src/gromacs/domdec/partition.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \libinternal \file
  36  *
  37  * \brief This file declares functions for mdrun to call to make a new
  38  * domain decomposition, and check it.
  39  *
  40  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  41  * \inlibraryapi
  42  * \ingroup module_domdec
  43  */
  44
  45 #ifndef GMX_DOMDEC_PARTITION_H
  46 #define GMX_DOMDEC_PARTITION_H
  47
  48 #include "gromacs/gpu_utils/hostallocator.h"
  49 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  50 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  51 #include "gromacs/utility/real.h"
  52
  53 struct gmx_ddbox_t;
  54 struct gmx_domdec_t;
  55 struct gmx_localtop_t;
  56 struct gmx_mtop_t;
  57 struct gmx_vsite_t;
  58 struct gmx_wallcycle;
  59 struct pull_t;
  60 struct t_commrec;
  61 struct t_forcerec;
  62 struct t_inputrec;
  63 struct t_nrnb;
  64 class t_state;
  65
  66 namespace gmx
  67 {
  68 class Constraints;
  69 class ImdSession;
  70 class MDAtoms;
  71 class MDLogger;
  72 } // namespace gmx
  73
  74 //! Check whether the DD grid has moved too far for correctness.
  75 bool check_grid_jump(int64_t step, const gmx_domdec_t* dd, real cutoff, const gmx_ddbox_t* ddbox, gmx_bool bFatal);
  76
  77 /*! \brief Print statistics for domain decomposition communication */
  78 void print_dd_statistics(const t_commrec* cr, const t_inputrec* ir, FILE* fplog);
  79
  80 /*! \brief Partition the system over the nodes.
  81  *
  82  * step is only used for printing error messages.
  83  * If bMasterState==TRUE then state_global from the master node is used,
  84  * else state_local is redistributed between the nodes.
  85  * When f!=NULL, *f will be reallocated to the size of state_local.
  86  *
  87  * \param[in] fplog         Pointer to the log file
  88  * \param[in] mdlog         MD file logger
  89  * \param[in] step          Current step
  90  * \param[in] cr            Communication record
  91  * \param[in] bMasterState  Is it a master state
  92  * \param[in] nstglobalcomm Will globals be computed on this step
  93  * \param[in] state_global  Global state
  94  * \param[in] top_global    Global topology
  95  * \param[in] ir            Input record
  96  * \param[in] imdSession    IMD handle
  97  * \param[in] pull_work     Pulling data
  98  * \param[in] state_local   Local state
  99  * \param[in] f             Force buffer
 100  * \param[in] mdatoms       MD atoms
 101  * \param[in] top_local     Local topology
 102  * \param[in] fr            Force record
 103  * \param[in] vsite         Virtual sites
 104  * \param[in] constr        Constraints
 105  * \param[in] nrnb          Cycle counters
 106  * \param[in] wcycle        Timers
 107  * \param[in] bVerbose      Be verbose
 108  */
 109 void dd_partition_system(FILE*                             fplog,
 110                          const gmx::MDLogger&              mdlog,
 111                          int64_t                           step,
 112                          const t_commrec*                  cr,
 113                          gmx_bool                          bMasterState,
 114                          int                               nstglobalcomm,
 115                          t_state*                          state_global,
 116                          const gmx_mtop_t&                 top_global,
 117                          const t_inputrec*                 ir,
 118                          gmx::ImdSession*                  imdSession,
 119                          pull_t*                           pull_work,
 120                          t_state*                          state_local,
 121                          gmx::PaddedHostVector<gmx::RVec>* f,
 122                          gmx::MDAtoms*                     mdatoms,
 123                          gmx_localtop_t*                   top_local,
 124                          t_forcerec*                       fr,
 125                          gmx_vsite_t*                      vsite,
 126                          gmx::Constraints*                 constr,
 127                          t_nrnb*                           nrnb,
 128                          gmx_wallcycle*                    wcycle,
 129                          gmx_bool                          bVerbose);
 130
 131 /*! \brief Check whether bonded interactions are missing, if appropriate
 132  *
 133  * \param[in]    mdlog                                  Logger
 134  * \param[in]    cr                                     Communication object
 135  * \param[in]    totalNumberOfBondedInteractions        Result of the global reduction over the number of bonds treated in each domain
 136  * \param[in]    top_global                             Global topology for the error message
 137  * \param[in]    top_local                              Local topology for the error message
 138  * \param[in]    x                                      Position vector for the error message
 139  * \param[in]    box                                    Box matrix for the error message
 140  * \param[in,out] shouldCheckNumberOfBondedInteractions Whether we should do the check. Always set to false.
 141  */
 142 void checkNumberOfBondedInteractions(const gmx::MDLogger&           mdlog,
 143                                      t_commrec*                     cr,
 144                                      int                            totalNumberOfBondedInteractions,
 145                                      const gmx_mtop_t*              top_global,
 146                                      const gmx_localtop_t*          top_local,
 147                                      gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x,
 148                                      const matrix                   box,
 149                                      bool* shouldCheckNumberOfBondedInteractions);
 150
 151 #endif