src/gromacs/ewald/tests/pmetestcommon.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2016,2017,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Describes common routines and types for PME tests.
  38  *
  39  * \author Aleksei Iupinov <a.yupinov@gmail.com>
  40  * \ingroup module_ewald
  41  */
  42 #ifndef GMX_EWALD_PME_TEST_COMMON_H
  43 #define GMX_EWALD_PME_TEST_COMMON_H
  44
  45 #include <array>
  46 #include <map>
  47 #include <vector>
  48
  49 #include "gromacs/ewald/pme.h"
  50 #include "gromacs/ewald/pme_gpu_internal.h"
  51 #include "gromacs/math/gmxcomplex.h"
  52 #include "gromacs/mdtypes/state_propagator_data_gpu.h"
  53 #include "gromacs/utility/unique_cptr.h"
  54
  55 #include "testutils/test_device.h"
  56
  57 namespace gmx
  58 {
  59
  60 template<typename>
  61 class ArrayRef;
  62
  63 namespace test
  64 {
  65
  66 //! Hardware code path being tested
  67 enum class CodePath : int
  68 {
  69     //! CPU code path
  70     CPU,
  71     //! GPU code path
  72     GPU,
  73     //! Total number of code paths
  74     Count
  75 };
  76
  77 //! Return a string useful for human-readable messages describing a \c codePath.
  78 const char* codePathToString(CodePath codePath);
  79
  80 // Convenience typedefs
  81 //! A safe pointer type for PME.
  82 typedef gmx::unique_cptr<gmx_pme_t, gmx_pme_destroy> PmeSafePointer;
  83 //! Charges
  84 typedef ArrayRef<const real> ChargesVector;
  85 //! Coordinates
  86 typedef std::vector<RVec> CoordinatesVector;
  87 //! Forces
  88 typedef ArrayRef<RVec> ForcesVector;
  89 //! Gridline indices
  90 typedef ArrayRef<const IVec> GridLineIndicesVector;
  91 /*! \brief Spline parameters (theta or dtheta).
  92  * A reference to a single dimension's spline data; this means (atomCount * pmeOrder) values or derivatives.
  93  */
  94 typedef ArrayRef<const real> SplineParamsDimVector;
  95 /*! \brief Spline parameters (theta or dtheta) in all 3 dimensions
  96  */
  97 typedef std::array<SplineParamsDimVector, DIM> SplineParamsVector;
  98
  99 //! Non-zero grid values for test input; keys are 3d indices (IVec)
 100 template<typename ValueType>
 101 using SparseGridValuesInput = std::map<IVec, ValueType>;
 102 //! Non-zero real grid values
 103 typedef SparseGridValuesInput<real> SparseRealGridValuesInput;
 104 //! Non-zero complex grid values
 105 typedef SparseGridValuesInput<t_complex> SparseComplexGridValuesInput;
 106 //! Non-zero grid values for test output; keys are string representations of the cells' 3d indices (IVec); this allows for better sorting.
 107 template<typename ValueType>
 108 using SparseGridValuesOutput = std::map<std::string, ValueType>;
 109 //! Non-zero real grid values
 110 typedef SparseGridValuesOutput<real> SparseRealGridValuesOutput;
 111 //! Non-zero complex grid values
 112 typedef SparseGridValuesOutput<t_complex> SparseComplexGridValuesOutput;
 113 //! TODO: make proper C++ matrix for the whole Gromacs, get rid of this
 114 typedef std::array<real, DIM * DIM> Matrix3x3;
 115 //! PME solver type
 116 enum class PmeSolveAlgorithm : int
 117 {
 118     //! Coulomb electrostatics
 119     Coulomb,
 120     //! Lennard-Jones
 121     LennardJones,
 122     //! Total number of solvers
 123     Count
 124 };
 125
 126 // Misc.
 127
 128 //! Tells if this generally valid PME input is supported for this mode
 129 bool pmeSupportsInputForMode(const gmx_hw_info_t& hwinfo, const t_inputrec* inputRec, CodePath mode);
 130
 131 //! Spline moduli are computed in double precision, so they're very good in single precision
 132 constexpr int64_t c_splineModuliSinglePrecisionUlps = 1;
 133 /*! \brief For double precision checks, the recursive interpolation
 134  * and use of trig functions in make_dft_mod require a lot more flops,
 135  * and thus opportunity for deviation between implementations. */
 136 uint64_t getSplineModuliDoublePrecisionUlps(int splineOrder);
 137
 138 // PME stages
 139
 140 //! PME initialization
 141 PmeSafePointer pmeInitWrapper(const t_inputrec*    inputRec,
 142                               CodePath             mode,
 143                               const DeviceContext* deviceContext,
 144                               const DeviceStream*  deviceStream,
 145                               const PmeGpuProgram* pmeGpuProgram,
 146                               const Matrix3x3&     box,
 147                               real                 ewaldCoeff_q  = 1.0F,
 148                               real                 ewaldCoeff_lj = 1.0F);
 149
 150 //! Simple PME initialization based on inputrec only
 151 PmeSafePointer pmeInitEmpty(const t_inputrec* inputRec);
 152
 153 //! Make a GPU state-propagator manager
 154 std::unique_ptr<StatePropagatorDataGpu> makeStatePropagatorDataGpu(const gmx_pme_t&     pme,
 155                                                                    const DeviceContext* deviceContext,
 156                                                                    const DeviceStream* deviceStream);
 157 //! PME initialization with atom data and system box
 158 void pmeInitAtoms(gmx_pme_t*               pme,
 159                   StatePropagatorDataGpu*  stateGpu,
 160                   CodePath                 mode,
 161                   const CoordinatesVector& coordinates,
 162                   const ChargesVector&     charges);
 163 //! PME spline computation and charge spreading
 164 void pmePerformSplineAndSpread(gmx_pme_t* pme, CodePath mode, bool computeSplines, bool spreadCharges);
 165 //! PME solving
 166 void pmePerformSolve(const gmx_pme_t*  pme,
 167                      CodePath          mode,
 168                      PmeSolveAlgorithm method,
 169                      real              cellVolume,
 170                      GridOrdering      gridOrdering,
 171                      bool              computeEnergyAndVirial);
 172 //! PME force gathering
 173 void pmePerformGather(gmx_pme_t*    pme,
 174                       CodePath      mode,
 175                       ForcesVector& forces); //NOLINT(google-runtime-references)
 176 //! PME test finalization before fetching the outputs
 177 void pmeFinalizeTest(const gmx_pme_t* pme, CodePath mode);
 178
 179 // PME state setters
 180
 181 //! Setting atom spline values or derivatives to be used in spread/gather
 182 void pmeSetSplineData(const gmx_pme_t*             pme,
 183                       CodePath                     mode,
 184                       const SplineParamsDimVector& splineValues,
 185                       PmeSplineDataType            type,
 186                       int                          dimIndex);
 187
 188 //! Setting gridline indices be used in spread/gather
 189 void pmeSetGridLineIndices(gmx_pme_t* pme, CodePath mode, const GridLineIndicesVector& gridLineIndices);
 190 //! Setting real grid to be used in gather
 191 void pmeSetRealGrid(const gmx_pme_t* pme, CodePath mode, const SparseRealGridValuesInput& gridValues);
 192 void pmeSetComplexGrid(const gmx_pme_t*                    pme,
 193                        CodePath                            mode,
 194                        GridOrdering                        gridOrdering,
 195                        const SparseComplexGridValuesInput& gridValues);
 196
 197 // PME state getters
 198
 199 //! Getting the single dimension's spline values or derivatives
 200 SplineParamsDimVector pmeGetSplineData(const gmx_pme_t* pme, CodePath mode, PmeSplineDataType type, int dimIndex);
 201 //! Getting the gridline indices
 202 GridLineIndicesVector pmeGetGridlineIndices(const gmx_pme_t* pme, CodePath mode);
 203 //! Getting the real grid (spreading output of pmePerformSplineAndSpread())
 204 SparseRealGridValuesOutput pmeGetRealGrid(const gmx_pme_t* pme, CodePath mode);
 205 //! Getting the complex grid output of pmePerformSolve()
 206 SparseComplexGridValuesOutput pmeGetComplexGrid(const gmx_pme_t* pme, CodePath mode, GridOrdering gridOrdering);
 207 //! Getting the reciprocal energy and virial
 208 PmeOutput pmeGetReciprocalEnergyAndVirial(const gmx_pme_t* pme, CodePath mode, PmeSolveAlgorithm method);
 209
 210 struct PmeTestHardwareContext
 211 {
 212     //! Hardware path for the code being tested.
 213     CodePath codePath_;
 214     //! Returns a human-readable context description line
 215     std::string description() const;
 216     //! Pointer to the global test hardware device (if on GPU)
 217     TestDevice* testDevice_ = nullptr;
 218     //! PME GPU program if needed
 219     PmeGpuProgramStorage pmeGpuProgram_ = nullptr;
 220     // Constructor for CPU context
 221     PmeTestHardwareContext();
 222     // Constructor for GPU context
 223     explicit PmeTestHardwareContext(TestDevice* testDevice);
 224
 225     //! Get the code path
 226     CodePath codePath() const { return codePath_; }
 227     //! Get the PME GPU program
 228     const PmeGpuProgram* pmeGpuProgram() const
 229     {
 230         return codePath() == CodePath::GPU ? pmeGpuProgram_.get() : nullptr;
 231     }
 232
 233     const DeviceContext* deviceContext() const
 234     {
 235         return codePath() == CodePath::GPU ? &testDevice_->deviceContext() : nullptr;
 236     }
 237
 238     const DeviceStream* deviceStream() const
 239     {
 240         return codePath() == CodePath::GPU ? &testDevice_->deviceStream() : nullptr;
 241     }
 242
 243     //! Activate the context (set the device)
 244     void activate() const;
 245 };
 246
 247 std::vector<std::unique_ptr<PmeTestHardwareContext>> createPmeTestHardwareContextList();
 248
 249 } // namespace test
 250 } // namespace gmx
 251
 252 #endif // GMX_EWALD_PME_TEST_COMMON_H