src/gromacs/domdec/localatomsetmanager.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements classes in LocalAtomSetmanager.h.
  38  *
  39  * \author Christian Blau <cblau@gwdg.de>
  40  * \ingroup module_domdec
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "localatomsetmanager.h"
  45
  46 #include <algorithm>
  47 #include <memory>
  48
  49 #include "gromacs/domdec/localatomset.h"
  50 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  51
  52 #include "localatomsetdata.h"
  53
  54 namespace gmx
  55 {
  56
  57 /********************************************************************
  58  * LocalAtomSetManager::Impl */
  59
  60 /*! \internal \brief
  61  * Private implementation class for LocalAtomSetManager.
  62  */
  63 class LocalAtomSetManager::Impl
  64 {
  65 public:
  66     std::vector<std::unique_ptr<internal::LocalAtomSetData>> atomSetData_; /**< handles to the managed atom sets */
  67 };
  68
  69 /********************************************************************
  70  * LocalAtomSetManager */
  71
  72 LocalAtomSetManager::LocalAtomSetManager() : impl_(new Impl()) {}
  73
  74 LocalAtomSetManager::~LocalAtomSetManager() {}
  75
  76 template<>
  77 LocalAtomSet LocalAtomSetManager::add<void, void>(ArrayRef<const int> globalAtomIndex)
  78 {
  79     impl_->atomSetData_.push_back(std::make_unique<internal::LocalAtomSetData>(globalAtomIndex));
  80     return LocalAtomSet(*impl_->atomSetData_.back());
  81 }
  82
  83 LocalAtomSet LocalAtomSetManager::add(ArrayRef<const index> globalAtomIndex)
  84 {
  85     impl_->atomSetData_.push_back(std::make_unique<internal::LocalAtomSetData>(globalAtomIndex));
  86     return LocalAtomSet(*impl_->atomSetData_.back());
  87 }
  88
  89 void LocalAtomSetManager::setIndicesInDomainDecomposition(const gmx_ga2la_t& ga2la)
  90 {
  91     for (const auto& atomSet : impl_->atomSetData_)
  92     {
  93         atomSet->setLocalAndCollectiveIndices(ga2la);
  94     }
  95 }
  96
  97 } // namespace gmx