src/gromacs/domdec/domdec_constraints.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2006,2007,2008,2009,2010,2012,2013,2014,2015,2016, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  *
  38  * \brief This file implements functions for domdec to use
  39  * while managing inter-atomic constraints.
  40  *
  41  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  42  * \ingroup module_domdec
  43  */
  44
  45 #include "gmxpre.h"
  46
  47 #include "domdec_constraints.h"
  48
  49 #include <assert.h>
  50
  51 #include <algorithm>
  52
  53 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  54 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  55 #include "gromacs/domdec/ga2la.h"
  56 #include "gromacs/math/vec.h"
  57 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  58 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  60 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  61 #include "gromacs/topology/mtop_lookup.h"
  62 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  63 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  64 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  65 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  66
  67 #include "domdec_specatomcomm.h"
  68 #include "hash.h"
  69
  70 /*! \brief Struct used during constraint setup with domain decomposition */
  71 struct gmx_domdec_constraints_t {
  72     //! @cond Doxygen_Suppress
  73     int         *molb_con_offset; /**< Offset in the constraint array for each molblock */
  74     int         *molb_ncon_mol;   /**< The number of constraints per molecule for each molblock */
  75
  76     int          ncon;            /**< The fully local and conneced constraints */
  77     /* The global constraint number, only required for clearing gc_req */
  78     int         *con_gl;          /**< Global constraint indices for local constraints */
  79     int         *con_nlocat;      /**< Number of local atoms (2/1/0) for each constraint */
  80     int          con_nalloc;      /**< Allocation size for \p con_gl and \p con_nlocat */
  81
  82     char        *gc_req;          /**< Boolean that tells if a global constraint index has been requested; note: size global #constraints */
  83     gmx_hash_t  *ga2la;           /**< Global to local communicated constraint atom only index */
  84
  85     /* Multi-threading stuff */
  86     int      nthread;           /**< Number of threads used for DD constraint setup */
  87     t_ilist *ils;               /**< Constraint ilist working arrays, size \p nthread */
  88     //! @endcond
  89 };
  90
  91 void dd_move_x_constraints(gmx_domdec_t *dd, matrix box,
  92                            rvec *x0, rvec *x1, gmx_bool bX1IsCoord)
  93 {
  94     if (dd->constraint_comm)
  95     {
  96         dd_move_x_specat(dd, dd->constraint_comm, box, x0, x1, bX1IsCoord);
  97     }
  98 }
  99
 100 int *dd_constraints_nlocalatoms(gmx_domdec_t *dd)
 101 {
 102     if (dd->constraints)
 103     {
 104         return dd->constraints->con_nlocat;
 105     }
 106     else
 107     {
 108         return NULL;
 109     }
 110 }
 111
 112 void dd_clear_local_constraint_indices(gmx_domdec_t *dd)
 113 {
 114     gmx_domdec_constraints_t *dc;
 115     int i;
 116
 117     dc = dd->constraints;
 118
 119     for (i = 0; i < dc->ncon; i++)
 120     {
 121         dc->gc_req[dc->con_gl[i]] = 0;
 122     }
 123
 124     if (dd->constraint_comm)
 125     {
 126         gmx_hash_clear_and_optimize(dc->ga2la);
 127     }
 128 }
 129
 130 void dd_clear_local_vsite_indices(gmx_domdec_t *dd)
 131 {
 132     if (dd->vsite_comm)
 133     {
 134         gmx_hash_clear_and_optimize(dd->ga2la_vsite);
 135     }
 136 }
 137
 138 /*! \brief Walks over the constraints out from the local atoms into the non-local atoms and adds them to a list */
 139 static void walk_out(int con, int con_offset, int a, int offset, int nrec,
 140                      int ncon1, const t_iatom *ia1, const t_iatom *ia2,
 141                      const t_blocka *at2con,
 142                      const gmx_ga2la_t *ga2la, gmx_bool bHomeConnect,
 143                      gmx_domdec_constraints_t *dc,
 144                      gmx_domdec_specat_comm_t *dcc,
 145                      t_ilist *il_local,
 146                      ind_req_t *ireq)
 147 {
 148     int            a1_gl, a2_gl, a_loc, i, coni, b;
 149     const t_iatom *iap;
 150
 151     if (dc->gc_req[con_offset+con] == 0)
 152     {
 153         /* Add this non-home constraint to the list */
 154         if (dc->ncon+1 > dc->con_nalloc)
 155         {
 156             dc->con_nalloc = over_alloc_large(dc->ncon+1);
 157             srenew(dc->con_gl, dc->con_nalloc);
 158             srenew(dc->con_nlocat, dc->con_nalloc);
 159         }
 160         dc->con_gl[dc->ncon]       = con_offset + con;
 161         dc->con_nlocat[dc->ncon]   = (bHomeConnect ? 1 : 0);
 162         dc->gc_req[con_offset+con] = 1;
 163         if (il_local->nr + 3 > il_local->nalloc)
 164         {
 165             il_local->nalloc = over_alloc_dd(il_local->nr+3);
 166             srenew(il_local->iatoms, il_local->nalloc);
 167         }
 168         iap = constr_iatomptr(ncon1, ia1, ia2, con);
 169         il_local->iatoms[il_local->nr++] = iap[0];
 170         a1_gl = offset + iap[1];
 171         a2_gl = offset + iap[2];
 172         /* The following indexing code can probably be optizimed */
 173         if (ga2la_get_home(ga2la, a1_gl, &a_loc))
 174         {
 175             il_local->iatoms[il_local->nr++] = a_loc;
 176         }
 177         else
 178         {
 179             /* We set this index later */
 180             il_local->iatoms[il_local->nr++] = -a1_gl - 1;
 181         }
 182         if (ga2la_get_home(ga2la, a2_gl, &a_loc))
 183         {
 184             il_local->iatoms[il_local->nr++] = a_loc;
 185         }
 186         else
 187         {
 188             /* We set this index later */
 189             il_local->iatoms[il_local->nr++] = -a2_gl - 1;
 190         }
 191         dc->ncon++;
 192     }
 193     /* Check to not ask for the same atom more than once */
 194     if (gmx_hash_get_minone(dc->ga2la, offset+a) == -1)
 195     {
 196         assert(dcc);
 197         /* Add this non-home atom to the list */
 198         if (ireq->n+1 > ireq->nalloc)
 199         {
 200             ireq->nalloc = over_alloc_large(ireq->n+1);
 201             srenew(ireq->ind, ireq->nalloc);
 202         }
 203         ireq->ind[ireq->n++] = offset + a;
 204         /* Temporarily mark with -2, we get the index later */
 205         gmx_hash_set(dc->ga2la, offset+a, -2);
 206     }
 207
 208     if (nrec > 0)
 209     {
 210         for (i = at2con->index[a]; i < at2con->index[a+1]; i++)
 211         {
 212             coni = at2con->a[i];
 213             if (coni != con)
 214             {
 215                 /* Walk further */
 216                 iap = constr_iatomptr(ncon1, ia1, ia2, coni);
 217                 if (a == iap[1])
 218                 {
 219                     b = iap[2];
 220                 }
 221                 else
 222                 {
 223                     b = iap[1];
 224                 }
 225                 if (!ga2la_get_home(ga2la, offset+b, &a_loc))
 226                 {
 227                     walk_out(coni, con_offset, b, offset, nrec-1,
 228                              ncon1, ia1, ia2, at2con,
 229                              ga2la, FALSE, dc, dcc, il_local, ireq);
 230                 }
 231             }
 232         }
 233     }
 234 }
 235
 236 /*! \brief Looks up SETTLE constraints for a range of charge-groups */
 237 static void atoms_to_settles(gmx_domdec_t *dd,
 238                              const gmx_mtop_t *mtop,
 239                              const int *cginfo,
 240                              const int **at2settle_mt,
 241                              int cg_start, int cg_end,
 242                              t_ilist *ils_local,
 243                              ind_req_t *ireq)
 244 {
 245     gmx_ga2la_t *ga2la = dd->ga2la;
 246     int          nral  = NRAL(F_SETTLE);
 247
 248     int          mb    = 0;
 249     for (int cg = cg_start; cg < cg_end; cg++)
 250     {
 251         if (GET_CGINFO_SETTLE(cginfo[cg]))
 252         {
 253             for (int a = dd->cgindex[cg]; a < dd->cgindex[cg+1]; a++)
 254             {
 255                 int a_gl = dd->gatindex[a];
 256                 int a_mol;
 257                 mtopGetMolblockIndex(mtop, a_gl, &mb, NULL, &a_mol);
 258
 259                 const gmx_molblock_t *molb   = &mtop->molblock[mb];
 260                 int                   settle = at2settle_mt[molb->type][a_mol];
 261
 262                 if (settle >= 0)
 263                 {
 264                     int      offset  = a_gl - a_mol;
 265
 266                     t_iatom *ia1     = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_SETTLE].iatoms;
 267
 268                     int      a_gls[3], a_locs[3];
 269                     gmx_bool bAssign = FALSE;
 270                     int      nlocal  = 0;
 271                     for (int sa = 0; sa < nral; sa++)
 272                     {
 273                         int a_glsa = offset + ia1[settle*(1+nral)+1+sa];
 274                         a_gls[sa]  = a_glsa;
 275                         if (ga2la_get_home(ga2la, a_glsa, &a_locs[sa]))
 276                         {
 277                             if (nlocal == 0 && a_gl == a_glsa)
 278                             {
 279                                 bAssign = TRUE;
 280                             }
 281                             nlocal++;
 282                         }
 283                     }
 284
 285                     if (bAssign)
 286                     {
 287                         if (ils_local->nr+1+nral > ils_local->nalloc)
 288                         {
 289                             ils_local->nalloc = over_alloc_dd(ils_local->nr+1+nral);
 290                             srenew(ils_local->iatoms, ils_local->nalloc);
 291                         }
 292
 293                         ils_local->iatoms[ils_local->nr++] = ia1[settle*4];
 294
 295                         for (int sa = 0; sa < nral; sa++)
 296                         {
 297                             if (ga2la_get_home(ga2la, a_gls[sa], &a_locs[sa]))
 298                             {
 299                                 ils_local->iatoms[ils_local->nr++] = a_locs[sa];
 300                             }
 301                             else
 302                             {
 303                                 ils_local->iatoms[ils_local->nr++] = -a_gls[sa] - 1;
 304                                 /* Add this non-home atom to the list */
 305                                 if (ireq->n+1 > ireq->nalloc)
 306                                 {
 307                                     ireq->nalloc = over_alloc_large(ireq->n+1);
 308                                     srenew(ireq->ind, ireq->nalloc);
 309                                 }
 310                                 ireq->ind[ireq->n++] = a_gls[sa];
 311                                 /* A check on double atom requests is
 312                                  * not required for settle.
 313                                  */
 314                             }
 315                         }
 316                     }
 317                 }
 318             }
 319         }
 320     }
 321 }
 322
 323 /*! \brief Looks up constraint for the local atoms */
 324 static void atoms_to_constraints(gmx_domdec_t *dd,
 325                                  const gmx_mtop_t *mtop,
 326                                  const int *cginfo,
 327                                  const t_blocka *at2con_mt, int nrec,
 328                                  t_ilist *ilc_local,
 329                                  ind_req_t *ireq)
 330 {
 331     const t_blocka             *at2con;
 332     int                         ncon1;
 333     t_iatom                    *ia1, *ia2, *iap;
 334     int                         a_loc, b_lo, offset, b_mol, i, con, con_offset;
 335
 336     gmx_domdec_constraints_t   *dc     = dd->constraints;
 337     gmx_domdec_specat_comm_t   *dcc    = dd->constraint_comm;
 338
 339     gmx_ga2la_t                *ga2la  = dd->ga2la;
 340
 341     int mb    = 0;
 342     int nhome = 0;
 343     for (int cg = 0; cg < dd->ncg_home; cg++)
 344     {
 345         if (GET_CGINFO_CONSTR(cginfo[cg]))
 346         {
 347             for (int a = dd->cgindex[cg]; a < dd->cgindex[cg+1]; a++)
 348             {
 349                 int a_gl = dd->gatindex[a];
 350                 int molnr, a_mol;
 351                 mtopGetMolblockIndex(mtop, a_gl, &mb, &molnr, &a_mol);
 352
 353                 const gmx_molblock_t *molb = &mtop->molblock[mb];
 354
 355                 ncon1 = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTR].nr/NRAL(F_SETTLE);
 356
 357                 ia1 = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTR].iatoms;
 358                 ia2 = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTRNC].iatoms;
 359
 360                 /* Calculate the global constraint number offset for the molecule.
 361                  * This is only required for the global index to make sure
 362                  * that we use each constraint only once.
 363                  */
 364                 con_offset =
 365                     dc->molb_con_offset[mb] + molnr*dc->molb_ncon_mol[mb];
 366
 367                 /* The global atom number offset for this molecule */
 368                 offset = a_gl - a_mol;
 369                 at2con = &at2con_mt[molb->type];
 370                 for (i = at2con->index[a_mol]; i < at2con->index[a_mol+1]; i++)
 371                 {
 372                     con = at2con->a[i];
 373                     iap = constr_iatomptr(ncon1, ia1, ia2, con);
 374                     if (a_mol == iap[1])
 375                     {
 376                         b_mol = iap[2];
 377                     }
 378                     else
 379                     {
 380                         b_mol = iap[1];
 381                     }
 382                     if (ga2la_get_home(ga2la, offset+b_mol, &a_loc))
 383                     {
 384                         /* Add this fully home constraint at the first atom */
 385                         if (a_mol < b_mol)
 386                         {
 387                             if (dc->ncon+1 > dc->con_nalloc)
 388                             {
 389                                 dc->con_nalloc = over_alloc_large(dc->ncon+1);
 390                                 srenew(dc->con_gl, dc->con_nalloc);
 391                                 srenew(dc->con_nlocat, dc->con_nalloc);
 392                             }
 393                             dc->con_gl[dc->ncon]     = con_offset + con;
 394                             dc->con_nlocat[dc->ncon] = 2;
 395                             if (ilc_local->nr + 3 > ilc_local->nalloc)
 396                             {
 397                                 ilc_local->nalloc = over_alloc_dd(ilc_local->nr + 3);
 398                                 srenew(ilc_local->iatoms, ilc_local->nalloc);
 399                             }
 400                             b_lo = a_loc;
 401                             ilc_local->iatoms[ilc_local->nr++] = iap[0];
 402                             ilc_local->iatoms[ilc_local->nr++] = (a_gl == iap[1] ? a    : b_lo);
 403                             ilc_local->iatoms[ilc_local->nr++] = (a_gl == iap[1] ? b_lo : a   );
 404                             dc->ncon++;
 405                             nhome++;
 406                         }
 407                     }
 408                     else
 409                     {
 410                         /* We need the nrec constraints coupled to this constraint,
 411                          * so we need to walk out of the home cell by nrec+1 atoms,
 412                          * since already atom bg is not locally present.
 413                          * Therefore we call walk_out with nrec recursions to go
 414                          * after this first call.
 415                          */
 416                         walk_out(con, con_offset, b_mol, offset, nrec,
 417                                  ncon1, ia1, ia2, at2con,
 418                                  dd->ga2la, TRUE, dc, dcc, ilc_local, ireq);
 419                     }
 420                 }
 421             }
 422         }
 423     }
 424
 425     if (debug)
 426     {
 427         fprintf(debug,
 428                 "Constraints: home %3d border %3d atoms: %3d\n",
 429                 nhome, dc->ncon-nhome,
 430                 dd->constraint_comm ? ireq->n : 0);
 431     }
 432 }
 433
 434 int dd_make_local_constraints(gmx_domdec_t *dd, int at_start,
 435                               const struct gmx_mtop_t *mtop,
 436                               const int *cginfo,
 437                               gmx_constr_t constr, int nrec,
 438                               t_ilist *il_local)
 439 {
 440     gmx_domdec_constraints_t   *dc;
 441     t_ilist                    *ilc_local, *ils_local;
 442     ind_req_t                  *ireq;
 443     const t_blocka             *at2con_mt;
 444     const int                 **at2settle_mt;
 445     gmx_hash_t                 *ga2la_specat;
 446     int at_end, i, j;
 447     t_iatom                    *iap;
 448
 449     // This code should not be called unless this condition is true,
 450     // because that's the only time init_domdec_constraints is
 451     // called...
 452     GMX_RELEASE_ASSERT(dd->bInterCGcons || dd->bInterCGsettles, "dd_make_local_constraints called when there are no local constraints");
 453     // ... and init_domdec_constraints always sets
 454     // dd->constraint_comm...
 455     GMX_RELEASE_ASSERT(dd->constraint_comm, "Invalid use of dd_make_local_constraints before construction of constraint_comm");
 456     // ... which static analysis needs to be reassured about, because
 457     // otherwise, when dd->bInterCGsettles is
 458     // true. dd->constraint_comm is unilaterally dereferenced before
 459     // the call to atoms_to_settles.
 460
 461     dc = dd->constraints;
 462
 463     ilc_local = &il_local[F_CONSTR];
 464     ils_local = &il_local[F_SETTLE];
 465
 466     dc->ncon      = 0;
 467     ilc_local->nr = 0;
 468     if (dd->constraint_comm)
 469     {
 470         at2con_mt = atom2constraints_moltype(constr);
 471         ireq      = &dd->constraint_comm->ireq[0];
 472         ireq->n   = 0;
 473     }
 474     else
 475     {
 476         // Currently unreachable
 477         at2con_mt = NULL;
 478         ireq      = NULL;
 479     }
 480
 481     if (dd->bInterCGsettles)
 482     {
 483         at2settle_mt  = atom2settle_moltype(constr);
 484         ils_local->nr = 0;
 485     }
 486     else
 487     {
 488         /* Settle works inside charge groups, we assigned them already */
 489         at2settle_mt = NULL;
 490     }
 491
 492     if (at2settle_mt == NULL)
 493     {
 494         atoms_to_constraints(dd, mtop, cginfo, at2con_mt, nrec,
 495                              ilc_local, ireq);
 496     }
 497     else
 498     {
 499         int t0_set;
 500         int thread;
 501
 502         /* Do the constraints, if present, on the first thread.
 503          * Do the settles on all other threads.
 504          */
 505         t0_set = ((at2con_mt != NULL && dc->nthread > 1) ? 1 : 0);
 506
 507 #pragma omp parallel for num_threads(dc->nthread) schedule(static)
 508         for (thread = 0; thread < dc->nthread; thread++)
 509         {
 510             try
 511             {
 512                 if (at2con_mt && thread == 0)
 513                 {
 514                     atoms_to_constraints(dd, mtop, cginfo, at2con_mt, nrec,
 515                                          ilc_local, ireq);
 516                 }
 517
 518                 if (thread >= t0_set)
 519                 {
 520                     int        cg0, cg1;
 521                     t_ilist   *ilst;
 522                     ind_req_t *ireqt;
 523
 524                     /* Distribute the settle check+assignments over
 525                      * dc->nthread or dc->nthread-1 threads.
 526                      */
 527                     cg0 = (dd->ncg_home*(thread-t0_set  ))/(dc->nthread-t0_set);
 528                     cg1 = (dd->ncg_home*(thread-t0_set+1))/(dc->nthread-t0_set);
 529
 530                     if (thread == t0_set)
 531                     {
 532                         ilst = ils_local;
 533                     }
 534                     else
 535                     {
 536                         ilst = &dc->ils[thread];
 537                     }
 538                     ilst->nr = 0;
 539
 540                     ireqt = &dd->constraint_comm->ireq[thread];
 541                     if (thread > 0)
 542                     {
 543                         ireqt->n = 0;
 544                     }
 545
 546                     atoms_to_settles(dd, mtop, cginfo, at2settle_mt,
 547                                      cg0, cg1,
 548                                      ilst, ireqt);
 549                 }
 550             }
 551             GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR;
 552         }
 553
 554         /* Combine the generate settles and requested indices */
 555         for (thread = 1; thread < dc->nthread; thread++)
 556         {
 557             t_ilist   *ilst;
 558             ind_req_t *ireqt;
 559             int        ia;
 560
 561             if (thread > t0_set)
 562             {
 563                 ilst = &dc->ils[thread];
 564                 if (ils_local->nr + ilst->nr > ils_local->nalloc)
 565                 {
 566                     ils_local->nalloc = over_alloc_large(ils_local->nr + ilst->nr);
 567                     srenew(ils_local->iatoms, ils_local->nalloc);
 568                 }
 569                 for (ia = 0; ia < ilst->nr; ia++)
 570                 {
 571                     ils_local->iatoms[ils_local->nr+ia] = ilst->iatoms[ia];
 572                 }
 573                 ils_local->nr += ilst->nr;
 574             }
 575
 576             ireqt = &dd->constraint_comm->ireq[thread];
 577             if (ireq->n+ireqt->n > ireq->nalloc)
 578             {
 579                 ireq->nalloc = over_alloc_large(ireq->n+ireqt->n);
 580                 srenew(ireq->ind, ireq->nalloc);
 581             }
 582             for (ia = 0; ia < ireqt->n; ia++)
 583             {
 584                 ireq->ind[ireq->n+ia] = ireqt->ind[ia];
 585             }
 586             ireq->n += ireqt->n;
 587         }
 588
 589         if (debug)
 590         {
 591             fprintf(debug, "Settles: total %3d\n", ils_local->nr/4);
 592         }
 593     }
 594
 595     if (dd->constraint_comm)
 596     {
 597         int nral1;
 598
 599         at_end =
 600             setup_specat_communication(dd, ireq, dd->constraint_comm,
 601                                        dd->constraints->ga2la,
 602                                        at_start, 2,
 603                                        "constraint", " or lincs-order");
 604
 605         /* Fill in the missing indices */
 606         ga2la_specat = dd->constraints->ga2la;
 607
 608         nral1 = 1 + NRAL(F_CONSTR);
 609         for (i = 0; i < ilc_local->nr; i += nral1)
 610         {
 611             iap = ilc_local->iatoms + i;
 612             for (j = 1; j < nral1; j++)
 613             {
 614                 if (iap[j] < 0)
 615                 {
 616                     iap[j] = gmx_hash_get_minone(ga2la_specat, -iap[j]-1);
 617                 }
 618             }
 619         }
 620
 621         nral1 = 1 + NRAL(F_SETTLE);
 622         for (i = 0; i < ils_local->nr; i += nral1)
 623         {
 624             iap = ils_local->iatoms + i;
 625             for (j = 1; j < nral1; j++)
 626             {
 627                 if (iap[j] < 0)
 628                 {
 629                     iap[j] = gmx_hash_get_minone(ga2la_specat, -iap[j]-1);
 630                 }
 631             }
 632         }
 633     }
 634     else
 635     {
 636         // Currently unreachable
 637         at_end = at_start;
 638     }
 639
 640     return at_end;
 641 }
 642
 643 void init_domdec_constraints(gmx_domdec_t     *dd,
 644                              const gmx_mtop_t *mtop)
 645 {
 646     gmx_domdec_constraints_t *dc;
 647     const gmx_molblock_t     *molb;
 648     int mb, ncon, c;
 649
 650     if (debug)
 651     {
 652         fprintf(debug, "Begin init_domdec_constraints\n");
 653     }
 654
 655     snew(dd->constraints, 1);
 656     dc = dd->constraints;
 657
 658     snew(dc->molb_con_offset, mtop->nmolblock);
 659     snew(dc->molb_ncon_mol, mtop->nmolblock);
 660
 661     ncon = 0;
 662     for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
 663     {
 664         molb                    = &mtop->molblock[mb];
 665         dc->molb_con_offset[mb] = ncon;
 666         dc->molb_ncon_mol[mb]   =
 667             mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTR].nr/3 +
 668             mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTRNC].nr/3;
 669         ncon += molb->nmol*dc->molb_ncon_mol[mb];
 670     }
 671
 672     if (ncon > 0)
 673     {
 674         snew(dc->gc_req, ncon);
 675         for (c = 0; c < ncon; c++)
 676         {
 677             dc->gc_req[c] = 0;
 678         }
 679     }
 680
 681     /* Use a hash table for the global to local index.
 682      * The number of keys is a rough estimate, it will be optimized later.
 683      */
 684     dc->ga2la = gmx_hash_init(std::min(mtop->natoms/20,
 685                                        mtop->natoms/(2*dd->nnodes)));
 686
 687     dc->nthread = gmx_omp_nthreads_get(emntDomdec);
 688     snew(dc->ils, dc->nthread);
 689
 690     dd->constraint_comm = specat_comm_init(dc->nthread);
 691 }