src/gromacs/domdec/domdec_constraints.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2006,2007,2008,2009,2010,2012,2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  *
  38  * \brief This file implements functions for domdec to use
  39  * while managing inter-atomic constraints.
  40  *
  41  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  42  * \ingroup module_domdec
  43  */
  44
  45 #include "gmxpre.h"
  46
  47 #include "domdec_constraints.h"
  48
  49 #include <cassert>
  50
  51 #include <algorithm>
  52 #include <memory>
  53
  54 #include "gromacs/domdec/dlbtiming.h"
  55 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  56 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  57 #include "gromacs/domdec/ga2la.h"
  58 #include "gromacs/domdec/hashedmap.h"
  59 #include "gromacs/math/vec.h"
  60 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  61 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  63 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h" // only for GET_CGINFO_*
  64 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  65 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  66 #include "gromacs/topology/mtop_lookup.h"
  67 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  68 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  69 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  70 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  71
  72 #include "domdec_specatomcomm.h"
  73
  74 /*! \brief Struct used during constraint setup with domain decomposition */
  75 struct gmx_domdec_constraints_t
  76 {
  77     //! @cond Doxygen_Suppress
  78     std::vector<int>  molb_con_offset; /**< Offset in the constraint array for each molblock */
  79     std::vector<int>  molb_ncon_mol;   /**< The number of constraints per molecule for each molblock */
  80
  81     int               ncon;            /**< The fully local and conneced constraints */
  82     /* The global constraint number, only required for clearing gc_req */
  83     std::vector<int>  con_gl;          /**< Global constraint indices for local constraints */
  84     std::vector<int>  con_nlocat;      /**< Number of local atoms (2/1/0) for each constraint */
  85
  86     std::vector<bool> gc_req;          /**< Boolean that tells if a global constraint index has been requested; note: size global #constraints */
  87
  88     /* Hash table for keeping track of requests */
  89     std::unique_ptr < gmx::HashedMap < int>> ga2la; /**< Global to local communicated constraint atom only index */
  90
  91     /* Multi-threading stuff */
  92     int                  nthread; /**< Number of threads used for DD constraint setup */
  93     std::vector<t_ilist> ils;     /**< Constraint ilist working arrays, size \p nthread */
  94
  95     /* Buffers for requesting atoms */
  96     std::vector < std::vector < int>> requestedGlobalAtomIndices; /**< Buffers for requesting global atom indices, one per thread */
  97
  98     //! @endcond
  99 };
 100
 101 void dd_move_x_constraints(gmx_domdec_t *dd, matrix box,
 102                            rvec *x0, rvec *x1, gmx_bool bX1IsCoord)
 103 {
 104     if (dd->constraint_comm)
 105     {
 106         dd_move_x_specat(dd, dd->constraint_comm, box, x0, x1, bX1IsCoord);
 107
 108         ddReopenBalanceRegionCpu(dd);
 109     }
 110 }
 111
 112 gmx::ArrayRef<const int> dd_constraints_nlocalatoms(const gmx_domdec_t *dd)
 113 {
 114     if (dd && dd->constraints)
 115     {
 116         return dd->constraints->con_nlocat;
 117     }
 118     else
 119     {
 120         return {};
 121     }
 122 }
 123
 124 void dd_clear_local_constraint_indices(gmx_domdec_t *dd)
 125 {
 126     gmx_domdec_constraints_t *dc = dd->constraints;
 127
 128     std::fill(dc->gc_req.begin(), dc->gc_req.end(), false);
 129
 130     if (dd->constraint_comm)
 131     {
 132         dc->ga2la->clear();
 133     }
 134 }
 135
 136 /*! \brief Walks over the constraints out from the local atoms into the non-local atoms and adds them to a list */
 137 static void walk_out(int con, int con_offset, int a, int offset, int nrec,
 138                      gmx::ArrayRef<const int> ia1,
 139                      gmx::ArrayRef<const int> ia2,
 140                      const t_blocka *at2con,
 141                      const gmx_ga2la_t &ga2la, gmx_bool bHomeConnect,
 142                      gmx_domdec_constraints_t *dc,
 143                      gmx_domdec_specat_comm_t *dcc,
 144                      t_ilist *il_local,
 145                      std::vector<int> *ireq)
 146 {
 147     int            a1_gl, a2_gl, i, coni, b;
 148     const t_iatom *iap;
 149
 150     if (!dc->gc_req[con_offset + con])
 151     {
 152         /* Add this non-home constraint to the list */
 153         dc->con_gl.push_back(con_offset + con);
 154         dc->con_nlocat.push_back(bHomeConnect ? 1 : 0);
 155         dc->gc_req[con_offset + con] = true;
 156         if (il_local->nr + 3 > il_local->nalloc)
 157         {
 158             il_local->nalloc = over_alloc_dd(il_local->nr+3);
 159             srenew(il_local->iatoms, il_local->nalloc);
 160         }
 161         iap = constr_iatomptr(ia1, ia2, con);
 162         il_local->iatoms[il_local->nr++] = iap[0];
 163         a1_gl = offset + iap[1];
 164         a2_gl = offset + iap[2];
 165         /* The following indexing code can probably be optizimed */
 166         if (const int *a_loc = ga2la.findHome(a1_gl))
 167         {
 168             il_local->iatoms[il_local->nr++] = *a_loc;
 169         }
 170         else
 171         {
 172             /* We set this index later */
 173             il_local->iatoms[il_local->nr++] = -a1_gl - 1;
 174         }
 175         if (const int *a_loc = ga2la.findHome(a2_gl))
 176         {
 177             il_local->iatoms[il_local->nr++] = *a_loc;
 178         }
 179         else
 180         {
 181             /* We set this index later */
 182             il_local->iatoms[il_local->nr++] = -a2_gl - 1;
 183         }
 184         dc->ncon++;
 185     }
 186     /* Check to not ask for the same atom more than once */
 187     if (!dc->ga2la->find(offset + a))
 188     {
 189         assert(dcc);
 190         /* Add this non-home atom to the list */
 191         ireq->push_back(offset + a);
 192         /* Temporarily mark with -2, we get the index later */
 193         dc->ga2la->insert(offset + a, -2);
 194     }
 195
 196     if (nrec > 0)
 197     {
 198         for (i = at2con->index[a]; i < at2con->index[a+1]; i++)
 199         {
 200             coni = at2con->a[i];
 201             if (coni != con)
 202             {
 203                 /* Walk further */
 204                 iap = constr_iatomptr(ia1, ia2, coni);
 205                 if (a == iap[1])
 206                 {
 207                     b = iap[2];
 208                 }
 209                 else
 210                 {
 211                     b = iap[1];
 212                 }
 213                 if (!ga2la.findHome(offset + b))
 214                 {
 215                     walk_out(coni, con_offset, b, offset, nrec-1,
 216                              ia1, ia2, at2con,
 217                              ga2la, FALSE, dc, dcc, il_local, ireq);
 218                 }
 219             }
 220         }
 221     }
 222 }
 223
 224 /*! \brief Looks up SETTLE constraints for a range of charge-groups */
 225 static void atoms_to_settles(gmx_domdec_t *dd,
 226                              const gmx_mtop_t *mtop,
 227                              const int *cginfo,
 228                              gmx::ArrayRef < const std::vector < int>> at2settle_mt,
 229                              int cg_start, int cg_end,
 230                              t_ilist *ils_local,
 231                              std::vector<int> *ireq)
 232 {
 233     const gmx_ga2la_t &ga2la = *dd->ga2la;
 234     int                nral  = NRAL(F_SETTLE);
 235
 236     int                mb    = 0;
 237     for (int a = cg_start; a < cg_end; a++)
 238     {
 239         if (GET_CGINFO_SETTLE(cginfo[a]))
 240         {
 241             int a_gl = dd->globalAtomIndices[a];
 242             int a_mol;
 243             mtopGetMolblockIndex(mtop, a_gl, &mb, nullptr, &a_mol);
 244
 245             const gmx_molblock_t *molb   = &mtop->molblock[mb];
 246             int                   settle = at2settle_mt[molb->type][a_mol];
 247
 248             if (settle >= 0)
 249             {
 250                 int        offset  = a_gl - a_mol;
 251
 252                 const int *ia1     = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_SETTLE].iatoms.data();
 253
 254                 int        a_gls[3];
 255                 gmx_bool   bAssign = FALSE;
 256                 int        nlocal  = 0;
 257                 for (int sa = 0; sa < nral; sa++)
 258                 {
 259                     int a_glsa = offset + ia1[settle*(1+nral)+1+sa];
 260                     a_gls[sa]  = a_glsa;
 261                     if (ga2la.findHome(a_glsa))
 262                     {
 263                         if (nlocal == 0 && a_gl == a_glsa)
 264                         {
 265                             bAssign = TRUE;
 266                         }
 267                         nlocal++;
 268                     }
 269                 }
 270
 271                 if (bAssign)
 272                 {
 273                     if (ils_local->nr+1+nral > ils_local->nalloc)
 274                     {
 275                         ils_local->nalloc = over_alloc_dd(ils_local->nr+1+nral);
 276                         srenew(ils_local->iatoms, ils_local->nalloc);
 277                     }
 278
 279                     ils_local->iatoms[ils_local->nr++] = ia1[settle*4];
 280
 281                     for (int sa = 0; sa < nral; sa++)
 282                     {
 283                         if (const int *a_loc = ga2la.findHome(a_gls[sa]))
 284                         {
 285                             ils_local->iatoms[ils_local->nr++] = *a_loc;
 286                         }
 287                         else
 288                         {
 289                             ils_local->iatoms[ils_local->nr++] = -a_gls[sa] - 1;
 290                             /* Add this non-home atom to the list */
 291                             ireq->push_back(a_gls[sa]);
 292                             /* A check on double atom requests is
 293                              * not required for settle.
 294                              */
 295                         }
 296                     }
 297                 }
 298             }
 299         }
 300     }
 301 }
 302
 303 /*! \brief Looks up constraint for the local atoms */
 304 static void atoms_to_constraints(gmx_domdec_t *dd,
 305                                  const gmx_mtop_t *mtop,
 306                                  const int *cginfo,
 307                                  gmx::ArrayRef<const t_blocka> at2con_mt, int nrec,
 308                                  t_ilist *ilc_local,
 309                                  std::vector<int> *ireq)
 310 {
 311     const t_blocka             *at2con;
 312     int                         b_lo, offset, b_mol, i, con, con_offset;
 313
 314     gmx_domdec_constraints_t   *dc     = dd->constraints;
 315     gmx_domdec_specat_comm_t   *dcc    = dd->constraint_comm;
 316
 317     const gmx_ga2la_t          &ga2la  = *dd->ga2la;
 318
 319     dc->con_gl.clear();
 320     dc->con_nlocat.clear();
 321
 322     int mb    = 0;
 323     int nhome = 0;
 324     for (int a = 0; a < dd->ncg_home; a++)
 325     {
 326         if (GET_CGINFO_CONSTR(cginfo[a]))
 327         {
 328             int a_gl = dd->globalAtomIndices[a];
 329             int molnr, a_mol;
 330             mtopGetMolblockIndex(mtop, a_gl, &mb, &molnr, &a_mol);
 331
 332             const gmx_molblock_t     &molb = mtop->molblock[mb];
 333
 334             gmx::ArrayRef<const int>  ia1 = mtop->moltype[molb.type].ilist[F_CONSTR].iatoms;
 335             gmx::ArrayRef<const int>  ia2 = mtop->moltype[molb.type].ilist[F_CONSTRNC].iatoms;
 336
 337             /* Calculate the global constraint number offset for the molecule.
 338              * This is only required for the global index to make sure
 339              * that we use each constraint only once.
 340              */
 341             con_offset =
 342                 dc->molb_con_offset[mb] + molnr*dc->molb_ncon_mol[mb];
 343
 344             /* The global atom number offset for this molecule */
 345             offset = a_gl - a_mol;
 346             at2con = &at2con_mt[molb.type];
 347             for (i = at2con->index[a_mol]; i < at2con->index[a_mol+1]; i++)
 348             {
 349                 con            = at2con->a[i];
 350                 const int *iap = constr_iatomptr(ia1, ia2, con);
 351                 if (a_mol == iap[1])
 352                 {
 353                     b_mol = iap[2];
 354                 }
 355                 else
 356                 {
 357                     b_mol = iap[1];
 358                 }
 359                 if (const int *a_loc = ga2la.findHome(offset + b_mol))
 360                 {
 361                     /* Add this fully home constraint at the first atom */
 362                     if (a_mol < b_mol)
 363                     {
 364                         dc->con_gl.push_back(con_offset + con);
 365                         dc->con_nlocat.push_back(2);
 366                         if (ilc_local->nr + 3 > ilc_local->nalloc)
 367                         {
 368                             ilc_local->nalloc = over_alloc_dd(ilc_local->nr + 3);
 369                             srenew(ilc_local->iatoms, ilc_local->nalloc);
 370                         }
 371                         b_lo = *a_loc;
 372                         ilc_local->iatoms[ilc_local->nr++] = iap[0];
 373                         ilc_local->iatoms[ilc_local->nr++] = (a_gl == iap[1] ? a    : b_lo);
 374                         ilc_local->iatoms[ilc_local->nr++] = (a_gl == iap[1] ? b_lo : a   );
 375                         dc->ncon++;
 376                         nhome++;
 377                     }
 378                 }
 379                 else
 380                 {
 381                     /* We need the nrec constraints coupled to this constraint,
 382                      * so we need to walk out of the home cell by nrec+1 atoms,
 383                      * since already atom bg is not locally present.
 384                      * Therefore we call walk_out with nrec recursions to go
 385                      * after this first call.
 386                      */
 387                     walk_out(con, con_offset, b_mol, offset, nrec,
 388                              ia1, ia2, at2con,
 389                              ga2la, TRUE, dc, dcc, ilc_local, ireq);
 390                 }
 391             }
 392         }
 393     }
 394
 395     GMX_ASSERT(dc->con_gl.size() == static_cast<size_t>(dc->ncon), "con_gl size should match the number of constraints");
 396     GMX_ASSERT(dc->con_nlocat.size() == static_cast<size_t>(dc->ncon), "con_nlocat size should match the number of constraints");
 397
 398     if (debug)
 399     {
 400         fprintf(debug,
 401                 "Constraints: home %3d border %3d atoms: %3zu\n",
 402                 nhome, dc->ncon-nhome,
 403                 dd->constraint_comm ? ireq->size() : 0);
 404     }
 405 }
 406
 407 int dd_make_local_constraints(gmx_domdec_t *dd, int at_start,
 408                               const struct gmx_mtop_t *mtop,
 409                               const int *cginfo,
 410                               gmx::Constraints *constr, int nrec,
 411                               t_ilist *il_local)
 412 {
 413     gmx_domdec_constraints_t     *dc;
 414     t_ilist                      *ilc_local, *ils_local;
 415     std::vector<int>             *ireq;
 416     gmx::ArrayRef<const t_blocka> at2con_mt;
 417     gmx::HashedMap<int>          *ga2la_specat;
 418     int at_end, i, j;
 419     t_iatom                      *iap;
 420
 421     // This code should not be called unless this condition is true,
 422     // because that's the only time init_domdec_constraints is
 423     // called...
 424     GMX_RELEASE_ASSERT(dd->splitConstraints || dd->splitSettles, "dd_make_local_constraints called when there are no local constraints");
 425     // ... and init_domdec_constraints always sets
 426     // dd->constraint_comm...
 427     GMX_RELEASE_ASSERT(dd->constraint_comm, "Invalid use of dd_make_local_constraints before construction of constraint_comm");
 428     // ... which static analysis needs to be reassured about, because
 429     // otherwise, when dd->splitSettles is
 430     // true. dd->constraint_comm is unilaterally dereferenced before
 431     // the call to atoms_to_settles.
 432
 433     dc = dd->constraints;
 434
 435     ilc_local = &il_local[F_CONSTR];
 436     ils_local = &il_local[F_SETTLE];
 437
 438     dc->ncon      = 0;
 439     ilc_local->nr = 0;
 440     if (dd->constraint_comm)
 441     {
 442         // TODO Perhaps gmx_domdec_constraints_t should keep a valid constr?
 443         GMX_RELEASE_ASSERT(constr != nullptr, "Must have valid constraints object");
 444         at2con_mt = constr->atom2constraints_moltype();
 445         ireq      = &dc->requestedGlobalAtomIndices[0];
 446         ireq->clear();
 447     }
 448     else
 449     {
 450         // Currently unreachable
 451         at2con_mt = {};
 452         ireq      = nullptr;
 453     }
 454
 455     gmx::ArrayRef < const std::vector < int>> at2settle_mt;
 456     /* When settle works inside charge groups, we assigned them already */
 457     if (dd->splitSettles)
 458     {
 459         // TODO Perhaps gmx_domdec_constraints_t should keep a valid constr?
 460         GMX_RELEASE_ASSERT(constr != nullptr, "Must have valid constraints object");
 461         at2settle_mt  = constr->atom2settle_moltype();
 462         ils_local->nr = 0;
 463     }
 464
 465     if (at2settle_mt.empty())
 466     {
 467         atoms_to_constraints(dd, mtop, cginfo, at2con_mt, nrec,
 468                              ilc_local, ireq);
 469     }
 470     else
 471     {
 472         int t0_set;
 473
 474         /* Do the constraints, if present, on the first thread.
 475          * Do the settles on all other threads.
 476          */
 477         t0_set = ((!at2con_mt.empty() && dc->nthread > 1) ? 1 : 0);
 478
 479 #pragma omp parallel for num_threads(dc->nthread) schedule(static)
 480         for (int thread = 0; thread < dc->nthread; thread++)
 481         {
 482             try
 483             {
 484                 if (!at2con_mt.empty() && thread == 0)
 485                 {
 486                     atoms_to_constraints(dd, mtop, cginfo, at2con_mt, nrec,
 487                                          ilc_local, ireq);
 488                 }
 489
 490                 if (thread >= t0_set)
 491                 {
 492                     int        cg0, cg1;
 493                     t_ilist   *ilst;
 494
 495                     /* Distribute the settle check+assignments over
 496                      * dc->nthread or dc->nthread-1 threads.
 497                      */
 498                     cg0 = (dd->ncg_home*(thread-t0_set  ))/(dc->nthread-t0_set);
 499                     cg1 = (dd->ncg_home*(thread-t0_set+1))/(dc->nthread-t0_set);
 500
 501                     if (thread == t0_set)
 502                     {
 503                         ilst = ils_local;
 504                     }
 505                     else
 506                     {
 507                         ilst = &dc->ils[thread];
 508                     }
 509                     ilst->nr = 0;
 510
 511                     std::vector<int> &ireqt = dc->requestedGlobalAtomIndices[thread];
 512                     if (thread > 0)
 513                     {
 514                         ireqt.clear();
 515                     }
 516
 517                     atoms_to_settles(dd, mtop, cginfo, at2settle_mt,
 518                                      cg0, cg1,
 519                                      ilst, &ireqt);
 520                 }
 521             }
 522             GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR;
 523         }
 524
 525         /* Combine the generate settles and requested indices */
 526         for (int thread = 1; thread < dc->nthread; thread++)
 527         {
 528             t_ilist   *ilst;
 529             int        ia;
 530
 531             if (thread > t0_set)
 532             {
 533                 ilst = &dc->ils[thread];
 534                 if (ils_local->nr + ilst->nr > ils_local->nalloc)
 535                 {
 536                     ils_local->nalloc = over_alloc_large(ils_local->nr + ilst->nr);
 537                     srenew(ils_local->iatoms, ils_local->nalloc);
 538                 }
 539                 for (ia = 0; ia < ilst->nr; ia++)
 540                 {
 541                     ils_local->iatoms[ils_local->nr+ia] = ilst->iatoms[ia];
 542                 }
 543                 ils_local->nr += ilst->nr;
 544             }
 545
 546             const std::vector<int> &ireqt = dc->requestedGlobalAtomIndices[thread];
 547             ireq->insert(ireq->end(), ireqt.begin(), ireqt.end());
 548         }
 549
 550         if (debug)
 551         {
 552             fprintf(debug, "Settles: total %3d\n", ils_local->nr/4);
 553         }
 554     }
 555
 556     if (dd->constraint_comm)
 557     {
 558         int nral1;
 559
 560         at_end =
 561             setup_specat_communication(dd, ireq, dd->constraint_comm,
 562                                        dd->constraints->ga2la.get(),
 563                                        at_start, 2,
 564                                        "constraint", " or lincs-order");
 565
 566         /* Fill in the missing indices */
 567         ga2la_specat = dd->constraints->ga2la.get();
 568
 569         nral1 = 1 + NRAL(F_CONSTR);
 570         for (i = 0; i < ilc_local->nr; i += nral1)
 571         {
 572             iap = ilc_local->iatoms + i;
 573             for (j = 1; j < nral1; j++)
 574             {
 575                 if (iap[j] < 0)
 576                 {
 577                     const int *a = ga2la_specat->find(-iap[j] - 1);
 578                     GMX_ASSERT(a, "We have checked before that this atom index has been set");
 579                     iap[j] = *a;
 580                 }
 581             }
 582         }
 583
 584         nral1 = 1 + NRAL(F_SETTLE);
 585         for (i = 0; i < ils_local->nr; i += nral1)
 586         {
 587             iap = ils_local->iatoms + i;
 588             for (j = 1; j < nral1; j++)
 589             {
 590                 if (iap[j] < 0)
 591                 {
 592                     const int *a = ga2la_specat->find(-iap[j] - 1);
 593                     GMX_ASSERT(a, "We have checked before that this atom index has been set");
 594                     iap[j] = *a;
 595                 }
 596             }
 597         }
 598     }
 599     else
 600     {
 601         // Currently unreachable
 602         at_end = at_start;
 603     }
 604
 605     return at_end;
 606 }
 607
 608 void init_domdec_constraints(gmx_domdec_t     *dd,
 609                              const gmx_mtop_t *mtop)
 610 {
 611     gmx_domdec_constraints_t *dc;
 612     const gmx_molblock_t     *molb;
 613
 614     if (debug)
 615     {
 616         fprintf(debug, "Begin init_domdec_constraints\n");
 617     }
 618
 619     dd->constraints = new gmx_domdec_constraints_t;
 620     dc              = dd->constraints;
 621
 622     dc->molb_con_offset.resize(mtop->molblock.size());
 623     dc->molb_ncon_mol.resize(mtop->molblock.size());
 624
 625     int ncon = 0;
 626     for (size_t mb = 0; mb < mtop->molblock.size(); mb++)
 627     {
 628         molb                    = &mtop->molblock[mb];
 629         dc->molb_con_offset[mb] = ncon;
 630         dc->molb_ncon_mol[mb]   =
 631             mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTR].size()/3 +
 632             mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTRNC].size()/3;
 633         ncon += molb->nmol*dc->molb_ncon_mol[mb];
 634     }
 635
 636     if (ncon > 0)
 637     {
 638         dc->gc_req.resize(ncon);
 639     }
 640
 641     /* Use a hash table for the global to local index.
 642      * The number of keys is a rough estimate, it will be optimized later.
 643      */
 644     int numKeysEstimate = std::min(mtop->natoms/20,
 645                                    mtop->natoms/(2*dd->nnodes));
 646     dc->ga2la = std::make_unique < gmx::HashedMap < int>>(numKeysEstimate);
 647
 648     dc->nthread = gmx_omp_nthreads_get(emntDomdec);
 649     dc->ils.resize(dc->nthread);
 650
 651     dd->constraint_comm = new gmx_domdec_specat_comm_t;
 652
 653     dc->requestedGlobalAtomIndices.resize(dc->nthread);
 654 }