src/gromacs/domdec/domdec_setup.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  *
  37  * \brief Declares functions for choosing the DD grid setup
  38  *
  39  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  40  * \ingroup module_domdec
  41  */
  42 #ifndef GMX_DOMDEC_DOMDEC_SETUP_H
  43 #define GMX_DOMDEC_DOMDEC_SETUP_H
  44
  45 #include "gromacs/math/vec.h"
  46
  47 struct DDSettings;
  48 struct DDSystemInfo;
  49 struct gmx_ddbox_t;
  50 struct gmx_mtop_t;
  51 struct t_commrec;
  52 struct t_inputrec;
  53
  54 namespace gmx
  55 {
  56 struct DomdecOptions;
  57 class MDLogger;
  58 template<typename T>
  59 class ArrayRef;
  60 } // namespace gmx
  61
  62 /*! \brief Returns the volume fraction of the system that is communicated */
  63 real comm_box_frac(const gmx::IVec& dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t& ddbox);
  64
  65 /*! \internal
  66  * \brief Describes the DD grid setup
  67  *
  68  * This struct is for temporary use when choosing and initializing
  69  * the domain decomposition grid.
  70  */
  71 struct DDGridSetup
  72 {
  73     //! The number of separate PME ranks, 0 if none or all ranks do PME
  74     int numPmeOnlyRanks = 0;
  75     //! The number of domains along each dimension
  76     ivec numDomains = { 0, 0, 0 };
  77     //! The number of dimensions which we decompose in domains
  78     int numDDDimensions = 0;
  79     //! The domain decomposition dimensions, the first numDDDimensions entries are used
  80     ivec ddDimensions = { -1, -1, -1 };
  81 };
  82
  83 /*! \brief Checks that requests for PP and PME ranks honor basic expectations
  84  *
  85  * Issues a fatal error if there are more PME ranks than PP, or if the
  86  * count of PP ranks has a prime factor that is too large to be likely
  87  * to have good performance. */
  88 void checkForValidRankCountRequests(int numRanksRequested, bool usingPme, int numPmeRanksRequested);
  89
  90 /*! \brief Return the minimum cell size (in nm) required for DD */
  91 real getDDGridSetupCellSizeLimit(const gmx::MDLogger& mdlog,
  92                                  bool                 request1DAnd1Pulse,
  93                                  bool                 bDynLoadBal,
  94                                  real                 dlb_scale,
  95                                  const t_inputrec&    ir,
  96                                  real                 systemInfoCellSizeLimit);
  97
  98 /*! \brief Determines the DD grid setup
  99  *
 100  * Either implements settings required by the user, or otherwise
 101  * chooses estimated optimal number of separate PME ranks and DD grid
 102  * cell setup, DD cell size limits, and the initial ddbox.
 103  */
 104 DDGridSetup getDDGridSetup(const gmx::MDLogger&           mdlog,
 105                            const t_commrec*               cr,
 106                            int                            numRanksRequested,
 107                            const gmx::DomdecOptions&      options,
 108                            const DDSettings&              ddSettings,
 109                            const DDSystemInfo&            systemInfo,
 110                            real                           cellSizeLimit,
 111                            const gmx_mtop_t&              mtop,
 112                            const t_inputrec&              ir,
 113                            const matrix                   box,
 114                            gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> xGlobal,
 115                            gmx_ddbox_t*                   ddbox);
 116
 117 #endif