src/gromacs/domdec/localatomsetdata.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \file
  36  * \internal \brief
  37  * Declares gmx::internal::LocalAtomSetDataData.
  38  *
  39  * \author Christian Blau <cblau@gwdg.de>
  40  * \ingroup module_domdec
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "localatomsetdata.h"
  45
  46 #include <algorithm>
  47 #include <numeric>
  48
  49 #include "gromacs/domdec/ga2la.h"
  50
  51 namespace gmx
  52 {
  53
  54 namespace internal
  55 {
  56
  57 /********************************************************************
  58  * LocalAtomSetData
  59  */
  60
  61 LocalAtomSetData::LocalAtomSetData(ArrayRef<const index> globalIndex) :
  62     globalIndex_(globalIndex.begin(), globalIndex.end()),
  63     localIndex_(globalIndex.begin(), globalIndex.end())
  64 {
  65     collectiveIndex_.resize(localIndex_.size());
  66     std::iota(collectiveIndex_.begin(), collectiveIndex_.end(), 0);
  67 }
  68
  69 void LocalAtomSetData::setLocalAndCollectiveIndices(const gmx_ga2la_t& ga2la)
  70 {
  71     /* Loop over all the atom indices of the set to check which ones are local.
  72      * cf. dd_make_local_group_indices in groupcoord.cpp
  73      */
  74     int numAtomsGlobal = globalIndex_.size();
  75
  76     /* Clear vector without changing capacity,
  77      * because we expect the size of the vectors to vary little. */
  78     localIndex_.resize(0);
  79     collectiveIndex_.resize(0);
  80
  81     for (int iCollective = 0; iCollective < numAtomsGlobal; iCollective++)
  82     {
  83         if (const int* iLocal = ga2la.findHome(globalIndex_[iCollective]))
  84         {
  85             /* Save the atoms index in the local atom numbers array */
  86             /* The atom with this index is a home atom. */
  87             localIndex_.push_back(*iLocal);
  88
  89             /* Keep track of where this local atom belongs in the collective index array.
  90              * This is needed when reducing the local arrays to a collective/global array
  91              * in communicate_group_positions */
  92             collectiveIndex_.push_back(iCollective);
  93         }
  94     }
  95 }
  96
  97 } // namespace internal
  98
  99 } // namespace gmx