src/gromacs/energyanalysis/tests/legacyenergy.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for gmx energy
  38  *
  39  * \todo These will be superseded by tests of the energyanalysis
  40  * modules.
  41  *
  42  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  43  */
  44
  45 #include "gmxpre.h"
  46
  47 #include <cstring>
  48
  49 #include <string>
  50
  51 #include "gromacs/gmxana/gmx_ana.h"
  52
  53 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  54 #include "testutils/stdiohelper.h"
  55 #include "testutils/testasserts.h"
  56 #include "testutils/textblockmatchers.h"
  57 #include "testutils/xvgtest.h"
  58
  59 namespace gmx
  60 {
  61 namespace test
  62 {
  63 namespace
  64 {
  65
  66 class DhdlTest : public CommandLineTestBase
  67 {
  68     public:
  69         void runTest()
  70         {
  71             auto &cmdline = commandLine();
  72             cmdline.append("energy");
  73
  74             setInputFile("-s", "dhdl.tpr");
  75             setInputFile("-f", "dhdl.edr");
  76             setOutputFile("-odh", "dhdl.xvg", XvgMatch());
  77
  78             ASSERT_EQ(0, gmx_energy(cmdline.argc(), cmdline.argv()));
  79
  80             checkOutputFiles();
  81         }
  82 };
  83
  84 TEST_F(DhdlTest, ExtractDhdl)
  85 {
  86     runTest();
  87 }
  88
  89 class OriresTest : public CommandLineTestBase
  90 {
  91     public:
  92         void runTest(const char *stringForStdin)
  93         {
  94             auto &cmdline = commandLine();
  95             cmdline.append("energy");
  96
  97             setInputFile("-s", "orires.tpr");
  98             setInputFile("-f", "orires.edr");
  99             test::XvgMatch    xvg;
 100             test::XvgMatch   &toler     = xvg.tolerance(gmx::test::relativeToleranceAsFloatingPoint(1, 1e-4));
 101
 102             setOutputFile("-oten", ".xvg", toler);
 103             setOutputFile("-ora", ".xvg", toler);
 104             setOutputFile("-ort", ".xvg", toler);
 105             setOutputFile("-oda", ".xvg", toler);
 106             setOutputFile("-odr", ".xvg", toler);
 107
 108             StdioTestHelper stdioHelper(&fileManager());
 109             stdioHelper.redirectStringToStdin(stringForStdin);
 110             ASSERT_EQ(0, gmx_nmr(cmdline.argc(), cmdline.argv()));
 111
 112             checkOutputFiles();
 113         }
 114 };
 115
 116 TEST_F(OriresTest, ExtractOrires)
 117 {
 118     runTest("-1\n");
 119 }
 120
 121 class EnergyTest : public CommandLineTestBase
 122 {
 123     public:
 124         void runTest(const char *stringForStdin)
 125         {
 126             auto &cmdline = commandLine();
 127             cmdline.append("energy");
 128
 129             setInputFile("-f", "ener.edr");
 130             setOutputFile("-o", "energy.xvg", XvgMatch());
 131
 132             StdioTestHelper stdioHelper(&fileManager());
 133             stdioHelper.redirectStringToStdin(stringForStdin);
 134             ASSERT_EQ(0, gmx_energy(cmdline.argc(), cmdline.argv()));
 135
 136             // All the .edr files used in the tests contain only
 137             // single-precision values, so even from a
 138             // double-precision build they should conform to
 139             // tolerances suitable for single-precision values.
 140             setDefaultTolerance(defaultFloatTolerance());
 141             checkOutputFiles();
 142         }
 143 };
 144
 145 TEST_F(EnergyTest, ExtractEnergy)
 146 {
 147     runTest("Potential\nKinetic-En.\nTotal-Energy\n");
 148 }
 149
 150 TEST_F(EnergyTest, ExtractEnergyByNumber)
 151 {
 152     runTest("4 6 9");
 153 }
 154
 155 TEST_F(EnergyTest, ExtractEnergyMixed)
 156 {
 157     runTest("Pressu\n7\nbox-z\nvol\n");
 158 }
 159
 160 class ViscosityTest : public CommandLineTestBase
 161 {
 162     public:
 163         void runTest()
 164         {
 165             auto &cmdline = commandLine();
 166             setInputFile("-f", "ener.edr");
 167             setOutputFile("-vis", "visco.xvg", NoTextMatch());
 168             setOutputFile("-o", "energy.xvg", NoTextMatch());
 169
 170             /* -vis can write a lot of non-conditional output files,
 171                 so we use temporary paths to clean up files that are
 172                 not the ones being tested in this test */
 173             if (!cmdline.contains("-evisco"))
 174             {
 175                 setOutputFile("-evisco", "evisco.xvg", NoTextMatch());
 176             }
 177             if (!cmdline.contains("-eviscoi"))
 178             {
 179                 setOutputFile("-eviscoi", "eviscoi.xvg", NoTextMatch());
 180             }
 181             if (!cmdline.contains("-corr"))
 182             {
 183                 setOutputFile("-corr", "corr.xvg", NoTextMatch());
 184             }
 185
 186             ASSERT_EQ(0, gmx_energy(cmdline.argc(), cmdline.argv()));
 187
 188             checkOutputFiles();
 189         }
 190 };
 191
 192 TEST_F(ViscosityTest, EinsteinViscosity)
 193 {
 194     auto tolerance = relativeToleranceAsFloatingPoint(1e-4, 1e-5);
 195     setOutputFile("-evisco", "evisco.xvg", XvgMatch().tolerance(tolerance));
 196     runTest();
 197 }
 198
 199 TEST_F(ViscosityTest, EinsteinViscosityIntegral)
 200 {
 201     auto tolerance = relativeToleranceAsFloatingPoint(1e-4, 1e-5);
 202     setOutputFile("-eviscoi", "eviscoi.xvg", XvgMatch().tolerance(tolerance));
 203     runTest();
 204 }
 205
 206 } // namespace
 207 } // namespace test
 208 } // namespace gmx