fp) == 0);
 238
 239     clear_trxframe(fr, FALSE);
 240
 241     if (!symtab)
 242     {
 243         snew(symtab, 1);
 244         open_symtab(symtab);
 245     }
 246
 247     natoms = 0;
 248
 249     if (bAtStart)
 250     {
 251         while (!fr->bTitle && fgets2(line, STRLEN, fp))
 252         {
 253             fr->bTitle = (strcmp(line, "TITLE") == 0);
 254         }
 255         if (fr->title == NULL)
 256         {
 257             fgets2(line, STRLEN, fp);
 258             fr->title = strdup(line);
 259         }
 260         bEnd = FALSE;
 261         while (!bEnd && fgets2(line, STRLEN, fp))
 262         {
 263             bEnd = (strcmp(line, "END") == 0);
 264         }
 265         fgets2(line, STRLEN, fp);
 266     }
 267
 268     /* Do not get a line if we are not at the start of the file, *
 269      * because without a parameter file we don't know what is in *
 270      * the trajectory and we have already read the line in the   *
 271      * previous call (VERY DIRTY).                               */
 272     bFinished = FALSE;
 273     do
 274     {
 275         bTime  = (strcmp(line, "TIMESTEP") == 0);
 276         bAtoms = (strcmp(line, "POSITION") == 0);
 277         bPos   = (bAtoms || (strcmp(line, "POSITIONRED") == 0));
 278         bVel   = (strncmp(line, "VELOCITY", 8) == 0);
 279         bBox   = (strcmp(line, "BOX") == 0);
 280         if (bTime)
 281         {
 282             if (!fr->bTime && !fr->bX)
 283             {
 284                 fr->bStep = bTime;
 285                 fr->bTime = bTime;
 286                 do
 287                 {
 288                     bFinished = (fgets2(line, STRLEN, fp) == NULL);
 289                 }
 290                 while (!bFinished && (line[0] == '#'));
 291                 sscanf(line, "%15d%15lf", &(fr->step), &db1);
 292                 fr->time = db1;
 293             }
 294             else
 295             {
 296                 bFinished = TRUE;
 297             }
 298         }
 299         if (bPos)
 300         {
 301             if (!fr->bX)
 302             {
 303                 fr->bAtoms = bAtoms;
 304                 fr->bX     = bPos;
 305                 natoms     = read_g96_pos(line, symtab, fp, infile, fr);
 306             }
 307             else
 308             {
 309                 bFinished = TRUE;
 310             }
 311         }
 312         if (fr->v && bVel)
 313         {
 314             fr->bV = bVel;
 315             natoms = read_g96_vel(line, fp, infile, fr);
 316         }
 317         if (bBox)
 318         {
 319             fr->bBox = bBox;
 320             clear_mat(fr->box);
 321             bEnd = FALSE;
 322             while (!bEnd && fgets2(line, STRLEN, fp))
 323             {
 324                 bEnd = (strncmp(line, "END", 3) == 0);
 325                 if (!bEnd && (line[0] != '#'))
 326                 {
 327                     nbp = sscanf(line, "%15lf%15lf%15lf%15lf%15lf%15lf%15lf%15lf%15lf",
 328                                  &db1, &db2, &db3, &db4, &db5, &db6, &db7, &db8, &db9);
 329                     if (nbp < 3)
 330                     {
 331                         gmx_fatal(FARGS, "Found a BOX line, but no box in %s", infile);
 332                     }
 333                     fr->box[XX][XX] = db1;
 334                     fr->box[YY][YY] = db2;
 335                     fr->box[ZZ][ZZ] = db3;
 336                     if (nbp == 9)
 337                     {
 338                         fr->box[XX][YY] = db4;
 339                         fr->box[XX][ZZ] = db5;
 340                         fr->box[YY][XX] = db6;
 341                         fr->box[YY][ZZ] = db7;
 342                         fr->box[ZZ][XX] = db8;
 343                         fr->box[ZZ][YY] = db9;
 344                     }
 345                 }
 346             }
 347             bFinished = TRUE;
 348         }
 349     }
 350     while (!bFinished && fgets2(line, STRLEN, fp));
 351
 352     free_symtab(symtab);
 353
 354     fr->natoms = natoms;
 355
 356     return natoms;
 357 }
 358
 359 void write_g96_conf(FILE *out, t_trxframe *fr,
 360                     int nindex, const atom_id *index)
 361 {
 362     t_atoms *atoms;
 363     int      nout, i, a;
 364
 365     atoms = fr->atoms;
 366
 367     if (index)
 368     {
 369         nout = nindex;
 370     }
 371     else
 372     {
 373         nout = fr->natoms;
 374     }
 375
 376     if (fr->bTitle)
 377     {
 378         fprintf(out, "TITLE\n%s\nEND\n", fr->title);
 379     }
 380     if (fr->bStep || fr->bTime)
 381     {
 382         /* Officially the time format is %15.9, which is not enough for 10 ns */
 383         fprintf(out, "TIMESTEP\n%15d%15.6f\nEND\n", fr->step, fr->time);
 384     }
 385     if (fr->bX)
 386     {
 387         if (fr->bAtoms)
 388         {
 389             fprintf(out, "POSITION\n");
 390             for (i = 0; i < nout; i++)
 391             {
 392                 if (index)
 393                 {
 394                     a = index[i];
 395                 }
 396                 else
 397                 {
 398                     a = i;
 399                 }
 400                 fprintf(out, "%5d %-5s %-5s%7d%15.9f%15.9f%15.9f\n",
 401                         (atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].nr) % 100000,
 402                         *atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].name,
 403                         *atoms->atomname[a], (i+1) % 10000000,
 404                         fr->x[a][XX], fr->x[a][YY], fr->x[a][ZZ]);
 405             }
 406         }
 407         else
 408         {
 409             fprintf(out, "POSITIONRED\n");
 410             for (i = 0; i < nout; i++)
 411             {
 412                 if (index)
 413                 {
 414                     a = index[i];
 415                 }
 416                 else
 417                 {
 418                     a = i;
 419                 }
 420                 fprintf(out, "%15.9f%15.9f%15.9f\n",
 421                         fr->x[a][XX], fr->x[a][YY], fr->x[a][ZZ]);
 422             }
 423         }
 424         fprintf(out, "END\n");
 425     }
 426     if (fr->bV)
 427     {
 428         if (fr->bAtoms)
 429         {
 430             fprintf(out, "VELOCITY\n");
 431             for (i = 0; i < nout; i++)
 432             {
 433                 if (index)
 434                 {
 435                     a = index[i];
 436                 }
 437                 else
 438                 {
 439                     a = i;
 440                 }
 441                 fprintf(out, "%5d %-5s %-5s%7d%15.9f%15.9f%15.9f\n",
 442                         (atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].nr) % 100000,
 443                         *atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].name,
 444                         *atoms->atomname[a], (i+1) % 10000000,
 445                         fr->v[a][XX], fr->v[a][YY], fr->v[a][ZZ]);
 446             }
 447         }
 448         else
 449         {
 450             fprintf(out, "VELOCITYRED\n");
 451             for (i = 0; i < nout; i++)
 452             {
 453                 if (index)
 454                 {
 455                     a = index[i];
 456                 }
 457                 else
 458                 {
 459                     a = i;
 460                 }
 461                 fprintf(out, "%15.9f%15.9f%15.9f\n",
 462                         fr->v[a][XX], fr->v[a][YY], fr->v[a][ZZ]);
 463             }
 464         }
 465         fprintf(out, "END\n");
 466     }
 467     if (fr->bBox)
 468     {
 469         fprintf(out, "BOX\n");
 470         fprintf(out, "%15.9f%15.9f%15.9f",
 471                 fr->box[XX][XX], fr->box[YY][YY], fr->box[ZZ][ZZ]);
 472         if (fr->box[XX][YY] || fr->box[XX][ZZ] || fr->box[YY][XX] ||
 473             fr->box[YY][ZZ] || fr->box[ZZ][XX] || fr->box[ZZ][YY])
 474         {
 475             fprintf(out, "%15.9f%15.9f%15.9f%15.9f%15.9f%15.9f",
 476                     fr->box[XX][YY], fr->box[XX][ZZ], fr->box[YY][XX],
 477                     fr->box[YY][ZZ], fr->box[ZZ][XX], fr->box[ZZ][YY]);
 478         }
 479         fprintf(out, "\n");
 480         fprintf(out, "END\n");
 481     }
 482 }
 483
 484 static int get_espresso_word(FILE *fp, char word[])
 485 {
 486     int  ret, nc, i;
 487
 488     ret = 0;
 489     nc  = 0;
 490
 491     do
 492     {
 493         i = fgetc(fp);
 494         if (i != EOF)
 495         {
 496             if (i == ' ' || i == '\n' || i == '\t')
 497             {
 498                 if (nc > 0)
 499                 {
 500                     ret = 1;
 501                 }
 502             }
 503             else if (i == '{')
 504             {
 505                 if (nc == 0)
 506                 {
 507                     word[nc++] = '{';
 508                 }
 509                 ret = 2;
 510             }
 511             else if (i == '}')
 512             {
 513                 if (nc == 0)
 514                 {
 515                     word[nc++] = '}';
 516                 }
 517                 ret = 3;
 518             }
 519             else
 520             {
 521                 word[nc++] = (char)i;
 522             }
 523         }
 524     }
 525     while (i != EOF && ret == 0);
 526
 527     word[nc] = '\0';
 528
 529     /*  printf("'%s'\n",word); */
 530
 531     return ret;
 532 }
 533
 534 static int check_open_parenthesis(FILE *fp, int r,
 535                                   const char *infile, const char *keyword)
 536 {
 537     int  level_inc;
 538     char word[STRLEN];
 539
 540     level_inc = 0;
 541     if (r == 2)
 542     {
 543         level_inc++;
 544     }
 545     else
 546     {
 547         r = get_espresso_word(fp, word);
 548         if (r == 2)
 549         {
 550             level_inc++;
 551         }
 552         else
 553         {
 554             gmx_fatal(FARGS, "Expected '{' after '%s' in file '%s'",
 555                       keyword, infile);
 556         }
 557     }
 558
 559     return level_inc;
 560 }
 561
 562 static int check_close_parenthesis(FILE *fp, int r,
 563                                    const char *infile, const char *keyword)
 564 {
 565     int  level_inc;
 566     char word[STRLEN];
 567
 568     level_inc = 0;
 569     if (r == 3)
 570     {
 571         level_inc--;
 572     }
 573     else
 574     {
 575         r = get_espresso_word(fp, word);
 576         if (r == 3)
 577         {
 578             level_inc--;
 579         }
 580         else
 581         {
 582             gmx_fatal(FARGS, "Expected '}' after section '%s' in file '%s'",
 583                       keyword, infile);
 584         }
 585     }
 586
 587     return level_inc;
 588 }
 589
 590 enum {
 591     espID, espPOS, espTYPE, espQ, espV, espF, espMOLECULE, espNR
 592 };
 593 const char *esp_prop[espNR] = {
 594     "id", "pos", "type", "q", "v", "f",
 595     "molecule"
 596 };
 597
 598 static void read_espresso_conf(const char *infile,
 599                                t_atoms *atoms, rvec x[], rvec *v, matrix box)
 600 {
 601     t_symtab *symtab = NULL;
 602     FILE     *fp;
 603     char      word[STRLEN], buf[STRLEN];
 604     int       natoms, level, npar, r, nprop, p, i, m, molnr;
 605     int       prop[32];
 606     double    d;
 607     gmx_bool  bFoundParticles, bFoundProp, bFoundVariable, bMol;
 608
 609     if (!symtab)
 610     {
 611         snew(symtab, 1);
 612         open_symtab(symtab);
 613     }
 614
 615     clear_mat(box);
 616
 617     fp = gmx_fio_fopen(infile, "r");
 618
 619     bFoundParticles = FALSE;
 620     bFoundVariable  = FALSE;
 621     bMol            = FALSE;
 622     level           = 0;
 623     while ((r = get_espresso_word(fp, word)))
 624     {
 625         if (level == 1 && strcmp(word, "particles") == 0 && !bFoundParticles)
 626         {
 627             bFoundParticles = TRUE;
 628             level          += check_open_parenthesis(fp, r, infile, "particles");
 629             nprop           = 0;
 630             while (level == 2 && (r = get_espresso_word(fp, word)))
 631             {
 632                 bFoundProp = FALSE;
 633                 for (p = 0; p < espNR; p++)
 634                 {
 635                     if (strcmp(word, esp_prop[p]) == 0)
 636                     {
 637                         bFoundProp    = TRUE;
 638                         prop[nprop++] = p;
 639                         /* printf("  prop[%d] = %s\n",nprop-1,esp_prop[prop[nprop-1]]); */
 640                     }
 641                 }
 642                 if (!bFoundProp && word[0] != '}')
 643                 {
 644                     gmx_fatal(FARGS, "Can not read Espresso files with particle property '%s'", word);
 645                 }
 646                 if (bFoundProp && p == espMOLECULE)
 647                 {
 648                     bMol = TRUE;
 649                 }
 650                 if (r == 3)
 651                 {
 652                     level--;
 653                 }
 654             }
 655
 656             i = 0;
 657             while (level > 0 && (r = get_espresso_word(fp, word)))
 658             {
 659                 if (r == 2)
 660                 {
 661                     level++;
 662                 }
 663                 else if (r == 3)
 664                 {
 665                     level--;
 666                 }
 667                 if (level == 2)
 668                 {
 669                     for (p = 0; p < nprop; p++)
 670                     {
 671                         switch (prop[p])
 672                         {
 673                             case espID:
 674                                 r = get_espresso_word(fp, word);
 675                                 /* Not used */
 676                                 break;
 677                             case espPOS:
 678                                 for (m = 0; m < 3; m++)
 679                                 {
 680                                     r = get_espresso_word(fp, word);
 681                                     sscanf(word, "%lf", &d);
 682                                     x[i][m] = d;
 683                                 }
 684                                 break;
 685                             case espTYPE:
 686                                 r                   = get_espresso_word(fp, word);
 687                                 atoms->atom[i].type = strtol(word, NULL, 10);
 688                                 break;
 689                             case espQ:
 690                                 r = get_espresso_word(fp, word);
 691                                 sscanf(word, "%lf", &d);
 692                                 atoms->atom[i].q = d;
 693                                 break;
 694                             case espV:
 695                                 for (m = 0; m < 3; m++)
 696                                 {
 697                                     r = get_espresso_word(fp, word);
 698                                     sscanf(word, "%lf", &d);
 699                                     v[i][m] = d;
 700                                 }
 701                                 break;
 702                             case espF:
 703                                 for (m = 0; m < 3; m++)
 704                                 {
 705                                     r = get_espresso_word(fp, word);
 706                                     /* not used */
 707                                 }
 708                                 break;
 709                             case espMOLECULE:
 710                                 r     = get_espresso_word(fp, word);
 711                                 molnr = strtol(word, NULL, 10);
 712                                 if (i == 0 ||
 713                                     atoms->resinfo[atoms->atom[i-1].resind].nr != molnr)
 714                                 {
 715                                     atoms->atom[i].resind =
 716                                         (i == 0 ? 0 : atoms->atom[i-1].resind+1);
 717                                     atoms->resinfo[atoms->atom[i].resind].nr       = molnr;
 718                                     atoms->resinfo[atoms->atom[i].resind].ic       = ' ';
 719                                     atoms->resinfo[atoms->atom[i].resind].chainid  = ' ';
 720                                     atoms->resinfo[atoms->atom[i].resind].chainnum = molnr; /* Not sure if this is right? */
 721                                 }
 722                                 else
 723                                 {
 724                                     atoms->atom[i].resind = atoms->atom[i-1].resind;
 725                                 }
 726                                 break;
 727                         }
 728                     }
 729                     /* Generate an atom name from the particle type */
 730                     sprintf(buf, "T%d", atoms->atom[i].type);
 731                     atoms->atomname[i] = put_symtab(symtab, buf);
 732                     if (bMol)
 733                     {
 734                         if (i == 0 || atoms->atom[i].resind != atoms->atom[i-1].resind)
 735                         {
 736                             atoms->resinfo[atoms->atom[i].resind].name =
 737                                 put_symtab(symtab, "MOL");
 738                         }
 739                     }
 740                     else
 741                     {
 742                         /* Residue number is the atom number */
 743                         atoms->atom[i].resind = i;
 744                         /* Generate an residue name from the particle type */
 745                         if (atoms->atom[i].type < 26)
 746                         {
 747                             sprintf(buf, "T%c", 'A'+atoms->atom[i].type);
 748                         }
 749                         else
 750                         {
 751                             sprintf(buf, "T%c%c",
 752                                     'A'+atoms->atom[i].type/26, 'A'+atoms->atom[i].type%26);
 753                         }
 754                         t_atoms_set_resinfo(atoms, i, symtab, buf, i, ' ', 0, ' ');
 755                     }
 756
 757                     if (r == 3)
 758                     {
 759                         level--;
 760                     }
 761                     i++;
 762                 }
 763             }
 764             atoms->nres = atoms->nr;
 765
 766             if (i != atoms->nr)
 767             {
 768                 gmx_fatal(FARGS, "Internal inconsistency in Espresso routines, read %d atoms, expected %d atoms", i, atoms->nr);
 769             }
 770         }
 771         else if (level == 1 && strcmp(word, "variable") == 0 && !bFoundVariable)
 772         {
 773             bFoundVariable = TRUE;
 774             level         += check_open_parenthesis(fp, r, infile, "variable");
 775             while (level == 2 && (r = get_espresso_word(fp, word)))
 776             {
 777                 if (level == 2 && strcmp(word, "box_l") == 0)
 778                 {
 779                     for (m = 0; m < 3; m++)
 780                     {
 781                         r = get_espresso_word(fp, word);
 782                         sscanf(word, "%lf", &d);
 783                         box[m][m] = d;
 784                     }
 785                     level += check_close_parenthesis(fp, r, infile, "box_l");
 786                 }
 787             }
 788         }
 789         else if (r == 2)
 790         {
 791             level++;
 792         }
 793         else if (r == 3)
 794         {
 795             level--;
 796         }
 797     }
 798
 799     if (!bFoundParticles)
 800     {
 801         fprintf(stderr, "Did not find a particles section in Espresso file '%s'\n",
 802                 infile);
 803     }
 804
 805     gmx_fio_fclose(fp);
 806 }
 807
 808 static int get_espresso_coordnum(const char *infile)
 809 {
 810     FILE    *fp;
 811     char     word[STRLEN];
 812     int      natoms, level, r;
 813     gmx_bool bFoundParticles;
 814
 815     natoms = 0;
 816
 817     fp = gmx_fio_fopen(infile, "r");
 818
 819     bFoundParticles = FALSE;
 820     level           = 0;
 821     while ((r = get_espresso_word(fp, word)) && !bFoundParticles)
 822     {
 823         if (level == 1 && strcmp(word, "particles") == 0 && !bFoundParticles)
 824         {
 825             bFoundParticles = TRUE;
 826             level          += check_open_parenthesis(fp, r, infile, "particles");
 827             while (level > 0 && (r = get_espresso_word(fp, word)))
 828             {
 829                 if (r == 2)
 830                 {
 831                     level++;
 832                     if (level == 2)
 833                     {
 834                         natoms++;
 835                     }
 836                 }
 837                 else if (r == 3)
 838                 {
 839                     level--;
 840                 }
 841             }
 842         }
 843         else if (r == 2)
 844         {
 845             level++;
 846         }
 847         else if (r == 3)
 848         {
 849             level--;
 850         }
 851     }
 852     if (!bFoundParticles)
 853     {
 854         fprintf(stderr, "Did not find a particles section in Espresso file '%s'\n",
 855                 infile);
 856     }
 857
 858     gmx_fio_fclose(fp);
 859
 860     return natoms;
 861 }
 862
 863 static void write_espresso_conf_indexed(FILE *out, const char *title,
 864                                         t_atoms *atoms, int nx, atom_id *index,
 865                                         rvec *x, rvec *v, matrix box)
 866 {
 867     int i, j;
 868
 869     fprintf(out, "# %s\n", title);
 870     if (TRICLINIC(box))
 871     {
 872         gmx_warning("The Espresso format does not support triclinic unit-cells");
 873     }
 874     fprintf(out, "{variable {box_l %f %f %f}}\n", box[0][0], box[1][1], box[2][2]);
 875
 876     fprintf(out, "{particles {id pos type q%s}\n", v ? " v" : "");
 877     for (i = 0; i < nx; i++)
 878     {
 879         if (index)
 880         {
 881             j = index[i];
 882         }
 883         else
 884         {
 885             j = i;
 886         }
 887         fprintf(out, "\t{%d %f %f %f %d %g",
 888                 j, x[j][XX], x[j][YY], x[j][ZZ],
 889                 atoms->atom[j].type, atoms->atom[j].q);
 890         if (v)
 891         {
 892             fprintf(out, " %f %f %f", v[j][XX], v[j][YY], v[j][ZZ]);
 893         }
 894         fprintf(out, "}\n");
 895     }
 896     fprintf(out, "}\n");
 897 }
 898
 899 static void get_coordnum_fp (FILE *in, char *title, int *natoms)
 900 {
 901     char line[STRLEN+1];
 902
 903     fgets2 (title, STRLEN, in);
 904     fgets2 (line, STRLEN, in);
 905     if (sscanf (line, "%d", natoms) != 1)
 906     {
 907         gmx_fatal(FARGS, "gro file does not have the number of atoms on the second line");
 908     }
 909 }
 910
 911 static void get_coordnum (const char *infile, int *natoms)
 912 {
 913     FILE *in;
 914     char  title[STRLEN];
 915
 916     in = gmx_fio_fopen(infile, "r");
 917     get_coordnum_fp(in, title, natoms);
 918     gmx_fio_fclose (in);
 919 }
 920
 921 static gmx_bool get_w_conf(FILE *in, const char *infile, char *title,
 922                            t_symtab *symtab, t_atoms *atoms, int *ndec,
 923                            rvec x[], rvec *v, matrix box)
 924 {
 925     char       name[6];
 926     char       line[STRLEN+1], *ptr;
 927     char       buf[256];
 928     double     x1, y1, z1, x2, y2, z2;
 929     rvec       xmin, xmax;
 930     int        natoms, i, m, resnr, newres, oldres, ddist, c;
 931     gmx_bool   bFirst, bVel;
 932     char      *p1, *p2, *p3;
 933
 934     newres  = -1;
 935     oldres  = NOTSET; /* Unlikely number for the first residue! */
 936     ddist   = 0;
 937
 938     /* Read the title and number of atoms */
 939     get_coordnum_fp(in, title, &natoms);
 940
 941     if (natoms > atoms->nr)
 942     {
 943         gmx_fatal(FARGS, "gro file contains more atoms (%d) than expected (%d)",
 944                   natoms, atoms->nr);
 945     }
 946     else if (natoms <  atoms->nr)
 947     {
 948         fprintf(stderr, "Warning: gro file contains less atoms (%d) than expected"
 949                 " (%d)\n", natoms, atoms->nr);
 950     }
 951
 952     bFirst = TRUE;
 953
 954     bVel = FALSE;
 955
 956     /* just pray the arrays are big enough */
 957     for (i = 0; (i < natoms); i++)
 958     {
 959         if ((fgets2 (line, STRLEN, in)) == NULL)
 960         {
 961             unexpected_eof(infile, i+2);
 962         }
 963         if (strlen(line) < 39)
 964         {
 965             gmx_fatal(FARGS, "Invalid line in %s for atom %d:\n%s", infile, i+1, line);
 966         }
 967
 968         /* determine read precision from distance between periods
 969            (decimal points) */
 970         if (bFirst)
 971         {
 972             bFirst = FALSE;
 973             p1     = strchr(line, '.');
 974             if (p1 == NULL)
 975             {
 976                 gmx_fatal(FARGS, "A coordinate in file %s does not contain a '.'", infile);
 977             }
 978             p2 = strchr(&p1[1], '.');
 979             if (p2 == NULL)
 980             {
 981                 gmx_fatal(FARGS, "A coordinate in file %s does not contain a '.'", infile);
 982             }
 983             ddist = p2 - p1;
 984             *ndec = ddist - 5;
 985
 986             p3 = strchr(&p2[1], '.');
 987             if (p3 == NULL)
 988             {
 989                 gmx_fatal(FARGS, "A coordinate in file %s does not contain a '.'", infile);
 990             }
 991
 992             if (p3 - p2 != ddist)
 993             {
 994                 gmx_fatal(FARGS, "The spacing of the decimal points in file %s is not consistent for x, y and z", infile);
 995             }
 996         }
 997
 998         /* residue number*/
 999         memcpy(name, line, 5);
1000         name[5] = '\0';
1001         sscanf(name, "%d", &resnr);
1002         memcpy(name, line+5, 5);
1003         name[5] = '\0';
1004         if (resnr != oldres)
1005         {
1006             oldres = resnr;
1007             newres++;
1008             if (newres >= natoms)
1009             {
1010                 gmx_fatal(FARGS, "More residues than atoms in %s (natoms = %d)",
1011                           infile, natoms);
1012             }
1013             atoms->atom[i].resind = newres;
1014             t_atoms_set_resinfo(atoms, i, symtab, name, resnr, ' ', 0, ' ');
1015         }
1016         else
1017         {
1018             atoms->atom[i].resind = newres;
1019         }
1020
1021         /* atomname */
1022         memcpy(name, line+10, 5);
1023         atoms->atomname[i] = put_symtab(symtab, name);
1024
1025         /* eventueel controle atomnumber met i+1 */
1026
1027         /* coordinates (start after residue shit) */
1028         ptr = line + 20;
1029         /* Read fixed format */
1030         for (m = 0; m < DIM; m++)
1031         {
1032             for (c = 0; (c < ddist && ptr[0]); c++)
1033             {
1034                 buf[c] = ptr[0];
1035                 ptr++;
1036             }
1037             buf[c] = '\0';
1038             if (sscanf (buf, "%lf %lf", &x1, &x2) != 1)
1039             {
1040                 gmx_fatal(FARGS, "Something is wrong in the coordinate formatting of file %s. Note that gro is fixed format (see the manual)", infile);
1041             }
1042             else
1043             {
1044                 x[i][m] = x1;
1045             }
1046         }
1047
1048         /* velocities (start after residues and coordinates) */
1049         if (v)
1050         {
1051             /* Read fixed format */
1052             for (m = 0; m < DIM; m++)
1053             {
1054                 for (c = 0; (c < ddist && ptr[0]); c++)
1055                 {
1056                     buf[c] = ptr[0];
1057                     ptr++;
1058                 }
1059                 buf[c] = '\0';
1060                 if (sscanf (buf, "%lf", &x1) != 1)
1061                 {
1062                     v[i][m] = 0;
1063                 }
1064                 else
1065                 {
1066                     v[i][m] = x1;
1067                     bVel    = TRUE;
1068                 }
1069             }
1070         }
1071     }
1072     atoms->nres = newres + 1;
1073
1074     /* box */
1075     fgets2 (line, STRLEN, in);
1076     if (sscanf (line, "%lf%lf%lf", &x1, &y1, &z1) != 3)
1077     {
1078         gmx_warning("Bad box in file %s", infile);
1079
1080         /* Generate a cubic box */
1081         for (m = 0; (m < DIM); m++)
1082         {
1083             xmin[m] = xmax[m] = x[0][m];
1084         }
1085         for (i = 1; (i < atoms->nr); i++)
1086         {
1087             for (m = 0; (m < DIM); m++)
1088             {
1089                 xmin[m] = min(xmin[m], x[i][m]);
1090                 xmax[m] = max(xmax[m], x[i][m]);
1091             }
1092         }
1093         for (i = 0; i < DIM; i++)
1094         {
1095             for (m = 0; m < DIM; m++)
1096             {
1097                 box[i][m] = 0.0;
1098             }
1099         }
1100         for (m = 0; (m < DIM); m++)
1101         {
1102             box[m][m] = (xmax[m]-xmin[m]);
1103         }
1104         fprintf(stderr, "Generated a cubic box %8.3f x %8.3f x %8.3f\n",
1105                 box[XX][XX], box[YY][YY], box[ZZ][ZZ]);
1106     }
1107     else
1108     {
1109         /* We found the first three values, the diagonal elements */
1110         box[XX][XX] = x1;
1111         box[YY][YY] = y1;
1112         box[ZZ][ZZ] = z1;
1113         if (sscanf (line, "%*f%*f%*f%lf%lf%lf%lf%lf%lf",
1114                     &x1, &y1, &z1, &x2, &y2, &z2) != 6)
1115         {
1116             x1 = y1 = z1 = x2 = y2 = z2 = 0.0;
1117         }
1118         box[XX][YY] = x1;
1119         box[XX][ZZ] = y1;
1120         box[YY][XX] = z1;
1121         box[YY][ZZ] = x2;
1122         box[ZZ][XX] = y2;
1123         box[ZZ][YY] = z2;
1124     }
1125
1126     return bVel;
1127 }
1128
1129 static void read_whole_conf(const char *infile, char *title,
1130                             t_atoms *atoms, rvec x[], rvec *v, matrix box)
1131 {
1132     FILE    *in;
1133     int      ndec;
1134     t_symtab symtab;
1135
1136     /* open file */
1137     in = gmx_fio_fopen(infile, "r");
1138
1139     open_symtab(&symtab);
1140     get_w_conf(in, infile, title, &symtab, atoms, &ndec, x, v, box);
1141     /* We can't free the symbols, as they are still used in atoms, so
1142      * the only choice is to leak them. */
1143     free_symtab(&symtab);
1144
1145     gmx_fio_fclose(in);
1146 }
1147
1148 gmx_bool gro_next_x_or_v(FILE *status, t_trxframe *fr)
1149 {
1150     t_atoms  atoms;
1151     t_symtab symtab;
1152     char     title[STRLEN], *p;
1153     double   tt;
1154     int      ndec = 0, i;
1155
1156     if (gmx_eof(status))
1157     {
1158         return FALSE;
1159     }
1160
1161     open_symtab(&symtab);
1162     atoms.nr = fr->natoms;
1163     snew(atoms.atom, fr->natoms);
1164     atoms.nres = fr->natoms;
1165     snew(atoms.resinfo, fr->natoms);
1166     snew(atoms.atomname, fr->natoms);
1167
1168     fr->bV    = get_w_conf(status, title, title, &symtab, &atoms, &ndec, fr->x, fr->v, fr->box);
1169     fr->bPrec = TRUE;
1170     fr->prec  = 1;
1171     /* prec = 10^ndec: */
1172     for (i = 0; i < ndec; i++)
1173     {
1174         fr->prec *= 10;
1175     }
1176     fr->title  = title;
1177     fr->bTitle = TRUE;
1178     fr->bX     = TRUE;
1179     fr->bBox   = TRUE;
1180
1181     sfree(atoms.atom);
1182     sfree(atoms.resinfo);
1183     sfree(atoms.atomname);
1184     done_symtab(&symtab);
1185
1186     if ((p = strstr(title, "t=")) != NULL)
1187     {
1188         p += 2;
1189         if (sscanf(p, "%lf", &tt) == 1)
1190         {
1191             fr->time  = tt;
1192             fr->bTime = TRUE;
1193         }
1194         else
1195         {
1196             fr->time  = 0;
1197             fr->bTime = FALSE;
1198         }
1199     }
1200
1201     if (atoms.nr != fr->natoms)
1202     {
1203         gmx_fatal(FARGS, "Number of atoms in gro frame (%d) doesn't match the number in the previous frame (%d)", atoms.nr, fr->natoms);
1204     }
1205
1206     return TRUE;
1207 }
1208
1209 int gro_first_x_or_v(FILE *status, t_trxframe *fr)
1210 {
1211     char title[STRLEN];
1212
1213     frewind(status);
1214     fprintf(stderr, "Reading frames from gro file");
1215     get_coordnum_fp(status, title, &fr->natoms);
1216     frewind(status);
1217     fprintf(stderr, " '%s', %d atoms.\n", title, fr->natoms);
1218     fr->bTitle = TRUE;
1219     fr->title  = title;
1220     if (fr->natoms == 0)
1221     {
1222         gmx_file("No coordinates in gro file");
1223     }
1224
1225     snew(fr->x, fr->natoms);
1226     snew(fr->v, fr->natoms);
1227     gro_next_x_or_v(status, fr);
1228
1229     return fr->natoms;
1230 }
1231
1232 static void make_hconf_format(int pr, gmx_bool bVel, char format[])
1233 {
1234     int l, vpr;
1235
1236     /* build format string for printing,
1237        something like "%8.3f" for x and "%8.4f" for v */
1238     if (pr < 0)
1239     {
1240         pr = 0;
1241     }
1242     if (pr > 30)
1243     {
1244         pr = 30;
1245     }
1246     l   = pr+5;
1247     vpr = pr+1;
1248     if (bVel)
1249     {
1250         sprintf(format, "%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df\n",
1251                 l, pr, l, pr, l, pr, l, vpr, l, vpr, l, vpr);
1252     }
1253     else
1254     {
1255         sprintf(format, "%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df\n", l, pr, l, pr, l, pr);
1256     }
1257
1258 }
1259
1260 static void write_hconf_box(FILE *out, int pr, matrix box)
1261 {
1262     char format[100];
1263     int  l;
1264
1265     if (pr < 5)
1266     {
1267         pr = 5;
1268     }
1269     l = pr+5;
1270
1271     if (box[XX][YY] || box[XX][ZZ] || box[YY][XX] || box[YY][ZZ] ||
1272         box[ZZ][XX] || box[ZZ][YY])
1273     {
1274         sprintf(format, "%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df"
1275                 "%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df\n",
1276                 l, pr, l, pr, l, pr, l, pr, l, pr, l, pr, l, pr, l, pr, l, pr);
1277         fprintf(out, format,
1278                 box[XX][XX], box[YY][YY], box[ZZ][ZZ],
1279                 box[XX][YY], box[XX][ZZ], box[YY][XX],
1280                 box[YY][ZZ], box[ZZ][XX], box[ZZ][YY]);
1281     }
1282     else
1283     {
1284         sprintf(format, "%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df\n", l, pr, l, pr, l, pr);
1285         fprintf(out, format,
1286                 box[XX][XX], box[YY][YY], box[ZZ][ZZ]);
1287     }
1288 }
1289
1290 void write_hconf_indexed_p(FILE *out, const char *title, t_atoms *atoms,
1291                            int nx, const atom_id index[], int pr,
1292                            rvec *x, rvec *v, matrix box)
1293 {
1294     char resnm[6], nm[6], format[100];
1295     int  ai, i, resind, resnr;
1296
1297     bromacs(format, 99);
1298     fprintf (out, "%s\n", (title && title[0]) ? title : format);
1299     fprintf (out, "%5d\n", nx);
1300
1301     make_hconf_format(pr, v != NULL, format);
1302
1303     for (i = 0; (i < nx); i++)
1304     {
1305         ai = index[i];
1306
1307         resind = atoms->atom[ai].resind;
1308         strncpy(resnm, " ??? ", sizeof(resnm)-1);
1309         if (resind < atoms->nres)
1310         {
1311             strncpy(resnm, *atoms->resinfo[resind].name, sizeof(resnm)-1);
1312             resnr = atoms->resinfo[resind].nr;
1313         }
1314         else
1315         {
1316             strncpy(resnm, " ??? ", sizeof(resnm)-1);
1317             resnr = resind + 1;
1318         }
1319
1320         if (atoms->atom)
1321         {
1322             strncpy(nm, *atoms->atomname[ai], sizeof(nm)-1);
1323         }
1324         else
1325         {
1326             strncpy(nm, " ??? ", sizeof(nm)-1);
1327         }
1328
1329         fprintf(out, "%5d%-5.5s%5.5s%5d", resnr%100000, resnm, nm, (ai+1)%100000);
1330         /* next fprintf uses built format string */
1331         if (v)
1332         {
1333             fprintf(out, format,
1334                     x[ai][XX], x[ai][YY], x[ai][ZZ], v[ai][XX], v[ai][YY], v[ai][ZZ]);
1335         }
1336         else
1337         {
1338             fprintf(out, format,
1339                     x[ai][XX], x[ai][YY], x[ai][ZZ]);
1340         }
1341     }
1342
1343     write_hconf_box(out, pr, box);
1344
1345     fflush(out);
1346 }
1347
1348 static void write_hconf_mtop(FILE *out, const char *title, gmx_mtop_t *mtop,
1349                              int pr,
1350                              rvec *x, rvec *v, matrix box)
1351 {
1352     char                    format[100];
1353     int                     i, resnr;
1354     gmx_mtop_atomloop_all_t aloop;
1355     t_atom                 *atom;
1356     char                   *atomname, *resname;
1357
1358     bromacs(format, 99);
1359     fprintf (out, "%s\n", (title && title[0]) ? title : format);
1360     fprintf (out, "%5d\n", mtop->natoms);
1361
1362     make_hconf_format(pr, v != NULL, format);
1363
1364     aloop = gmx_mtop_atomloop_all_init(mtop);
1365     while (gmx_mtop_atomloop_all_next(aloop, &i, &atom))
1366     {
1367         gmx_mtop_atomloop_all_names(aloop, &atomname, &resnr, &resname);
1368
1369         fprintf(out, "%5d%-5.5s%5.5s%5d",
1370                 resnr%100000, resname, atomname, (i+1)%100000);
1371         /* next fprintf uses built format string */
1372         if (v)
1373         {
1374             fprintf(out, format,
1375                     x[i][XX], x[i][YY], x[i][ZZ], v[i][XX], v[i][YY], v[i][ZZ]);
1376         }
1377         else
1378         {
1379             fprintf(out, format,
1380                     x[i][XX], x[i][YY], x[i][ZZ]);
1381         }
1382     }
1383
1384     write_hconf_box(out, pr, box);
1385
1386     fflush(out);
1387 }
1388
1389 void write_hconf_p(FILE *out, const char *title, t_atoms *atoms, int pr,
1390                    rvec *x, rvec *v, matrix box)
1391 {
1392     atom_id *aa;
1393     int      i;
1394
1395     snew(aa, atoms->nr);
1396     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
1397     {
1398         aa[i] = i;
1399     }
1400     write_hconf_indexed_p(out, title, atoms, atoms->nr, aa, pr, x, v, box);
1401     sfree(aa);
1402 }
1403
1404 void write_conf_p(const char *outfile, const char *title,
1405                   t_atoms *atoms, int pr,
1406                   rvec *x, rvec *v, matrix box)
1407 {
1408     FILE *out;
1409
1410     out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1411     write_hconf_p(out, title, atoms, pr, x, v, box);
1412
1413     gmx_fio_fclose (out);
1414 }
1415
1416 static void write_conf(const char *outfile, const char *title, t_atoms *atoms,
1417                        rvec *x, rvec *v, matrix box)
1418 {
1419     write_conf_p(outfile, title, atoms, 3, x, v, box);
1420 }
1421
1422 void write_sto_conf_indexed(const char *outfile, const char *title,
1423                             t_atoms *atoms,
1424                             rvec x[], rvec *v, int ePBC, matrix box,
1425                             atom_id nindex, atom_id index[])
1426 {
1427     FILE       *out;
1428     int         ftp;
1429     t_trxframe  fr;
1430
1431     ftp = fn2ftp(outfile);
1432     switch (ftp)
1433     {
1434         case efGRO:
1435             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1436             write_hconf_indexed_p(out, title, atoms, nindex, index, 3, x, v, box);
1437             gmx_fio_fclose(out);
1438             break;
1439         case efG96:
1440             clear_trxframe(&fr, TRUE);
1441             fr.bTitle = TRUE;
1442             fr.title  = title;
1443             fr.natoms = atoms->nr;
1444             fr.bAtoms = TRUE;
1445             fr.atoms  = atoms;
1446             fr.bX     = TRUE;
1447             fr.x      = x;
1448             if (v)
1449             {
1450                 fr.bV = TRUE;
1451                 fr.v  = v;
1452             }
1453             fr.bBox = TRUE;
1454             copy_mat(box, fr.box);
1455             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1456             write_g96_conf(out, &fr, nindex, index);
1457             gmx_fio_fclose(out);
1458             break;
1459         case efPDB:
1460         case efBRK:
1461         case efENT:
1462         case efPQR:
1463             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1464             write_pdbfile_indexed(out, title, atoms, x, ePBC, box, ' ', -1, nindex, index, NULL, TRUE);
1465             gmx_fio_fclose(out);
1466             break;
1467         case efESP:
1468             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1469             write_espresso_conf_indexed(out, title, atoms, nindex, index, x, v, box);
1470             gmx_fio_fclose(out);
1471             break;
1472         case efTPR:
1473         case efTPB:
1474         case efTPA:
1475             gmx_fatal(FARGS, "Sorry, can not write a topology to %s", outfile);
1476             break;
1477         default:
1478             gmx_incons("Not supported in write_sto_conf_indexed");
1479     }
1480 }
1481
1482 static void write_xyz_conf(const char *outfile, const char *title,
1483                            t_atoms *atoms, rvec *x)
1484 {
1485     FILE          *fp;
1486     int            i, anr;
1487     real           value;
1488     char          *ptr, *name;
1489     gmx_atomprop_t aps = gmx_atomprop_init();
1490
1491     fp = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1492     fprintf(fp, "%3d\n", atoms->nr);
1493     fprintf(fp, "%s\n", title);
1494     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
1495     {
1496         anr  = atoms->atom[i].atomnumber;
1497         name = *atoms->atomname[i];
1498         if (anr == NOTSET)
1499         {
1500             if (gmx_atomprop_query(aps, epropElement, "???", name, &value))
1501             {
1502                 anr = gmx_nint(value);
1503             }
1504         }
1505         if ((ptr = gmx_atomprop_element(aps, anr)) == NULL)
1506         {
1507             ptr = name;
1508         }
1509         fprintf(fp, "%3s%10.5f%10.5f%10.5f\n", ptr,
1510                 10*x[i][XX], 10*x[i][YY], 10*x[i][ZZ]);
1511     }
1512     gmx_fio_fclose(fp);
1513     gmx_atomprop_destroy(aps);
1514 }
1515
1516 void write_sto_conf(const char *outfile, const char *title, t_atoms *atoms,
1517                     rvec x[], rvec *v, int ePBC, matrix box)
1518 {
1519     FILE       *out;
1520     int         ftp;
1521     t_trxframe  fr;
1522
1523     ftp = fn2ftp(outfile);
1524     switch (ftp)
1525     {
1526         case efGRO:
1527             write_conf(outfile, title, atoms, x, v, box);
1528             break;
1529         case efG96:
1530             clear_trxframe(&fr, TRUE);
1531             fr.bTitle = TRUE;
1532             fr.title  = title;
1533             fr.natoms = atoms->nr;
1534             fr.bAtoms = TRUE;
1535             fr.atoms  = atoms;
1536             fr.bX     = TRUE;
1537             fr.x      = x;
1538             if (v)
1539             {
1540                 fr.bV = TRUE;
1541                 fr.v  = v;
1542             }
1543             fr.bBox = TRUE;
1544             copy_mat(box, fr.box);
1545             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1546             write_g96_conf(out, &fr, -1, NULL);
1547             gmx_fio_fclose(out);
1548             break;
1549         case efXYZ:
1550             write_xyz_conf(outfile, (strlen(title) > 0) ? title : outfile, atoms, x);
1551             break;
1552         case efPDB:
1553         case efBRK:
1554         case efENT:
1555             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1556             write_pdbfile(out, title, atoms, x, ePBC, box, ' ', -1, NULL, TRUE);
1557             gmx_fio_fclose(out);
1558             break;
1559         case efESP:
1560             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1561             write_espresso_conf_indexed(out, title, atoms, atoms->nr, NULL, x, v, box);
1562             gmx_fio_fclose(out);
1563             break;
1564         case efTPR:
1565         case efTPB:
1566         case efTPA:
1567             gmx_fatal(FARGS, "Sorry, can not write a topology to %s", outfile);
1568             break;
1569         default:
1570             gmx_incons("Not supported in write_sto_conf");
1571     }
1572 }
1573
1574 void write_sto_conf_mtop(const char *outfile, const char *title,
1575                          gmx_mtop_t *mtop,
1576                          rvec x[], rvec *v, int ePBC, matrix box)
1577 {
1578     int     ftp;
1579     FILE   *out;
1580     t_atoms atoms;
1581
1582     ftp = fn2ftp(outfile);
1583     switch (ftp)
1584     {
1585         case efGRO:
1586             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1587             write_hconf_mtop(out, title, mtop, 3, x, v, box);
1588             gmx_fio_fclose(out);
1589             break;
1590         default:
1591             /* This is a brute force approach which requires a lot of memory.
1592              * We should implement mtop versions of all writing routines.
1593              */
1594             atoms = gmx_mtop_global_atoms(mtop);
1595
1596             write_sto_conf(outfile, title, &atoms, x, v, ePBC, box);
1597
1598             done_atom(&atoms);
1599             break;
1600     }
1601 }
1602
1603 static int get_xyz_coordnum(const char *infile)
1604 {
1605     FILE *fp;
1606     int   n;
1607
1608     fp = gmx_fio_fopen(infile, "r");
1609     if (fscanf(fp, "%d", &n) != 1)
1610     {
1611         gmx_fatal(FARGS, "Can not read number of atoms from %s", infile);
1612     }
1613     gmx_fio_fclose(fp);
1614
1615     return n;
1616 }
1617
1618 static void read_xyz_conf(const char *infile, char *title,
1619                           t_atoms *atoms, rvec *x)
1620 {
1621     FILE     *fp;
1622     int       i, n;
1623     double    xx, yy, zz;
1624     t_symtab *tab;
1625     char      atomnm[32], buf[STRLEN];
1626
1627     snew(tab, 1);
1628     fp = gmx_fio_fopen(infile, "r");
1629     fgets2(buf, STRLEN-1, fp);
1630     if (sscanf(buf, "%d", &n) != 1)
1631     {
1632         gmx_fatal(FARGS, "Can not read number of atoms from %s", infile);
1633     }
1634     fgets2(buf, STRLEN-1, fp);
1635     strcpy(title, buf);
1636     for (i = 0; (i < n); i++)
1637     {
1638         fgets2(buf, STRLEN-1, fp);
1639         if (sscanf(buf, "%s%lf%lf%lf", atomnm, &xx, &yy, &zz) != 4)
1640         {
1641             gmx_fatal(FARGS, "Can not read coordinates from %s", infile);
1642         }
1643         atoms->atomname[i] = put_symtab(tab, atomnm);
1644         x[i][XX]           = xx*0.1;
1645         x[i][YY]           = yy*0.1;
1646         x[i][ZZ]           = zz*0.1;
1647     }
1648     gmx_fio_fclose(fp);
1649 }
1650
1651 void get_stx_coordnum(const char *infile, int *natoms)
1652 {
1653     FILE      *in;
1654     int        ftp, tpxver, tpxgen;
1655     t_trxframe fr;
1656     char       g96_line[STRLEN+1];
1657
1658     ftp = fn2ftp(infile);
1659     range_check(ftp, 0, efNR);
1660     switch (ftp)
1661     {
1662         case efGRO:
1663             get_coordnum(infile, natoms);
1664             break;
1665         case efG96:
1666             in        = gmx_fio_fopen(infile, "r");
1667             fr.title  = NULL;
1668             fr.natoms = -1;
1669             fr.atoms  = NULL;
1670             fr.x      = NULL;
1671             fr.v      = NULL;
1672             fr.f      = NULL;
1673             *natoms   = read_g96_conf(in, infile, &fr, g96_line);
1674             gmx_fio_fclose(in);
1675             break;
1676         case efXYZ:
1677             *natoms = get_xyz_coordnum(infile);
1678             break;
1679         case efPDB:
1680         case efBRK:
1681         case efENT:
1682             in = gmx_fio_fopen(infile, "r");
1683             get_pdb_coordnum(in, natoms);
1684             gmx_fio_fclose(in);
1685             break;
1686         case efESP:
1687             *natoms = get_espresso_coordnum(infile);
1688             break;
1689         case efTPA:
1690         case efTPB:
1691         case efTPR:
1692         {
1693             t_tpxheader tpx;
1694
1695             read_tpxheader(infile, &tpx, TRUE, &tpxver, &tpxgen);
1696             *natoms = tpx.natoms;
1697             break;
1698         }
1699         default:
1700             gmx_fatal(FARGS, "File type %s not supported in get_stx_coordnum",
1701                       ftp2ext(ftp));
1702     }
1703 }
1704
1705 void read_stx_conf(const char *infile, char *title, t_atoms *atoms,
1706                    rvec x[], rvec *v, int *ePBC, matrix box)
1707 {
1708     FILE       *in;
1709     char        buf[256];
1710     gmx_mtop_t *mtop;
1711     t_topology  top;
1712     t_trxframe  fr;
1713     int         i, ftp, natoms;
1714     real        d;
1715     char        g96_line[STRLEN+1];
1716
1717     if (atoms->nr == 0)
1718     {
1719         fprintf(stderr, "Warning: Number of atoms in %s is 0\n", infile);
1720     }
1721     else if (atoms->atom == NULL)
1722     {
1723         gmx_mem("Uninitialized array atom");
1724     }
1725
1726     if (ePBC)
1727     {
1728         *ePBC = -1;
1729     }
1730
1731     ftp = fn2ftp(infile);
1732     switch (ftp)
1733     {
1734         case efGRO:
1735             read_whole_conf(infile, title, atoms, x, v, box);
1736             break;
1737         case efXYZ:
1738             read_xyz_conf(infile, title, atoms, x);
1739             break;
1740         case efG96:
1741             fr.title  = NULL;
1742             fr.natoms = atoms->nr;
1743             fr.atoms  = atoms;
1744             fr.x      = x;
1745             fr.v      = v;
1746             fr.f      = NULL;
1747             in        = gmx_fio_fopen(infile, "r");
1748             read_g96_conf(in, infile, &fr, g96_line);
1749             gmx_fio_fclose(in);
1750             copy_mat(fr.box, box);
1751             strncpy(title, fr.title, STRLEN);
1752             break;
1753         case efPDB:
1754         case efBRK:
1755         case efENT:
1756             read_pdb_conf(infile, title, atoms, x, ePBC, box, TRUE, NULL);
1757             break;
1758         case efESP:
1759             read_espresso_conf(infile, atoms, x, v, box);
1760             break;
1761         case efTPR:
1762         case efTPB:
1763         case efTPA:
1764             snew(mtop, 1);
1765             i = read_tpx(infile, NULL, box, &natoms, x, v, NULL, mtop);
1766             if (ePBC)
1767             {
1768                 *ePBC = i;
1769             }
1770
1771             strcpy(title, *(mtop->name));
1772
1773             /* Free possibly allocated memory */
1774             done_atom(atoms);
1775
1776             *atoms = gmx_mtop_global_atoms(mtop);
1777             top    = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
1778             tpx_make_chain_identifiers(atoms, &top.mols);
1779
1780             sfree(mtop);
1781             /* The strings in the symtab are still in use in the returned t_atoms
1782              * structure, so we should not free them. But there is no place to put the
1783              * symbols; the only choice is to leak the memory...
1784              * So we clear the symbol table before freeing the topology structure. */
1785             free_symtab(&top.symtab);
1786             done_top(&top);
1787
1788             break;
1789         default:
1790             gmx_incons("Not supported in read_stx_conf");
1791     }
1792 }