src/gromacs/domdec/domdec_constraints.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2006,2007,2008,2009,2010,2012,2013,2014,2015,2016,2017, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  *
  38  * \brief This file implements functions for domdec to use
  39  * while managing inter-atomic constraints.
  40  *
  41  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  42  * \ingroup module_domdec
  43  */
  44
  45 #include "gmxpre.h"
  46
  47 #include "domdec_constraints.h"
  48
  49 #include <assert.h>
  50
  51 #include <algorithm>
  52
  53 #include "gromacs/domdec/dlbtiming.h"
  54 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  55 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  56 #include "gromacs/domdec/ga2la.h"
  57 #include "gromacs/math/vec.h"
  58 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  59 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  61 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  62 #include "gromacs/topology/mtop_lookup.h"
  63 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  64 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  65 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  66 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  67
  68 #include "domdec_specatomcomm.h"
  69 #include "domdec_vsite.h"
  70 #include "hash.h"
  71
  72 /*! \brief Struct used during constraint setup with domain decomposition */
  73 struct gmx_domdec_constraints_t {
  74     //! @cond Doxygen_Suppress
  75     int         *molb_con_offset; /**< Offset in the constraint array for each molblock */
  76     int         *molb_ncon_mol;   /**< The number of constraints per molecule for each molblock */
  77
  78     int          ncon;            /**< The fully local and conneced constraints */
  79     /* The global constraint number, only required for clearing gc_req */
  80     int         *con_gl;          /**< Global constraint indices for local constraints */
  81     int         *con_nlocat;      /**< Number of local atoms (2/1/0) for each constraint */
  82     int          con_nalloc;      /**< Allocation size for \p con_gl and \p con_nlocat */
  83
  84     char        *gc_req;          /**< Boolean that tells if a global constraint index has been requested; note: size global #constraints */
  85     gmx_hash_t  *ga2la;           /**< Global to local communicated constraint atom only index */
  86
  87     /* Multi-threading stuff */
  88     int      nthread;           /**< Number of threads used for DD constraint setup */
  89     t_ilist *ils;               /**< Constraint ilist working arrays, size \p nthread */
  90     //! @endcond
  91 };
  92
  93 void dd_move_x_constraints(gmx_domdec_t *dd, matrix box,
  94                            rvec *x0, rvec *x1, gmx_bool bX1IsCoord)
  95 {
  96     if (dd->constraint_comm)
  97     {
  98         dd_move_x_specat(dd, dd->constraint_comm, box, x0, x1, bX1IsCoord);
  99
 100         ddReopenBalanceRegionCpu(dd);
 101     }
 102 }
 103
 104 int *dd_constraints_nlocalatoms(gmx_domdec_t *dd)
 105 {
 106     if (dd->constraints)
 107     {
 108         return dd->constraints->con_nlocat;
 109     }
 110     else
 111     {
 112         return nullptr;
 113     }
 114 }
 115
 116 void dd_clear_local_constraint_indices(gmx_domdec_t *dd)
 117 {
 118     gmx_domdec_constraints_t *dc;
 119     int i;
 120
 121     dc = dd->constraints;
 122
 123     for (i = 0; i < dc->ncon; i++)
 124     {
 125         dc->gc_req[dc->con_gl[i]] = 0;
 126     }
 127
 128     if (dd->constraint_comm)
 129     {
 130         gmx_hash_clear_and_optimize(dc->ga2la);
 131     }
 132 }
 133
 134 void dd_clear_local_vsite_indices(gmx_domdec_t *dd)
 135 {
 136     if (dd->vsite_comm)
 137     {
 138         gmx_hash_clear_and_optimize(dd->ga2la_vsite);
 139     }
 140 }
 141
 142 /*! \brief Walks over the constraints out from the local atoms into the non-local atoms and adds them to a list */
 143 static void walk_out(int con, int con_offset, int a, int offset, int nrec,
 144                      int ncon1, const t_iatom *ia1, const t_iatom *ia2,
 145                      const t_blocka *at2con,
 146                      const gmx_ga2la_t *ga2la, gmx_bool bHomeConnect,
 147                      gmx_domdec_constraints_t *dc,
 148                      gmx_domdec_specat_comm_t *dcc,
 149                      t_ilist *il_local,
 150                      ind_req_t *ireq)
 151 {
 152     int            a1_gl, a2_gl, a_loc, i, coni, b;
 153     const t_iatom *iap;
 154
 155     if (dc->gc_req[con_offset+con] == 0)
 156     {
 157         /* Add this non-home constraint to the list */
 158         if (dc->ncon+1 > dc->con_nalloc)
 159         {
 160             dc->con_nalloc = over_alloc_large(dc->ncon+1);
 161             srenew(dc->con_gl, dc->con_nalloc);
 162             srenew(dc->con_nlocat, dc->con_nalloc);
 163         }
 164         dc->con_gl[dc->ncon]       = con_offset + con;
 165         dc->con_nlocat[dc->ncon]   = (bHomeConnect ? 1 : 0);
 166         dc->gc_req[con_offset+con] = 1;
 167         if (il_local->nr + 3 > il_local->nalloc)
 168         {
 169             il_local->nalloc = over_alloc_dd(il_local->nr+3);
 170             srenew(il_local->iatoms, il_local->nalloc);
 171         }
 172         iap = constr_iatomptr(ncon1, ia1, ia2, con);
 173         il_local->iatoms[il_local->nr++] = iap[0];
 174         a1_gl = offset + iap[1];
 175         a2_gl = offset + iap[2];
 176         /* The following indexing code can probably be optizimed */
 177         if (ga2la_get_home(ga2la, a1_gl, &a_loc))
 178         {
 179             il_local->iatoms[il_local->nr++] = a_loc;
 180         }
 181         else
 182         {
 183             /* We set this index later */
 184             il_local->iatoms[il_local->nr++] = -a1_gl - 1;
 185         }
 186         if (ga2la_get_home(ga2la, a2_gl, &a_loc))
 187         {
 188             il_local->iatoms[il_local->nr++] = a_loc;
 189         }
 190         else
 191         {
 192             /* We set this index later */
 193             il_local->iatoms[il_local->nr++] = -a2_gl - 1;
 194         }
 195         dc->ncon++;
 196     }
 197     /* Check to not ask for the same atom more than once */
 198     if (gmx_hash_get_minone(dc->ga2la, offset+a) == -1)
 199     {
 200         assert(dcc);
 201         /* Add this non-home atom to the list */
 202         if (ireq->n+1 > ireq->nalloc)
 203         {
 204             ireq->nalloc = over_alloc_large(ireq->n+1);
 205             srenew(ireq->ind, ireq->nalloc);
 206         }
 207         ireq->ind[ireq->n++] = offset + a;
 208         /* Temporarily mark with -2, we get the index later */
 209         gmx_hash_set(dc->ga2la, offset+a, -2);
 210     }
 211
 212     if (nrec > 0)
 213     {
 214         for (i = at2con->index[a]; i < at2con->index[a+1]; i++)
 215         {
 216             coni = at2con->a[i];
 217             if (coni != con)
 218             {
 219                 /* Walk further */
 220                 iap = constr_iatomptr(ncon1, ia1, ia2, coni);
 221                 if (a == iap[1])
 222                 {
 223                     b = iap[2];
 224                 }
 225                 else
 226                 {
 227                     b = iap[1];
 228                 }
 229                 if (!ga2la_get_home(ga2la, offset+b, &a_loc))
 230                 {
 231                     walk_out(coni, con_offset, b, offset, nrec-1,
 232                              ncon1, ia1, ia2, at2con,
 233                              ga2la, FALSE, dc, dcc, il_local, ireq);
 234                 }
 235             }
 236         }
 237     }
 238 }
 239
 240 /*! \brief Looks up SETTLE constraints for a range of charge-groups */
 241 static void atoms_to_settles(gmx_domdec_t *dd,
 242                              const gmx_mtop_t *mtop,
 243                              const int *cginfo,
 244                              const int **at2settle_mt,
 245                              int cg_start, int cg_end,
 246                              t_ilist *ils_local,
 247                              ind_req_t *ireq)
 248 {
 249     gmx_ga2la_t *ga2la = dd->ga2la;
 250     int          nral  = NRAL(F_SETTLE);
 251
 252     int          mb    = 0;
 253     for (int cg = cg_start; cg < cg_end; cg++)
 254     {
 255         if (GET_CGINFO_SETTLE(cginfo[cg]))
 256         {
 257             for (int a = dd->cgindex[cg]; a < dd->cgindex[cg+1]; a++)
 258             {
 259                 int a_gl = dd->gatindex[a];
 260                 int a_mol;
 261                 mtopGetMolblockIndex(mtop, a_gl, &mb, nullptr, &a_mol);
 262
 263                 const gmx_molblock_t *molb   = &mtop->molblock[mb];
 264                 int                   settle = at2settle_mt[molb->type][a_mol];
 265
 266                 if (settle >= 0)
 267                 {
 268                     int      offset  = a_gl - a_mol;
 269
 270                     t_iatom *ia1     = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_SETTLE].iatoms;
 271
 272                     int      a_gls[3], a_locs[3];
 273                     gmx_bool bAssign = FALSE;
 274                     int      nlocal  = 0;
 275                     for (int sa = 0; sa < nral; sa++)
 276                     {
 277                         int a_glsa = offset + ia1[settle*(1+nral)+1+sa];
 278                         a_gls[sa]  = a_glsa;
 279                         if (ga2la_get_home(ga2la, a_glsa, &a_locs[sa]))
 280                         {
 281                             if (nlocal == 0 && a_gl == a_glsa)
 282                             {
 283                                 bAssign = TRUE;
 284                             }
 285                             nlocal++;
 286                         }
 287                     }
 288
 289                     if (bAssign)
 290                     {
 291                         if (ils_local->nr+1+nral > ils_local->nalloc)
 292                         {
 293                             ils_local->nalloc = over_alloc_dd(ils_local->nr+1+nral);
 294                             srenew(ils_local->iatoms, ils_local->nalloc);
 295                         }
 296
 297                         ils_local->iatoms[ils_local->nr++] = ia1[settle*4];
 298
 299                         for (int sa = 0; sa < nral; sa++)
 300                         {
 301                             if (ga2la_get_home(ga2la, a_gls[sa], &a_locs[sa]))
 302                             {
 303                                 ils_local->iatoms[ils_local->nr++] = a_locs[sa];
 304                             }
 305                             else
 306                             {
 307                                 ils_local->iatoms[ils_local->nr++] = -a_gls[sa] - 1;
 308                                 /* Add this non-home atom to the list */
 309                                 if (ireq->n+1 > ireq->nalloc)
 310                                 {
 311                                     ireq->nalloc = over_alloc_large(ireq->n+1);
 312                                     srenew(ireq->ind, ireq->nalloc);
 313                                 }
 314                                 ireq->ind[ireq->n++] = a_gls[sa];
 315                                 /* A check on double atom requests is
 316                                  * not required for settle.
 317                                  */
 318                             }
 319                         }
 320                     }
 321                 }
 322             }
 323         }
 324     }
 325 }
 326
 327 /*! \brief Looks up constraint for the local atoms */
 328 static void atoms_to_constraints(gmx_domdec_t *dd,
 329                                  const gmx_mtop_t *mtop,
 330                                  const int *cginfo,
 331                                  const t_blocka *at2con_mt, int nrec,
 332                                  t_ilist *ilc_local,
 333                                  ind_req_t *ireq)
 334 {
 335     const t_blocka             *at2con;
 336     int                         ncon1;
 337     t_iatom                    *ia1, *ia2, *iap;
 338     int                         a_loc, b_lo, offset, b_mol, i, con, con_offset;
 339
 340     gmx_domdec_constraints_t   *dc     = dd->constraints;
 341     gmx_domdec_specat_comm_t   *dcc    = dd->constraint_comm;
 342
 343     gmx_ga2la_t                *ga2la  = dd->ga2la;
 344
 345     int mb    = 0;
 346     int nhome = 0;
 347     for (int cg = 0; cg < dd->ncg_home; cg++)
 348     {
 349         if (GET_CGINFO_CONSTR(cginfo[cg]))
 350         {
 351             for (int a = dd->cgindex[cg]; a < dd->cgindex[cg+1]; a++)
 352             {
 353                 int a_gl = dd->gatindex[a];
 354                 int molnr, a_mol;
 355                 mtopGetMolblockIndex(mtop, a_gl, &mb, &molnr, &a_mol);
 356
 357                 const gmx_molblock_t *molb = &mtop->molblock[mb];
 358
 359                 ncon1 = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTR].nr/NRAL(F_SETTLE);
 360
 361                 ia1 = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTR].iatoms;
 362                 ia2 = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTRNC].iatoms;
 363
 364                 /* Calculate the global constraint number offset for the molecule.
 365                  * This is only required for the global index to make sure
 366                  * that we use each constraint only once.
 367                  */
 368                 con_offset =
 369                     dc->molb_con_offset[mb] + molnr*dc->molb_ncon_mol[mb];
 370
 371                 /* The global atom number offset for this molecule */
 372                 offset = a_gl - a_mol;
 373                 at2con = &at2con_mt[molb->type];
 374                 for (i = at2con->index[a_mol]; i < at2con->index[a_mol+1]; i++)
 375                 {
 376                     con = at2con->a[i];
 377                     iap = constr_iatomptr(ncon1, ia1, ia2, con);
 378                     if (a_mol == iap[1])
 379                     {
 380                         b_mol = iap[2];
 381                     }
 382                     else
 383                     {
 384                         b_mol = iap[1];
 385                     }
 386                     if (ga2la_get_home(ga2la, offset+b_mol, &a_loc))
 387                     {
 388                         /* Add this fully home constraint at the first atom */
 389                         if (a_mol < b_mol)
 390                         {
 391                             if (dc->ncon+1 > dc->con_nalloc)
 392                             {
 393                                 dc->con_nalloc = over_alloc_large(dc->ncon+1);
 394                                 srenew(dc->con_gl, dc->con_nalloc);
 395                                 srenew(dc->con_nlocat, dc->con_nalloc);
 396                             }
 397                             dc->con_gl[dc->ncon]     = con_offset + con;
 398                             dc->con_nlocat[dc->ncon] = 2;
 399                             if (ilc_local->nr + 3 > ilc_local->nalloc)
 400                             {
 401                                 ilc_local->nalloc = over_alloc_dd(ilc_local->nr + 3);
 402                                 srenew(ilc_local->iatoms, ilc_local->nalloc);
 403                             }
 404                             b_lo = a_loc;
 405                             ilc_local->iatoms[ilc_local->nr++] = iap[0];
 406                             ilc_local->iatoms[ilc_local->nr++] = (a_gl == iap[1] ? a    : b_lo);
 407                             ilc_local->iatoms[ilc_local->nr++] = (a_gl == iap[1] ? b_lo : a   );
 408                             dc->ncon++;
 409                             nhome++;
 410                         }
 411                     }
 412                     else
 413                     {
 414                         /* We need the nrec constraints coupled to this constraint,
 415                          * so we need to walk out of the home cell by nrec+1 atoms,
 416                          * since already atom bg is not locally present.
 417                          * Therefore we call walk_out with nrec recursions to go
 418                          * after this first call.
 419                          */
 420                         walk_out(con, con_offset, b_mol, offset, nrec,
 421                                  ncon1, ia1, ia2, at2con,
 422                                  dd->ga2la, TRUE, dc, dcc, ilc_local, ireq);
 423                     }
 424                 }
 425             }
 426         }
 427     }
 428
 429     if (debug)
 430     {
 431         fprintf(debug,
 432                 "Constraints: home %3d border %3d atoms: %3d\n",
 433                 nhome, dc->ncon-nhome,
 434                 dd->constraint_comm ? ireq->n : 0);
 435     }
 436 }
 437
 438 int dd_make_local_constraints(gmx_domdec_t *dd, int at_start,
 439                               const struct gmx_mtop_t *mtop,
 440                               const int *cginfo,
 441                               gmx_constr_t constr, int nrec,
 442                               t_ilist *il_local)
 443 {
 444     gmx_domdec_constraints_t   *dc;
 445     t_ilist                    *ilc_local, *ils_local;
 446     ind_req_t                  *ireq;
 447     const t_blocka             *at2con_mt;
 448     const int                 **at2settle_mt;
 449     gmx_hash_t                 *ga2la_specat;
 450     int at_end, i, j;
 451     t_iatom                    *iap;
 452
 453     // This code should not be called unless this condition is true,
 454     // because that's the only time init_domdec_constraints is
 455     // called...
 456     GMX_RELEASE_ASSERT(dd->bInterCGcons || dd->bInterCGsettles, "dd_make_local_constraints called when there are no local constraints");
 457     // ... and init_domdec_constraints always sets
 458     // dd->constraint_comm...
 459     GMX_RELEASE_ASSERT(dd->constraint_comm, "Invalid use of dd_make_local_constraints before construction of constraint_comm");
 460     // ... which static analysis needs to be reassured about, because
 461     // otherwise, when dd->bInterCGsettles is
 462     // true. dd->constraint_comm is unilaterally dereferenced before
 463     // the call to atoms_to_settles.
 464
 465     dc = dd->constraints;
 466
 467     ilc_local = &il_local[F_CONSTR];
 468     ils_local = &il_local[F_SETTLE];
 469
 470     dc->ncon      = 0;
 471     ilc_local->nr = 0;
 472     if (dd->constraint_comm)
 473     {
 474         at2con_mt = atom2constraints_moltype(constr);
 475         ireq      = &dd->constraint_comm->ireq[0];
 476         ireq->n   = 0;
 477     }
 478     else
 479     {
 480         // Currently unreachable
 481         at2con_mt = nullptr;
 482         ireq      = nullptr;
 483     }
 484
 485     if (dd->bInterCGsettles)
 486     {
 487         at2settle_mt  = atom2settle_moltype(constr);
 488         ils_local->nr = 0;
 489     }
 490     else
 491     {
 492         /* Settle works inside charge groups, we assigned them already */
 493         at2settle_mt = nullptr;
 494     }
 495
 496     if (at2settle_mt == nullptr)
 497     {
 498         atoms_to_constraints(dd, mtop, cginfo, at2con_mt, nrec,
 499                              ilc_local, ireq);
 500     }
 501     else
 502     {
 503         int t0_set;
 504         int thread;
 505
 506         /* Do the constraints, if present, on the first thread.
 507          * Do the settles on all other threads.
 508          */
 509         t0_set = ((at2con_mt != nullptr && dc->nthread > 1) ? 1 : 0);
 510
 511 #pragma omp parallel for num_threads(dc->nthread) schedule(static)
 512         for (thread = 0; thread < dc->nthread; thread++)
 513         {
 514             try
 515             {
 516                 if (at2con_mt && thread == 0)
 517                 {
 518                     atoms_to_constraints(dd, mtop, cginfo, at2con_mt, nrec,
 519                                          ilc_local, ireq);
 520                 }
 521
 522                 if (thread >= t0_set)
 523                 {
 524                     int        cg0, cg1;
 525                     t_ilist   *ilst;
 526                     ind_req_t *ireqt;
 527
 528                     /* Distribute the settle check+assignments over
 529                      * dc->nthread or dc->nthread-1 threads.
 530                      */
 531                     cg0 = (dd->ncg_home*(thread-t0_set  ))/(dc->nthread-t0_set);
 532                     cg1 = (dd->ncg_home*(thread-t0_set+1))/(dc->nthread-t0_set);
 533
 534                     if (thread == t0_set)
 535                     {
 536                         ilst = ils_local;
 537                     }
 538                     else
 539                     {
 540                         ilst = &dc->ils[thread];
 541                     }
 542                     ilst->nr = 0;
 543
 544                     ireqt = &dd->constraint_comm->ireq[thread];
 545                     if (thread > 0)
 546                     {
 547                         ireqt->n = 0;
 548                     }
 549
 550                     atoms_to_settles(dd, mtop, cginfo, at2settle_mt,
 551                                      cg0, cg1,
 552                                      ilst, ireqt);
 553                 }
 554             }
 555             GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR;
 556         }
 557
 558         /* Combine the generate settles and requested indices */
 559         for (thread = 1; thread < dc->nthread; thread++)
 560         {
 561             t_ilist   *ilst;
 562             ind_req_t *ireqt;
 563             int        ia;
 564
 565             if (thread > t0_set)
 566             {
 567                 ilst = &dc->ils[thread];
 568                 if (ils_local->nr + ilst->nr > ils_local->nalloc)
 569                 {
 570                     ils_local->nalloc = over_alloc_large(ils_local->nr + ilst->nr);
 571                     srenew(ils_local->iatoms, ils_local->nalloc);
 572                 }
 573                 for (ia = 0; ia < ilst->nr; ia++)
 574                 {
 575                     ils_local->iatoms[ils_local->nr+ia] = ilst->iatoms[ia];
 576                 }
 577                 ils_local->nr += ilst->nr;
 578             }
 579
 580             ireqt = &dd->constraint_comm->ireq[thread];
 581             if (ireq->n+ireqt->n > ireq->nalloc)
 582             {
 583                 ireq->nalloc = over_alloc_large(ireq->n+ireqt->n);
 584                 srenew(ireq->ind, ireq->nalloc);
 585             }
 586             for (ia = 0; ia < ireqt->n; ia++)
 587             {
 588                 ireq->ind[ireq->n+ia] = ireqt->ind[ia];
 589             }
 590             ireq->n += ireqt->n;
 591         }
 592
 593         if (debug)
 594         {
 595             fprintf(debug, "Settles: total %3d\n", ils_local->nr/4);
 596         }
 597     }
 598
 599     if (dd->constraint_comm)
 600     {
 601         int nral1;
 602
 603         at_end =
 604             setup_specat_communication(dd, ireq, dd->constraint_comm,
 605                                        dd->constraints->ga2la,
 606                                        at_start, 2,
 607                                        "constraint", " or lincs-order");
 608
 609         /* Fill in the missing indices */
 610         ga2la_specat = dd->constraints->ga2la;
 611
 612         nral1 = 1 + NRAL(F_CONSTR);
 613         for (i = 0; i < ilc_local->nr; i += nral1)
 614         {
 615             iap = ilc_local->iatoms + i;
 616             for (j = 1; j < nral1; j++)
 617             {
 618                 if (iap[j] < 0)
 619                 {
 620                     iap[j] = gmx_hash_get_minone(ga2la_specat, -iap[j]-1);
 621                 }
 622             }
 623         }
 624
 625         nral1 = 1 + NRAL(F_SETTLE);
 626         for (i = 0; i < ils_local->nr; i += nral1)
 627         {
 628             iap = ils_local->iatoms + i;
 629             for (j = 1; j < nral1; j++)
 630             {
 631                 if (iap[j] < 0)
 632                 {
 633                     iap[j] = gmx_hash_get_minone(ga2la_specat, -iap[j]-1);
 634                 }
 635             }
 636         }
 637     }
 638     else
 639     {
 640         // Currently unreachable
 641         at_end = at_start;
 642     }
 643
 644     return at_end;
 645 }
 646
 647 void init_domdec_constraints(gmx_domdec_t     *dd,
 648                              const gmx_mtop_t *mtop)
 649 {
 650     gmx_domdec_constraints_t *dc;
 651     const gmx_molblock_t     *molb;
 652     int mb, ncon, c;
 653
 654     if (debug)
 655     {
 656         fprintf(debug, "Begin init_domdec_constraints\n");
 657     }
 658
 659     snew(dd->constraints, 1);
 660     dc = dd->constraints;
 661
 662     snew(dc->molb_con_offset, mtop->nmolblock);
 663     snew(dc->molb_ncon_mol, mtop->nmolblock);
 664
 665     ncon = 0;
 666     for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
 667     {
 668         molb                    = &mtop->molblock[mb];
 669         dc->molb_con_offset[mb] = ncon;
 670         dc->molb_ncon_mol[mb]   =
 671             mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTR].nr/3 +
 672             mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTRNC].nr/3;
 673         ncon += molb->nmol*dc->molb_ncon_mol[mb];
 674     }
 675
 676     if (ncon > 0)
 677     {
 678         snew(dc->gc_req, ncon);
 679         for (c = 0; c < ncon; c++)
 680         {
 681             dc->gc_req[c] = 0;
 682         }
 683     }
 684
 685     /* Use a hash table for the global to local index.
 686      * The number of keys is a rough estimate, it will be optimized later.
 687      */
 688     dc->ga2la = gmx_hash_init(std::min(mtop->natoms/20,
 689                                        mtop->natoms/(2*dd->nnodes)));
 690
 691     dc->nthread = gmx_omp_nthreads_get(emntDomdec);
 692     snew(dc->ils, dc->nthread);
 693
 694     dd->constraint_comm = specat_comm_init(dc->nthread);
 695 }