src/gromacs/domdec/domdec_topology.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2006 - 2014, The GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36
  37 /*! \internal \file
  38  *
  39  * \brief This file defines functions used by the domdec module
  40  * while managing the construction, use and error checking for
  41  * topologies local to a DD rank.
  42  *
  43  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  44  * \ingroup module_domdec
  45  */
  46
  47 #include "gmxpre.h"
  48
  49 #include <cassert>
  50 #include <cstdlib>
  51 #include <cstring>
  52
  53 #include <algorithm>
  54 #include <memory>
  55 #include <string>
  56
  57 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  58 #include "gromacs/domdec/domdec_network.h"
  59 #include "gromacs/domdec/ga2la.h"
  60 #include "gromacs/gmxlib/chargegroup.h"
  61 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  62 #include "gromacs/math/vec.h"
  63 #include "gromacs/mdlib/forcerec.h"
  64 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  65 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  66 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  67 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  68 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
  69 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  70 #include "gromacs/pbcutil/mshift.h"
  71 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  72 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  73 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  74 #include "gromacs/topology/topsort.h"
  75 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  76 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  77 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  78 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  79 #include "gromacs/utility/logger.h"
  80 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  81 #include "gromacs/utility/strconvert.h"
  82 #include "gromacs/utility/stringstream.h"
  83 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  84 #include "gromacs/utility/textwriter.h"
  85
  86 #include "domdec_constraints.h"
  87 #include "domdec_internal.h"
  88 #include "domdec_vsite.h"
  89 #include "dump.h"
  90
  91 /*! \brief The number of integer item in the local state, used for broadcasting of the state */
  92 #define NITEM_DD_INIT_LOCAL_STATE 5
  93
  94 struct reverse_ilist_t
  95 {
  96     std::vector<int> index;              /* Index for each atom into il          */
  97     std::vector<int> il;                 /* ftype|type|a0|...|an|ftype|...       */
  98     int              numAtomsInMolecule; /* The number of atoms in this molecule */
  99 };
 100
 101 struct MolblockIndices
 102 {
 103     int  a_start;
 104     int  a_end;
 105     int  natoms_mol;
 106     int  type;
 107 };
 108
 109 /*! \brief Struct for thread local work data for local topology generation */
 110 struct thread_work_t
 111 {
 112     t_idef                    idef;       /**< Partial local topology */
 113     std::unique_ptr<VsitePbc> vsitePbc;   /**< vsite PBC structure */
 114     int                       nbonded;    /**< The number of bondeds in this struct */
 115     t_blocka                  excl;       /**< List of exclusions */
 116     int                       excl_count; /**< The total exclusion count for \p excl */
 117 };
 118
 119 /*! \brief Struct for the reverse topology: links bonded interactions to atomsx */
 120 struct gmx_reverse_top_t
 121 {
 122     //! @cond Doxygen_Suppress
 123     //! \brief The maximum number of exclusions one atom can have
 124     int                          n_excl_at_max = 0;
 125     //! \brief Are there constraints in this revserse top?
 126     bool                         bConstr = false;
 127     //! \brief Are there settles in this revserse top?
 128     bool                         bSettle = false;
 129     //! \brief All bonded interactions have to be assigned?
 130     bool                         bBCheck = false;
 131     //! \brief Are there bondeds/exclusions between charge-groups?
 132     bool                         bInterCGInteractions = false;
 133     //! \brief Reverse ilist for all moltypes
 134     std::vector<reverse_ilist_t> ril_mt;
 135     //! \brief The size of ril_mt[?].index summed over all entries
 136     int                          ril_mt_tot_size = 0;
 137     //! \brief The sorting state of bondeds for free energy
 138     int                          ilsort = ilsortUNKNOWN;
 139     //! \brief molblock to global atom index for quick lookup of molblocks on atom index
 140     std::vector<MolblockIndices> mbi;
 141
 142     //! \brief Do we have intermolecular interactions?
 143     bool             bIntermolecularInteractions = false;
 144     //! \brief Intermolecular reverse ilist
 145     reverse_ilist_t  ril_intermol;
 146
 147     /* Work data structures for multi-threading */
 148     //! \brief Thread work array for local topology generation
 149     std::vector<thread_work_t> th_work;
 150     //! @endcond
 151 };
 152
 153 /*! \brief Returns the number of atom entries for il in gmx_reverse_top_t */
 154 static int nral_rt(int ftype)
 155 {
 156     int nral;
 157
 158     nral = NRAL(ftype);
 159     if (interaction_function[ftype].flags & IF_VSITE)
 160     {
 161         /* With vsites the reverse topology contains an extra entry
 162          * for storing if constructing atoms are vsites.
 163          */
 164         nral += 1;
 165     }
 166
 167     return nral;
 168 }
 169
 170 /*! \brief Return whether interactions of type \p ftype need to be assigned exactly once */
 171 static gmx_bool dd_check_ftype(int ftype, gmx_bool bBCheck,
 172                                gmx_bool bConstr, gmx_bool bSettle)
 173 {
 174     return ((((interaction_function[ftype].flags & IF_BOND) != 0U) &&
 175              ((interaction_function[ftype].flags & IF_VSITE) == 0U) &&
 176              (bBCheck || ((interaction_function[ftype].flags & IF_LIMZERO) == 0U))) ||
 177             (bConstr && (ftype == F_CONSTR || ftype == F_CONSTRNC)) ||
 178             (bSettle && ftype == F_SETTLE));
 179 }
 180
 181 /*! \brief Help print error output when interactions are missing */
 182 static std::string
 183 print_missing_interactions_mb(t_commrec *cr,
 184                               const gmx_reverse_top_t *rt,
 185                               const char *moltypename,
 186                               const reverse_ilist_t *ril,
 187                               int a_start, int a_end,
 188                               int nat_mol, int nmol,
 189                               const t_idef *idef)
 190 {
 191     int                     *assigned;
 192     int                      nril_mol = ril->index[nat_mol];
 193     snew(assigned, nmol*nril_mol);
 194     gmx::StringOutputStream  stream;
 195     gmx::TextWriter          log(&stream);
 196
 197     gmx::ArrayRef<const int> gatindex = cr->dd->globalAtomIndices;
 198     for (int ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
 199     {
 200         if (dd_check_ftype(ftype, rt->bBCheck, rt->bConstr, rt->bSettle))
 201         {
 202             int            nral = NRAL(ftype);
 203             const t_ilist *il   = &idef->il[ftype];
 204             const t_iatom *ia   = il->iatoms;
 205             for (int i = 0; i < il->nr; i += 1+nral)
 206             {
 207                 int a0 = gatindex[ia[1]];
 208                 /* Check if this interaction is in
 209                  * the currently checked molblock.
 210                  */
 211                 if (a0 >= a_start && a0 < a_end)
 212                 {
 213                     int  mol    = (a0 - a_start)/nat_mol;
 214                     int  a0_mol = (a0 - a_start) - mol*nat_mol;
 215                     int  j_mol  = ril->index[a0_mol];
 216                     bool found  = false;
 217                     while (j_mol < ril->index[a0_mol+1] && !found)
 218                     {
 219                         int j       = mol*nril_mol + j_mol;
 220                         int ftype_j = ril->il[j_mol];
 221                         /* Here we need to check if this interaction has
 222                          * not already been assigned, since we could have
 223                          * multiply defined interactions.
 224                          */
 225                         if (ftype == ftype_j && ia[0] == ril->il[j_mol+1] &&
 226                             assigned[j] == 0)
 227                         {
 228                             /* Check the atoms */
 229                             found = true;
 230                             for (int a = 0; a < nral; a++)
 231                             {
 232                                 if (gatindex[ia[1+a]] !=
 233                                     a_start + mol*nat_mol + ril->il[j_mol+2+a])
 234                                 {
 235                                     found = false;
 236                                 }
 237                             }
 238                             if (found)
 239                             {
 240                                 assigned[j] = 1;
 241                             }
 242                         }
 243                         j_mol += 2 + nral_rt(ftype_j);
 244                     }
 245                     if (!found)
 246                     {
 247                         gmx_incons("Some interactions seem to be assigned multiple times");
 248                     }
 249                 }
 250                 ia += 1 + nral;
 251             }
 252         }
 253     }
 254
 255     gmx_sumi(nmol*nril_mol, assigned, cr);
 256
 257     int nprint = 10;
 258     int i      = 0;
 259     for (int mol = 0; mol < nmol; mol++)
 260     {
 261         int j_mol = 0;
 262         while (j_mol < nril_mol)
 263         {
 264             int ftype = ril->il[j_mol];
 265             int nral  = NRAL(ftype);
 266             int j     = mol*nril_mol + j_mol;
 267             if (assigned[j] == 0 &&
 268                 !(interaction_function[ftype].flags & IF_VSITE))
 269             {
 270                 if (DDMASTER(cr->dd))
 271                 {
 272                     if (i == 0)
 273                     {
 274                         log.writeLineFormatted("Molecule type '%s'", moltypename);
 275                         log.writeLineFormatted(
 276                                 "the first %d missing interactions, except for exclusions:", nprint);
 277                     }
 278                     log.writeStringFormatted("%20s atoms",
 279                                              interaction_function[ftype].longname);
 280                     int a;
 281                     for (a = 0; a < nral; a++)
 282                     {
 283                         log.writeStringFormatted("%5d", ril->il[j_mol+2+a]+1);
 284                     }
 285                     while (a < 4)
 286                     {
 287                         log.writeString("     ");
 288                         a++;
 289                     }
 290                     log.writeString(" global");
 291                     for (a = 0; a < nral; a++)
 292                     {
 293                         log.writeStringFormatted("%6d",
 294                                                  a_start+mol*nat_mol+ril->il[j_mol+2+a]+1);
 295                     }
 296                     log.ensureLineBreak();
 297                 }
 298                 i++;
 299                 if (i >= nprint)
 300                 {
 301                     break;
 302                 }
 303             }
 304             j_mol += 2 + nral_rt(ftype);
 305         }
 306     }
 307
 308     sfree(assigned);
 309     return stream.toString();
 310 }
 311
 312 /*! \brief Help print error output when interactions are missing */
 313 static void print_missing_interactions_atoms(const gmx::MDLogger &mdlog,
 314                                              t_commrec           *cr,
 315                                              const gmx_mtop_t    *mtop,
 316                                              const t_idef        *idef)
 317 {
 318     const gmx_reverse_top_t *rt = cr->dd->reverse_top;
 319
 320     /* Print the atoms in the missing interactions per molblock */
 321     int a_end = 0;
 322     for (const gmx_molblock_t &molb :  mtop->molblock)
 323     {
 324         const gmx_moltype_t &moltype  = mtop->moltype[molb.type];
 325         int                  a_start  = a_end;
 326         a_end                        = a_start + molb.nmol*moltype.atoms.nr;
 327
 328         GMX_LOG(mdlog.warning).appendText(
 329                 print_missing_interactions_mb(cr, rt,
 330                                               *(moltype.name),
 331                                               &rt->ril_mt[molb.type],
 332                                               a_start, a_end, moltype.atoms.nr,
 333                                               molb.nmol,
 334                                               idef));
 335     }
 336 }
 337
 338 void dd_print_missing_interactions(const gmx::MDLogger  &mdlog,
 339                                    t_commrec            *cr,
 340                                    int                   local_count,
 341                                    const gmx_mtop_t     *top_global,
 342                                    const gmx_localtop_t *top_local,
 343                                    const rvec           *x,
 344                                    const matrix          box)
 345 {
 346     int             ndiff_tot, cl[F_NRE], n, ndiff, rest_global, rest_local;
 347     int             ftype, nral;
 348     gmx_domdec_t   *dd;
 349
 350     dd = cr->dd;
 351
 352     GMX_LOG(mdlog.warning).appendText(
 353             "Not all bonded interactions have been properly assigned to the domain decomposition cells");
 354
 355     ndiff_tot = local_count - dd->nbonded_global;
 356
 357     for (ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
 358     {
 359         nral      = NRAL(ftype);
 360         cl[ftype] = top_local->idef.il[ftype].nr/(1+nral);
 361     }
 362
 363     gmx_sumi(F_NRE, cl, cr);
 364
 365     if (DDMASTER(dd))
 366     {
 367         GMX_LOG(mdlog.warning).appendText("A list of missing interactions:");
 368         rest_global = dd->nbonded_global;
 369         rest_local  = local_count;
 370         for (ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
 371         {
 372             /* In the reverse and local top all constraints are merged
 373              * into F_CONSTR. So in the if statement we skip F_CONSTRNC
 374              * and add these constraints when doing F_CONSTR.
 375              */
 376             if (((interaction_function[ftype].flags & IF_BOND) &&
 377                  (dd->reverse_top->bBCheck
 378                   || !(interaction_function[ftype].flags & IF_LIMZERO)))
 379                 || (dd->reverse_top->bConstr && ftype == F_CONSTR)
 380                 || (dd->reverse_top->bSettle && ftype == F_SETTLE))
 381             {
 382                 n    = gmx_mtop_ftype_count(top_global, ftype);
 383                 if (ftype == F_CONSTR)
 384                 {
 385                     n += gmx_mtop_ftype_count(top_global, F_CONSTRNC);
 386                 }
 387                 ndiff = cl[ftype] - n;
 388                 if (ndiff != 0)
 389                 {
 390                     GMX_LOG(mdlog.warning).appendTextFormatted(
 391                             "%20s of %6d missing %6d",
 392                             interaction_function[ftype].longname, n, -ndiff);
 393                 }
 394                 rest_global -= n;
 395                 rest_local  -= cl[ftype];
 396             }
 397         }
 398
 399         ndiff = rest_local - rest_global;
 400         if (ndiff != 0)
 401         {
 402             GMX_LOG(mdlog.warning).appendTextFormatted(
 403                     "%20s of %6d missing %6d", "exclusions",
 404                     rest_global, -ndiff);
 405         }
 406     }
 407
 408     print_missing_interactions_atoms(mdlog, cr, top_global, &top_local->idef);
 409     write_dd_pdb("dd_dump_err", 0, "dump", top_global, cr,
 410                  -1, x, box);
 411
 412     std::string errorMessage;
 413
 414     if (ndiff_tot > 0)
 415     {
 416         errorMessage = "One or more interactions were assigned to multiple domains of the domain decompostion. Please report this bug.";
 417     }
 418     else
 419     {
 420         errorMessage = gmx::formatString("%d of the %d bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (%g nm) or the two-body cut-off distance (%g nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck", -ndiff_tot, cr->dd->nbonded_global, dd_cutoff_multibody(dd), dd_cutoff_twobody(dd));
 421     }
 422     gmx_fatal_collective(FARGS, cr->mpi_comm_mygroup, MASTER(cr), "%s", errorMessage.c_str());
 423 }
 424
 425 /*! \brief Return global topology molecule information for global atom index \p i_gl */
 426 static void global_atomnr_to_moltype_ind(const gmx_reverse_top_t *rt,
 427                                          int i_gl,
 428                                          int *mb, int *mt, int *mol, int *i_mol)
 429 {
 430     const MolblockIndices *mbi   = rt->mbi.data();
 431     int                    start = 0;
 432     int                    end   = rt->mbi.size(); /* exclusive */
 433     int                    mid;
 434
 435     /* binary search for molblock_ind */
 436     while (TRUE)
 437     {
 438         mid = (start+end)/2;
 439         if (i_gl >= mbi[mid].a_end)
 440         {
 441             start = mid+1;
 442         }
 443         else if (i_gl < mbi[mid].a_start)
 444         {
 445             end = mid;
 446         }
 447         else
 448         {
 449             break;
 450         }
 451     }
 452
 453     *mb  = mid;
 454     mbi += mid;
 455
 456     *mt    = mbi->type;
 457     *mol   = (i_gl - mbi->a_start) / mbi->natoms_mol;
 458     *i_mol = (i_gl - mbi->a_start) - (*mol)*mbi->natoms_mol;
 459 }
 460
 461 /*! \brief Count the exclusions for all atoms in \p cgs */
 462 static void count_excls(const t_block *cgs, const t_blocka *excls,
 463                         int *n_excl, int *n_intercg_excl, int *n_excl_at_max)
 464 {
 465     int cg, at0, at1, at, excl, atj;
 466
 467     *n_excl         = 0;
 468     *n_intercg_excl = 0;
 469     *n_excl_at_max  = 0;
 470     for (cg = 0; cg < cgs->nr; cg++)
 471     {
 472         at0 = cgs->index[cg];
 473         at1 = cgs->index[cg+1];
 474         for (at = at0; at < at1; at++)
 475         {
 476             for (excl = excls->index[at]; excl < excls->index[at+1]; excl++)
 477             {
 478                 atj = excls->a[excl];
 479                 if (atj > at)
 480                 {
 481                     (*n_excl)++;
 482                     if (atj < at0 || atj >= at1)
 483                     {
 484                         (*n_intercg_excl)++;
 485                     }
 486                 }
 487             }
 488
 489             *n_excl_at_max = std::max(*n_excl_at_max,
 490                                       excls->index[at+1] - excls->index[at]);
 491         }
 492     }
 493 }
 494
 495 /*! \brief Run the reverse ilist generation and store it in r_il when \p bAssign = TRUE */
 496 static int low_make_reverse_ilist(const InteractionLists &il_mt,
 497                                   const t_atom *atom,
 498                                   int *count,
 499                                   gmx_bool bConstr, gmx_bool bSettle,
 500                                   gmx_bool bBCheck,
 501                                   gmx::ArrayRef<const int> r_index,
 502                                   gmx::ArrayRef<int>       r_il,
 503                                   gmx_bool bLinkToAllAtoms,
 504                                   gmx_bool bAssign)
 505 {
 506     int            ftype, j, nlink, link;
 507     int            a;
 508     int            nint;
 509
 510     nint = 0;
 511     for (ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
 512     {
 513         if ((interaction_function[ftype].flags & (IF_BOND | IF_VSITE)) ||
 514             (bConstr && (ftype == F_CONSTR || ftype == F_CONSTRNC)) ||
 515             (bSettle && ftype == F_SETTLE))
 516         {
 517             const bool  bVSite = ((interaction_function[ftype].flags & IF_VSITE) != 0U);
 518             const int   nral   = NRAL(ftype);
 519             const auto &il     = il_mt[ftype];
 520             for (int i = 0; i < il.size(); i += 1+nral)
 521             {
 522                 const int* ia = il.iatoms.data() + i;
 523                 if (bLinkToAllAtoms)
 524                 {
 525                     if (bVSite)
 526                     {
 527                         /* We don't need the virtual sites for the cg-links */
 528                         nlink = 0;
 529                     }
 530                     else
 531                     {
 532                         nlink = nral;
 533                     }
 534                 }
 535                 else
 536                 {
 537                     /* Couple to the first atom in the interaction */
 538                     nlink = 1;
 539                 }
 540                 for (link = 0; link < nlink; link++)
 541                 {
 542                     a = ia[1+link];
 543                     if (bAssign)
 544                     {
 545                         GMX_ASSERT(!r_il.empty(), "with bAssign not allowed to be empty");
 546                         GMX_ASSERT(!r_index.empty(), "with bAssign not allowed to be empty");
 547                         r_il[r_index[a]+count[a]] =
 548                             (ftype == F_CONSTRNC ? F_CONSTR : ftype);
 549                         r_il[r_index[a]+count[a]+1] = ia[0];
 550                         for (j = 1; j < 1+nral; j++)
 551                         {
 552                             /* Store the molecular atom number */
 553                             r_il[r_index[a]+count[a]+1+j] = ia[j];
 554                         }
 555                     }
 556                     if (interaction_function[ftype].flags & IF_VSITE)
 557                     {
 558                         if (bAssign)
 559                         {
 560                             /* Add an entry to iatoms for storing
 561                              * which of the constructing atoms are
 562                              * vsites again.
 563                              */
 564                             r_il[r_index[a]+count[a]+2+nral] = 0;
 565                             for (j = 2; j < 1+nral; j++)
 566                             {
 567                                 if (atom[ia[j]].ptype == eptVSite)
 568                                 {
 569                                     r_il[r_index[a]+count[a]+2+nral] |= (2<<j);
 570                                 }
 571                             }
 572                         }
 573                     }
 574                     else
 575                     {
 576                         /* We do not count vsites since they are always
 577                          * uniquely assigned and can be assigned
 578                          * to multiple nodes with recursive vsites.
 579                          */
 580                         if (bBCheck ||
 581                             !(interaction_function[ftype].flags & IF_LIMZERO))
 582                         {
 583                             nint++;
 584                         }
 585                     }
 586                     count[a] += 2 + nral_rt(ftype);
 587                 }
 588             }
 589         }
 590     }
 591
 592     return nint;
 593 }
 594
 595 /*! \brief Make the reverse ilist: a list of bonded interactions linked to atoms */
 596 static int make_reverse_ilist(const InteractionLists &ilist,
 597                               const t_atoms *atoms,
 598                               gmx_bool bConstr, gmx_bool bSettle,
 599                               gmx_bool bBCheck,
 600                               gmx_bool bLinkToAllAtoms,
 601                               reverse_ilist_t *ril_mt)
 602 {
 603     int nat_mt, *count, i, nint_mt;
 604
 605     /* Count the interactions */
 606     nat_mt = atoms->nr;
 607     snew(count, nat_mt);
 608     low_make_reverse_ilist(ilist, atoms->atom,
 609                            count,
 610                            bConstr, bSettle, bBCheck,
 611                            {}, {},
 612                            bLinkToAllAtoms, FALSE);
 613
 614     ril_mt->index.push_back(0);
 615     for (i = 0; i < nat_mt; i++)
 616     {
 617         ril_mt->index.push_back(ril_mt->index[i] + count[i]);
 618         count[i] = 0;
 619     }
 620     ril_mt->il.resize(ril_mt->index[nat_mt]);
 621
 622     /* Store the interactions */
 623     nint_mt =
 624         low_make_reverse_ilist(ilist, atoms->atom,
 625                                count,
 626                                bConstr, bSettle, bBCheck,
 627                                ril_mt->index, ril_mt->il,
 628                                bLinkToAllAtoms, TRUE);
 629
 630     sfree(count);
 631
 632     ril_mt->numAtomsInMolecule = atoms->nr;
 633
 634     return nint_mt;
 635 }
 636
 637 /*! \brief Generate the reverse topology */
 638 static gmx_reverse_top_t make_reverse_top(const gmx_mtop_t *mtop, gmx_bool bFE,
 639                                           gmx_bool bConstr, gmx_bool bSettle,
 640                                           gmx_bool bBCheck, int *nint)
 641 {
 642     gmx_reverse_top_t  rt;
 643
 644     /* Should we include constraints (for SHAKE) in rt? */
 645     rt.bConstr = bConstr;
 646     rt.bSettle = bSettle;
 647     rt.bBCheck = bBCheck;
 648
 649     rt.bInterCGInteractions = mtop->bIntermolecularInteractions;
 650     rt.ril_mt.resize(mtop->moltype.size());
 651     rt.ril_mt_tot_size = 0;
 652     std::vector<int> nint_mt;
 653     for (size_t mt = 0; mt < mtop->moltype.size(); mt++)
 654     {
 655         const gmx_moltype_t &molt = mtop->moltype[mt];
 656         if (molt.cgs.nr > 1)
 657         {
 658             rt.bInterCGInteractions = true;
 659         }
 660
 661         /* Make the atom to interaction list for this molecule type */
 662         int numberOfInteractions =
 663             make_reverse_ilist(molt.ilist, &molt.atoms,
 664                                rt.bConstr, rt.bSettle, rt.bBCheck, FALSE,
 665                                &rt.ril_mt[mt]);
 666         nint_mt.push_back(numberOfInteractions);
 667
 668         rt.ril_mt_tot_size += rt.ril_mt[mt].index[molt.atoms.nr];
 669     }
 670     if (debug)
 671     {
 672         fprintf(debug, "The total size of the atom to interaction index is %d integers\n", rt.ril_mt_tot_size);
 673     }
 674
 675     *nint = 0;
 676     for (const gmx_molblock_t &molblock : mtop->molblock)
 677     {
 678         *nint += molblock.nmol*nint_mt[molblock.type];
 679     }
 680
 681     /* Make an intermolecular reverse top, if necessary */
 682     rt.bIntermolecularInteractions = mtop->bIntermolecularInteractions;
 683     if (rt.bIntermolecularInteractions)
 684     {
 685         t_atoms atoms_global;
 686
 687         atoms_global.nr   = mtop->natoms;
 688         atoms_global.atom = nullptr; /* Only used with virtual sites */
 689
 690         GMX_RELEASE_ASSERT(mtop->intermolecular_ilist, "We should have an ilist when intermolecular interactions are on");
 691
 692         *nint +=
 693             make_reverse_ilist(*mtop->intermolecular_ilist,
 694                                &atoms_global,
 695                                rt.bConstr, rt.bSettle, rt.bBCheck, FALSE,
 696                                &rt.ril_intermol);
 697     }
 698
 699     if (bFE && gmx_mtop_bondeds_free_energy(mtop))
 700     {
 701         rt.ilsort = ilsortFE_UNSORTED;
 702     }
 703     else
 704     {
 705         rt.ilsort = ilsortNO_FE;
 706     }
 707
 708     /* Make a molblock index for fast searching */
 709     int i         = 0;
 710     for (size_t mb = 0; mb < mtop->molblock.size(); mb++)
 711     {
 712         const gmx_molblock_t &molb           = mtop->molblock[mb];
 713         const int             numAtomsPerMol = mtop->moltype[molb.type].atoms.nr;
 714         MolblockIndices       mbi;
 715         mbi.a_start                          = i;
 716         i                                   += molb.nmol*numAtomsPerMol;
 717         mbi.a_end                            = i;
 718         mbi.natoms_mol                       = numAtomsPerMol;
 719         mbi.type                             = molb.type;
 720         rt.mbi.push_back(mbi);
 721     }
 722
 723     rt.th_work.resize(gmx_omp_nthreads_get(emntDomdec));
 724
 725     return rt;
 726 }
 727
 728 void dd_make_reverse_top(FILE *fplog,
 729                          gmx_domdec_t *dd, const gmx_mtop_t *mtop,
 730                          const gmx_vsite_t *vsite,
 731                          const t_inputrec *ir, gmx_bool bBCheck)
 732 {
 733     if (fplog)
 734     {
 735         fprintf(fplog, "\nLinking all bonded interactions to atoms\n");
 736     }
 737
 738     /* If normal and/or settle constraints act only within charge groups,
 739      * we can store them in the reverse top and simply assign them to domains.
 740      * Otherwise we need to assign them to multiple domains and set up
 741      * the parallel version constraint algorithm(s).
 742      */
 743
 744     dd->reverse_top  = new gmx_reverse_top_t;
 745     *dd->reverse_top =
 746         make_reverse_top(mtop, ir->efep != efepNO,
 747                          !dd->comm->systemInfo.haveSplitConstraints,
 748                          !dd->comm->systemInfo.haveSplitSettles,
 749                          bBCheck, &dd->nbonded_global);
 750
 751     gmx_reverse_top_t *rt = dd->reverse_top;
 752
 753     dd->n_intercg_excl = 0;
 754     rt->n_excl_at_max  = 0;
 755     for (const gmx_molblock_t &molb : mtop->molblock)
 756     {
 757         int                  n_excl_mol, n_excl_icg, n_excl_at_max;
 758
 759         const gmx_moltype_t &molt = mtop->moltype[molb.type];
 760         count_excls(&molt.cgs, &molt.excls,
 761                     &n_excl_mol, &n_excl_icg, &n_excl_at_max);
 762         dd->n_intercg_excl += molb.nmol*n_excl_icg;
 763         rt->n_excl_at_max   = std::max(rt->n_excl_at_max, n_excl_at_max);
 764     }
 765
 766     if (vsite && vsite->numInterUpdategroupVsites > 0)
 767     {
 768         if (fplog)
 769         {
 770             fprintf(fplog, "There are %d inter update-group virtual sites,\n"
 771                     "will an extra communication step for selected coordinates and forces\n",
 772                     vsite->numInterUpdategroupVsites);
 773         }
 774         init_domdec_vsites(dd, vsite->numInterUpdategroupVsites);
 775     }
 776
 777     if (dd->comm->systemInfo.haveSplitConstraints || dd->comm->systemInfo.haveSplitSettles)
 778     {
 779         init_domdec_constraints(dd, mtop);
 780     }
 781     if (fplog)
 782     {
 783         fprintf(fplog, "\n");
 784     }
 785 }
 786
 787 /*! \brief Store a vsite interaction at the end of \p il
 788  *
 789  * This routine is very similar to add_ifunc, but vsites interactions
 790  * have more work to do than other kinds of interactions, and the
 791  * complex way nral (and thus vector contents) depends on ftype
 792  * confuses static analysis tools unless we fuse the vsite
 793  * atom-indexing organization code with the ifunc-adding code, so that
 794  * they can see that nral is the same value. */
 795 static inline void
 796 add_ifunc_for_vsites(t_iatom *tiatoms, const gmx_ga2la_t &ga2la,
 797                      int nral, gmx_bool bHomeA,
 798                      int a, int a_gl, int a_mol,
 799                      const t_iatom *iatoms,
 800                      t_ilist *il)
 801 {
 802     t_iatom *liatoms;
 803
 804     if (il->nr+1+nral > il->nalloc)
 805     {
 806         il->nalloc = over_alloc_large(il->nr+1+nral);
 807         srenew(il->iatoms, il->nalloc);
 808     }
 809     liatoms = il->iatoms + il->nr;
 810     il->nr += 1 + nral;
 811
 812     /* Copy the type */
 813     tiatoms[0] = iatoms[0];
 814
 815     if (bHomeA)
 816     {
 817         /* We know the local index of the first atom */
 818         tiatoms[1] = a;
 819     }
 820     else
 821     {
 822         /* Convert later in make_local_vsites */
 823         tiatoms[1] = -a_gl - 1;
 824     }
 825
 826     for (int k = 2; k < 1+nral; k++)
 827     {
 828         int ak_gl = a_gl + iatoms[k] - a_mol;
 829         if (const int *homeIndex = ga2la.findHome(ak_gl))
 830         {
 831             tiatoms[k] = *homeIndex;
 832         }
 833         else
 834         {
 835             /* Copy the global index, convert later in make_local_vsites */
 836             tiatoms[k] = -(ak_gl + 1);
 837         }
 838         // Note that ga2la_get_home always sets the third parameter if
 839         // it returns TRUE
 840     }
 841     for (int k = 0; k < 1+nral; k++)
 842     {
 843         liatoms[k] = tiatoms[k];
 844     }
 845 }
 846
 847 /*! \brief Store a bonded interaction at the end of \p il */
 848 static inline void add_ifunc(int nral, const t_iatom *tiatoms, t_ilist *il)
 849 {
 850     t_iatom *liatoms;
 851     int      k;
 852
 853     if (il->nr+1+nral > il->nalloc)
 854     {
 855         il->nalloc = over_alloc_large(il->nr+1+nral);
 856         srenew(il->iatoms, il->nalloc);
 857     }
 858     liatoms = il->iatoms + il->nr;
 859     for (k = 0; k <= nral; k++)
 860     {
 861         liatoms[k] = tiatoms[k];
 862     }
 863     il->nr += 1 + nral;
 864 }
 865
 866 /*! \brief Store a position restraint in idef and iatoms, complex because the parameters are different for each entry */
 867 static void add_posres(int mol, int a_mol, int numAtomsInMolecule,
 868                        const gmx_molblock_t *molb,
 869                        t_iatom *iatoms, const t_iparams *ip_in,
 870                        t_idef *idef)
 871 {
 872     int        n, a_molb;
 873     t_iparams *ip;
 874
 875     /* This position restraint has not been added yet,
 876      * so it's index is the current number of position restraints.
 877      */
 878     n = idef->il[F_POSRES].nr/2;
 879     if (n+1 > idef->iparams_posres_nalloc)
 880     {
 881         idef->iparams_posres_nalloc = over_alloc_dd(n+1);
 882         srenew(idef->iparams_posres, idef->iparams_posres_nalloc);
 883     }
 884     ip = &idef->iparams_posres[n];
 885     /* Copy the force constants */
 886     *ip = ip_in[iatoms[0]];
 887
 888     /* Get the position restraint coordinates from the molblock */
 889     a_molb = mol*numAtomsInMolecule + a_mol;
 890     GMX_ASSERT(a_molb < ssize(molb->posres_xA), "We need a sufficient number of position restraint coordinates");
 891     ip->posres.pos0A[XX] = molb->posres_xA[a_molb][XX];
 892     ip->posres.pos0A[YY] = molb->posres_xA[a_molb][YY];
 893     ip->posres.pos0A[ZZ] = molb->posres_xA[a_molb][ZZ];
 894     if (!molb->posres_xB.empty())
 895     {
 896         ip->posres.pos0B[XX] = molb->posres_xB[a_molb][XX];
 897         ip->posres.pos0B[YY] = molb->posres_xB[a_molb][YY];
 898         ip->posres.pos0B[ZZ] = molb->posres_xB[a_molb][ZZ];
 899     }
 900     else
 901     {
 902         ip->posres.pos0B[XX] = ip->posres.pos0A[XX];
 903         ip->posres.pos0B[YY] = ip->posres.pos0A[YY];
 904         ip->posres.pos0B[ZZ] = ip->posres.pos0A[ZZ];
 905     }
 906     /* Set the parameter index for idef->iparams_posre */
 907     iatoms[0] = n;
 908 }
 909
 910 /*! \brief Store a flat-bottomed position restraint in idef and iatoms, complex because the parameters are different for each entry */
 911 static void add_fbposres(int mol, int a_mol, int numAtomsInMolecule,
 912                          const gmx_molblock_t *molb,
 913                          t_iatom *iatoms, const t_iparams *ip_in,
 914                          t_idef *idef)
 915 {
 916     int        n, a_molb;
 917     t_iparams *ip;
 918
 919     /* This flat-bottom position restraint has not been added yet,
 920      * so it's index is the current number of position restraints.
 921      */
 922     n = idef->il[F_FBPOSRES].nr/2;
 923     if (n+1 > idef->iparams_fbposres_nalloc)
 924     {
 925         idef->iparams_fbposres_nalloc = over_alloc_dd(n+1);
 926         srenew(idef->iparams_fbposres, idef->iparams_fbposres_nalloc);
 927     }
 928     ip = &idef->iparams_fbposres[n];
 929     /* Copy the force constants */
 930     *ip = ip_in[iatoms[0]];
 931
 932     /* Get the position restraint coordinats from the molblock */
 933     a_molb = mol*numAtomsInMolecule + a_mol;
 934     GMX_ASSERT(a_molb < ssize(molb->posres_xA), "We need a sufficient number of position restraint coordinates");
 935     /* Take reference positions from A position of normal posres */
 936     ip->fbposres.pos0[XX] = molb->posres_xA[a_molb][XX];
 937     ip->fbposres.pos0[YY] = molb->posres_xA[a_molb][YY];
 938     ip->fbposres.pos0[ZZ] = molb->posres_xA[a_molb][ZZ];
 939
 940     /* Note: no B-type for flat-bottom posres */
 941
 942     /* Set the parameter index for idef->iparams_posre */
 943     iatoms[0] = n;
 944 }
 945
 946 /*! \brief Store a virtual site interaction, complex because of PBC and recursion */
 947 static void add_vsite(const gmx_ga2la_t &ga2la,
 948                       gmx::ArrayRef<const int> index,
 949                       gmx::ArrayRef<const int> rtil,
 950                       int ftype, int nral,
 951                       gmx_bool bHomeA, int a, int a_gl, int a_mol,
 952                       const t_iatom *iatoms,
 953                       t_idef *idef)
 954 {
 955     int     k;
 956     t_iatom tiatoms[1+MAXATOMLIST];
 957     int     j, ftype_r, nral_r;
 958
 959     /* Add this interaction to the local topology */
 960     add_ifunc_for_vsites(tiatoms, ga2la, nral, bHomeA, a, a_gl, a_mol, iatoms, &idef->il[ftype]);
 961
 962     if (iatoms[1+nral])
 963     {
 964         /* Check for recursion */
 965         for (k = 2; k < 1+nral; k++)
 966         {
 967             if ((iatoms[1+nral] & (2<<k)) && (tiatoms[k] < 0))
 968             {
 969                 /* This construction atoms is a vsite and not a home atom */
 970                 if (gmx_debug_at)
 971                 {
 972                     fprintf(debug, "Constructing atom %d of vsite atom %d is a vsite and non-home\n", iatoms[k]+1, a_mol+1);
 973                 }
 974                 /* Find the vsite construction */
 975
 976                 /* Check all interactions assigned to this atom */
 977                 j = index[iatoms[k]];
 978                 while (j < index[iatoms[k]+1])
 979                 {
 980                     ftype_r = rtil[j++];
 981                     nral_r  = NRAL(ftype_r);
 982                     if (interaction_function[ftype_r].flags & IF_VSITE)
 983                     {
 984                         /* Add this vsite (recursion) */
 985                         add_vsite(ga2la, index, rtil, ftype_r, nral_r,
 986                                   FALSE, -1, a_gl+iatoms[k]-iatoms[1], iatoms[k],
 987                                   rtil.data() + j,
 988                                   idef);
 989                     }
 990                     j += 1 + nral_rt(ftype_r);
 991                 }
 992             }
 993         }
 994     }
 995 }
 996
 997 /*! \brief Returns the squared distance between atoms \p i and \p j */
 998 static real dd_dist2(t_pbc *pbc_null, const rvec *x, const int i, int j)
 999 {
1000     rvec dx;
1001
1002     if (pbc_null)
1003     {
1004         pbc_dx_aiuc(pbc_null, x[i], x[j], dx);
1005     }
1006     else
1007     {
1008         rvec_sub(x[i], x[j], dx);
1009     }
1010
1011     return norm2(dx);
1012 }
1013
1014 /*! \brief Append t_blocka block structures 1 to nsrc in src to *dest */
1015 static void combine_blocka(t_blocka                           *dest,
1016                            gmx::ArrayRef<const thread_work_t>  src)
1017 {
1018     int ni = src.back().excl.nr;
1019     int na = 0;
1020     for (const thread_work_t &th_work : src)
1021     {
1022         na += th_work.excl.nra;
1023     }
1024     if (ni + 1 > dest->nalloc_index)
1025     {
1026         dest->nalloc_index = over_alloc_large(ni+1);
1027         srenew(dest->index, dest->nalloc_index);
1028     }
1029     if (dest->nra + na > dest->nalloc_a)
1030     {
1031         dest->nalloc_a = over_alloc_large(dest->nra+na);
1032         srenew(dest->a, dest->nalloc_a);
1033     }
1034     for (gmx::index s = 1; s < src.ssize(); s++)
1035     {
1036         for (int i = dest->nr + 1; i < src[s].excl.nr + 1; i++)
1037         {
1038             dest->index[i] = dest->nra + src[s].excl.index[i];
1039         }
1040         for (int i = 0; i < src[s].excl.nra; i++)
1041         {
1042             dest->a[dest->nra+i] = src[s].excl.a[i];
1043         }
1044         dest->nr   = src[s].excl.nr;
1045         dest->nra += src[s].excl.nra;
1046     }
1047 }
1048
1049 /*! \brief Append t_idef structures 1 to nsrc in src to *dest */
1050 static void combine_idef(t_idef                             *dest,
1051                          gmx::ArrayRef<const thread_work_t>  src)
1052 {
1053     int ftype;
1054
1055     for (ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
1056     {
1057         int n = 0;
1058         for (gmx::index s = 1; s < src.ssize(); s++)
1059         {
1060             n += src[s].idef.il[ftype].nr;
1061         }
1062         if (n > 0)
1063         {
1064             t_ilist *ild;
1065
1066             ild = &dest->il[ftype];
1067
1068             if (ild->nr + n > ild->nalloc)
1069             {
1070                 ild->nalloc = over_alloc_large(ild->nr+n);
1071                 srenew(ild->iatoms, ild->nalloc);
1072             }
1073
1074             for (gmx::index s = 1; s < src.ssize(); s++)
1075             {
1076                 const t_ilist &ils = src[s].idef.il[ftype];
1077
1078                 for (int i = 0; i < ils.nr; i++)
1079                 {
1080                     ild->iatoms[ild->nr + i] = ils.iatoms[i];
1081                 }
1082
1083                 ild->nr += ils.nr;
1084             }
1085
1086             /* Position restraints need an additional treatment */
1087             if (ftype == F_POSRES || ftype == F_FBPOSRES)
1088             {
1089                 int          nposres       = dest->il[ftype].nr/2;
1090                 // TODO: Simplify this code using std::vector
1091                 t_iparams * &iparams_dest  = (ftype == F_POSRES ? dest->iparams_posres : dest->iparams_fbposres);
1092                 int         &posres_nalloc = (ftype == F_POSRES ? dest->iparams_posres_nalloc : dest->iparams_fbposres_nalloc);
1093                 if (nposres > posres_nalloc)
1094                 {
1095                     posres_nalloc = over_alloc_large(nposres);
1096                     srenew(iparams_dest, posres_nalloc);
1097                 }
1098
1099                 /* Set nposres to the number of original position restraints in dest */
1100                 for (gmx::index s = 1; s < src.ssize(); s++)
1101                 {
1102                     nposres -= src[s].idef.il[ftype].nr/2;
1103                 }
1104
1105                 for (gmx::index s = 1; s < src.ssize(); s++)
1106                 {
1107                     const t_iparams *iparams_src = (ftype == F_POSRES ? src[s].idef.iparams_posres : src[s].idef.iparams_fbposres);
1108
1109                     for (int i = 0; i < src[s].idef.il[ftype].nr/2; i++)
1110                     {
1111                         /* Correct the index into iparams_posres */
1112                         dest->il[ftype].iatoms[nposres*2] = nposres;
1113                         /* Copy the position restraint force parameters */
1114                         iparams_dest[nposres]             = iparams_src[i];
1115                         nposres++;
1116                     }
1117                 }
1118             }
1119         }
1120     }
1121 }
1122
1123 /*! \brief Check and when available assign bonded interactions for local atom i
1124  */
1125 static inline void
1126 check_assign_interactions_atom(int i, int i_gl,
1127                                int mol, int i_mol,
1128                                int numAtomsInMolecule,
1129                                gmx::ArrayRef<const int> index,
1130                                gmx::ArrayRef<const int> rtil,
1131                                gmx_bool bInterMolInteractions,
1132                                int ind_start, int ind_end,
1133                                const gmx_domdec_t *dd,
1134                                const gmx_domdec_zones_t *zones,
1135                                const gmx_molblock_t *molb,
1136                                gmx_bool bRCheckMB, const ivec rcheck, gmx_bool bRCheck2B,
1137                                real rc2,
1138                                t_pbc *pbc_null,
1139                                rvec *cg_cm,
1140                                const t_iparams *ip_in,
1141                                t_idef *idef,
1142                                int iz,
1143                                gmx_bool bBCheck,
1144                                int *nbonded_local)
1145 {
1146     int j;
1147
1148     j = ind_start;
1149     while (j < ind_end)
1150     {
1151         t_iatom   tiatoms[1 + MAXATOMLIST];
1152
1153         const int ftype  = rtil[j++];
1154         auto      iatoms = gmx::constArrayRefFromArray(rtil.data() + j, rtil.size() - j);
1155         const int nral   = NRAL(ftype);
1156         if (interaction_function[ftype].flags & IF_VSITE)
1157         {
1158             assert(!bInterMolInteractions);
1159             /* The vsite construction goes where the vsite itself is */
1160             if (iz == 0)
1161             {
1162                 add_vsite(*dd->ga2la, index, rtil, ftype, nral,
1163                           TRUE, i, i_gl, i_mol,
1164                           iatoms.data(), idef);
1165             }
1166             j += 1 + nral + 2;
1167         }
1168         else
1169         {
1170             gmx_bool bUse;
1171
1172             /* Copy the type */
1173             tiatoms[0] = iatoms[0];
1174
1175             if (nral == 1)
1176             {
1177                 assert(!bInterMolInteractions);
1178                 /* Assign single-body interactions to the home zone */
1179                 if (iz == 0)
1180                 {
1181                     bUse       = TRUE;
1182                     tiatoms[1] = i;
1183                     if (ftype == F_POSRES)
1184                     {
1185                         add_posres(mol, i_mol, numAtomsInMolecule,
1186                                    molb, tiatoms, ip_in, idef);
1187                     }
1188                     else if (ftype == F_FBPOSRES)
1189                     {
1190                         add_fbposres(mol, i_mol, numAtomsInMolecule,
1191                                      molb, tiatoms, ip_in, idef);
1192                     }
1193                 }
1194                 else
1195                 {
1196                     bUse = FALSE;
1197                 }
1198             }
1199             else if (nral == 2)
1200             {
1201                 /* This is a two-body interaction, we can assign
1202                  * analogous to the non-bonded assignments.
1203                  */
1204                 int k_gl;
1205
1206                 if (!bInterMolInteractions)
1207                 {
1208                     /* Get the global index using the offset in the molecule */
1209                     k_gl = i_gl + iatoms[2] - i_mol;
1210                 }
1211                 else
1212                 {
1213                     k_gl = iatoms[2];
1214                 }
1215                 if (const auto *entry = dd->ga2la->find(k_gl))
1216                 {
1217                     int kz = entry->cell;
1218                     if (kz >= zones->n)
1219                     {
1220                         kz -= zones->n;
1221                     }
1222                     /* Check zone interaction assignments */
1223                     bUse = ((iz < zones->nizone &&
1224                              iz <= kz &&
1225                              kz >= zones->izone[iz].j0 &&
1226                              kz <  zones->izone[iz].j1) ||
1227                             (kz < zones->nizone &&
1228                                   iz > kz &&
1229                              iz >= zones->izone[kz].j0 &&
1230                              iz <  zones->izone[kz].j1));
1231                     if (bUse)
1232                     {
1233                         GMX_ASSERT(ftype != F_CONSTR || (iz == 0 && kz == 0),
1234                                    "Constraint assigned here should only involve home atoms");
1235
1236                         tiatoms[1] = i;
1237                         tiatoms[2] = entry->la;
1238                         /* If necessary check the cgcm distance */
1239                         if (bRCheck2B &&
1240                             dd_dist2(pbc_null, cg_cm,
1241                                      tiatoms[1], tiatoms[2]) >= rc2)
1242                         {
1243                             bUse = FALSE;
1244                         }
1245                     }
1246                 }
1247                 else
1248                 {
1249                     bUse = false;
1250                 }
1251             }
1252             else
1253             {
1254                 /* Assign this multi-body bonded interaction to
1255                  * the local node if we have all the atoms involved
1256                  * (local or communicated) and the minimum zone shift
1257                  * in each dimension is zero, for dimensions
1258                  * with 2 DD cells an extra check may be necessary.
1259                  */
1260                 ivec k_zero, k_plus;
1261                 int  k;
1262
1263                 bUse = TRUE;
1264                 clear_ivec(k_zero);
1265                 clear_ivec(k_plus);
1266                 for (k = 1; k <= nral && bUse; k++)
1267                 {
1268                     int k_gl;
1269                     if (!bInterMolInteractions)
1270                     {
1271                         /* Get the global index using the offset in the molecule */
1272                         k_gl = i_gl + iatoms[k] - i_mol;
1273                     }
1274                     else
1275                     {
1276                         k_gl = iatoms[k];
1277                     }
1278                     const auto *entry = dd->ga2la->find(k_gl);
1279                     if (entry == nullptr || entry->cell >= zones->n)
1280                     {
1281                         /* We do not have this atom of this interaction
1282                          * locally, or it comes from more than one cell
1283                          * away.
1284                          */
1285                         bUse = FALSE;
1286                     }
1287                     else
1288                     {
1289                         int d;
1290
1291                         tiatoms[k] = entry->la;
1292                         for (d = 0; d < DIM; d++)
1293                         {
1294                             if (zones->shift[entry->cell][d] == 0)
1295                             {
1296                                 k_zero[d] = k;
1297                             }
1298                             else
1299                             {
1300                                 k_plus[d] = k;
1301                             }
1302                         }
1303                     }
1304                 }
1305                 bUse = (bUse &&
1306                         (k_zero[XX] != 0) && (k_zero[YY] != 0) && (k_zero[ZZ] != 0));
1307                 if (bRCheckMB)
1308                 {
1309                     int d;
1310
1311                     for (d = 0; (d < DIM && bUse); d++)
1312                     {
1313                         /* Check if the cg_cm distance falls within
1314                          * the cut-off to avoid possible multiple
1315                          * assignments of bonded interactions.
1316                          */
1317                         if (rcheck[d] &&
1318                             k_plus[d] &&
1319                             dd_dist2(pbc_null, cg_cm,
1320                                      tiatoms[k_zero[d]], tiatoms[k_plus[d]]) >= rc2)
1321                         {
1322                             bUse = FALSE;
1323                         }
1324                     }
1325                 }
1326             }
1327             if (bUse)
1328             {
1329                 /* Add this interaction to the local topology */
1330                 add_ifunc(nral, tiatoms, &idef->il[ftype]);
1331                 /* Sum so we can check in global_stat
1332                  * if we have everything.
1333                  */
1334                 if (bBCheck ||
1335                     !(interaction_function[ftype].flags & IF_LIMZERO))
1336                 {
1337                     (*nbonded_local)++;
1338                 }
1339             }
1340             j += 1 + nral;
1341         }
1342     }
1343 }
1344
1345 /*! \brief This function looks up and assigns bonded interactions for zone iz.
1346  *
1347  * With thread parallelizing each thread acts on a different atom range:
1348  * at_start to at_end.
1349  */
1350 static int make_bondeds_zone(gmx_domdec_t *dd,
1351                              const gmx_domdec_zones_t *zones,
1352                              const std::vector<gmx_molblock_t> &molb,
1353                              gmx_bool bRCheckMB, ivec rcheck, gmx_bool bRCheck2B,
1354                              real rc2,
1355                              t_pbc *pbc_null, rvec *cg_cm,
1356                              const t_iparams *ip_in,
1357                              t_idef *idef,
1358                              int izone,
1359                              const gmx::Range<int> &atomRange)
1360 {
1361     int                mb, mt, mol, i_mol;
1362     gmx_bool           bBCheck;
1363     gmx_reverse_top_t *rt;
1364     int                nbonded_local;
1365
1366     rt = dd->reverse_top;
1367
1368     bBCheck = rt->bBCheck;
1369
1370     nbonded_local = 0;
1371
1372     for (int i : atomRange)
1373     {
1374         /* Get the global atom number */
1375         const int i_gl = dd->globalAtomIndices[i];
1376         global_atomnr_to_moltype_ind(rt, i_gl, &mb, &mt, &mol, &i_mol);
1377         /* Check all intramolecular interactions assigned to this atom */
1378         gmx::ArrayRef<const int>       index = rt->ril_mt[mt].index;
1379         gmx::ArrayRef<const t_iatom>   rtil  = rt->ril_mt[mt].il;
1380
1381         check_assign_interactions_atom(i, i_gl, mol, i_mol,
1382                                        rt->ril_mt[mt].numAtomsInMolecule,
1383                                        index, rtil, FALSE,
1384                                        index[i_mol], index[i_mol+1],
1385                                        dd, zones,
1386                                        &molb[mb],
1387                                        bRCheckMB, rcheck, bRCheck2B, rc2,
1388                                        pbc_null,
1389                                        cg_cm,
1390                                        ip_in,
1391                                        idef,
1392                                        izone,
1393                                        bBCheck,
1394                                        &nbonded_local);
1395
1396
1397         if (rt->bIntermolecularInteractions)
1398         {
1399             /* Check all intermolecular interactions assigned to this atom */
1400             index = rt->ril_intermol.index;
1401             rtil  = rt->ril_intermol.il;
1402
1403             check_assign_interactions_atom(i, i_gl, mol, i_mol,
1404                                            rt->ril_mt[mt].numAtomsInMolecule,
1405                                            index, rtil, TRUE,
1406                                            index[i_gl], index[i_gl + 1],
1407                                            dd, zones,
1408                                            &molb[mb],
1409                                            bRCheckMB, rcheck, bRCheck2B, rc2,
1410                                            pbc_null,
1411                                            cg_cm,
1412                                            ip_in,
1413                                            idef,
1414                                            izone,
1415                                            bBCheck,
1416                                            &nbonded_local);
1417         }
1418     }
1419
1420     return nbonded_local;
1421 }
1422
1423 /*! \brief Set the exclusion data for i-zone \p iz for the case of no exclusions */
1424 static void set_no_exclusions_zone(const gmx_domdec_zones_t *zones,
1425                                    int                       iz,
1426                                    t_blocka                 *lexcls)
1427 {
1428     for (int a = zones->cg_range[iz]; a < zones->cg_range[iz + 1]; a++)
1429     {
1430         lexcls->index[a + 1] = lexcls->nra;
1431     }
1432 }
1433
1434 /*! \brief Set the exclusion data for i-zone \p iz */
1435 static void make_exclusions_zone(gmx_domdec_t *dd, gmx_domdec_zones_t *zones,
1436                                  const std::vector<gmx_moltype_t> &moltype,
1437                                  const int *cginfo, t_blocka *lexcls, int iz,
1438                                  int at_start, int at_end,
1439                                  const gmx::ArrayRef<const int> intermolecularExclusionGroup)
1440 {
1441     int                n_excl_at_max, n, at;
1442
1443     const gmx_ga2la_t &ga2la  = *dd->ga2la;
1444
1445     /* Extract the j-atom range */
1446     const gmx::Range<int> jRange(zones->izone[iz].jcg0,
1447                                  zones->izone[iz].jcg1);
1448
1449     n_excl_at_max = dd->reverse_top->n_excl_at_max;
1450
1451     /* We set the end index, but note that we might not start at zero here */
1452     lexcls->nr = at_end;
1453
1454     n = lexcls->nra;
1455     for (at = at_start; at < at_end; at++)
1456     {
1457         if (n + 1000 > lexcls->nalloc_a)
1458         {
1459             lexcls->nalloc_a = over_alloc_large(n + 1000);
1460             srenew(lexcls->a, lexcls->nalloc_a);
1461         }
1462
1463         if (GET_CGINFO_EXCL_INTER(cginfo[at]))
1464         {
1465             int             a_gl, mb, mt, mol, a_mol, j;
1466             const t_blocka *excls;
1467
1468             if (n + n_excl_at_max > lexcls->nalloc_a)
1469             {
1470                 lexcls->nalloc_a = over_alloc_large(n + n_excl_at_max);
1471                 srenew(lexcls->a, lexcls->nalloc_a);
1472             }
1473
1474             /* Copy the exclusions from the global top */
1475             lexcls->index[at] = n;
1476             a_gl              = dd->globalAtomIndices[at];
1477             global_atomnr_to_moltype_ind(dd->reverse_top, a_gl,
1478                                          &mb, &mt, &mol, &a_mol);
1479             excls = &moltype[mt].excls;
1480             for (j = excls->index[a_mol]; j < excls->index[a_mol + 1]; j++)
1481             {
1482                 const int aj_mol = excls->a[j];
1483
1484                 if (const auto *jEntry = ga2la.find(a_gl + aj_mol - a_mol))
1485                 {
1486                     /* This check is not necessary, but it can reduce
1487                      * the number of exclusions in the list, which in turn
1488                      * can speed up the pair list construction a bit.
1489                      */
1490                     if (jRange.isInRange(jEntry->la))
1491                     {
1492                         lexcls->a[n++] = jEntry->la;
1493                     }
1494                 }
1495             }
1496         }
1497         else
1498         {
1499             /* We don't need exclusions for this atom */
1500             lexcls->index[at] = n;
1501         }
1502
1503         bool isExcludedAtom = !intermolecularExclusionGroup.empty() &&
1504             std::find(intermolecularExclusionGroup.begin(),
1505                       intermolecularExclusionGroup.end(),
1506                       dd->globalAtomIndices[at]) !=
1507             intermolecularExclusionGroup.end();
1508
1509         if (isExcludedAtom)
1510         {
1511             if (n + intermolecularExclusionGroup.ssize() > lexcls->nalloc_a)
1512             {
1513                 lexcls->nalloc_a =
1514                     over_alloc_large(n + intermolecularExclusionGroup.size());
1515                 srenew(lexcls->a, lexcls->nalloc_a);
1516             }
1517             for (int qmAtomGlobalIndex : intermolecularExclusionGroup)
1518             {
1519                 if (const auto *entry = dd->ga2la->find(qmAtomGlobalIndex))
1520                 {
1521                     lexcls->a[n++] = entry->la;
1522                 }
1523             }
1524         }
1525     }
1526
1527     lexcls->index[lexcls->nr] = n;
1528     lexcls->nra               = n;
1529 }
1530
1531
1532 /*! \brief Ensure we have enough space in \p ba for \p nindex_max indices */
1533 static void check_alloc_index(t_blocka *ba, int nindex_max)
1534 {
1535     if (nindex_max+1 > ba->nalloc_index)
1536     {
1537         ba->nalloc_index = over_alloc_dd(nindex_max+1);
1538         srenew(ba->index, ba->nalloc_index);
1539     }
1540 }
1541
1542 /*! \brief Ensure that we have enough space for exclusion storate in \p lexcls */
1543 static void check_exclusions_alloc(gmx_domdec_t *dd, gmx_domdec_zones_t *zones,
1544                                    t_blocka *lexcls)
1545 {
1546     const int nr = zones->izone[zones->nizone - 1].cg1;
1547
1548     check_alloc_index(lexcls, nr);
1549
1550     for (size_t thread = 1; thread < dd->reverse_top->th_work.size(); thread++)
1551     {
1552         check_alloc_index(&dd->reverse_top->th_work[thread].excl, nr);
1553     }
1554 }
1555
1556 /*! \brief Set the total count indexes for the local exclusions, needed by several functions */
1557 static void finish_local_exclusions(gmx_domdec_t *dd, gmx_domdec_zones_t *zones,
1558                                     t_blocka *lexcls)
1559 {
1560     const gmx::Range<int> nonhomeIzonesAtomRange(zones->izone[0].cg1,
1561                                                  zones->izone[zones->nizone - 1].cg1);
1562
1563     if (dd->n_intercg_excl == 0)
1564     {
1565         /* There are no exclusions involving non-home charge groups,
1566          * but we need to set the indices for neighborsearching.
1567          */
1568         for (int la : nonhomeIzonesAtomRange)
1569         {
1570             lexcls->index[la] = lexcls->nra;
1571         }
1572
1573         /* nr is only used to loop over the exclusions for Ewald and RF,
1574          * so we can set it to the number of home atoms for efficiency.
1575          */
1576         lexcls->nr = nonhomeIzonesAtomRange.begin();
1577     }
1578     else
1579     {
1580         lexcls->nr = nonhomeIzonesAtomRange.end();
1581     }
1582 }
1583
1584 /*! \brief Clear a t_idef struct */
1585 static void clear_idef(t_idef *idef)
1586 {
1587     int  ftype;
1588
1589     /* Clear the counts */
1590     for (ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
1591     {
1592         idef->il[ftype].nr = 0;
1593     }
1594 }
1595
1596 /*! \brief Generate and store all required local bonded interactions in \p idef and local exclusions in \p lexcls */
1597 static int make_local_bondeds_excls(gmx_domdec_t *dd,
1598                                     gmx_domdec_zones_t *zones,
1599                                     const gmx_mtop_t *mtop,
1600                                     const int *cginfo,
1601                                     gmx_bool bRCheckMB, ivec rcheck, gmx_bool bRCheck2B,
1602                                     real rc,
1603                                     t_pbc *pbc_null, rvec *cg_cm,
1604                                     t_idef *idef,
1605                                     t_blocka *lexcls, int *excl_count)
1606 {
1607     int                nzone_bondeds, nzone_excl;
1608     int                izone, cg0, cg1;
1609     real               rc2;
1610     int                nbonded_local;
1611     gmx_reverse_top_t *rt;
1612
1613     if (dd->reverse_top->bInterCGInteractions)
1614     {
1615         nzone_bondeds = zones->n;
1616     }
1617     else
1618     {
1619         /* Only single charge group (or atom) molecules, so interactions don't
1620          * cross zone boundaries and we only need to assign in the home zone.
1621          */
1622         nzone_bondeds = 1;
1623     }
1624
1625     if (dd->n_intercg_excl > 0)
1626     {
1627         /* We only use exclusions from i-zones to i- and j-zones */
1628         nzone_excl = zones->nizone;
1629     }
1630     else
1631     {
1632         /* There are no inter-cg exclusions and only zone 0 sees itself */
1633         nzone_excl = 1;
1634     }
1635
1636     check_exclusions_alloc(dd, zones, lexcls);
1637
1638     rt = dd->reverse_top;
1639
1640     rc2 = rc*rc;
1641
1642     /* Clear the counts */
1643     clear_idef(idef);
1644     nbonded_local = 0;
1645
1646     lexcls->nr    = 0;
1647     lexcls->nra   = 0;
1648     *excl_count   = 0;
1649
1650     for (izone = 0; izone < nzone_bondeds; izone++)
1651     {
1652         cg0 = zones->cg_range[izone];
1653         cg1 = zones->cg_range[izone + 1];
1654
1655         const int numThreads = rt->th_work.size();
1656 #pragma omp parallel for num_threads(numThreads) schedule(static)
1657         for (int thread = 0; thread < numThreads; thread++)
1658         {
1659             try
1660             {
1661                 int       cg0t, cg1t;
1662                 t_idef   *idef_t;
1663                 t_blocka *excl_t;
1664
1665                 cg0t = cg0 + ((cg1 - cg0)* thread   )/numThreads;
1666                 cg1t = cg0 + ((cg1 - cg0)*(thread+1))/numThreads;
1667
1668                 if (thread == 0)
1669                 {
1670                     idef_t = idef;
1671                 }
1672                 else
1673                 {
1674                     idef_t = &rt->th_work[thread].idef;
1675                     clear_idef(idef_t);
1676                 }
1677
1678                 rt->th_work[thread].nbonded =
1679                     make_bondeds_zone(dd, zones,
1680                                       mtop->molblock,
1681                                       bRCheckMB, rcheck, bRCheck2B, rc2,
1682                                       pbc_null, cg_cm, idef->iparams,
1683                                       idef_t,
1684                                       izone,
1685                                       gmx::Range<int>(cg0t, cg1t));
1686
1687                 if (izone < nzone_excl)
1688                 {
1689                     if (thread == 0)
1690                     {
1691                         excl_t = lexcls;
1692                     }
1693                     else
1694                     {
1695                         excl_t      = &rt->th_work[thread].excl;
1696                         excl_t->nr  = 0;
1697                         excl_t->nra = 0;
1698                     }
1699
1700                     /* No charge groups and no distance check required */
1701                     make_exclusions_zone(dd, zones, mtop->moltype, cginfo,
1702                                          excl_t, izone, cg0t,
1703                                          cg1t,
1704                                          mtop->intermolecularExclusionGroup);
1705                 }
1706             }
1707             GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR;
1708         }
1709
1710         if (rt->th_work.size() > 1)
1711         {
1712             combine_idef(idef, rt->th_work);
1713         }
1714
1715         for (const thread_work_t &th_work : rt->th_work)
1716         {
1717             nbonded_local += th_work.nbonded;
1718         }
1719
1720         if (izone < nzone_excl)
1721         {
1722             if (rt->th_work.size() > 1)
1723             {
1724                 combine_blocka(lexcls, rt->th_work);
1725             }
1726
1727             for (const thread_work_t &th_work : rt->th_work)
1728             {
1729                 *excl_count += th_work.excl_count;
1730             }
1731         }
1732     }
1733
1734     /* Some zones might not have exclusions, but some code still needs to
1735      * loop over the index, so we set the indices here.
1736      */
1737     for (izone = nzone_excl; izone < zones->nizone; izone++)
1738     {
1739         set_no_exclusions_zone(zones, izone, lexcls);
1740     }
1741
1742     finish_local_exclusions(dd, zones, lexcls);
1743     if (debug)
1744     {
1745         fprintf(debug, "We have %d exclusions, check count %d\n",
1746                 lexcls->nra, *excl_count);
1747     }
1748
1749     return nbonded_local;
1750 }
1751
1752 void dd_make_local_top(gmx_domdec_t *dd, gmx_domdec_zones_t *zones,
1753                        int npbcdim, matrix box,
1754                        rvec cellsize_min, const ivec npulse,
1755                        t_forcerec *fr,
1756                        rvec *cgcm_or_x,
1757                        const gmx_mtop_t &mtop, gmx_localtop_t *ltop)
1758 {
1759     gmx_bool bRCheckMB, bRCheck2B;
1760     real     rc = -1;
1761     ivec     rcheck;
1762     int      d, nexcl;
1763     t_pbc    pbc, *pbc_null = nullptr;
1764
1765     if (debug)
1766     {
1767         fprintf(debug, "Making local topology\n");
1768     }
1769
1770     bRCheckMB   = FALSE;
1771     bRCheck2B   = FALSE;
1772
1773     if (dd->reverse_top->bInterCGInteractions)
1774     {
1775         /* We need to check to which cell bondeds should be assigned */
1776         rc = dd_cutoff_twobody(dd);
1777         if (debug)
1778         {
1779             fprintf(debug, "Two-body bonded cut-off distance is %g\n", rc);
1780         }
1781
1782         /* Should we check cg_cm distances when assigning bonded interactions? */
1783         for (d = 0; d < DIM; d++)
1784         {
1785             rcheck[d] = FALSE;
1786             /* Only need to check for dimensions where the part of the box
1787              * that is not communicated is smaller than the cut-off.
1788              */
1789             if (d < npbcdim && dd->nc[d] > 1 &&
1790                 (dd->nc[d] - npulse[d])*cellsize_min[d] < 2*rc)
1791             {
1792                 if (dd->nc[d] == 2)
1793                 {
1794                     rcheck[d] = TRUE;
1795                     bRCheckMB = TRUE;
1796                 }
1797                 /* Check for interactions between two atoms,
1798                  * where we can allow interactions up to the cut-off,
1799                  * instead of up to the smallest cell dimension.
1800                  */
1801                 bRCheck2B = TRUE;
1802             }
1803             if (debug)
1804             {
1805                 fprintf(debug,
1806                         "dim %d cellmin %f bonded rcheck[%d] = %d, bRCheck2B = %s\n",
1807                         d, cellsize_min[d], d, rcheck[d], gmx::boolToString(bRCheck2B));
1808             }
1809         }
1810         if (bRCheckMB || bRCheck2B)
1811         {
1812             if (fr->bMolPBC)
1813             {
1814                 pbc_null = set_pbc_dd(&pbc, fr->ePBC, dd->nc, TRUE, box);
1815             }
1816             else
1817             {
1818                 pbc_null = nullptr;
1819             }
1820         }
1821     }
1822
1823     dd->nbonded_local =
1824         make_local_bondeds_excls(dd, zones, &mtop, fr->cginfo.data(),
1825                                  bRCheckMB, rcheck, bRCheck2B, rc,
1826                                  pbc_null, cgcm_or_x,
1827                                  &ltop->idef,
1828                                  &ltop->excls, &nexcl);
1829
1830     /* The ilist is not sorted yet,
1831      * we can only do this when we have the charge arrays.
1832      */
1833     ltop->idef.ilsort = ilsortUNKNOWN;
1834
1835     ltop->atomtypes  = mtop.atomtypes;
1836 }
1837
1838 void dd_sort_local_top(gmx_domdec_t *dd, const t_mdatoms *mdatoms,
1839                        gmx_localtop_t *ltop)
1840 {
1841     if (dd->reverse_top->ilsort == ilsortNO_FE)
1842     {
1843         ltop->idef.ilsort = ilsortNO_FE;
1844     }
1845     else
1846     {
1847         gmx_sort_ilist_fe(&ltop->idef, mdatoms->chargeA, mdatoms->chargeB);
1848     }
1849 }
1850
1851 void dd_init_local_top(const gmx_mtop_t &top_global,
1852                        gmx_localtop_t   *top)
1853 {
1854     /* TODO: Get rid of the const casts below, e.g. by using a reference */
1855     top->idef.ntypes     = top_global.ffparams.numTypes();
1856     top->idef.atnr       = top_global.ffparams.atnr;
1857     top->idef.functype   = const_cast<t_functype *>(top_global.ffparams.functype.data());
1858     top->idef.iparams    = const_cast<t_iparams *>(top_global.ffparams.iparams.data());
1859     top->idef.fudgeQQ    = top_global.ffparams.fudgeQQ;
1860     top->idef.cmap_grid  = new gmx_cmap_t;
1861     *top->idef.cmap_grid = top_global.ffparams.cmap_grid;
1862
1863     top->idef.ilsort        = ilsortUNKNOWN;
1864     top->useInDomainDecomp_ = true;
1865 }
1866
1867 void dd_init_local_state(gmx_domdec_t *dd,
1868                          const t_state *state_global, t_state *state_local)
1869 {
1870     int buf[NITEM_DD_INIT_LOCAL_STATE];
1871
1872     if (DDMASTER(dd))
1873     {
1874         buf[0] = state_global->flags;
1875         buf[1] = state_global->ngtc;
1876         buf[2] = state_global->nnhpres;
1877         buf[3] = state_global->nhchainlength;
1878         buf[4] = state_global->dfhist ? state_global->dfhist->nlambda : 0;
1879     }
1880     dd_bcast(dd, NITEM_DD_INIT_LOCAL_STATE*sizeof(int), buf);
1881
1882     init_gtc_state(state_local, buf[1], buf[2], buf[3]);
1883     init_dfhist_state(state_local, buf[4]);
1884     state_local->flags = buf[0];
1885 }
1886
1887 /*! \brief Check if a link is stored in \p link between charge groups \p cg_gl and \p cg_gl_j and if not so, store a link */
1888 static void check_link(t_blocka *link, int cg_gl, int cg_gl_j)
1889 {
1890     int      k;
1891     gmx_bool bFound;
1892
1893     bFound = FALSE;
1894     for (k = link->index[cg_gl]; k < link->index[cg_gl+1]; k++)
1895     {
1896         GMX_RELEASE_ASSERT(link->a, "Inconsistent NULL pointer while making charge-group links");
1897         if (link->a[k] == cg_gl_j)
1898         {
1899             bFound = TRUE;
1900         }
1901     }
1902     if (!bFound)
1903     {
1904         GMX_RELEASE_ASSERT(link->a || link->index[cg_gl+1]+1 > link->nalloc_a,
1905                            "Inconsistent allocation of link");
1906         /* Add this charge group link */
1907         if (link->index[cg_gl+1]+1 > link->nalloc_a)
1908         {
1909             link->nalloc_a = over_alloc_large(link->index[cg_gl+1]+1);
1910             srenew(link->a, link->nalloc_a);
1911         }
1912         link->a[link->index[cg_gl+1]] = cg_gl_j;
1913         link->index[cg_gl+1]++;
1914     }
1915 }
1916
1917 /*! \brief Return a vector of the charge group index for all atoms */
1918 static std::vector<int> make_at2cg(const t_block &cgs)
1919 {
1920     std::vector<int> at2cg(cgs.index[cgs.nr]);
1921     for (int cg = 0; cg < cgs.nr; cg++)
1922     {
1923         for (int a = cgs.index[cg]; a < cgs.index[cg + 1]; a++)
1924         {
1925             at2cg[a] = cg;
1926         }
1927     }
1928
1929     return at2cg;
1930 }
1931
1932 t_blocka *makeBondedLinks(const gmx_mtop_t *mtop,
1933                           cginfo_mb_t      *cginfo_mb)
1934 {
1935     t_blocka           *link;
1936     cginfo_mb_t        *cgi_mb;
1937
1938     /* For each charge group make a list of other charge groups
1939      * in the system that a linked to it via bonded interactions
1940      * which are also stored in reverse_top.
1941      */
1942
1943     reverse_ilist_t ril_intermol;
1944     if (mtop->bIntermolecularInteractions)
1945     {
1946         if (ncg_mtop(mtop) < mtop->natoms)
1947         {
1948             gmx_fatal(FARGS, "The combination of intermolecular interactions, charge groups and domain decomposition is not supported. Use cutoff-scheme=Verlet (which removes the charge groups) or run without domain decomposition.");
1949         }
1950
1951         t_atoms atoms;
1952
1953         atoms.nr   = mtop->natoms;
1954         atoms.atom = nullptr;
1955
1956         GMX_RELEASE_ASSERT(mtop->intermolecular_ilist, "We should have an ilist when intermolecular interactions are on");
1957
1958         make_reverse_ilist(*mtop->intermolecular_ilist,
1959                            &atoms,
1960                            FALSE, FALSE, FALSE, TRUE, &ril_intermol);
1961     }
1962
1963     snew(link, 1);
1964     snew(link->index, ncg_mtop(mtop)+1);
1965     link->nalloc_a = 0;
1966     link->a        = nullptr;
1967
1968     link->index[0] = 0;
1969     int cg_offset  = 0;
1970     int ncgi       = 0;
1971     for (size_t mb = 0; mb < mtop->molblock.size(); mb++)
1972     {
1973         const gmx_molblock_t &molb = mtop->molblock[mb];
1974         if (molb.nmol == 0)
1975         {
1976             continue;
1977         }
1978         const gmx_moltype_t &molt  = mtop->moltype[molb.type];
1979         const t_block       &cgs   = molt.cgs;
1980         std::vector<int>     a2c   = make_at2cg(cgs);
1981         /* Make a reverse ilist in which the interactions are linked
1982          * to all atoms, not only the first atom as in gmx_reverse_top.
1983          * The constraints are discarded here.
1984          */
1985         reverse_ilist_t ril;
1986         make_reverse_ilist(molt.ilist, &molt.atoms,
1987                            FALSE, FALSE, FALSE, TRUE, &ril);
1988
1989         cgi_mb = &cginfo_mb[mb];
1990
1991         int mol;
1992         for (mol = 0; mol < (mtop->bIntermolecularInteractions ? molb.nmol : 1); mol++)
1993         {
1994             for (int cg = 0; cg < cgs.nr; cg++)
1995             {
1996                 int cg_gl            = cg_offset + cg;
1997                 link->index[cg_gl+1] = link->index[cg_gl];
1998                 for (int a = cgs.index[cg]; a < cgs.index[cg + 1]; a++)
1999                 {
2000                     int i = ril.index[a];
2001                     while (i < ril.index[a+1])
2002                     {
2003                         int ftype = ril.il[i++];
2004                         int nral  = NRAL(ftype);
2005                         /* Skip the ifunc index */
2006                         i++;
2007                         for (int j = 0; j < nral; j++)
2008                         {
2009                             int aj = ril.il[i + j];
2010                             if (a2c[aj] != cg)
2011                             {
2012                                 check_link(link, cg_gl, cg_offset+a2c[aj]);
2013                             }
2014                         }
2015                         i += nral_rt(ftype);
2016                     }
2017
2018                     if (mtop->bIntermolecularInteractions)
2019                     {
2020                         int i = ril_intermol.index[a];
2021                         while (i < ril_intermol.index[a+1])
2022                         {
2023                             int ftype = ril_intermol.il[i++];
2024                             int nral  = NRAL(ftype);
2025                             /* Skip the ifunc index */
2026                             i++;
2027                             for (int j = 0; j < nral; j++)
2028                             {
2029                                 /* Here we assume we have no charge groups;
2030                                  * this has been checked above.
2031                                  */
2032                                 int aj = ril_intermol.il[i + j];
2033                                 check_link(link, cg_gl, aj);
2034                             }
2035                             i += nral_rt(ftype);
2036                         }
2037                     }
2038                 }
2039                 if (link->index[cg_gl+1] - link->index[cg_gl] > 0)
2040                 {
2041                     SET_CGINFO_BOND_INTER(cgi_mb->cginfo[cg]);
2042                     ncgi++;
2043                 }
2044             }
2045
2046             cg_offset += cgs.nr;
2047         }
2048         int nlink_mol = link->index[cg_offset] - link->index[cg_offset - cgs.nr];
2049
2050         if (debug)
2051         {
2052             fprintf(debug, "molecule type '%s' %d cgs has %d cg links through bonded interac.\n", *molt.name, cgs.nr, nlink_mol);
2053         }
2054
2055         if (molb.nmol > mol)
2056         {
2057             /* Copy the data for the rest of the molecules in this block */
2058             link->nalloc_a += (molb.nmol - mol)*nlink_mol;
2059             srenew(link->a, link->nalloc_a);
2060             for (; mol < molb.nmol; mol++)
2061             {
2062                 for (int cg = 0; cg < cgs.nr; cg++)
2063                 {
2064                     int cg_gl              = cg_offset + cg;
2065                     link->index[cg_gl + 1] =
2066                         link->index[cg_gl + 1 - cgs.nr] + nlink_mol;
2067                     for (int j = link->index[cg_gl]; j < link->index[cg_gl+1]; j++)
2068                     {
2069                         link->a[j] = link->a[j - nlink_mol] + cgs.nr;
2070                     }
2071                     if (link->index[cg_gl+1] - link->index[cg_gl] > 0 &&
2072                         cg_gl - cgi_mb->cg_start < cgi_mb->cg_mod)
2073                     {
2074                         SET_CGINFO_BOND_INTER(cgi_mb->cginfo[cg_gl - cgi_mb->cg_start]);
2075                         ncgi++;
2076                     }
2077                 }
2078                 cg_offset += cgs.nr;
2079             }
2080         }
2081     }
2082
2083     if (debug)
2084     {
2085         fprintf(debug, "Of the %d charge groups %d are linked via bonded interactions\n", ncg_mtop(mtop), ncgi);
2086     }
2087
2088     return link;
2089 }
2090
2091 typedef struct {
2092     real r2;
2093     int  ftype;
2094     int  a1;
2095     int  a2;
2096 } bonded_distance_t;
2097
2098 /*! \brief Compare distance^2 \p r2 against the distance in \p bd and if larger store it along with \p ftype and atom indices \p a1 and \p a2 */
2099 static void update_max_bonded_distance(real r2, int ftype, int a1, int a2,
2100                                        bonded_distance_t *bd)
2101 {
2102     if (r2 > bd->r2)
2103     {
2104         bd->r2    = r2;
2105         bd->ftype = ftype;
2106         bd->a1    = a1;
2107         bd->a2    = a2;
2108     }
2109 }
2110
2111 /*! \brief Set the distance, function type and atom indices for the longest distance between charge-groups of molecule type \p molt for two-body and multi-body bonded interactions */
2112 static void bonded_cg_distance_mol(const gmx_moltype_t *molt,
2113                                    const std::vector<int> &at2cg,
2114                                    gmx_bool bBCheck, gmx_bool bExcl, rvec *cg_cm,
2115                                    bonded_distance_t *bd_2b,
2116                                    bonded_distance_t *bd_mb)
2117 {
2118     for (int ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
2119     {
2120         if (dd_check_ftype(ftype, bBCheck, FALSE, FALSE))
2121         {
2122             const auto    &il   = molt->ilist[ftype];
2123             int            nral = NRAL(ftype);
2124             if (nral > 1)
2125             {
2126                 for (int i = 0; i < il.size(); i += 1+nral)
2127                 {
2128                     for (int ai = 0; ai < nral; ai++)
2129                     {
2130                         int cgi = at2cg[il.iatoms[i+1+ai]];
2131                         for (int aj = ai + 1; aj < nral; aj++)
2132                         {
2133                             int cgj = at2cg[il.iatoms[i+1+aj]];
2134                             if (cgi != cgj)
2135                             {
2136                                 real rij2 = distance2(cg_cm[cgi], cg_cm[cgj]);
2137
2138                                 update_max_bonded_distance(rij2, ftype,
2139                                                            il.iatoms[i+1+ai],
2140                                                            il.iatoms[i+1+aj],
2141                                                            (nral == 2) ? bd_2b : bd_mb);
2142                             }
2143                         }
2144                     }
2145                 }
2146             }
2147         }
2148     }
2149     if (bExcl)
2150     {
2151         const t_blocka *excls = &molt->excls;
2152         for (int ai = 0; ai < excls->nr; ai++)
2153         {
2154             int cgi = at2cg[ai];
2155             for (int j = excls->index[ai]; j < excls->index[ai+1]; j++)
2156             {
2157                 int cgj = at2cg[excls->a[j]];
2158                 if (cgi != cgj)
2159                 {
2160                     real rij2 = distance2(cg_cm[cgi], cg_cm[cgj]);
2161
2162                     /* There is no function type for exclusions, use -1 */
2163                     update_max_bonded_distance(rij2, -1, ai, excls->a[j], bd_2b);
2164                 }
2165             }
2166         }
2167     }
2168 }
2169
2170 /*! \brief Set the distance, function type and atom indices for the longest atom distance involved in intermolecular interactions for two-body and multi-body bonded interactions */
2171 static void bonded_distance_intermol(const InteractionLists &ilists_intermol,
2172                                      gmx_bool bBCheck,
2173                                      const rvec *x, int ePBC, const matrix box,
2174                                      bonded_distance_t *bd_2b,
2175                                      bonded_distance_t *bd_mb)
2176 {
2177     t_pbc pbc;
2178
2179     set_pbc(&pbc, ePBC, box);
2180
2181     for (int ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
2182     {
2183         if (dd_check_ftype(ftype, bBCheck, FALSE, FALSE))
2184         {
2185             const auto    &il   = ilists_intermol[ftype];
2186             int            nral = NRAL(ftype);
2187
2188             /* No nral>1 check here, since intermol interactions always
2189              * have nral>=2 (and the code is also correct for nral=1).
2190              */
2191             for (int i = 0; i < il.size(); i += 1+nral)
2192             {
2193                 for (int ai = 0; ai < nral; ai++)
2194                 {
2195                     int atom_i = il.iatoms[i + 1 + ai];
2196
2197                     for (int aj = ai + 1; aj < nral; aj++)
2198                     {
2199                         rvec dx;
2200                         real rij2;
2201
2202                         int  atom_j = il.iatoms[i + 1 + aj];
2203
2204                         pbc_dx(&pbc, x[atom_i], x[atom_j], dx);
2205
2206                         rij2 = norm2(dx);
2207
2208                         update_max_bonded_distance(rij2, ftype,
2209                                                    atom_i, atom_j,
2210                                                    (nral == 2) ? bd_2b : bd_mb);
2211                     }
2212                 }
2213             }
2214         }
2215     }
2216 }
2217
2218 //! Returns whether \p molt has at least one virtual site
2219 static bool moltypeHasVsite(const gmx_moltype_t &molt)
2220 {
2221     bool hasVsite = false;
2222     for (int i = 0; i < F_NRE; i++)
2223     {
2224         if ((interaction_function[i].flags & IF_VSITE) &&
2225             molt.ilist[i].size() > 0)
2226         {
2227             hasVsite = true;
2228         }
2229     }
2230
2231     return hasVsite;
2232 }
2233
2234 //! Compute charge group centers of mass for molecule \p molt
2235 static void get_cgcm_mol(const gmx_moltype_t *molt,
2236                          const gmx_ffparams_t *ffparams,
2237                          int ePBC, t_graph *graph, const matrix box,
2238                          const rvec *x, rvec *xs, rvec *cg_cm)
2239 {
2240     int n, i;
2241
2242     if (ePBC != epbcNONE)
2243     {
2244         mk_mshift(nullptr, graph, ePBC, box, x);
2245
2246         shift_x(graph, box, x, xs);
2247         /* By doing an extra mk_mshift the molecules that are broken
2248          * because they were e.g. imported from another software
2249          * will be made whole again. Such are the healing powers
2250          * of GROMACS.
2251          */
2252         mk_mshift(nullptr, graph, ePBC, box, xs);
2253     }
2254     else
2255     {
2256         /* We copy the coordinates so the original coordinates remain
2257          * unchanged, just to be 100% sure that we do not affect
2258          * binary reproducibility of simulations.
2259          */
2260         n = molt->cgs.index[molt->cgs.nr];
2261         for (i = 0; i < n; i++)
2262         {
2263             copy_rvec(x[i], xs[i]);
2264         }
2265     }
2266
2267     if (moltypeHasVsite(*molt))
2268     {
2269         /* Convert to old, deprecated format */
2270         t_ilist ilist[F_NRE];
2271         for (int ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
2272         {
2273             if (interaction_function[ftype].flags & IF_VSITE)
2274             {
2275                 ilist[ftype].nr     = molt->ilist[ftype].size();
2276                 ilist[ftype].iatoms = const_cast<int *>(molt->ilist[ftype].iatoms.data());
2277             }
2278         }
2279
2280         construct_vsites(nullptr, xs, 0.0, nullptr,
2281                          ffparams->iparams.data(), ilist,
2282                          epbcNONE, TRUE, nullptr, nullptr);
2283     }
2284
2285     calc_cgcm(nullptr, 0, molt->cgs.nr, &molt->cgs, xs, cg_cm);
2286 }
2287
2288 void dd_bonded_cg_distance(const gmx::MDLogger &mdlog,
2289                            const gmx_mtop_t *mtop,
2290                            const t_inputrec *ir,
2291                            const rvec *x, const matrix box,
2292                            gmx_bool bBCheck,
2293                            real *r_2b, real *r_mb)
2294 {
2295     gmx_bool           bExclRequired;
2296     int                at_offset;
2297     t_graph            graph;
2298     rvec              *xs, *cg_cm;
2299     bonded_distance_t  bd_2b = { 0, -1, -1, -1 };
2300     bonded_distance_t  bd_mb = { 0, -1, -1, -1 };
2301
2302     bExclRequired = inputrecExclForces(ir);
2303
2304     *r_2b     = 0;
2305     *r_mb     = 0;
2306     at_offset = 0;
2307     for (const gmx_molblock_t &molb : mtop->molblock)
2308     {
2309         const gmx_moltype_t &molt = mtop->moltype[molb.type];
2310         if (molt.cgs.nr == 1 || molb.nmol == 0)
2311         {
2312             at_offset += molb.nmol*molt.atoms.nr;
2313         }
2314         else
2315         {
2316             if (ir->ePBC != epbcNONE)
2317             {
2318                 mk_graph_moltype(molt, &graph);
2319             }
2320
2321             std::vector<int> at2cg = make_at2cg(molt.cgs);
2322             snew(xs, molt.atoms.nr);
2323             snew(cg_cm, molt.cgs.nr);
2324             for (int mol = 0; mol < molb.nmol; mol++)
2325             {
2326                 get_cgcm_mol(&molt, &mtop->ffparams, ir->ePBC, &graph, box,
2327                              x+at_offset, xs, cg_cm);
2328
2329                 bonded_distance_t bd_mol_2b = { 0, -1, -1, -1 };
2330                 bonded_distance_t bd_mol_mb = { 0, -1, -1, -1 };
2331
2332                 bonded_cg_distance_mol(&molt, at2cg, bBCheck, bExclRequired, cg_cm,
2333                                        &bd_mol_2b, &bd_mol_mb);
2334
2335                 /* Process the mol data adding the atom index offset */
2336                 update_max_bonded_distance(bd_mol_2b.r2, bd_mol_2b.ftype,
2337                                            at_offset + bd_mol_2b.a1,
2338                                            at_offset + bd_mol_2b.a2,
2339                                            &bd_2b);
2340                 update_max_bonded_distance(bd_mol_mb.r2, bd_mol_mb.ftype,
2341                                            at_offset + bd_mol_mb.a1,
2342                                            at_offset + bd_mol_mb.a2,
2343                                            &bd_mb);
2344
2345                 at_offset += molt.atoms.nr;
2346             }
2347             sfree(cg_cm);
2348             sfree(xs);
2349             if (ir->ePBC != epbcNONE)
2350             {
2351                 done_graph(&graph);
2352             }
2353         }
2354     }
2355
2356     if (mtop->bIntermolecularInteractions)
2357     {
2358         if (ncg_mtop(mtop) < mtop->natoms)
2359         {
2360             gmx_fatal(FARGS, "The combination of intermolecular interactions, charge groups and domain decomposition is not supported. Use cutoff-scheme=Verlet (which removes the charge groups) or run without domain decomposition.");
2361         }
2362
2363         GMX_RELEASE_ASSERT(mtop->intermolecular_ilist, "We should have an ilist when intermolecular interactions are on");
2364
2365         bonded_distance_intermol(*mtop->intermolecular_ilist,
2366                                  bBCheck,
2367                                  x, ir->ePBC, box,
2368                                  &bd_2b, &bd_mb);
2369     }
2370
2371     *r_2b = sqrt(bd_2b.r2);
2372     *r_mb = sqrt(bd_mb.r2);
2373
2374     if (*r_2b > 0 || *r_mb > 0)
2375     {
2376         GMX_LOG(mdlog.info).appendText("Initial maximum distances in bonded interactions:");
2377         if (*r_2b > 0)
2378         {
2379             GMX_LOG(mdlog.info).appendTextFormatted(
2380                     "    two-body bonded interactions: %5.3f nm, %s, atoms %d %d",
2381                     *r_2b, (bd_2b.ftype >= 0) ? interaction_function[bd_2b.ftype].longname : "Exclusion",
2382                     bd_2b.a1 + 1, bd_2b.a2 + 1);
2383         }
2384         if (*r_mb > 0)
2385         {
2386             GMX_LOG(mdlog.info).appendTextFormatted(
2387                     "  multi-body bonded interactions: %5.3f nm, %s, atoms %d %d",
2388                     *r_mb, interaction_function[bd_mb.ftype].longname,
2389                     bd_mb.a1 + 1, bd_mb.a2 + 1);
2390         }
2391     }
2392 }