src/gromacs/ewald/pme.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 /*! \libinternal \file
  39  *
  40  * \brief This file contains function declarations necessary for
  41  * computing energies and forces for the PME long-ranged part (Coulomb
  42  * and LJ).
  43  *
  44  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  45  * \inlibraryapi
  46  * \ingroup module_ewald
  47  */
  48
  49 #ifndef GMX_EWALD_PME_H
  50 #define GMX_EWALD_PME_H
  51
  52 #include <string>
  53
  54 #include "gromacs/gpu_utils/devicebuffer_datatype.h"
  55 #include "gromacs/gpu_utils/gpu_macros.h"
  56 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  57 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  58 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  59 #include "gromacs/utility/real.h"
  60
  61 struct gmx_hw_info_t;
  62 struct t_commrec;
  63 struct t_inputrec;
  64 struct t_nrnb;
  65 struct PmeGpu;
  66 struct gmx_wallclock_gpu_pme_t;
  67 struct DeviceInformation;
  68 struct gmx_enerdata_t;
  69 struct gmx_mtop_t;
  70 struct gmx_pme_t;
  71 struct gmx_wallcycle;
  72 struct NumPmeDomains;
  73
  74 class DeviceContext;
  75 enum class GpuTaskCompletion;
  76 class PmeGpuProgram;
  77 class GpuEventSynchronizer;
  78
  79 namespace gmx
  80 {
  81 class ForceWithVirial;
  82 class MDLogger;
  83 enum class PinningPolicy : int;
  84 class StepWorkload;
  85 } // namespace gmx
  86
  87 enum
  88 {
  89     GMX_SUM_GRID_FORWARD,
  90     GMX_SUM_GRID_BACKWARD
  91 };
  92
  93 /*! \brief Possible PME codepaths on a rank.
  94  * \todo: make this enum class with gmx_pme_t C++ refactoring
  95  */
  96 enum class PmeRunMode
  97 {
  98     None,  //!< No PME task is done
  99     CPU,   //!< Whole PME computation is done on CPU
 100     GPU,   //!< Whole PME computation is done on GPU
 101     Mixed, //!< Mixed mode: only spread and gather run on GPU; FFT and solving are done on CPU.
 102 };
 103
 104 /*! \brief Return the smallest allowed PME grid size for \p pmeOrder */
 105 int minimalPmeGridSize(int pmeOrder);
 106
 107 //! Return whether the grid of \c pme is identical to \c grid_size.
 108 bool gmx_pme_grid_matches(const gmx_pme_t& pme, const ivec grid_size);
 109
 110 /*! \brief Check restrictions on pme_order and the PME grid nkx,nky,nkz.
 111  *
 112  * With errorsAreFatal=true, an exception or fatal error is generated
 113  * on violation of restrictions.
 114  * With errorsAreFatal=false, false is returned on violation of restrictions.
 115  * When all restrictions are obeyed, true is returned.
 116  * Argument useThreads tells if any MPI rank doing PME uses more than 1 threads.
 117  * If at calling useThreads is unknown, pass true for conservative checking.
 118  *
 119  * The PME GPU restrictions are checked separately during pme_gpu_init().
 120  */
 121 bool gmx_pme_check_restrictions(int  pme_order,
 122                                 int  nkx,
 123                                 int  nky,
 124                                 int  nkz,
 125                                 int  numPmeDomainsAlongX,
 126                                 bool useThreads,
 127                                 bool errorsAreFatal);
 128
 129 /*! \brief Construct PME data
 130  *
 131  * \throws   gmx::InconsistentInputError if input grid sizes/PME order are inconsistent.
 132  * \returns  Pointer to newly allocated and initialized PME data.
 133  *
 134  * \todo We should evolve something like a \c GpuManager that holds \c
 135  * DeviceInformation* and \c PmeGpuProgram* and perhaps other
 136  * related things whose lifetime can/should exceed that of a task (or
 137  * perhaps task manager). See Redmine #2522.
 138  */
 139 gmx_pme_t* gmx_pme_init(const t_commrec*         cr,
 140                         const NumPmeDomains&     numPmeDomains,
 141                         const t_inputrec*        ir,
 142                         gmx_bool                 bFreeEnergy_q,
 143                         gmx_bool                 bFreeEnergy_lj,
 144                         gmx_bool                 bReproducible,
 145                         real                     ewaldcoeff_q,
 146                         real                     ewaldcoeff_lj,
 147                         int                      nthread,
 148                         PmeRunMode               runMode,
 149                         PmeGpu*                  pmeGpu,
 150                         const DeviceInformation* deviceInfo,
 151                         const PmeGpuProgram*     pmeGpuProgram,
 152                         const gmx::MDLogger&     mdlog);
 153
 154 /*! \brief As gmx_pme_init, but takes most settings, except the grid/Ewald coefficients, from
 155  * pme_src. This is only called when the PME cut-off/grid size changes.
 156  */
 157 void gmx_pme_reinit(gmx_pme_t**       pmedata,
 158                     const t_commrec*  cr,
 159                     gmx_pme_t*        pme_src,
 160                     const t_inputrec* ir,
 161                     const ivec        grid_size,
 162                     real              ewaldcoeff_q,
 163                     real              ewaldcoeff_lj);
 164
 165 /*! \brief Destroys the PME data structure.*/
 166 void gmx_pme_destroy(gmx_pme_t* pme);
 167
 168 /*! \brief Do a PME calculation on a CPU for the long range electrostatics and/or LJ.
 169  *
 170  * Computes the PME forces and the energy and viral, when requested,
 171  * for all atoms in \p coordinates. Forces, when requested, are added
 172  * to the buffer \p forces, which is allowed to contain more elements
 173  * than the number of elements in \p coordinates.
 174  * The meaning of \p flags is defined above, and determines which
 175  * parts of the calculation are performed.
 176  *
 177  * \return 0 indicates all well, non zero is an error code.
 178  */
 179 int gmx_pme_do(struct gmx_pme_t*              pme,
 180                gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> coordinates,
 181                gmx::ArrayRef<gmx::RVec>       forces,
 182                real                           chargeA[],
 183                real                           chargeB[],
 184                real                           c6A[],
 185                real                           c6B[],
 186                real                           sigmaA[],
 187                real                           sigmaB[],
 188                const matrix                   box,
 189                const t_commrec*               cr,
 190                int                            maxshift_x,
 191                int                            maxshift_y,
 192                t_nrnb*                        nrnb,
 193                gmx_wallcycle*                 wcycle,
 194                matrix                         vir_q,
 195                matrix                         vir_lj,
 196                real*                          energy_q,
 197                real*                          energy_lj,
 198                real                           lambda_q,
 199                real                           lambda_lj,
 200                real*                          dvdlambda_q,
 201                real*                          dvdlambda_lj,
 202                const gmx::StepWorkload&       stepWork);
 203
 204 /*! \brief Calculate the PME grid energy V for n charges.
 205  *
 206  * The potential (found in \p pme) must have been found already with a
 207  * call to gmx_pme_do(). Note that the charges are not spread on the grid in the
 208  * pme struct. Currently does not work in parallel or with free
 209  * energy.
 210  */
 211 void gmx_pme_calc_energy(gmx_pme_t* pme, gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x, gmx::ArrayRef<const real> q, real* V);
 212
 213 /*! \brief
 214  * This function updates the local atom data on GPU after DD (charges, coordinates, etc.).
 215  * TODO: it should update the PME CPU atom data as well.
 216  * (currently PME CPU call gmx_pme_do() gets passed the input pointers for each computation).
 217  *
 218  * \param[in,out] pme        The PME structure.
 219  * \param[in]     numAtoms   The number of particles.
 220  * \param[in]     charges    The pointer to the array of particle charges.
 221  */
 222 void gmx_pme_reinit_atoms(gmx_pme_t* pme, int numAtoms, const real* charges);
 223
 224 /* A block of PME GPU functions */
 225
 226 /*! \brief Checks whether the GROMACS build allows to run PME on GPU.
 227  * TODO: this partly duplicates an internal PME assert function
 228  * pme_gpu_check_restrictions(), except that works with a
 229  * formed gmx_pme_t structure. Should that one go away/work with inputrec?
 230  *
 231  * \param[out] error   If non-null, the error message when PME is not supported on GPU.
 232  *
 233  * \returns true if PME can run on GPU on this build, false otherwise.
 234  */
 235 bool pme_gpu_supports_build(std::string* error);
 236
 237 /*! \brief Checks whether the detected (GPU) hardware allows to run PME on GPU.
 238  *
 239  * \param[in]  hwinfo  Information about the detected hardware
 240  * \param[out] error   If non-null, the error message when PME is not supported on GPU.
 241  *
 242  * \returns true if PME can run on GPU on this build, false otherwise.
 243  */
 244 bool pme_gpu_supports_hardware(const gmx_hw_info_t& hwinfo, std::string* error);
 245
 246 /*! \brief Checks whether the input system allows to run PME on GPU.
 247  * TODO: this partly duplicates an internal PME assert function
 248  * pme_gpu_check_restrictions(), except that works with a
 249  * formed gmx_pme_t structure. Should that one go away/work with inputrec?
 250  *
 251  * \param[in]  ir     Input system.
 252  * \param[in]  mtop   Complete system topology to check if an FE simulation perturbs charges.
 253  * \param[out] error  If non-null, the error message if the input is not supported on GPU.
 254  *
 255  * \returns true if PME can run on GPU with this input, false otherwise.
 256  */
 257 bool pme_gpu_supports_input(const t_inputrec& ir, const gmx_mtop_t& mtop, std::string* error);
 258
 259 /*! \brief
 260  * Returns the active PME codepath (CPU, GPU, mixed).
 261  * \todo This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler.
 262  *
 263  * \param[in]  pme            The PME data structure.
 264  * \returns active PME codepath.
 265  */
 266 PmeRunMode pme_run_mode(const gmx_pme_t* pme);
 267
 268 /*! \libinternal \brief
 269  * Return the pinning policy appropriate for this build configuration
 270  * for relevant buffers used for PME task on this rank (e.g. running
 271  * on a GPU). */
 272 gmx::PinningPolicy pme_get_pinning_policy();
 273
 274 /*! \brief
 275  * Tells if PME is enabled to run on GPU (not necessarily active at the moment).
 276  * \todo This is a rather static data that should be managed by the hardware assignment manager.
 277  * For now, it is synonymous with the active PME codepath (in the absence of dynamic switching).
 278  *
 279  * \param[in]  pme            The PME data structure.
 280  * \returns true if PME can run on GPU, false otherwise.
 281  */
 282 inline bool pme_gpu_task_enabled(const gmx_pme_t* pme)
 283 {
 284     return (pme != nullptr) && (pme_run_mode(pme) != PmeRunMode::CPU);
 285 }
 286
 287 /*! \brief Returns the size of the padding needed by GPU version of PME in the coordinates array.
 288  *
 289  * \param[in]  pme  The PME data structure.
 290  */
 291 GPU_FUNC_QUALIFIER int pme_gpu_get_padding_size(const gmx_pme_t* GPU_FUNC_ARGUMENT(pme))
 292         GPU_FUNC_TERM_WITH_RETURN(0);
 293
 294 // The following functions are all the PME GPU entry points,
 295 // currently inlining to nothing on non-CUDA builds.
 296
 297 /*! \brief
 298  * Resets the PME GPU timings. To be called at the reset step.
 299  *
 300  * \param[in] pme            The PME structure.
 301  */
 302 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t* GPU_FUNC_ARGUMENT(pme)) GPU_FUNC_TERM;
 303
 304 /*! \brief
 305  * Copies the PME GPU timings to the gmx_wallclock_gpu_pme_t structure (for log output). To be called at the run end.
 306  *
 307  * \param[in] pme               The PME structure.
 308  * \param[in] timings           The gmx_wallclock_gpu_pme_t structure.
 309  */
 310 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t* GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 311                                             gmx_wallclock_gpu_pme_t* GPU_FUNC_ARGUMENT(timings)) GPU_FUNC_TERM;
 312
 313 /* The main PME GPU functions */
 314
 315 /*! \brief
 316  * Prepares PME on GPU computation (updating the box if needed)
 317  * \param[in] pme               The PME data structure.
 318  * \param[in] box               The unit cell box.
 319  * \param[in] wcycle            The wallclock counter.
 320  * \param[in] stepWork          The required work for this simulation step
 321  */
 322 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_prepare_computation(gmx_pme_t*     GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 323                                                     const matrix   GPU_FUNC_ARGUMENT(box),
 324                                                     gmx_wallcycle* GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle),
 325                                                     const gmx::StepWorkload& GPU_FUNC_ARGUMENT(stepWork)) GPU_FUNC_TERM;
 326
 327 /*! \brief
 328  * Launches first stage of PME on GPU - spreading kernel.
 329  *
 330  * \param[in] pme                The PME data structure.
 331  * \param[in] xReadyOnDevice     Event synchronizer indicating that the coordinates are ready in the device memory; nullptr allowed only on separate PME ranks.
 332  * \param[in] wcycle             The wallclock counter.
 333  */
 334 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_launch_spread(gmx_pme_t*            GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 335                                               GpuEventSynchronizer* GPU_FUNC_ARGUMENT(xReadyOnDevice),
 336                                               gmx_wallcycle* GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle)) GPU_FUNC_TERM;
 337
 338 /*! \brief
 339  * Launches middle stages of PME (FFT R2C, solving, FFT C2R) either on GPU or on CPU, depending on the run mode.
 340  *
 341  * \param[in] pme               The PME data structure.
 342  * \param[in] wcycle            The wallclock counter.
 343  * \param[in] stepWork          The required work for this simulation step
 344  */
 345 GPU_FUNC_QUALIFIER void
 346 pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t*               GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 347                                   gmx_wallcycle*           GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle),
 348                                   const gmx::StepWorkload& GPU_FUNC_ARGUMENT(stepWork)) GPU_FUNC_TERM;
 349
 350 /*! \brief
 351  * Launches last stage of PME on GPU - force gathering and D2H force transfer.
 352  *
 353  * \param[in]  pme               The PME data structure.
 354  * \param[in]  wcycle            The wallclock counter.
 355  */
 356 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_launch_gather(const gmx_pme_t* GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 357                                               gmx_wallcycle* GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle)) GPU_FUNC_TERM;
 358
 359 /*! \brief
 360  * Attempts to complete PME GPU tasks.
 361  *
 362  * The \p completionKind argument controls whether the function blocks until all
 363  * PME GPU tasks enqueued completed (as pme_gpu_wait_finish_task() does) or only
 364  * checks and returns immediately if they did not.
 365  * When blocking or the tasks have completed it also gets the output forces
 366  * by assigning the ArrayRef to the \p forces pointer passed in.
 367  * Virial/energy are also outputs if they were to be computed.
 368  *
 369  * \param[in]  pme             The PME data structure.
 370  * \param[in]  stepWork        The required work for this simulation step
 371  * \param[in]  wcycle          The wallclock counter.
 372  * \param[out] forceWithVirial The output force and virial
 373  * \param[out] enerd           The output energies
 374  * \param[in]  completionKind  Indicates whether PME task completion should only be checked rather
 375  *                             than waited for
 376  * \returns                    True if the PME GPU tasks have completed
 377  */
 378 GPU_FUNC_QUALIFIER bool pme_gpu_try_finish_task(gmx_pme_t*               GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 379                                                 const gmx::StepWorkload& GPU_FUNC_ARGUMENT(stepWork),
 380                                                 gmx_wallcycle*           GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle),
 381                                                 gmx::ForceWithVirial* GPU_FUNC_ARGUMENT(forceWithVirial),
 382                                                 gmx_enerdata_t*       GPU_FUNC_ARGUMENT(enerd),
 383                                                 GpuTaskCompletion GPU_FUNC_ARGUMENT(completionKind))
 384         GPU_FUNC_TERM_WITH_RETURN(false);
 385
 386 /*! \brief
 387  * Blocks until PME GPU tasks are completed, and gets the output forces and virial/energy
 388  * (if they were to be computed).
 389  *
 390  * \param[in]  pme             The PME data structure.
 391  * \param[in]  stepWork        The required work for this simulation step
 392  * \param[in]  wcycle          The wallclock counter.
 393  * \param[out] forceWithVirial The output force and virial
 394  * \param[out] enerd           The output energies
 395  */
 396 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_wait_and_reduce(gmx_pme_t*               GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 397                                                 const gmx::StepWorkload& GPU_FUNC_ARGUMENT(stepWork),
 398                                                 gmx_wallcycle*           GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle),
 399                                                 gmx::ForceWithVirial* GPU_FUNC_ARGUMENT(forceWithVirial),
 400                                                 gmx_enerdata_t* GPU_FUNC_ARGUMENT(enerd)) GPU_FUNC_TERM;
 401
 402 /*! \brief
 403  * The PME GPU reinitialization function that is called both at the end of any PME computation and on any load balancing.
 404  *
 405  * Clears the internal grid and energy/virial buffers; it is not safe to start
 406  * the PME computation without calling this.
 407  * Note that unlike in the nbnxn module, the force buffer does not need clearing.
 408  *
 409  * \todo Rename this function to *clear* -- it clearly only does output resetting
 410  * and we should be clear about what the function does..
 411  *
 412  * \param[in] pme            The PME data structure.
 413  * \param[in] wcycle         The wallclock counter.
 414  */
 415 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t* GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 416                                                    gmx_wallcycle* GPU_FUNC_ARGUMENT(wcycle)) GPU_FUNC_TERM;
 417
 418 /*! \brief Set pointer to device copy of coordinate data.
 419  * \param[in] pme            The PME data structure.
 420  * \param[in] d_x            The pointer to the positions buffer to be set
 421  */
 422 GPU_FUNC_QUALIFIER void pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t*        GPU_FUNC_ARGUMENT(pme),
 423                                              DeviceBuffer<gmx::RVec> GPU_FUNC_ARGUMENT(d_x)) GPU_FUNC_TERM;
 424
 425 /*! \brief Get pointer to device copy of force data.
 426  * \param[in] pme            The PME data structure.
 427  * \returns                  Pointer to force data
 428  */
 429 GPU_FUNC_QUALIFIER void* pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t* GPU_FUNC_ARGUMENT(pme))
 430         GPU_FUNC_TERM_WITH_RETURN(nullptr);
 431
 432 /*! \brief Returns the pointer to the GPU stream.
 433  *  \param[in] pme            The PME data structure.
 434  *  \returns                  Pointer to GPU stream object.
 435  */
 436 GPU_FUNC_QUALIFIER void* pme_gpu_get_device_stream(const gmx_pme_t* GPU_FUNC_ARGUMENT(pme))
 437         GPU_FUNC_TERM_WITH_RETURN(nullptr);
 438
 439 /*! \brief Get pointer to the device synchronizer object that allows syncing on PME force calculation completion
 440  * \param[in] pme            The PME data structure.
 441  * \returns                  Pointer to sychronizer
 442  */
 443 GPU_FUNC_QUALIFIER GpuEventSynchronizer* pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t* GPU_FUNC_ARGUMENT(pme))
 444         GPU_FUNC_TERM_WITH_RETURN(nullptr);
 445
 446 #endif