src/gromacs/ewald/pme.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /*! \libinternal \file
  38  *
  39  * \brief This file contains function declarations necessary for
  40  * computing energies and forces for the PME long-ranged part (Coulomb
  41  * and LJ).
  42  *
  43  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  44  * \inlibraryapi
  45  * \ingroup module_ewald
  46  */
  47
  48 #ifndef GMX_EWALD_PME_H
  49 #define GMX_EWALD_PME_H
  50
  51 #include <string>
  52
  53 #include "gromacs/gpu_utils/gpu_macros.h"
  54 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  55 #include "gromacs/timing/walltime_accounting.h"
  56 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  57 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  58 #include "gromacs/utility/real.h"
  59
  60 struct gmx_hw_info_t;
  61 struct interaction_const_t;
  62 struct t_commrec;
  63 struct t_inputrec;
  64 struct t_nrnb;
  65 struct PmeGpu;
  66 struct gmx_wallclock_gpu_pme_t;
  67 struct gmx_device_info_t;
  68 struct gmx_mtop_t;
  69 struct gmx_pme_t;
  70 struct gmx_wallcycle;
  71 struct NumPmeDomains;
  72
  73 enum class GpuTaskCompletion;
  74 class PmeGpuProgram;
  75 //! Convenience name.
  76 using PmeGpuProgramHandle = const PmeGpuProgram *;
  77
  78 namespace gmx
  79 {
  80 class ForceWithVirial;
  81 class MDLogger;
  82 enum class PinningPolicy : int;
  83 }
  84
  85 enum {
  86     GMX_SUM_GRID_FORWARD, GMX_SUM_GRID_BACKWARD
  87 };
  88
  89 /*! \brief Possible PME codepaths on a rank.
  90  * \todo: make this enum class with gmx_pme_t C++ refactoring
  91  */
  92 enum class PmeRunMode
  93 {
  94     None,    //!< No PME task is done
  95     CPU,     //!< Whole PME computation is done on CPU
  96     GPU,     //!< Whole PME computation is done on GPU
  97     Mixed,   //!< Mixed mode: only spread and gather run on GPU; FFT and solving are done on CPU.
  98 };
  99
 100 //! PME gathering output forces treatment
 101 enum class PmeForceOutputHandling
 102 {
 103     Set,             /**< Gather simply writes into provided force buffer */
 104     ReduceWithInput, /**< Gather adds its output to the buffer.
 105                         On GPU, that means additional H2D copy before the kernel launch. */
 106 };
 107
 108 /*! \brief Return the smallest allowed PME grid size for \p pmeOrder */
 109 int minimalPmeGridSize(int pmeOrder);
 110
 111 /*! \brief Check restrictions on pme_order and the PME grid nkx,nky,nkz.
 112  *
 113  * With errorsAreFatal=true, an exception or fatal error is generated
 114  * on violation of restrictions.
 115  * With errorsAreFatal=false, false is returned on violation of restrictions.
 116  * When all restrictions are obeyed, true is returned.
 117  * Argument useThreads tells if any MPI rank doing PME uses more than 1 threads.
 118  * If at calling useThreads is unknown, pass true for conservative checking.
 119  *
 120  * The PME GPU restrictions are checked separately during pme_gpu_init().
 121  */
 122 bool gmx_pme_check_restrictions(int pme_order,
 123                                 int nkx, int nky, int nkz,
 124                                 int numPmeDomainsAlongX,
 125                                 bool useThreads,
 126                                 bool errorsAreFatal);
 127
 128 /*! \brief Construct PME data
 129  *
 130  * \throws   gmx::InconsistentInputError if input grid sizes/PME order are inconsistent.
 131  * \returns  Pointer to newly allocated and initialized PME data.
 132  *
 133  * \todo We should evolve something like a \c GpuManager that holds \c
 134  * gmx_device_info_t * and \c PmeGpuProgramHandle and perhaps other
 135  * related things whose lifetime can/should exceed that of a task (or
 136  * perhaps task manager). See Redmine #2522.
 137  */
 138 gmx_pme_t *gmx_pme_init(const t_commrec *cr,
 139                         const NumPmeDomains &numPmeDomains,
 140                         const t_inputrec *ir, int homenr,
 141                         gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj,
 142                         gmx_bool bReproducible,
 143                         real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj,
 144                         int nthread,
 145                         PmeRunMode runMode,
 146                         PmeGpu *pmeGpu,
 147                         const gmx_device_info_t *gpuInfo,
 148                         PmeGpuProgramHandle pmeGpuProgram,
 149                         const gmx::MDLogger &mdlog);
 150
 151 /*! \brief Destroys the PME data structure.*/
 152 void gmx_pme_destroy(gmx_pme_t *pme);
 153
 154 //@{
 155 /*! \brief Flag values that control what gmx_pme_do() will calculate
 156  *
 157  * These can be combined with bitwise-OR if more than one thing is required.
 158  */
 159 #define GMX_PME_SPREAD        (1<<0)
 160 #define GMX_PME_SOLVE         (1<<1)
 161 #define GMX_PME_CALC_F        (1<<2)
 162 #define GMX_PME_CALC_ENER_VIR (1<<3)
 163 /* This forces the grid to be backtransformed even without GMX_PME_CALC_F */
 164 #define GMX_PME_CALC_POT      (1<<4)
 165
 166 #define GMX_PME_DO_ALL_F  (GMX_PME_SPREAD | GMX_PME_SOLVE | GMX_PME_CALC_F)
 167 //@}
 168
 169 /*! \brief Do a PME calculation on a CPU for the long range electrostatics and/or LJ.
 170  *
 171  * The meaning of \p flags is defined above, and determines which
 172  * parts of the calculation are performed.
 173  *
 174  * \return 0 indicates all well, non zero is an error code.
 175  */
 176 int gmx_pme_do(struct gmx_pme_t *pme,
 177                int start,       int homenr,
 178                rvec x[],        rvec f[],
 179                real chargeA[],  real chargeB[],
 180                real c6A[],      real c6B[],
 181                real sigmaA[],   real sigmaB[],
 182                matrix box,      const t_commrec *cr,
 183                int  maxshift_x, int maxshift_y,
 184                t_nrnb *nrnb,    gmx_wallcycle *wcycle,
 185                matrix vir_q,    matrix vir_lj,
 186                real *energy_q,  real *energy_lj,
 187                real lambda_q,   real lambda_lj,
 188                real *dvdlambda_q, real *dvdlambda_lj,
 189                int flags);
 190
 191 /*! \brief Called on the nodes that do PME exclusively */
 192 int gmx_pmeonly(struct gmx_pme_t *pme,
 193                 const t_commrec *cr,     t_nrnb *mynrnb,
 194                 gmx_wallcycle  *wcycle,
 195                 gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting,
 196                 t_inputrec *ir, PmeRunMode runMode);
 197
 198 /*! \brief Calculate the PME grid energy V for n charges.
 199  *
 200  * The potential (found in \p pme) must have been found already with a
 201  * call to gmx_pme_do() with at least GMX_PME_SPREAD and GMX_PME_SOLVE
 202  * specified. Note that the charges are not spread on the grid in the
 203  * pme struct. Currently does not work in parallel or with free
 204  * energy.
 205  */
 206 void gmx_pme_calc_energy(struct gmx_pme_t *pme, int n, rvec *x, real *q, real *V);
 207
 208 /*! \brief Send the charges and maxshift to out PME-only node. */
 209 void gmx_pme_send_parameters(const t_commrec *cr,
 210                              const interaction_const_t *ic,
 211                              gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj,
 212                              real *chargeA, real *chargeB,
 213                              real *sqrt_c6A, real *sqrt_c6B,
 214                              real *sigmaA, real *sigmaB,
 215                              int maxshift_x, int maxshift_y);
 216
 217 /*! \brief Send the coordinates to our PME-only node and request a PME calculation */
 218 void gmx_pme_send_coordinates(const t_commrec *cr, matrix box, rvec *x,
 219                               real lambda_q, real lambda_lj,
 220                               gmx_bool bEnerVir,
 221                               int64_t step, gmx_wallcycle *wcycle);
 222
 223 /*! \brief Tell our PME-only node to finish */
 224 void gmx_pme_send_finish(const t_commrec *cr);
 225
 226 /*! \brief Tell our PME-only node to reset all cycle and flop counters */
 227 void gmx_pme_send_resetcounters(const t_commrec *cr, int64_t step);
 228
 229 /*! \brief PP nodes receive the long range forces from the PME nodes */
 230 void gmx_pme_receive_f(const t_commrec *cr,
 231                        gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial,
 232                        real *energy_q, real *energy_lj,
 233                        real *dvdlambda_q, real *dvdlambda_lj,
 234                        float *pme_cycles);
 235
 236 /*! \brief
 237  * This function updates the local atom data on GPU after DD (charges, coordinates, etc.).
 238  * TODO: it should update the PME CPU atom data as well.
 239  * (currently PME CPU call gmx_pme_do() gets passed the input pointers for each computation).
 240  *
 241  * \param[in] pme            The PME structure.
 242  * \param[in] nAtoms         The number of particles.
 243  * \param[in] charges        The pointer to the array of particle charges.
 244  */
 245 void gmx_pme_reinit_atoms(const gmx_pme_t *pme, int nAtoms, const real *charges);
 246
 247 /* A block of PME GPU functions */
 248
 249 /*! \brief Checks whether the GROMACS build allows to run PME on GPU.
 250  * TODO: this partly duplicates an internal PME assert function
 251  * pme_gpu_check_restrictions(), except that works with a
 252  * formed gmx_pme_t structure. Should that one go away/work with inputrec?
 253  *
 254  * \param[in]  hwinfo  Information about the detected hardware
 255  * \param[out] error   If non-null, the error message when PME is not supported on GPU.
 256  *
 257  * \returns true if PME can run on GPU on this build, false otherwise.
 258  */
 259 bool pme_gpu_supports_build(const gmx_hw_info_t &hwinfo,
 260                             std::string         *error);
 261
 262 /*! \brief Checks whether the input system allows to run PME on GPU.
 263  * TODO: this partly duplicates an internal PME assert function
 264  * pme_gpu_check_restrictions(), except that works with a
 265  * formed gmx_pme_t structure. Should that one go away/work with inputrec?
 266  *
 267  * \param[in]  ir     Input system.
 268  * \param[in]  mtop   Complete system topology to check if an FE simulation perturbs charges.
 269  * \param[out] error  If non-null, the error message if the input is not supported on GPU.
 270  *
 271  * \returns true if PME can run on GPU with this input, false otherwise.
 272  */
 273 bool pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, const gmx_mtop_t &mtop, std::string *error);
 274
 275 /*! \brief
 276  * Returns the active PME codepath (CPU, GPU, mixed).
 277  * \todo This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler.
 278  *
 279  * \param[in]  pme            The PME data structure.
 280  * \returns active PME codepath.
 281  */
 282 PmeRunMode pme_run_mode(const gmx_pme_t *pme);
 283
 284 /*! \libinternal \brief
 285  * Return the pinning policy appropriate for this build configuration
 286  * for relevant buffers used for PME task on this rank (e.g. running
 287  * on a GPU). */
 288 gmx::PinningPolicy pme_get_pinning_policy();
 289
 290 /*! \brief
 291  * Tells if PME is enabled to run on GPU (not necessarily active at the moment).
 292  * \todo This is a rather static data that should be managed by the hardware assignment manager.
 293  * For now, it is synonymous with the active PME codepath (in the absence of dynamic switching).
 294  *
 295  * \param[in]  pme            The PME data structure.
 296  * \returns true if PME can run on GPU, false otherwise.
 297  */
 298 inline bool pme_gpu_task_enabled(const gmx_pme_t *pme)
 299 {
 300     return (pme != nullptr) && (pme_run_mode(pme) != PmeRunMode::CPU);
 301 }
 302
 303 // The following functions are all the PME GPU entry points,
 304 // currently inlining to nothing on non-CUDA builds.
 305
 306 /*! \brief
 307  * Resets the PME GPU timings. To be called at the reset step.
 308  *
 309  * \param[in] pme            The PME structure.
 310  */
 311 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *GPU_FUNC_ARGUMENT(pme)) GPU_FUNC_TERM
 312
 313 /*! \brief
 314  * Copies the PME GPU timings to the gmx_wallclock_gpu_pme_t structure (for log output). To be called at the run end.
 315  *
 316  * \param[in] pme               The PME structure.
 317  * \param[in] timings           The gmx_wallclock_gpu_pme_t structure.
 318  */
 319 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t         *GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 320                                             gmx_wallclock_gpu_pme_t *GPU_FUNC_ARGUMENT(timings)) GPU_FUNC_TERM
 321
 322 /* The main PME GPU functions */
 323
 324 /*! \brief
 325  * Prepares PME on GPU computation (updating the box if needed)
 326  * \param[in] pme               The PME data structure.
 327  * \param[in] needToUpdateBox   Tells if the stored unit cell parameters should be updated from \p box.
 328  * \param[in] box               The unit cell box.
 329  * \param[in] wcycle            The wallclock counter.
 330  * \param[in] flags             The combination of flags to affect this PME computation.
 331  *                              The flags are the GMX_PME_ flags from pme.h.
 332  */
 333 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_prepare_computation(gmx_pme_t      *GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 334                                                     bool            GPU_FUNC_ARGUMENT(needToUpdateBox),
 335                                                     const matrix    GPU_FUNC_ARGUMENT(box),
 336                                                     gmx_wallcycle  *GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle),
 337                                                     int             GPU_FUNC_ARGUMENT(flags)) GPU_FUNC_TERM
 338
 339 /*! \brief
 340  * Launches first stage of PME on GPU - H2D input transfers, spreading kernel, and D2H grid transfer if needed.
 341  *
 342  * \param[in] pme               The PME data structure.
 343  * \param[in] x                 The array of local atoms' coordinates.
 344  * \param[in] wcycle            The wallclock counter.
 345  */
 346 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_launch_spread(gmx_pme_t      *GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 347                                               const rvec     *GPU_FUNC_ARGUMENT(x),
 348                                               gmx_wallcycle  *GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle)) GPU_FUNC_TERM
 349
 350 /*! \brief
 351  * Launches middle stages of PME (FFT R2C, solving, FFT C2R) either on GPU or on CPU, depending on the run mode.
 352  *
 353  * \param[in] pme               The PME data structure.
 354  * \param[in] wcycle            The wallclock counter.
 355  */
 356 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t       *GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 357                                                           gmx_wallcycle   *GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle)) GPU_FUNC_TERM
 358
 359 /*! \brief
 360  * Launches last stage of PME on GPU - force gathering and D2H force transfer.
 361  *
 362  * \param[in]  pme               The PME data structure.
 363  * \param[in]  wcycle            The wallclock counter.
 364  * \param[in]  forceTreatment    Tells how data should be treated. The gathering kernel either stores
 365  *                               the output reciprocal forces into the host array, or copies its contents to the GPU first
 366  *                               and accumulates. The reduction is non-atomic.
 367  */
 368 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_launch_gather(const gmx_pme_t        *GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 369                                               gmx_wallcycle          *GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle),
 370                                               PmeForceOutputHandling  GPU_FUNC_ARGUMENT(forceTreatment)) GPU_FUNC_TERM
 371
 372 /*! \brief
 373  * Blocks until PME GPU tasks are completed, and gets the output forces and virial/energy
 374  * (if they were to be computed).
 375  *
 376  * \param[in]  pme            The PME data structure.
 377  * \param[out] wcycle         The wallclock counter.
 378  * \param[out] forces         The output forces.
 379  * \param[out] virial         The output virial matrix.
 380  * \param[out] energy         The output energy.
 381  */
 382 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_wait_finish_task(const gmx_pme_t                *GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 383                                                  gmx_wallcycle                  *GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle),
 384                                                  gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> *GPU_FUNC_ARGUMENT(forces),
 385                                                  matrix                          GPU_FUNC_ARGUMENT(virial),
 386                                                  real                           *GPU_FUNC_ARGUMENT(energy)) GPU_FUNC_TERM
 387 /*! \brief
 388  * Attempts to complete PME GPU tasks.
 389  *
 390  * The \p completionKind argument controls whether the function blocks until all
 391  * PME GPU tasks enqueued completed (as pme_gpu_wait_finish_task() does) or only
 392  * checks and returns immediately if they did not.
 393  * When blocking or the tasks have completed it also gets the output forces
 394  * by assigning the ArrayRef to the \p forces pointer passed in.
 395  * Virial/energy are also outputs if they were to be computed.
 396  *
 397  * Note: also launches the reinitalization of the PME output buffers.
 398  * TODO: this should be moved out to avoid miscounting its wall-time (as wait iso launch).
 399  *
 400  * \param[in]  pme            The PME data structure.
 401  * \param[in]  wcycle         The wallclock counter.
 402  * \param[out] forces         The output forces.
 403  * \param[out] virial         The output virial matrix.
 404  * \param[out] energy         The output energy.
 405  * \param[in]  completionKind  Indicates whether PME task completion should only be checked rather than waited for
 406  * \returns                   True if the PME GPU tasks have completed
 407  */
 408 GPU_FUNC_QUALIFIER bool pme_gpu_try_finish_task(const gmx_pme_t                *GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 409                                                 gmx_wallcycle                  *GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle),
 410                                                 gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> *GPU_FUNC_ARGUMENT(forces),
 411                                                 matrix                          GPU_FUNC_ARGUMENT(virial),
 412                                                 real                           *GPU_FUNC_ARGUMENT(energy),
 413                                                 GpuTaskCompletion               GPU_FUNC_ARGUMENT(completionKind)) GPU_FUNC_TERM_WITH_RETURN(false)
 414
 415 /*! \brief
 416  * The PME GPU reinitialization function that is called both at the end of any PME computation and on any load balancing.
 417  *
 418  * Clears the internal grid and energy/virial buffers; it is not safe to start
 419  * the PME computation without calling this.
 420  * Note that unlike in the nbnxn module, the force buffer does not need clearing.
 421  *
 422  * \todo Rename this function to *clear* -- it clearly only does output resetting
 423  * and we should be clear about what the function does..
 424  *
 425  * \param[in] pme            The PME data structure.
 426  * \param[in] wcycle         The wallclock counter.
 427  */
 428 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 429                                                    gmx_wallcycle   *GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle)) GPU_FUNC_TERM
 430
 431 #endif