src/gromacs/domdec/domdec_constraints.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2006,2007,2008,2009,2010 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016 by the GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2017,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 /*! \internal \file
  39  *
  40  * \brief This file implements functions for domdec to use
  41  * while managing inter-atomic constraints.
  42  *
  43  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  44  * \ingroup module_domdec
  45  */
  46
  47 #include "gmxpre.h"
  48
  49 #include "domdec_constraints.h"
  50
  51 #include <cassert>
  52
  53 #include <algorithm>
  54 #include <memory>
  55
  56 #include "gromacs/domdec/dlbtiming.h"
  57 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  58 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  59 #include "gromacs/domdec/ga2la.h"
  60 #include "gromacs/domdec/hashedmap.h"
  61 #include "gromacs/math/vec.h"
  62 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  63 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  64 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  65 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h" // only for GET_CGINFO_*
  66 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  67 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  68 #include "gromacs/topology/mtop_lookup.h"
  69 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  70 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  71 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  72 #include "gromacs/utility/listoflists.h"
  73
  74 #include "domdec_internal.h"
  75 #include "domdec_specatomcomm.h"
  76
  77 using gmx::ListOfLists;
  78
  79 /*! \brief Struct used during constraint setup with domain decomposition */
  80 struct gmx_domdec_constraints_t
  81 {
  82     //! @cond Doxygen_Suppress
  83     std::vector<int> molb_con_offset; /**< Offset in the constraint array for each molblock */
  84     std::vector<int> molb_ncon_mol; /**< The number of constraints per molecule for each molblock */
  85
  86     int ncon; /**< The fully local and conneced constraints */
  87     /* The global constraint number, only required for clearing gc_req */
  88     std::vector<int> con_gl;     /**< Global constraint indices for local constraints */
  89     std::vector<int> con_nlocat; /**< Number of local atoms (2/1/0) for each constraint */
  90
  91     std::vector<bool> gc_req; /**< Boolean that tells if a global constraint index has been requested; note: size global #constraints */
  92
  93     /* Hash table for keeping track of requests */
  94     std::unique_ptr<gmx::HashedMap<int>> ga2la; /**< Global to local communicated constraint atom only index */
  95
  96     /* Multi-threading stuff */
  97     int                          nthread; /**< Number of threads used for DD constraint setup */
  98     std::vector<InteractionList> ils;     /**< Constraint ilist working arrays, size \p nthread */
  99
 100     /* Buffers for requesting atoms */
 101     std::vector<std::vector<int>> requestedGlobalAtomIndices; /**< Buffers for requesting global atom indices, one per thread */
 102
 103     //! @endcond
 104 };
 105
 106 void dd_move_x_constraints(gmx_domdec_t*            dd,
 107                            const matrix             box,
 108                            gmx::ArrayRef<gmx::RVec> x0,
 109                            gmx::ArrayRef<gmx::RVec> x1,
 110                            gmx_bool                 bX1IsCoord)
 111 {
 112     if (dd->constraint_comm)
 113     {
 114         dd_move_x_specat(dd, dd->constraint_comm, box, as_rvec_array(x0.data()),
 115                          as_rvec_array(x1.data()), bX1IsCoord);
 116
 117         ddReopenBalanceRegionCpu(dd);
 118     }
 119 }
 120
 121 gmx::ArrayRef<const int> dd_constraints_nlocalatoms(const gmx_domdec_t* dd)
 122 {
 123     if (dd && dd->constraints)
 124     {
 125         return dd->constraints->con_nlocat;
 126     }
 127     else
 128     {
 129         return {};
 130     }
 131 }
 132
 133 void dd_clear_local_constraint_indices(gmx_domdec_t* dd)
 134 {
 135     gmx_domdec_constraints_t* dc = dd->constraints;
 136
 137     std::fill(dc->gc_req.begin(), dc->gc_req.end(), false);
 138
 139     if (dd->constraint_comm)
 140     {
 141         dc->ga2la->clear();
 142     }
 143 }
 144
 145 /*! \brief Walks over the constraints out from the local atoms into the non-local atoms and adds them to a list */
 146 static void walk_out(int                       con,
 147                      int                       con_offset,
 148                      int                       a,
 149                      int                       offset,
 150                      int                       nrec,
 151                      gmx::ArrayRef<const int>  ia1,
 152                      gmx::ArrayRef<const int>  ia2,
 153                      const ListOfLists<int>&   at2con,
 154                      const gmx_ga2la_t&        ga2la,
 155                      gmx_bool                  bHomeConnect,
 156                      gmx_domdec_constraints_t* dc,
 157                      gmx_domdec_specat_comm_t* dcc,
 158                      InteractionList*          il_local,
 159                      std::vector<int>*         ireq)
 160 {
 161     if (!dc->gc_req[con_offset + con])
 162     {
 163         /* Add this non-home constraint to the list */
 164         dc->con_gl.push_back(con_offset + con);
 165         dc->con_nlocat.push_back(bHomeConnect ? 1 : 0);
 166         dc->gc_req[con_offset + con]     = true;
 167         const int*         iap           = constr_iatomptr(ia1, ia2, con);
 168         const int          parameterType = iap[0];
 169         const int          a1_gl         = offset + iap[1];
 170         const int          a2_gl         = offset + iap[2];
 171         std::array<int, 2> atoms;
 172         /* The following indexing code can probably be optizimed */
 173         if (const int* a_loc = ga2la.findHome(a1_gl))
 174         {
 175             atoms[0] = *a_loc;
 176         }
 177         else
 178         {
 179             /* We set this index later */
 180             atoms[0] = -a1_gl - 1;
 181         }
 182         if (const int* a_loc = ga2la.findHome(a2_gl))
 183         {
 184             atoms[1] = *a_loc;
 185         }
 186         else
 187         {
 188             /* We set this index later */
 189             atoms[1] = -a2_gl - 1;
 190         }
 191         il_local->push_back(parameterType, atoms);
 192         dc->ncon++;
 193     }
 194     /* Check to not ask for the same atom more than once */
 195     if (!dc->ga2la->find(offset + a))
 196     {
 197         assert(dcc);
 198         /* Add this non-home atom to the list */
 199         ireq->push_back(offset + a);
 200         /* Temporarily mark with -2, we get the index later */
 201         dc->ga2la->insert(offset + a, -2);
 202     }
 203
 204     if (nrec > 0)
 205     {
 206         /* Loop over the constraint connected to atom a */
 207         for (const int coni : at2con[a])
 208         {
 209             if (coni != con)
 210             {
 211                 /* Walk further */
 212                 const int* iap = constr_iatomptr(ia1, ia2, coni);
 213                 int        b;
 214                 if (a == iap[1])
 215                 {
 216                     b = iap[2];
 217                 }
 218                 else
 219                 {
 220                     b = iap[1];
 221                 }
 222                 if (!ga2la.findHome(offset + b))
 223                 {
 224                     walk_out(coni, con_offset, b, offset, nrec - 1, ia1, ia2, at2con, ga2la, FALSE,
 225                              dc, dcc, il_local, ireq);
 226                 }
 227             }
 228         }
 229     }
 230 }
 231
 232 /*! \brief Looks up SETTLE constraints for a range of charge-groups */
 233 static void atoms_to_settles(gmx_domdec_t*                         dd,
 234                              const gmx_mtop_t*                     mtop,
 235                              const int*                            cginfo,
 236                              gmx::ArrayRef<const std::vector<int>> at2settle_mt,
 237                              int                                   cg_start,
 238                              int                                   cg_end,
 239                              InteractionList*                      ils_local,
 240                              std::vector<int>*                     ireq)
 241 {
 242     const gmx_ga2la_t& ga2la = *dd->ga2la;
 243     int                nral  = NRAL(F_SETTLE);
 244
 245     int mb = 0;
 246     for (int a = cg_start; a < cg_end; a++)
 247     {
 248         if (GET_CGINFO_SETTLE(cginfo[a]))
 249         {
 250             int a_gl = dd->globalAtomIndices[a];
 251             int a_mol;
 252             mtopGetMolblockIndex(mtop, a_gl, &mb, nullptr, &a_mol);
 253
 254             const gmx_molblock_t* molb   = &mtop->molblock[mb];
 255             int                   settle = at2settle_mt[molb->type][a_mol];
 256
 257             if (settle >= 0)
 258             {
 259                 int offset = a_gl - a_mol;
 260
 261                 const int* ia1 = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_SETTLE].iatoms.data();
 262
 263                 int      a_gls[3];
 264                 gmx_bool bAssign = FALSE;
 265                 int      nlocal  = 0;
 266                 for (int sa = 0; sa < nral; sa++)
 267                 {
 268                     int a_glsa = offset + ia1[settle * (1 + nral) + 1 + sa];
 269                     a_gls[sa]  = a_glsa;
 270                     if (ga2la.findHome(a_glsa))
 271                     {
 272                         if (nlocal == 0 && a_gl == a_glsa)
 273                         {
 274                             bAssign = TRUE;
 275                         }
 276                         nlocal++;
 277                     }
 278                 }
 279
 280                 if (bAssign)
 281                 {
 282                     const int          parameterType = ia1[settle * 4];
 283                     std::array<int, 3> atoms;
 284                     for (int sa = 0; sa < nral; sa++)
 285                     {
 286                         if (const int* a_loc = ga2la.findHome(a_gls[sa]))
 287                         {
 288                             atoms[sa] = *a_loc;
 289                         }
 290                         else
 291                         {
 292                             atoms[sa] = -a_gls[sa] - 1;
 293                             /* Add this non-home atom to the list */
 294                             ireq->push_back(a_gls[sa]);
 295                             /* A check on double atom requests is
 296                              * not required for settle.
 297                              */
 298                         }
 299                     }
 300                     ils_local->push_back(parameterType, atoms);
 301                 }
 302             }
 303         }
 304     }
 305 }
 306
 307 /*! \brief Looks up constraint for the local atoms */
 308 static void atoms_to_constraints(gmx_domdec_t*                         dd,
 309                                  const gmx_mtop_t*                     mtop,
 310                                  const int*                            cginfo,
 311                                  gmx::ArrayRef<const ListOfLists<int>> at2con_mt,
 312                                  int                                   nrec,
 313                                  InteractionList*                      ilc_local,
 314                                  std::vector<int>*                     ireq)
 315 {
 316     gmx_domdec_constraints_t* dc  = dd->constraints;
 317     gmx_domdec_specat_comm_t* dcc = dd->constraint_comm;
 318
 319     const gmx_ga2la_t& ga2la = *dd->ga2la;
 320
 321     dc->con_gl.clear();
 322     dc->con_nlocat.clear();
 323
 324     int mb    = 0;
 325     int nhome = 0;
 326     for (int a = 0; a < dd->ncg_home; a++)
 327     {
 328         if (GET_CGINFO_CONSTR(cginfo[a]))
 329         {
 330             int a_gl = dd->globalAtomIndices[a];
 331             int molnr, a_mol;
 332             mtopGetMolblockIndex(mtop, a_gl, &mb, &molnr, &a_mol);
 333
 334             const gmx_molblock_t& molb = mtop->molblock[mb];
 335
 336             gmx::ArrayRef<const int> ia1 = mtop->moltype[molb.type].ilist[F_CONSTR].iatoms;
 337             gmx::ArrayRef<const int> ia2 = mtop->moltype[molb.type].ilist[F_CONSTRNC].iatoms;
 338
 339             /* Calculate the global constraint number offset for the molecule.
 340              * This is only required for the global index to make sure
 341              * that we use each constraint only once.
 342              */
 343             const int con_offset = dc->molb_con_offset[mb] + molnr * dc->molb_ncon_mol[mb];
 344
 345             /* The global atom number offset for this molecule */
 346             const int offset = a_gl - a_mol;
 347             /* Loop over the constraints connected to atom a_mol in the molecule */
 348             const auto& at2con = at2con_mt[molb.type];
 349             for (const int con : at2con[a_mol])
 350             {
 351                 const int* iap = constr_iatomptr(ia1, ia2, con);
 352                 int        b_mol;
 353                 if (a_mol == iap[1])
 354                 {
 355                     b_mol = iap[2];
 356                 }
 357                 else
 358                 {
 359                     b_mol = iap[1];
 360                 }
 361                 if (const int* a_loc = ga2la.findHome(offset + b_mol))
 362                 {
 363                     /* Add this fully home constraint at the first atom */
 364                     if (a_mol < b_mol)
 365                     {
 366                         dc->con_gl.push_back(con_offset + con);
 367                         dc->con_nlocat.push_back(2);
 368                         const int          b_lo          = *a_loc;
 369                         const int          parameterType = iap[0];
 370                         std::array<int, 2> atoms;
 371                         atoms[0] = (a_gl == iap[1] ? a : b_lo);
 372                         atoms[1] = (a_gl == iap[1] ? b_lo : a);
 373                         ilc_local->push_back(parameterType, atoms);
 374                         dc->ncon++;
 375                         nhome++;
 376                     }
 377                 }
 378                 else
 379                 {
 380                     /* We need the nrec constraints coupled to this constraint,
 381                      * so we need to walk out of the home cell by nrec+1 atoms,
 382                      * since already atom bg is not locally present.
 383                      * Therefore we call walk_out with nrec recursions to go
 384                      * after this first call.
 385                      */
 386                     walk_out(con, con_offset, b_mol, offset, nrec, ia1, ia2, at2con, ga2la, TRUE,
 387                              dc, dcc, ilc_local, ireq);
 388                 }
 389             }
 390         }
 391     }
 392
 393     GMX_ASSERT(dc->con_gl.size() == static_cast<size_t>(dc->ncon),
 394                "con_gl size should match the number of constraints");
 395     GMX_ASSERT(dc->con_nlocat.size() == static_cast<size_t>(dc->ncon),
 396                "con_nlocat size should match the number of constraints");
 397
 398     if (debug)
 399     {
 400         fprintf(debug, "Constraints: home %3d border %3d atoms: %3zu\n", nhome, dc->ncon - nhome,
 401                 dd->constraint_comm ? ireq->size() : 0);
 402     }
 403 }
 404
 405 int dd_make_local_constraints(gmx_domdec_t*                  dd,
 406                               int                            at_start,
 407                               const struct gmx_mtop_t*       mtop,
 408                               const int*                     cginfo,
 409                               gmx::Constraints*              constr,
 410                               int                            nrec,
 411                               gmx::ArrayRef<InteractionList> il_local)
 412 {
 413     gmx_domdec_constraints_t* dc;
 414     InteractionList *         ilc_local, *ils_local;
 415     gmx::HashedMap<int>*      ga2la_specat;
 416     int                       at_end, i, j;
 417
 418     // This code should not be called unless this condition is true,
 419     // because that's the only time init_domdec_constraints is
 420     // called...
 421     GMX_RELEASE_ASSERT(dd->comm->systemInfo.haveSplitConstraints || dd->comm->systemInfo.haveSplitSettles,
 422                        "dd_make_local_constraints called when there are no local constraints");
 423     // ... and init_domdec_constraints always sets
 424     // dd->constraint_comm...
 425     GMX_RELEASE_ASSERT(
 426             dd->constraint_comm,
 427             "Invalid use of dd_make_local_constraints before construction of constraint_comm");
 428     // ... which static analysis needs to be reassured about, because
 429     // otherwise, when dd->splitSettles is
 430     // true. dd->constraint_comm is unilaterally dereferenced before
 431     // the call to atoms_to_settles.
 432
 433     dc = dd->constraints;
 434
 435     ilc_local = &il_local[F_CONSTR];
 436     ils_local = &il_local[F_SETTLE];
 437
 438     dc->ncon = 0;
 439     gmx::ArrayRef<const ListOfLists<int>> at2con_mt;
 440     std::vector<int>*                     ireq = nullptr;
 441     ilc_local->clear();
 442     if (dd->constraint_comm)
 443     {
 444         // TODO Perhaps gmx_domdec_constraints_t should keep a valid constr?
 445         GMX_RELEASE_ASSERT(constr != nullptr, "Must have valid constraints object");
 446         at2con_mt = constr->atom2constraints_moltype();
 447         ireq      = &dc->requestedGlobalAtomIndices[0];
 448         ireq->clear();
 449     }
 450
 451     gmx::ArrayRef<const std::vector<int>> at2settle_mt;
 452     /* When settle works inside charge groups, we assigned them already */
 453     if (dd->comm->systemInfo.haveSplitSettles)
 454     {
 455         // TODO Perhaps gmx_domdec_constraints_t should keep a valid constr?
 456         GMX_RELEASE_ASSERT(constr != nullptr, "Must have valid constraints object");
 457         at2settle_mt = constr->atom2settle_moltype();
 458         ils_local->clear();
 459     }
 460
 461     if (at2settle_mt.empty())
 462     {
 463         atoms_to_constraints(dd, mtop, cginfo, at2con_mt, nrec, ilc_local, ireq);
 464     }
 465     else
 466     {
 467         int t0_set;
 468
 469         /* Do the constraints, if present, on the first thread.
 470          * Do the settles on all other threads.
 471          */
 472         t0_set = ((!at2con_mt.empty() && dc->nthread > 1) ? 1 : 0);
 473
 474 #pragma omp parallel for num_threads(dc->nthread) schedule(static)
 475         for (int thread = 0; thread < dc->nthread; thread++)
 476         {
 477             try
 478             {
 479                 if (!at2con_mt.empty() && thread == 0)
 480                 {
 481                     atoms_to_constraints(dd, mtop, cginfo, at2con_mt, nrec, ilc_local, ireq);
 482                 }
 483
 484                 if (thread >= t0_set)
 485                 {
 486                     int              cg0, cg1;
 487                     InteractionList* ilst;
 488
 489                     /* Distribute the settle check+assignments over
 490                      * dc->nthread or dc->nthread-1 threads.
 491                      */
 492                     cg0 = (dd->ncg_home * (thread - t0_set)) / (dc->nthread - t0_set);
 493                     cg1 = (dd->ncg_home * (thread - t0_set + 1)) / (dc->nthread - t0_set);
 494
 495                     if (thread == t0_set)
 496                     {
 497                         ilst = ils_local;
 498                     }
 499                     else
 500                     {
 501                         ilst = &dc->ils[thread];
 502                     }
 503                     ilst->clear();
 504
 505                     std::vector<int>& ireqt = dc->requestedGlobalAtomIndices[thread];
 506                     if (thread > 0)
 507                     {
 508                         ireqt.clear();
 509                     }
 510
 511                     atoms_to_settles(dd, mtop, cginfo, at2settle_mt, cg0, cg1, ilst, &ireqt);
 512                 }
 513             }
 514             GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR
 515         }
 516
 517         /* Combine the generate settles and requested indices */
 518         for (int thread = 1; thread < dc->nthread; thread++)
 519         {
 520             if (thread > t0_set)
 521             {
 522                 ils_local->append(dc->ils[thread]);
 523             }
 524
 525             const std::vector<int>& ireqt = dc->requestedGlobalAtomIndices[thread];
 526             ireq->insert(ireq->end(), ireqt.begin(), ireqt.end());
 527         }
 528
 529         if (debug)
 530         {
 531             fprintf(debug, "Settles: total %3d\n", ils_local->size() / 4);
 532         }
 533     }
 534
 535     if (dd->constraint_comm)
 536     {
 537         int nral1;
 538
 539         at_end = setup_specat_communication(dd, ireq, dd->constraint_comm, dd->constraints->ga2la.get(),
 540                                             at_start, 2, "constraint", " or lincs-order");
 541
 542         /* Fill in the missing indices */
 543         ga2la_specat = dd->constraints->ga2la.get();
 544
 545         nral1 = 1 + NRAL(F_CONSTR);
 546         for (i = 0; i < ilc_local->size(); i += nral1)
 547         {
 548             int* iap = ilc_local->iatoms.data() + i;
 549             for (j = 1; j < nral1; j++)
 550             {
 551                 if (iap[j] < 0)
 552                 {
 553                     const int* a = ga2la_specat->find(-iap[j] - 1);
 554                     GMX_ASSERT(a, "We have checked before that this atom index has been set");
 555                     iap[j] = *a;
 556                 }
 557             }
 558         }
 559
 560         nral1 = 1 + NRAL(F_SETTLE);
 561         for (i = 0; i < ils_local->size(); i += nral1)
 562         {
 563             int* iap = ils_local->iatoms.data() + i;
 564             for (j = 1; j < nral1; j++)
 565             {
 566                 if (iap[j] < 0)
 567                 {
 568                     const int* a = ga2la_specat->find(-iap[j] - 1);
 569                     GMX_ASSERT(a, "We have checked before that this atom index has been set");
 570                     iap[j] = *a;
 571                 }
 572             }
 573         }
 574     }
 575     else
 576     {
 577         // Currently unreachable
 578         at_end = at_start;
 579     }
 580
 581     return at_end;
 582 }
 583
 584 void init_domdec_constraints(gmx_domdec_t* dd, const gmx_mtop_t* mtop)
 585 {
 586     gmx_domdec_constraints_t* dc;
 587     const gmx_molblock_t*     molb;
 588
 589     if (debug)
 590     {
 591         fprintf(debug, "Begin init_domdec_constraints\n");
 592     }
 593
 594     dd->constraints = new gmx_domdec_constraints_t;
 595     dc              = dd->constraints;
 596
 597     dc->molb_con_offset.resize(mtop->molblock.size());
 598     dc->molb_ncon_mol.resize(mtop->molblock.size());
 599
 600     int ncon = 0;
 601     for (size_t mb = 0; mb < mtop->molblock.size(); mb++)
 602     {
 603         molb                    = &mtop->molblock[mb];
 604         dc->molb_con_offset[mb] = ncon;
 605         dc->molb_ncon_mol[mb]   = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTR].size() / 3
 606                                 + mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTRNC].size() / 3;
 607         ncon += molb->nmol * dc->molb_ncon_mol[mb];
 608     }
 609
 610     if (ncon > 0)
 611     {
 612         dc->gc_req.resize(ncon);
 613     }
 614
 615     /* Use a hash table for the global to local index.
 616      * The number of keys is a rough estimate, it will be optimized later.
 617      */
 618     int numKeysEstimate = std::min(mtop->natoms / 20, mtop->natoms / (2 * dd->nnodes));
 619     dc->ga2la           = std::make_unique<gmx::HashedMap<int>>(numKeysEstimate);
 620
 621     dc->nthread = gmx_omp_nthreads_get(emntDomdec);
 622     dc->ils.resize(dc->nthread);
 623
 624     dd->constraint_comm = new gmx_domdec_specat_comm_t;
 625
 626     dc->requestedGlobalAtomIndices.resize(dc->nthread);
 627 }