src/gromacs/fileio/confio.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <math.h>
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "typedefs.h"
  44 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  45 #include "sysstuff.h"
  46 #include <errno.h>
  47 #include "macros.h"
  48 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  49 #include "confio.h"
  50 #include "vec.h"
  51 #include "symtab.h"
  52 #include "futil.h"
  53 #include "xdrf.h"
  54 #include "filenm.h"
  55 #include "pdbio.h"
  56 #include "tpxio.h"
  57 #include "trxio.h"
  58 #include "gmx_fatal.h"
  59 #include "copyrite.h"
  60 #include "pbc.h"
  61 #include "mtop_util.h"
  62 #include "gmxfio.h"
  63
  64 #define CHAR_SHIFT 24
  65
  66 static int read_g96_pos(char line[], t_symtab *symtab,
  67                         FILE *fp, const char *infile,
  68                         t_trxframe *fr)
  69 {
  70     t_atoms   *atoms;
  71     gmx_bool   bEnd;
  72     int        nwanted, natoms, atnr, resnr = 0, oldres, newres, shift;
  73     char       anm[STRLEN], resnm[STRLEN];
  74     char       c1, c2;
  75     double     db1, db2, db3;
  76
  77     nwanted = fr->natoms;
  78
  79     atoms = fr->atoms;
  80
  81     natoms = 0;
  82
  83     if (fr->bX)
  84     {
  85         if (fr->bAtoms)
  86         {
  87             shift = CHAR_SHIFT;
  88         }
  89         else
  90         {
  91             shift = 0;
  92         }
  93         newres  = -1;
  94         oldres  = -666; /* Unlikely number for the first residue! */
  95         bEnd    = FALSE;
  96         while (!bEnd && fgets2(line, STRLEN, fp))
  97         {
  98             bEnd = (strncmp(line, "END", 3) == 0);
  99             if (!bEnd  && (line[0] != '#'))
 100             {
 101                 if (sscanf(line+shift, "%15lf%15lf%15lf", &db1, &db2, &db3) != 3)
 102                 {
 103                     gmx_fatal(FARGS, "Did not find 3 coordinates for atom %d in %s\n",
 104                               natoms+1, infile);
 105                 }
 106                 if ((nwanted != -1) && (natoms >= nwanted))
 107                 {
 108                     gmx_fatal(FARGS,
 109                               "Found more coordinates (%d) in %s than expected %d\n",
 110                               natoms, infile, nwanted);
 111                 }
 112                 if (atoms)
 113                 {
 114                     if (fr->bAtoms &&
 115                         (sscanf(line, "%5d%c%5s%c%5s%7d", &resnr, &c1, resnm, &c2, anm, &atnr)
 116                          != 6))
 117                     {
 118                         if (oldres >= 0)
 119                         {
 120                             resnr = oldres;
 121                         }
 122                         else
 123                         {
 124                             resnr    = 1;
 125                             strncpy(resnm, "???", sizeof(resnm)-1);
 126                         }
 127                         strncpy(anm, "???", sizeof(anm)-1);
 128                     }
 129                     atoms->atomname[natoms] = put_symtab(symtab, anm);
 130                     if (resnr != oldres)
 131                     {
 132                         oldres = resnr;
 133                         newres++;
 134                         if (newres >= atoms->nr)
 135                         {
 136                             gmx_fatal(FARGS, "More residues than atoms in %s (natoms = %d)",
 137                                       infile, atoms->nr);
 138                         }
 139                         atoms->atom[natoms].resind = newres;
 140                         if (newres+1 > atoms->nres)
 141                         {
 142                             atoms->nres = newres+1;
 143                         }
 144                         t_atoms_set_resinfo(atoms, natoms, symtab, resnm, resnr, ' ', 0, ' ');
 145                     }
 146                     else
 147                     {
 148                         atoms->atom[natoms].resind = newres;
 149                     }
 150                 }
 151                 if (fr->x)
 152                 {
 153                     fr->x[natoms][0] = db1;
 154                     fr->x[natoms][1] = db2;
 155                     fr->x[natoms][2] = db3;
 156                 }
 157                 natoms++;
 158             }
 159         }
 160         if ((nwanted != -1) && natoms != nwanted)
 161         {
 162             fprintf(stderr,
 163                     "Warning: found less coordinates (%d) in %s than expected %d\n",
 164                     natoms, infile, nwanted);
 165         }
 166     }
 167
 168     fr->natoms = natoms;
 169
 170     return natoms;
 171 }
 172
 173 static int read_g96_vel(char line[], FILE *fp, const char *infile,
 174                         t_trxframe *fr)
 175 {
 176     gmx_bool   bEnd;
 177     int        nwanted, natoms = -1, shift;
 178     double     db1, db2, db3;
 179
 180     nwanted = fr->natoms;
 181
 182     if (fr->v && fr->bV)
 183     {
 184         if (strcmp(line, "VELOCITYRED") == 0)
 185         {
 186             shift = 0;
 187         }
 188         else
 189         {
 190             shift = CHAR_SHIFT;
 191         }
 192         natoms = 0;
 193         bEnd   = FALSE;
 194         while (!bEnd && fgets2(line, STRLEN, fp))
 195         {
 196             bEnd = (strncmp(line, "END", 3) == 0);
 197             if (!bEnd && (line[0] != '#'))
 198             {
 199                 if (sscanf(line+shift, "%15lf%15lf%15lf", &db1, &db2, &db3) != 3)
 200                 {
 201                     gmx_fatal(FARGS, "Did not find 3 velocities for atom %d in %s",
 202                               natoms+1, infile);
 203                 }
 204                 if ((nwanted != -1) && (natoms >= nwanted))
 205                 {
 206                     gmx_fatal(FARGS, "Found more velocities (%d) in %s than expected %d\n",
 207                               natoms, infile, nwanted);
 208                 }
 209                 if (fr->v)
 210                 {
 211                     fr->v[natoms][0] = db1;
 212                     fr->v[natoms][1] = db2;
 213                     fr->v[natoms][2] = db3;
 214                 }
 215                 natoms++;
 216             }
 217         }
 218         if ((nwanted != -1) && (natoms != nwanted))
 219         {
 220             fprintf(stderr,
 221                     "Warning: found less velocities (%d) in %s than expected %d\n",
 222                     natoms, infile, nwanted);
 223         }
 224     }
 225
 226     return natoms;
 227 }
 228
 229 int read_g96_conf(FILE *fp, const char *infile, t_trxframe *fr, char *line)
 230 {
 231     t_symtab  *symtab = NULL;
 232     gmx_bool   bAtStart, bTime, bAtoms, bPos, bVel, bBox, bEnd, bFinished;
 233     int        natoms, nbp;
 234     double     db1, db2, db3, db4, db5, db6, db7, db8, db9;
 235
 236     bAtStart = (ftell(fp) == 0);
 237
 238     clear_trxframe(fr, FALSE);
 239
 240     if (!symtab)
 241     {
 242         snew(symtab, 1);
 243         open_symtab(symtab);
 244     }
 245
 246     natoms = 0;
 247
 248     if (bAtStart)
 249     {
 250         while (!fr->bTitle && fgets2(line, STRLEN, fp))
 251         {
 252             fr->bTitle = (strcmp(line, "TITLE") == 0);
 253         }
 254         if (fr->title == NULL)
 255         {
 256             fgets2(line, STRLEN, fp);
 257             fr->title = strdup(line);
 258         }
 259         bEnd = FALSE;
 260         while (!bEnd && fgets2(line, STRLEN, fp))
 261         {
 262             bEnd = (strcmp(line, "END") == 0);
 263         }
 264         fgets2(line, STRLEN, fp);
 265     }
 266
 267     /* Do not get a line if we are not at the start of the file, *
 268      * because without a parameter file we don't know what is in *
 269      * the trajectory and we have already read the line in the   *
 270      * previous call (VERY DIRTY).                               */
 271     bFinished = FALSE;
 272     do
 273     {
 274         bTime  = (strcmp(line, "TIMESTEP") == 0);
 275         bAtoms = (strcmp(line, "POSITION") == 0);
 276         bPos   = (bAtoms || (strcmp(line, "POSITIONRED") == 0));
 277         bVel   = (strncmp(line, "VELOCITY", 8) == 0);
 278         bBox   = (strcmp(line, "BOX") == 0);
 279         if (bTime)
 280         {
 281             if (!fr->bTime && !fr->bX)
 282             {
 283                 fr->bStep = bTime;
 284                 fr->bTime = bTime;
 285                 do
 286                 {
 287                     bFinished = (fgets2(line, STRLEN, fp) == NULL);
 288                 }
 289                 while (!bFinished && (line[0] == '#'));
 290                 sscanf(line, "%15d%15lf", &(fr->step), &db1);
 291                 fr->time = db1;
 292             }
 293             else
 294             {
 295                 bFinished = TRUE;
 296             }
 297         }
 298         if (bPos)
 299         {
 300             if (!fr->bX)
 301             {
 302                 fr->bAtoms = bAtoms;
 303                 fr->bX     = bPos;
 304                 natoms     = read_g96_pos(line, symtab, fp, infile, fr);
 305             }
 306             else
 307             {
 308                 bFinished = TRUE;
 309             }
 310         }
 311         if (fr->v && bVel)
 312         {
 313             fr->bV = bVel;
 314             natoms = read_g96_vel(line, fp, infile, fr);
 315         }
 316         if (bBox)
 317         {
 318             fr->bBox = bBox;
 319             clear_mat(fr->box);
 320             bEnd = FALSE;
 321             while (!bEnd && fgets2(line, STRLEN, fp))
 322             {
 323                 bEnd = (strncmp(line, "END", 3) == 0);
 324                 if (!bEnd && (line[0] != '#'))
 325                 {
 326                     nbp = sscanf(line, "%15lf%15lf%15lf%15lf%15lf%15lf%15lf%15lf%15lf",
 327                                  &db1, &db2, &db3, &db4, &db5, &db6, &db7, &db8, &db9);
 328                     if (nbp < 3)
 329                     {
 330                         gmx_fatal(FARGS, "Found a BOX line, but no box in %s", infile);
 331                     }
 332                     fr->box[XX][XX] = db1;
 333                     fr->box[YY][YY] = db2;
 334                     fr->box[ZZ][ZZ] = db3;
 335                     if (nbp == 9)
 336                     {
 337                         fr->box[XX][YY] = db4;
 338                         fr->box[XX][ZZ] = db5;
 339                         fr->box[YY][XX] = db6;
 340                         fr->box[YY][ZZ] = db7;
 341                         fr->box[ZZ][XX] = db8;
 342                         fr->box[ZZ][YY] = db9;
 343                     }
 344                 }
 345             }
 346             bFinished = TRUE;
 347         }
 348     }
 349     while (!bFinished && fgets2(line, STRLEN, fp));
 350
 351     free_symtab(symtab);
 352
 353     fr->natoms = natoms;
 354
 355     return natoms;
 356 }
 357
 358 void write_g96_conf(FILE *out, t_trxframe *fr,
 359                     int nindex, const atom_id *index)
 360 {
 361     t_atoms *atoms;
 362     int      nout, i, a;
 363
 364     atoms = fr->atoms;
 365
 366     if (index)
 367     {
 368         nout = nindex;
 369     }
 370     else
 371     {
 372         nout = fr->natoms;
 373     }
 374
 375     if (fr->bTitle)
 376     {
 377         fprintf(out, "TITLE\n%s\nEND\n", fr->title);
 378     }
 379     if (fr->bStep || fr->bTime)
 380     {
 381         /* Officially the time format is %15.9, which is not enough for 10 ns */
 382         fprintf(out, "TIMESTEP\n%15d%15.6f\nEND\n", fr->step, fr->time);
 383     }
 384     if (fr->bX)
 385     {
 386         if (fr->bAtoms)
 387         {
 388             fprintf(out, "POSITION\n");
 389             for (i = 0; i < nout; i++)
 390             {
 391                 if (index)
 392                 {
 393                     a = index[i];
 394                 }
 395                 else
 396                 {
 397                     a = i;
 398                 }
 399                 fprintf(out, "%5d %-5s %-5s%7d%15.9f%15.9f%15.9f\n",
 400                         (atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].nr) % 100000,
 401                         *atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].name,
 402                         *atoms->atomname[a], (i+1) % 10000000,
 403                         fr->x[a][XX], fr->x[a][YY], fr->x[a][ZZ]);
 404             }
 405         }
 406         else
 407         {
 408             fprintf(out, "POSITIONRED\n");
 409             for (i = 0; i < nout; i++)
 410             {
 411                 if (index)
 412                 {
 413                     a = index[i];
 414                 }
 415                 else
 416                 {
 417                     a = i;
 418                 }
 419                 fprintf(out, "%15.9f%15.9f%15.9f\n",
 420                         fr->x[a][XX], fr->x[a][YY], fr->x[a][ZZ]);
 421             }
 422         }
 423         fprintf(out, "END\n");
 424     }
 425     if (fr->bV)
 426     {
 427         if (fr->bAtoms)
 428         {
 429             fprintf(out, "VELOCITY\n");
 430             for (i = 0; i < nout; i++)
 431             {
 432                 if (index)
 433                 {
 434                     a = index[i];
 435                 }
 436                 else
 437                 {
 438                     a = i;
 439                 }
 440                 fprintf(out, "%5d %-5s %-5s%7d%15.9f%15.9f%15.9f\n",
 441                         (atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].nr) % 100000,
 442                         *atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].name,
 443                         *atoms->atomname[a], (i+1) % 10000000,
 444                         fr->v[a][XX], fr->v[a][YY], fr->v[a][ZZ]);
 445             }
 446         }
 447         else
 448         {
 449             fprintf(out, "VELOCITYRED\n");
 450             for (i = 0; i < nout; i++)
 451             {
 452                 if (index)
 453                 {
 454                     a = index[i];
 455                 }
 456                 else
 457                 {
 458                     a = i;
 459                 }
 460                 fprintf(out, "%15.9f%15.9f%15.9f\n",
 461                         fr->v[a][XX], fr->v[a][YY], fr->v[a][ZZ]);
 462             }
 463         }
 464         fprintf(out, "END\n");
 465     }
 466     if (fr->bBox)
 467     {
 468         fprintf(out, "BOX\n");
 469         fprintf(out, "%15.9f%15.9f%15.9f",
 470                 fr->box[XX][XX], fr->box[YY][YY], fr->box[ZZ][ZZ]);
 471         if (fr->box[XX][YY] || fr->box[XX][ZZ] || fr->box[YY][XX] ||
 472             fr->box[YY][ZZ] || fr->box[ZZ][XX] || fr->box[ZZ][YY])
 473         {
 474             fprintf(out, "%15.9f%15.9f%15.9f%15.9f%15.9f%15.9f",
 475                     fr->box[XX][YY], fr->box[XX][ZZ], fr->box[YY][XX],
 476                     fr->box[YY][ZZ], fr->box[ZZ][XX], fr->box[ZZ][YY]);
 477         }
 478         fprintf(out, "\n");
 479         fprintf(out, "END\n");
 480     }
 481 }
 482
 483 static int get_espresso_word(FILE *fp, char word[])
 484 {
 485     int  ret, nc, i;
 486
 487     ret = 0;
 488     nc  = 0;
 489
 490     do
 491     {
 492         i = fgetc(fp);
 493         if (i != EOF)
 494         {
 495             if (i == ' ' || i == '\n' || i == '\t')
 496             {
 497                 if (nc > 0)
 498                 {
 499                     ret = 1;
 500                 }
 501             }
 502             else if (i == '{')
 503             {
 504                 if (nc == 0)
 505                 {
 506                     word[nc++] = '{';
 507                 }
 508                 ret = 2;
 509             }
 510             else if (i == '}')
 511             {
 512                 if (nc == 0)
 513                 {
 514                     word[nc++] = '}';
 515                 }
 516                 ret = 3;
 517             }
 518             else
 519             {
 520                 word[nc++] = (char)i;
 521             }
 522         }
 523     }
 524     while (i != EOF && ret == 0);
 525
 526     word[nc] = '\0';
 527
 528     /*  printf("'%s'\n",word); */
 529
 530     return ret;
 531 }
 532
 533 static int check_open_parenthesis(FILE *fp, int r,
 534                                   const char *infile, const char *keyword)
 535 {
 536     int  level_inc;
 537     char word[STRLEN];
 538
 539     level_inc = 0;
 540     if (r == 2)
 541     {
 542         level_inc++;
 543     }
 544     else
 545     {
 546         r = get_espresso_word(fp, word);
 547         if (r == 2)
 548         {
 549             level_inc++;
 550         }
 551         else
 552         {
 553             gmx_fatal(FARGS, "Expected '{' after '%s' in file '%s'",
 554                       keyword, infile);
 555         }
 556     }
 557
 558     return level_inc;
 559 }
 560
 561 static int check_close_parenthesis(FILE *fp, int r,
 562                                    const char *infile, const char *keyword)
 563 {
 564     int  level_inc;
 565     char word[STRLEN];
 566
 567     level_inc = 0;
 568     if (r == 3)
 569     {
 570         level_inc--;
 571     }
 572     else
 573     {
 574         r = get_espresso_word(fp, word);
 575         if (r == 3)
 576         {
 577             level_inc--;
 578         }
 579         else
 580         {
 581             gmx_fatal(FARGS, "Expected '}' after section '%s' in file '%s'",
 582                       keyword, infile);
 583         }
 584     }
 585
 586     return level_inc;
 587 }
 588
 589 enum {
 590     espID, espPOS, espTYPE, espQ, espV, espF, espMOLECULE, espNR
 591 };
 592 const char *esp_prop[espNR] = {
 593     "id", "pos", "type", "q", "v", "f",
 594     "molecule"
 595 };
 596
 597 static void read_espresso_conf(const char *infile,
 598                                t_atoms *atoms, rvec x[], rvec *v, matrix box)
 599 {
 600     t_symtab *symtab = NULL;
 601     FILE     *fp;
 602     char      word[STRLEN], buf[STRLEN];
 603     int       natoms, level, npar, r, nprop, p, i, m, molnr;
 604     int       prop[32];
 605     double    d;
 606     gmx_bool  bFoundParticles, bFoundProp, bFoundVariable, bMol;
 607
 608     if (!symtab)
 609     {
 610         snew(symtab, 1);
 611         open_symtab(symtab);
 612     }
 613
 614     clear_mat(box);
 615
 616     fp = gmx_fio_fopen(infile, "r");
 617
 618     bFoundParticles = FALSE;
 619     bFoundVariable  = FALSE;
 620     bMol            = FALSE;
 621     level           = 0;
 622     while ((r = get_espresso_word(fp, word)))
 623     {
 624         if (level == 1 && strcmp(word, "particles") == 0 && !bFoundParticles)
 625         {
 626             bFoundParticles = TRUE;
 627             level          += check_open_parenthesis(fp, r, infile, "particles");
 628             nprop           = 0;
 629             while (level == 2 && (r = get_espresso_word(fp, word)))
 630             {
 631                 bFoundProp = FALSE;
 632                 for (p = 0; p < espNR; p++)
 633                 {
 634                     if (strcmp(word, esp_prop[p]) == 0)
 635                     {
 636                         bFoundProp    = TRUE;
 637                         prop[nprop++] = p;
 638                         /* printf("  prop[%d] = %s\n",nprop-1,esp_prop[prop[nprop-1]]); */
 639                     }
 640                 }
 641                 if (!bFoundProp && word[0] != '}')
 642                 {
 643                     gmx_fatal(FARGS, "Can not read Espresso files with particle property '%s'", word);
 644                 }
 645                 if (bFoundProp && p == espMOLECULE)
 646                 {
 647                     bMol = TRUE;
 648                 }
 649                 if (r == 3)
 650                 {
 651                     level--;
 652                 }
 653             }
 654
 655             i = 0;
 656             while (level > 0 && (r = get_espresso_word(fp, word)))
 657             {
 658                 if (r == 2)
 659                 {
 660                     level++;
 661                 }
 662                 else if (r == 3)
 663                 {
 664                     level--;
 665                 }
 666                 if (level == 2)
 667                 {
 668                     for (p = 0; p < nprop; p++)
 669                     {
 670                         switch (prop[p])
 671                         {
 672                             case espID:
 673                                 r = get_espresso_word(fp, word);
 674                                 /* Not used */
 675                                 break;
 676                             case espPOS:
 677                                 for (m = 0; m < 3; m++)
 678                                 {
 679                                     r = get_espresso_word(fp, word);
 680                                     sscanf(word, "%lf", &d);
 681                                     x[i][m] = d;
 682                                 }
 683                                 break;
 684                             case espTYPE:
 685                                 r                   = get_espresso_word(fp, word);
 686                                 atoms->atom[i].type = strtol(word, NULL, 10);
 687                                 break;
 688                             case espQ:
 689                                 r = get_espresso_word(fp, word);
 690                                 sscanf(word, "%lf", &d);
 691                                 atoms->atom[i].q = d;
 692                                 break;
 693                             case espV:
 694                                 for (m = 0; m < 3; m++)
 695                                 {
 696                                     r = get_espresso_word(fp, word);
 697                                     sscanf(word, "%lf", &d);
 698                                     v[i][m] = d;
 699                                 }
 700                                 break;
 701                             case espF:
 702                                 for (m = 0; m < 3; m++)
 703                                 {
 704                                     r = get_espresso_word(fp, word);
 705                                     /* not used */
 706                                 }
 707                                 break;
 708                             case espMOLECULE:
 709                                 r     = get_espresso_word(fp, word);
 710                                 molnr = strtol(word, NULL, 10);
 711                                 if (i == 0 ||
 712                                     atoms->resinfo[atoms->atom[i-1].resind].nr != molnr)
 713                                 {
 714                                     atoms->atom[i].resind =
 715                                         (i == 0 ? 0 : atoms->atom[i-1].resind+1);
 716                                     atoms->resinfo[atoms->atom[i].resind].nr       = molnr;
 717                                     atoms->resinfo[atoms->atom[i].resind].ic       = ' ';
 718                                     atoms->resinfo[atoms->atom[i].resind].chainid  = ' ';
 719                                     atoms->resinfo[atoms->atom[i].resind].chainnum = molnr; /* Not sure if this is right? */
 720                                 }
 721                                 else
 722                                 {
 723                                     atoms->atom[i].resind = atoms->atom[i-1].resind;
 724                                 }
 725                                 break;
 726                         }
 727                     }
 728                     /* Generate an atom name from the particle type */
 729                     sprintf(buf, "T%d", atoms->atom[i].type);
 730                     atoms->atomname[i] = put_symtab(symtab, buf);
 731                     if (bMol)
 732                     {
 733                         if (i == 0 || atoms->atom[i].resind != atoms->atom[i-1].resind)
 734                         {
 735                             atoms->resinfo[atoms->atom[i].resind].name =
 736                                 put_symtab(symtab, "MOL");
 737                         }
 738                     }
 739                     else
 740                     {
 741                         /* Residue number is the atom number */
 742                         atoms->atom[i].resind = i;
 743                         /* Generate an residue name from the particle type */
 744                         if (atoms->atom[i].type < 26)
 745                         {
 746                             sprintf(buf, "T%c", 'A'+atoms->atom[i].type);
 747                         }
 748                         else
 749                         {
 750                             sprintf(buf, "T%c%c",
 751                                     'A'+atoms->atom[i].type/26, 'A'+atoms->atom[i].type%26);
 752                         }
 753                         t_atoms_set_resinfo(atoms, i, symtab, buf, i, ' ', 0, ' ');
 754                     }
 755
 756                     if (r == 3)
 757                     {
 758                         level--;
 759                     }
 760                     i++;
 761                 }
 762             }
 763             atoms->nres = atoms->nr;
 764
 765             if (i != atoms->nr)
 766             {
 767                 gmx_fatal(FARGS, "Internal inconsistency in Espresso routines, read %d atoms, expected %d atoms", i, atoms->nr);
 768             }
 769         }
 770         else if (level == 1 && strcmp(word, "variable") == 0 && !bFoundVariable)
 771         {
 772             bFoundVariable = TRUE;
 773             level         += check_open_parenthesis(fp, r, infile, "variable");
 774             while (level == 2 && (r = get_espresso_word(fp, word)))
 775             {
 776                 if (level == 2 && strcmp(word, "box_l") == 0)
 777                 {
 778                     for (m = 0; m < 3; m++)
 779                     {
 780                         r = get_espresso_word(fp, word);
 781                         sscanf(word, "%lf", &d);
 782                         box[m][m] = d;
 783                     }
 784                     level += check_close_parenthesis(fp, r, infile, "box_l");
 785                 }
 786             }
 787         }
 788         else if (r == 2)
 789         {
 790             level++;
 791         }
 792         else if (r == 3)
 793         {
 794             level--;
 795         }
 796     }
 797
 798     if (!bFoundParticles)
 799     {
 800         fprintf(stderr, "Did not find a particles section in Espresso file '%s'\n",
 801                 infile);
 802     }
 803
 804     gmx_fio_fclose(fp);
 805 }
 806
 807 static int get_espresso_coordnum(const char *infile)
 808 {
 809     FILE    *fp;
 810     char     word[STRLEN];
 811     int      natoms, level, r;
 812     gmx_bool bFoundParticles;
 813
 814     natoms = 0;
 815
 816     fp = gmx_fio_fopen(infile, "r");
 817
 818     bFoundParticles = FALSE;
 819     level           = 0;
 820     while ((r = get_espresso_word(fp, word)) && !bFoundParticles)
 821     {
 822         if (level == 1 && strcmp(word, "particles") == 0 && !bFoundParticles)
 823         {
 824             bFoundParticles = TRUE;
 825             level          += check_open_parenthesis(fp, r, infile, "particles");
 826             while (level > 0 && (r = get_espresso_word(fp, word)))
 827             {
 828                 if (r == 2)
 829                 {
 830                     level++;
 831                     if (level == 2)
 832                     {
 833                         natoms++;
 834                     }
 835                 }
 836                 else if (r == 3)
 837                 {
 838                     level--;
 839                 }
 840             }
 841         }
 842         else if (r == 2)
 843         {
 844             level++;
 845         }
 846         else if (r == 3)
 847         {
 848             level--;
 849         }
 850     }
 851     if (!bFoundParticles)
 852     {
 853         fprintf(stderr, "Did not find a particles section in Espresso file '%s'\n",
 854                 infile);
 855     }
 856
 857     gmx_fio_fclose(fp);
 858
 859     return natoms;
 860 }
 861
 862 static void write_espresso_conf_indexed(FILE *out, const char *title,
 863                                         t_atoms *atoms, int nx, atom_id *index,
 864                                         rvec *x, rvec *v, matrix box)
 865 {
 866     int i, j;
 867
 868     fprintf(out, "# %s\n", title);
 869     if (TRICLINIC(box))
 870     {
 871         gmx_warning("The Espresso format does not support triclinic unit-cells");
 872     }
 873     fprintf(out, "{variable {box_l %f %f %f}}\n", box[0][0], box[1][1], box[2][2]);
 874
 875     fprintf(out, "{particles {id pos type q%s}\n", v ? " v" : "");
 876     for (i = 0; i < nx; i++)
 877     {
 878         if (index)
 879         {
 880             j = index[i];
 881         }
 882         else
 883         {
 884             j = i;
 885         }
 886         fprintf(out, "\t{%d %f %f %f %d %g",
 887                 j, x[j][XX], x[j][YY], x[j][ZZ],
 888                 atoms->atom[j].type, atoms->atom[j].q);
 889         if (v)
 890         {
 891             fprintf(out, " %f %f %f", v[j][XX], v[j][YY], v[j][ZZ]);
 892         }
 893         fprintf(out, "}\n");
 894     }
 895     fprintf(out, "}\n");
 896 }
 897
 898 static void get_coordnum_fp (FILE *in, char *title, int *natoms)
 899 {
 900     char line[STRLEN+1];
 901
 902     fgets2 (title, STRLEN, in);
 903     fgets2 (line, STRLEN, in);
 904     if (sscanf (line, "%d", natoms) != 1)
 905     {
 906         gmx_fatal(FARGS, "gro file does not have the number of atoms on the second line");
 907     }
 908 }
 909
 910 static void get_coordnum (const char *infile, int *natoms)
 911 {
 912     FILE *in;
 913     char  title[STRLEN];
 914
 915     in = gmx_fio_fopen(infile, "r");
 916     get_coordnum_fp(in, title, natoms);
 917     gmx_fio_fclose (in);
 918 }
 919
 920 static gmx_bool get_w_conf(FILE *in, const char *infile, char *title,
 921                            t_symtab *symtab, t_atoms *atoms, int *ndec,
 922                            rvec x[], rvec *v, matrix box)
 923 {
 924     char       name[6];
 925     char       line[STRLEN+1], *ptr;
 926     char       buf[256];
 927     double     x1, y1, z1, x2, y2, z2;
 928     rvec       xmin, xmax;
 929     int        natoms, i, m, resnr, newres, oldres, ddist, c;
 930     gmx_bool   bFirst, bVel;
 931     char      *p1, *p2, *p3;
 932
 933     newres  = -1;
 934     oldres  = NOTSET; /* Unlikely number for the first residue! */
 935     ddist   = 0;
 936
 937     /* Read the title and number of atoms */
 938     get_coordnum_fp(in, title, &natoms);
 939
 940     if (natoms > atoms->nr)
 941     {
 942         gmx_fatal(FARGS, "gro file contains more atoms (%d) than expected (%d)",
 943                   natoms, atoms->nr);
 944     }
 945     else if (natoms <  atoms->nr)
 946     {
 947         fprintf(stderr, "Warning: gro file contains less atoms (%d) than expected"
 948                 " (%d)\n", natoms, atoms->nr);
 949     }
 950
 951     bFirst = TRUE;
 952
 953     bVel = FALSE;
 954
 955     /* just pray the arrays are big enough */
 956     for (i = 0; (i < natoms); i++)
 957     {
 958         if ((fgets2 (line, STRLEN, in)) == NULL)
 959         {
 960             gmx_fatal(FARGS, "Unexpected end of file in file %s at line %d",
 961                       infile, i+2);
 962         }
 963         if (strlen(line) < 39)
 964         {
 965             gmx_fatal(FARGS, "Invalid line in %s for atom %d:\n%s", infile, i+1, line);
 966         }
 967
 968         /* determine read precision from distance between periods
 969            (decimal points) */
 970         if (bFirst)
 971         {
 972             bFirst = FALSE;
 973             p1     = strchr(line, '.');
 974             if (p1 == NULL)
 975             {
 976                 gmx_fatal(FARGS, "A coordinate in file %s does not contain a '.'", infile);
 977             }
 978             p2 = strchr(&p1[1], '.');
 979             if (p2 == NULL)
 980             {
 981                 gmx_fatal(FARGS, "A coordinate in file %s does not contain a '.'", infile);
 982             }
 983             ddist = p2 - p1;
 984             *ndec = ddist - 5;
 985
 986             p3 = strchr(&p2[1], '.');
 987             if (p3 == NULL)
 988             {
 989                 gmx_fatal(FARGS, "A coordinate in file %s does not contain a '.'", infile);
 990             }
 991
 992             if (p3 - p2 != ddist)
 993             {
 994                 gmx_fatal(FARGS, "The spacing of the decimal points in file %s is not consistent for x, y and z", infile);
 995             }
 996         }
 997
 998         /* residue number*/
 999         memcpy(name, line, 5);
1000         name[5] = '\0';
1001         sscanf(name, "%d", &resnr);
1002         memcpy(name, line+5, 5);
1003         name[5] = '\0';
1004         if (resnr != oldres)
1005         {
1006             oldres = resnr;
1007             newres++;
1008             if (newres >= natoms)
1009             {
1010                 gmx_fatal(FARGS, "More residues than atoms in %s (natoms = %d)",
1011                           infile, natoms);
1012             }
1013             atoms->atom[i].resind = newres;
1014             t_atoms_set_resinfo(atoms, i, symtab, name, resnr, ' ', 0, ' ');
1015         }
1016         else
1017         {
1018             atoms->atom[i].resind = newres;
1019         }
1020
1021         /* atomname */
1022         memcpy(name, line+10, 5);
1023         atoms->atomname[i] = put_symtab(symtab, name);
1024
1025         /* eventueel controle atomnumber met i+1 */
1026
1027         /* coordinates (start after residue data) */
1028         ptr = line + 20;
1029         /* Read fixed format */
1030         for (m = 0; m < DIM; m++)
1031         {
1032             for (c = 0; (c < ddist && ptr[0]); c++)
1033             {
1034                 buf[c] = ptr[0];
1035                 ptr++;
1036             }
1037             buf[c] = '\0';
1038             if (sscanf (buf, "%lf %lf", &x1, &x2) != 1)
1039             {
1040                 gmx_fatal(FARGS, "Something is wrong in the coordinate formatting of file %s. Note that gro is fixed format (see the manual)", infile);
1041             }
1042             else
1043             {
1044                 x[i][m] = x1;
1045             }
1046         }
1047
1048         /* velocities (start after residues and coordinates) */
1049         if (v)
1050         {
1051             /* Read fixed format */
1052             for (m = 0; m < DIM; m++)
1053             {
1054                 for (c = 0; (c < ddist && ptr[0]); c++)
1055                 {
1056                     buf[c] = ptr[0];
1057                     ptr++;
1058                 }
1059                 buf[c] = '\0';
1060                 if (sscanf (buf, "%lf", &x1) != 1)
1061                 {
1062                     v[i][m] = 0;
1063                 }
1064                 else
1065                 {
1066                     v[i][m] = x1;
1067                     bVel    = TRUE;
1068                 }
1069             }
1070         }
1071     }
1072     atoms->nres = newres + 1;
1073
1074     /* box */
1075     fgets2 (line, STRLEN, in);
1076     if (sscanf (line, "%lf%lf%lf", &x1, &y1, &z1) != 3)
1077     {
1078         gmx_warning("Bad box in file %s", infile);
1079
1080         /* Generate a cubic box */
1081         for (m = 0; (m < DIM); m++)
1082         {
1083             xmin[m] = xmax[m] = x[0][m];
1084         }
1085         for (i = 1; (i < atoms->nr); i++)
1086         {
1087             for (m = 0; (m < DIM); m++)
1088             {
1089                 xmin[m] = min(xmin[m], x[i][m]);
1090                 xmax[m] = max(xmax[m], x[i][m]);
1091             }
1092         }
1093         for (i = 0; i < DIM; i++)
1094         {
1095             for (m = 0; m < DIM; m++)
1096             {
1097                 box[i][m] = 0.0;
1098             }
1099         }
1100         for (m = 0; (m < DIM); m++)
1101         {
1102             box[m][m] = (xmax[m]-xmin[m]);
1103         }
1104         fprintf(stderr, "Generated a cubic box %8.3f x %8.3f x %8.3f\n",
1105                 box[XX][XX], box[YY][YY], box[ZZ][ZZ]);
1106     }
1107     else
1108     {
1109         /* We found the first three values, the diagonal elements */
1110         box[XX][XX] = x1;
1111         box[YY][YY] = y1;
1112         box[ZZ][ZZ] = z1;
1113         if (sscanf (line, "%*f%*f%*f%lf%lf%lf%lf%lf%lf",
1114                     &x1, &y1, &z1, &x2, &y2, &z2) != 6)
1115         {
1116             x1 = y1 = z1 = x2 = y2 = z2 = 0.0;
1117         }
1118         box[XX][YY] = x1;
1119         box[XX][ZZ] = y1;
1120         box[YY][XX] = z1;
1121         box[YY][ZZ] = x2;
1122         box[ZZ][XX] = y2;
1123         box[ZZ][YY] = z2;
1124     }
1125
1126     return bVel;
1127 }
1128
1129 static void read_whole_conf(const char *infile, char *title,
1130                             t_atoms *atoms, rvec x[], rvec *v, matrix box)
1131 {
1132     FILE    *in;
1133     int      ndec;
1134     t_symtab symtab;
1135
1136     /* open file */
1137     in = gmx_fio_fopen(infile, "r");
1138
1139     open_symtab(&symtab);
1140     get_w_conf(in, infile, title, &symtab, atoms, &ndec, x, v, box);
1141     /* We can't free the symbols, as they are still used in atoms, so
1142      * the only choice is to leak them. */
1143     free_symtab(&symtab);
1144
1145     gmx_fio_fclose(in);
1146 }
1147
1148 gmx_bool gro_next_x_or_v(FILE *status, t_trxframe *fr)
1149 {
1150     t_atoms  atoms;
1151     t_symtab symtab;
1152     char     title[STRLEN], *p;
1153     double   tt;
1154     int      ndec = 0, i;
1155
1156     if (gmx_eof(status))
1157     {
1158         return FALSE;
1159     }
1160
1161     open_symtab(&symtab);
1162     atoms.nr = fr->natoms;
1163     snew(atoms.atom, fr->natoms);
1164     atoms.nres = fr->natoms;
1165     snew(atoms.resinfo, fr->natoms);
1166     snew(atoms.atomname, fr->natoms);
1167
1168     fr->bV    = get_w_conf(status, title, title, &symtab, &atoms, &ndec, fr->x, fr->v, fr->box);
1169     fr->bPrec = TRUE;
1170     fr->prec  = 1;
1171     /* prec = 10^ndec: */
1172     for (i = 0; i < ndec; i++)
1173     {
1174         fr->prec *= 10;
1175     }
1176     fr->title  = title;
1177     fr->bTitle = TRUE;
1178     fr->bX     = TRUE;
1179     fr->bBox   = TRUE;
1180
1181     sfree(atoms.atom);
1182     sfree(atoms.resinfo);
1183     sfree(atoms.atomname);
1184     done_symtab(&symtab);
1185
1186     if ((p = strstr(title, "t=")) != NULL)
1187     {
1188         p += 2;
1189         if (sscanf(p, "%lf", &tt) == 1)
1190         {
1191             fr->time  = tt;
1192             fr->bTime = TRUE;
1193         }
1194         else
1195         {
1196             fr->time  = 0;
1197             fr->bTime = FALSE;
1198         }
1199     }
1200
1201     if (atoms.nr != fr->natoms)
1202     {
1203         gmx_fatal(FARGS, "Number of atoms in gro frame (%d) doesn't match the number in the previous frame (%d)", atoms.nr, fr->natoms);
1204     }
1205
1206     return TRUE;
1207 }
1208
1209 int gro_first_x_or_v(FILE *status, t_trxframe *fr)
1210 {
1211     char title[STRLEN];
1212
1213     frewind(status);
1214     fprintf(stderr, "Reading frames from gro file");
1215     get_coordnum_fp(status, title, &fr->natoms);
1216     frewind(status);
1217     fprintf(stderr, " '%s', %d atoms.\n", title, fr->natoms);
1218     fr->bTitle = TRUE;
1219     fr->title  = title;
1220     if (fr->natoms == 0)
1221     {
1222         gmx_file("No coordinates in gro file");
1223     }
1224
1225     snew(fr->x, fr->natoms);
1226     snew(fr->v, fr->natoms);
1227     gro_next_x_or_v(status, fr);
1228
1229     return fr->natoms;
1230 }
1231
1232 static void make_hconf_format(int pr, gmx_bool bVel, char format[])
1233 {
1234     int l, vpr;
1235
1236     /* build format string for printing,
1237        something like "%8.3f" for x and "%8.4f" for v */
1238     if (pr < 0)
1239     {
1240         pr = 0;
1241     }
1242     if (pr > 30)
1243     {
1244         pr = 30;
1245     }
1246     l   = pr+5;
1247     vpr = pr+1;
1248     if (bVel)
1249     {
1250         sprintf(format, "%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df\n",
1251                 l, pr, l, pr, l, pr, l, vpr, l, vpr, l, vpr);
1252     }
1253     else
1254     {
1255         sprintf(format, "%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df\n", l, pr, l, pr, l, pr);
1256     }
1257
1258 }
1259
1260 static void write_hconf_box(FILE *out, int pr, matrix box)
1261 {
1262     char format[100];
1263     int  l;
1264
1265     if (pr < 5)
1266     {
1267         pr = 5;
1268     }
1269     l = pr+5;
1270
1271     if (box[XX][YY] || box[XX][ZZ] || box[YY][XX] || box[YY][ZZ] ||
1272         box[ZZ][XX] || box[ZZ][YY])
1273     {
1274         sprintf(format, "%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df"
1275                 "%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df\n",
1276                 l, pr, l, pr, l, pr, l, pr, l, pr, l, pr, l, pr, l, pr, l, pr);
1277         fprintf(out, format,
1278                 box[XX][XX], box[YY][YY], box[ZZ][ZZ],
1279                 box[XX][YY], box[XX][ZZ], box[YY][XX],
1280                 box[YY][ZZ], box[ZZ][XX], box[ZZ][YY]);
1281     }
1282     else
1283     {
1284         sprintf(format, "%%%d.%df%%%d.%df%%%d.%df\n", l, pr, l, pr, l, pr);
1285         fprintf(out, format,
1286                 box[XX][XX], box[YY][YY], box[ZZ][ZZ]);
1287     }
1288 }
1289
1290 void write_hconf_indexed_p(FILE *out, const char *title, t_atoms *atoms,
1291                            int nx, const atom_id index[], int pr,
1292                            rvec *x, rvec *v, matrix box)
1293 {
1294     char resnm[6], nm[6], format[100];
1295     int  ai, i, resind, resnr;
1296
1297     bromacs(format, 99);
1298     fprintf (out, "%s\n", (title && title[0]) ? title : format);
1299     fprintf (out, "%5d\n", nx);
1300
1301     make_hconf_format(pr, v != NULL, format);
1302
1303     for (i = 0; (i < nx); i++)
1304     {
1305         ai = index[i];
1306
1307         resind = atoms->atom[ai].resind;
1308         strncpy(resnm, " ??? ", sizeof(resnm)-1);
1309         if (resind < atoms->nres)
1310         {
1311             strncpy(resnm, *atoms->resinfo[resind].name, sizeof(resnm)-1);
1312             resnr = atoms->resinfo[resind].nr;
1313         }
1314         else
1315         {
1316             strncpy(resnm, " ??? ", sizeof(resnm)-1);
1317             resnr = resind + 1;
1318         }
1319
1320         if (atoms->atom)
1321         {
1322             strncpy(nm, *atoms->atomname[ai], sizeof(nm)-1);
1323         }
1324         else
1325         {
1326             strncpy(nm, " ??? ", sizeof(nm)-1);
1327         }
1328
1329         fprintf(out, "%5d%-5.5s%5.5s%5d", resnr%100000, resnm, nm, (ai+1)%100000);
1330         /* next fprintf uses built format string */
1331         if (v)
1332         {
1333             fprintf(out, format,
1334                     x[ai][XX], x[ai][YY], x[ai][ZZ], v[ai][XX], v[ai][YY], v[ai][ZZ]);
1335         }
1336         else
1337         {
1338             fprintf(out, format,
1339                     x[ai][XX], x[ai][YY], x[ai][ZZ]);
1340         }
1341     }
1342
1343     write_hconf_box(out, pr, box);
1344
1345     fflush(out);
1346 }
1347
1348 static void write_hconf_mtop(FILE *out, const char *title, gmx_mtop_t *mtop,
1349                              int pr,
1350                              rvec *x, rvec *v, matrix box)
1351 {
1352     char                    format[100];
1353     int                     i, resnr;
1354     gmx_mtop_atomloop_all_t aloop;
1355     t_atom                 *atom;
1356     char                   *atomname, *resname;
1357
1358     bromacs(format, 99);
1359     fprintf (out, "%s\n", (title && title[0]) ? title : format);
1360     fprintf (out, "%5d\n", mtop->natoms);
1361
1362     make_hconf_format(pr, v != NULL, format);
1363
1364     aloop = gmx_mtop_atomloop_all_init(mtop);
1365     while (gmx_mtop_atomloop_all_next(aloop, &i, &atom))
1366     {
1367         gmx_mtop_atomloop_all_names(aloop, &atomname, &resnr, &resname);
1368
1369         fprintf(out, "%5d%-5.5s%5.5s%5d",
1370                 resnr%100000, resname, atomname, (i+1)%100000);
1371         /* next fprintf uses built format string */
1372         if (v)
1373         {
1374             fprintf(out, format,
1375                     x[i][XX], x[i][YY], x[i][ZZ], v[i][XX], v[i][YY], v[i][ZZ]);
1376         }
1377         else
1378         {
1379             fprintf(out, format,
1380                     x[i][XX], x[i][YY], x[i][ZZ]);
1381         }
1382     }
1383
1384     write_hconf_box(out, pr, box);
1385
1386     fflush(out);
1387 }
1388
1389 void write_hconf_p(FILE *out, const char *title, t_atoms *atoms, int pr,
1390                    rvec *x, rvec *v, matrix box)
1391 {
1392     atom_id *aa;
1393     int      i;
1394
1395     snew(aa, atoms->nr);
1396     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
1397     {
1398         aa[i] = i;
1399     }
1400     write_hconf_indexed_p(out, title, atoms, atoms->nr, aa, pr, x, v, box);
1401     sfree(aa);
1402 }
1403
1404 void write_conf_p(const char *outfile, const char *title,
1405                   t_atoms *atoms, int pr,
1406                   rvec *x, rvec *v, matrix box)
1407 {
1408     FILE *out;
1409
1410     out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1411     write_hconf_p(out, title, atoms, pr, x, v, box);
1412
1413     gmx_fio_fclose (out);
1414 }
1415
1416 static void write_conf(const char *outfile, const char *title, t_atoms *atoms,
1417                        rvec *x, rvec *v, matrix box)
1418 {
1419     write_conf_p(outfile, title, atoms, 3, x, v, box);
1420 }
1421
1422 void write_sto_conf_indexed(const char *outfile, const char *title,
1423                             t_atoms *atoms,
1424                             rvec x[], rvec *v, int ePBC, matrix box,
1425                             atom_id nindex, atom_id index[])
1426 {
1427     FILE       *out;
1428     int         ftp;
1429     t_trxframe  fr;
1430
1431     ftp = fn2ftp(outfile);
1432     switch (ftp)
1433     {
1434         case efGRO:
1435             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1436             write_hconf_indexed_p(out, title, atoms, nindex, index, 3, x, v, box);
1437             gmx_fio_fclose(out);
1438             break;
1439         case efG96:
1440             clear_trxframe(&fr, TRUE);
1441             fr.bTitle = TRUE;
1442             fr.title  = title;
1443             fr.natoms = atoms->nr;
1444             fr.bAtoms = TRUE;
1445             fr.atoms  = atoms;
1446             fr.bX     = TRUE;
1447             fr.x      = x;
1448             if (v)
1449             {
1450                 fr.bV = TRUE;
1451                 fr.v  = v;
1452             }
1453             fr.bBox = TRUE;
1454             copy_mat(box, fr.box);
1455             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1456             write_g96_conf(out, &fr, nindex, index);
1457             gmx_fio_fclose(out);
1458             break;
1459         case efPDB:
1460         case efBRK:
1461         case efENT:
1462         case efPQR:
1463             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1464             write_pdbfile_indexed(out, title, atoms, x, ePBC, box, ' ', -1, nindex, index, NULL, TRUE);
1465             gmx_fio_fclose(out);
1466             break;
1467         case efESP:
1468             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1469             write_espresso_conf_indexed(out, title, atoms, nindex, index, x, v, box);
1470             gmx_fio_fclose(out);
1471             break;
1472         case efTPR:
1473         case efTPB:
1474         case efTPA:
1475             gmx_fatal(FARGS, "Sorry, can not write a topology to %s", outfile);
1476             break;
1477         default:
1478             gmx_incons("Not supported in write_sto_conf_indexed");
1479     }
1480 }
1481
1482 void write_sto_conf(const char *outfile, const char *title, t_atoms *atoms,
1483                     rvec x[], rvec *v, int ePBC, matrix box)
1484 {
1485     FILE       *out;
1486     int         ftp;
1487     t_trxframe  fr;
1488
1489     ftp = fn2ftp(outfile);
1490     switch (ftp)
1491     {
1492         case efGRO:
1493             write_conf(outfile, title, atoms, x, v, box);
1494             break;
1495         case efG96:
1496             clear_trxframe(&fr, TRUE);
1497             fr.bTitle = TRUE;
1498             fr.title  = title;
1499             fr.natoms = atoms->nr;
1500             fr.bAtoms = TRUE;
1501             fr.atoms  = atoms;
1502             fr.bX     = TRUE;
1503             fr.x      = x;
1504             if (v)
1505             {
1506                 fr.bV = TRUE;
1507                 fr.v  = v;
1508             }
1509             fr.bBox = TRUE;
1510             copy_mat(box, fr.box);
1511             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1512             write_g96_conf(out, &fr, -1, NULL);
1513             gmx_fio_fclose(out);
1514             break;
1515         case efPDB:
1516         case efBRK:
1517         case efENT:
1518             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1519             write_pdbfile(out, title, atoms, x, ePBC, box, ' ', -1, NULL, TRUE);
1520             gmx_fio_fclose(out);
1521             break;
1522         case efESP:
1523             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1524             write_espresso_conf_indexed(out, title, atoms, atoms->nr, NULL, x, v, box);
1525             gmx_fio_fclose(out);
1526             break;
1527         case efTPR:
1528         case efTPB:
1529         case efTPA:
1530             gmx_fatal(FARGS, "Sorry, can not write a topology to %s", outfile);
1531             break;
1532         default:
1533             gmx_incons("Not supported in write_sto_conf");
1534     }
1535 }
1536
1537 void write_sto_conf_mtop(const char *outfile, const char *title,
1538                          gmx_mtop_t *mtop,
1539                          rvec x[], rvec *v, int ePBC, matrix box)
1540 {
1541     int     ftp;
1542     FILE   *out;
1543     t_atoms atoms;
1544
1545     ftp = fn2ftp(outfile);
1546     switch (ftp)
1547     {
1548         case efGRO:
1549             out = gmx_fio_fopen(outfile, "w");
1550             write_hconf_mtop(out, title, mtop, 3, x, v, box);
1551             gmx_fio_fclose(out);
1552             break;
1553         default:
1554             /* This is a brute force approach which requires a lot of memory.
1555              * We should implement mtop versions of all writing routines.
1556              */
1557             atoms = gmx_mtop_global_atoms(mtop);
1558
1559             write_sto_conf(outfile, title, &atoms, x, v, ePBC, box);
1560
1561             done_atom(&atoms);
1562             break;
1563     }
1564 }
1565
1566 void get_stx_coordnum(const char *infile, int *natoms)
1567 {
1568     FILE      *in;
1569     int        ftp, tpxver, tpxgen;
1570     t_trxframe fr;
1571     char       g96_line[STRLEN+1];
1572
1573     ftp = fn2ftp(infile);
1574     range_check(ftp, 0, efNR);
1575     switch (ftp)
1576     {
1577         case efGRO:
1578             get_coordnum(infile, natoms);
1579             break;
1580         case efG96:
1581             in        = gmx_fio_fopen(infile, "r");
1582             fr.title  = NULL;
1583             fr.natoms = -1;
1584             fr.atoms  = NULL;
1585             fr.x      = NULL;
1586             fr.v      = NULL;
1587             fr.f      = NULL;
1588             *natoms   = read_g96_conf(in, infile, &fr, g96_line);
1589             gmx_fio_fclose(in);
1590             break;
1591         case efPDB:
1592         case efBRK:
1593         case efENT:
1594             in = gmx_fio_fopen(infile, "r");
1595             get_pdb_coordnum(in, natoms);
1596             gmx_fio_fclose(in);
1597             break;
1598         case efESP:
1599             *natoms = get_espresso_coordnum(infile);
1600             break;
1601         case efTPA:
1602         case efTPB:
1603         case efTPR:
1604         {
1605             t_tpxheader tpx;
1606
1607             read_tpxheader(infile, &tpx, TRUE, &tpxver, &tpxgen);
1608             *natoms = tpx.natoms;
1609             break;
1610         }
1611         default:
1612             gmx_fatal(FARGS, "File type %s not supported in get_stx_coordnum",
1613                       ftp2ext(ftp));
1614     }
1615 }
1616
1617 void read_stx_conf(const char *infile, char *title, t_atoms *atoms,
1618                    rvec x[], rvec *v, int *ePBC, matrix box)
1619 {
1620     FILE       *in;
1621     char        buf[256];
1622     gmx_mtop_t *mtop;
1623     t_topology  top;
1624     t_trxframe  fr;
1625     int         i, ftp, natoms;
1626     real        d;
1627     char        g96_line[STRLEN+1];
1628
1629     if (atoms->nr == 0)
1630     {
1631         fprintf(stderr, "Warning: Number of atoms in %s is 0\n", infile);
1632     }
1633     else if (atoms->atom == NULL)
1634     {
1635         gmx_mem("Uninitialized array atom");
1636     }
1637
1638     if (ePBC)
1639     {
1640         *ePBC = -1;
1641     }
1642
1643     ftp = fn2ftp(infile);
1644     switch (ftp)
1645     {
1646         case efGRO:
1647             read_whole_conf(infile, title, atoms, x, v, box);
1648             break;
1649         case efG96:
1650             fr.title  = NULL;
1651             fr.natoms = atoms->nr;
1652             fr.atoms  = atoms;
1653             fr.x      = x;
1654             fr.v      = v;
1655             fr.f      = NULL;
1656             in        = gmx_fio_fopen(infile, "r");
1657             read_g96_conf(in, infile, &fr, g96_line);
1658             gmx_fio_fclose(in);
1659             copy_mat(fr.box, box);
1660             strncpy(title, fr.title, STRLEN);
1661             break;
1662         case efPDB:
1663         case efBRK:
1664         case efENT:
1665             read_pdb_conf(infile, title, atoms, x, ePBC, box, TRUE, NULL);
1666             break;
1667         case efESP:
1668             read_espresso_conf(infile, atoms, x, v, box);
1669             break;
1670         case efTPR:
1671         case efTPB:
1672         case efTPA:
1673             snew(mtop, 1);
1674             i = read_tpx(infile, NULL, box, &natoms, x, v, NULL, mtop);
1675             if (ePBC)
1676             {
1677                 *ePBC = i;
1678             }
1679
1680             strcpy(title, *(mtop->name));
1681
1682             /* Free possibly allocated memory */
1683             done_atom(atoms);
1684
1685             *atoms = gmx_mtop_global_atoms(mtop);
1686             top    = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
1687             tpx_make_chain_identifiers(atoms, &top.mols);
1688
1689             sfree(mtop);
1690             /* The strings in the symtab are still in use in the returned t_atoms
1691              * structure, so we should not free them. But there is no place to put the
1692              * symbols; the only choice is to leak the memory...
1693              * So we clear the symbol table before freeing the topology structure. */
1694             free_symtab(&top.symtab);
1695             done_top(&top);
1696
1697             break;
1698         default:
1699             gmx_incons("Not supported in read_stx_conf");
1700     }
1701 }