src/gromacs/domdec/domdec_constraints.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2006,2007,2008,2009,2010 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016 by the GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2017,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 /*! \internal \file
  39  *
  40  * \brief This file implements functions for domdec to use
  41  * while managing inter-atomic constraints.
  42  *
  43  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  44  * \ingroup module_domdec
  45  */
  46
  47 #include "gmxpre.h"
  48
  49 #include "domdec_constraints.h"
  50
  51 #include <cassert>
  52
  53 #include <algorithm>
  54 #include <memory>
  55
  56 #include "gromacs/domdec/dlbtiming.h"
  57 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  58 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  59 #include "gromacs/domdec/ga2la.h"
  60 #include "gromacs/domdec/hashedmap.h"
  61 #include "gromacs/math/vec.h"
  62 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  63 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  64 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  65 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h" // only for GET_CGINFO_*
  66 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  67 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  68 #include "gromacs/topology/mtop_lookup.h"
  69 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  70 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  71 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  72 #include "gromacs/utility/listoflists.h"
  73
  74 #include "domdec_internal.h"
  75 #include "domdec_specatomcomm.h"
  76
  77 using gmx::ListOfLists;
  78
  79 /*! \brief Struct used during constraint setup with domain decomposition */
  80 struct gmx_domdec_constraints_t
  81 {
  82     //! @cond Doxygen_Suppress
  83     std::vector<int> molb_con_offset; /**< Offset in the constraint array for each molblock */
  84     std::vector<int> molb_ncon_mol; /**< The number of constraints per molecule for each molblock */
  85
  86     int ncon; /**< The fully local and conneced constraints */
  87     /* The global constraint number, only required for clearing gc_req */
  88     std::vector<int> con_gl;     /**< Global constraint indices for local constraints */
  89     std::vector<int> con_nlocat; /**< Number of local atoms (2/1/0) for each constraint */
  90
  91     std::vector<bool> gc_req; /**< Boolean that tells if a global constraint index has been requested; note: size global #constraints */
  92
  93     /* Hash table for keeping track of requests */
  94     std::unique_ptr<gmx::HashedMap<int>> ga2la; /**< Global to local communicated constraint atom only index */
  95
  96     /* Multi-threading stuff */
  97     int                          nthread; /**< Number of threads used for DD constraint setup */
  98     std::vector<InteractionList> ils;     /**< Constraint ilist working arrays, size \p nthread */
  99
 100     /* Buffers for requesting atoms */
 101     std::vector<std::vector<int>> requestedGlobalAtomIndices; /**< Buffers for requesting global atom indices, one per thread */
 102
 103     //! @endcond
 104 };
 105
 106 void dd_move_x_constraints(gmx_domdec_t*            dd,
 107                            const matrix             box,
 108                            gmx::ArrayRef<gmx::RVec> x0,
 109                            gmx::ArrayRef<gmx::RVec> x1,
 110                            gmx_bool                 bX1IsCoord)
 111 {
 112     if (dd->constraint_comm)
 113     {
 114         dd_move_x_specat(
 115                 dd, dd->constraint_comm, box, as_rvec_array(x0.data()), as_rvec_array(x1.data()), bX1IsCoord);
 116
 117         ddReopenBalanceRegionCpu(dd);
 118     }
 119 }
 120
 121 gmx::ArrayRef<const int> dd_constraints_nlocalatoms(const gmx_domdec_t* dd)
 122 {
 123     if (dd && dd->constraints)
 124     {
 125         return dd->constraints->con_nlocat;
 126     }
 127     else
 128     {
 129         return {};
 130     }
 131 }
 132
 133 void dd_clear_local_constraint_indices(gmx_domdec_t* dd)
 134 {
 135     gmx_domdec_constraints_t* dc = dd->constraints;
 136
 137     std::fill(dc->gc_req.begin(), dc->gc_req.end(), false);
 138
 139     if (dd->constraint_comm)
 140     {
 141         dc->ga2la->clear();
 142     }
 143 }
 144
 145 /*! \brief Walks over the constraints out from the local atoms into the non-local atoms and adds them to a list */
 146 static void walk_out(int                       con,
 147                      int                       con_offset,
 148                      int                       a,
 149                      int                       offset,
 150                      int                       nrec,
 151                      gmx::ArrayRef<const int>  ia1,
 152                      gmx::ArrayRef<const int>  ia2,
 153                      const ListOfLists<int>&   at2con,
 154                      const gmx_ga2la_t&        ga2la,
 155                      gmx_bool                  bHomeConnect,
 156                      gmx_domdec_constraints_t* dc,
 157                      gmx_domdec_specat_comm_t* dcc,
 158                      InteractionList*          il_local,
 159                      std::vector<int>*         ireq)
 160 {
 161     if (!dc->gc_req[con_offset + con])
 162     {
 163         /* Add this non-home constraint to the list */
 164         dc->con_gl.push_back(con_offset + con);
 165         dc->con_nlocat.push_back(bHomeConnect ? 1 : 0);
 166         dc->gc_req[con_offset + con]     = true;
 167         const int*         iap           = constr_iatomptr(ia1, ia2, con);
 168         const int          parameterType = iap[0];
 169         const int          a1_gl         = offset + iap[1];
 170         const int          a2_gl         = offset + iap[2];
 171         std::array<int, 2> atoms;
 172         /* The following indexing code can probably be optizimed */
 173         if (const int* a_loc = ga2la.findHome(a1_gl))
 174         {
 175             atoms[0] = *a_loc;
 176         }
 177         else
 178         {
 179             /* We set this index later */
 180             atoms[0] = -a1_gl - 1;
 181         }
 182         if (const int* a_loc = ga2la.findHome(a2_gl))
 183         {
 184             atoms[1] = *a_loc;
 185         }
 186         else
 187         {
 188             /* We set this index later */
 189             atoms[1] = -a2_gl - 1;
 190         }
 191         il_local->push_back(parameterType, atoms);
 192         dc->ncon++;
 193     }
 194     /* Check to not ask for the same atom more than once */
 195     if (!dc->ga2la->find(offset + a))
 196     {
 197         assert(dcc);
 198         /* Add this non-home atom to the list */
 199         ireq->push_back(offset + a);
 200         /* Temporarily mark with -2, we get the index later */
 201         dc->ga2la->insert(offset + a, -2);
 202     }
 203
 204     if (nrec > 0)
 205     {
 206         /* Loop over the constraint connected to atom a */
 207         for (const int coni : at2con[a])
 208         {
 209             if (coni != con)
 210             {
 211                 /* Walk further */
 212                 const int* iap = constr_iatomptr(ia1, ia2, coni);
 213                 int        b;
 214                 if (a == iap[1])
 215                 {
 216                     b = iap[2];
 217                 }
 218                 else
 219                 {
 220                     b = iap[1];
 221                 }
 222                 if (!ga2la.findHome(offset + b))
 223                 {
 224                     walk_out(coni, con_offset, b, offset, nrec - 1, ia1, ia2, at2con, ga2la, FALSE, dc, dcc, il_local, ireq);
 225                 }
 226             }
 227         }
 228     }
 229 }
 230
 231 /*! \brief Looks up SETTLE constraints for a range of charge-groups */
 232 static void atoms_to_settles(gmx_domdec_t*                         dd,
 233                              const gmx_mtop_t*                     mtop,
 234                              const int*                            cginfo,
 235                              gmx::ArrayRef<const std::vector<int>> at2settle_mt,
 236                              int                                   cg_start,
 237                              int                                   cg_end,
 238                              InteractionList*                      ils_local,
 239                              std::vector<int>*                     ireq)
 240 {
 241     const gmx_ga2la_t& ga2la = *dd->ga2la;
 242     int                nral  = NRAL(F_SETTLE);
 243
 244     int mb = 0;
 245     for (int a = cg_start; a < cg_end; a++)
 246     {
 247         if (GET_CGINFO_SETTLE(cginfo[a]))
 248         {
 249             int a_gl = dd->globalAtomIndices[a];
 250             int a_mol;
 251             mtopGetMolblockIndex(mtop, a_gl, &mb, nullptr, &a_mol);
 252
 253             const gmx_molblock_t* molb   = &mtop->molblock[mb];
 254             int                   settle = at2settle_mt[molb->type][a_mol];
 255
 256             if (settle >= 0)
 257             {
 258                 int offset = a_gl - a_mol;
 259
 260                 const int* ia1 = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_SETTLE].iatoms.data();
 261
 262                 int      a_gls[3];
 263                 gmx_bool bAssign = FALSE;
 264                 int      nlocal  = 0;
 265                 for (int sa = 0; sa < nral; sa++)
 266                 {
 267                     int a_glsa = offset + ia1[settle * (1 + nral) + 1 + sa];
 268                     a_gls[sa]  = a_glsa;
 269                     if (ga2la.findHome(a_glsa))
 270                     {
 271                         if (nlocal == 0 && a_gl == a_glsa)
 272                         {
 273                             bAssign = TRUE;
 274                         }
 275                         nlocal++;
 276                     }
 277                 }
 278
 279                 if (bAssign)
 280                 {
 281                     const int          parameterType = ia1[settle * 4];
 282                     std::array<int, 3> atoms;
 283                     for (int sa = 0; sa < nral; sa++)
 284                     {
 285                         if (const int* a_loc = ga2la.findHome(a_gls[sa]))
 286                         {
 287                             atoms[sa] = *a_loc;
 288                         }
 289                         else
 290                         {
 291                             atoms[sa] = -a_gls[sa] - 1;
 292                             /* Add this non-home atom to the list */
 293                             ireq->push_back(a_gls[sa]);
 294                             /* A check on double atom requests is
 295                              * not required for settle.
 296                              */
 297                         }
 298                     }
 299                     ils_local->push_back(parameterType, atoms);
 300                 }
 301             }
 302         }
 303     }
 304 }
 305
 306 /*! \brief Looks up constraint for the local atoms */
 307 static void atoms_to_constraints(gmx_domdec_t*                         dd,
 308                                  const gmx_mtop_t*                     mtop,
 309                                  const int*                            cginfo,
 310                                  gmx::ArrayRef<const ListOfLists<int>> at2con_mt,
 311                                  int                                   nrec,
 312                                  InteractionList*                      ilc_local,
 313                                  std::vector<int>*                     ireq)
 314 {
 315     gmx_domdec_constraints_t* dc  = dd->constraints;
 316     gmx_domdec_specat_comm_t* dcc = dd->constraint_comm;
 317
 318     const gmx_ga2la_t& ga2la = *dd->ga2la;
 319
 320     dc->con_gl.clear();
 321     dc->con_nlocat.clear();
 322
 323     int mb    = 0;
 324     int nhome = 0;
 325     for (int a = 0; a < dd->ncg_home; a++)
 326     {
 327         if (GET_CGINFO_CONSTR(cginfo[a]))
 328         {
 329             int a_gl = dd->globalAtomIndices[a];
 330             int molnr, a_mol;
 331             mtopGetMolblockIndex(mtop, a_gl, &mb, &molnr, &a_mol);
 332
 333             const gmx_molblock_t& molb = mtop->molblock[mb];
 334
 335             gmx::ArrayRef<const int> ia1 = mtop->moltype[molb.type].ilist[F_CONSTR].iatoms;
 336             gmx::ArrayRef<const int> ia2 = mtop->moltype[molb.type].ilist[F_CONSTRNC].iatoms;
 337
 338             /* Calculate the global constraint number offset for the molecule.
 339              * This is only required for the global index to make sure
 340              * that we use each constraint only once.
 341              */
 342             const int con_offset = dc->molb_con_offset[mb] + molnr * dc->molb_ncon_mol[mb];
 343
 344             /* The global atom number offset for this molecule */
 345             const int offset = a_gl - a_mol;
 346             /* Loop over the constraints connected to atom a_mol in the molecule */
 347             const auto& at2con = at2con_mt[molb.type];
 348             for (const int con : at2con[a_mol])
 349             {
 350                 const int* iap = constr_iatomptr(ia1, ia2, con);
 351                 int        b_mol;
 352                 if (a_mol == iap[1])
 353                 {
 354                     b_mol = iap[2];
 355                 }
 356                 else
 357                 {
 358                     b_mol = iap[1];
 359                 }
 360                 if (const int* a_loc = ga2la.findHome(offset + b_mol))
 361                 {
 362                     /* Add this fully home constraint at the first atom */
 363                     if (a_mol < b_mol)
 364                     {
 365                         dc->con_gl.push_back(con_offset + con);
 366                         dc->con_nlocat.push_back(2);
 367                         const int          b_lo          = *a_loc;
 368                         const int          parameterType = iap[0];
 369                         std::array<int, 2> atoms;
 370                         atoms[0] = (a_gl == iap[1] ? a : b_lo);
 371                         atoms[1] = (a_gl == iap[1] ? b_lo : a);
 372                         ilc_local->push_back(parameterType, atoms);
 373                         dc->ncon++;
 374                         nhome++;
 375                     }
 376                 }
 377                 else
 378                 {
 379                     /* We need the nrec constraints coupled to this constraint,
 380                      * so we need to walk out of the home cell by nrec+1 atoms,
 381                      * since already atom bg is not locally present.
 382                      * Therefore we call walk_out with nrec recursions to go
 383                      * after this first call.
 384                      */
 385                     walk_out(con, con_offset, b_mol, offset, nrec, ia1, ia2, at2con, ga2la, TRUE, dc, dcc, ilc_local, ireq);
 386                 }
 387             }
 388         }
 389     }
 390
 391     GMX_ASSERT(dc->con_gl.size() == static_cast<size_t>(dc->ncon),
 392                "con_gl size should match the number of constraints");
 393     GMX_ASSERT(dc->con_nlocat.size() == static_cast<size_t>(dc->ncon),
 394                "con_nlocat size should match the number of constraints");
 395
 396     if (debug)
 397     {
 398         fprintf(debug,
 399                 "Constraints: home %3d border %3d atoms: %3zu\n",
 400                 nhome,
 401                 dc->ncon - nhome,
 402                 dd->constraint_comm ? ireq->size() : 0);
 403     }
 404 }
 405
 406 int dd_make_local_constraints(gmx_domdec_t*                  dd,
 407                               int                            at_start,
 408                               const struct gmx_mtop_t*       mtop,
 409                               const int*                     cginfo,
 410                               gmx::Constraints*              constr,
 411                               int                            nrec,
 412                               gmx::ArrayRef<InteractionList> il_local)
 413 {
 414     gmx_domdec_constraints_t* dc;
 415     InteractionList *         ilc_local, *ils_local;
 416     gmx::HashedMap<int>*      ga2la_specat;
 417     int                       at_end, i, j;
 418
 419     // This code should not be called unless this condition is true,
 420     // because that's the only time init_domdec_constraints is
 421     // called...
 422     GMX_RELEASE_ASSERT(dd->comm->systemInfo.haveSplitConstraints || dd->comm->systemInfo.haveSplitSettles,
 423                        "dd_make_local_constraints called when there are no local constraints");
 424     // ... and init_domdec_constraints always sets
 425     // dd->constraint_comm...
 426     GMX_RELEASE_ASSERT(
 427             dd->constraint_comm,
 428             "Invalid use of dd_make_local_constraints before construction of constraint_comm");
 429     // ... which static analysis needs to be reassured about, because
 430     // otherwise, when dd->splitSettles is
 431     // true. dd->constraint_comm is unilaterally dereferenced before
 432     // the call to atoms_to_settles.
 433
 434     dc = dd->constraints;
 435
 436     ilc_local = &il_local[F_CONSTR];
 437     ils_local = &il_local[F_SETTLE];
 438
 439     dc->ncon = 0;
 440     gmx::ArrayRef<const ListOfLists<int>> at2con_mt;
 441     std::vector<int>*                     ireq = nullptr;
 442     ilc_local->clear();
 443     if (dd->constraint_comm)
 444     {
 445         // TODO Perhaps gmx_domdec_constraints_t should keep a valid constr?
 446         GMX_RELEASE_ASSERT(constr != nullptr, "Must have valid constraints object");
 447         at2con_mt = constr->atom2constraints_moltype();
 448         ireq      = &dc->requestedGlobalAtomIndices[0];
 449         ireq->clear();
 450     }
 451
 452     gmx::ArrayRef<const std::vector<int>> at2settle_mt;
 453     /* When settle works inside charge groups, we assigned them already */
 454     if (dd->comm->systemInfo.haveSplitSettles)
 455     {
 456         // TODO Perhaps gmx_domdec_constraints_t should keep a valid constr?
 457         GMX_RELEASE_ASSERT(constr != nullptr, "Must have valid constraints object");
 458         at2settle_mt = constr->atom2settle_moltype();
 459         ils_local->clear();
 460     }
 461
 462     if (at2settle_mt.empty())
 463     {
 464         atoms_to_constraints(dd, mtop, cginfo, at2con_mt, nrec, ilc_local, ireq);
 465     }
 466     else
 467     {
 468         int t0_set;
 469
 470         /* Do the constraints, if present, on the first thread.
 471          * Do the settles on all other threads.
 472          */
 473         t0_set = ((!at2con_mt.empty() && dc->nthread > 1) ? 1 : 0);
 474
 475 #pragma omp parallel for num_threads(dc->nthread) schedule(static)
 476         for (int thread = 0; thread < dc->nthread; thread++)
 477         {
 478             try
 479             {
 480                 if (!at2con_mt.empty() && thread == 0)
 481                 {
 482                     atoms_to_constraints(dd, mtop, cginfo, at2con_mt, nrec, ilc_local, ireq);
 483                 }
 484
 485                 if (thread >= t0_set)
 486                 {
 487                     int              cg0, cg1;
 488                     InteractionList* ilst;
 489
 490                     /* Distribute the settle check+assignments over
 491                      * dc->nthread or dc->nthread-1 threads.
 492                      */
 493                     cg0 = (dd->ncg_home * (thread - t0_set)) / (dc->nthread - t0_set);
 494                     cg1 = (dd->ncg_home * (thread - t0_set + 1)) / (dc->nthread - t0_set);
 495
 496                     if (thread == t0_set)
 497                     {
 498                         ilst = ils_local;
 499                     }
 500                     else
 501                     {
 502                         ilst = &dc->ils[thread];
 503                     }
 504                     ilst->clear();
 505
 506                     std::vector<int>& ireqt = dc->requestedGlobalAtomIndices[thread];
 507                     if (thread > 0)
 508                     {
 509                         ireqt.clear();
 510                     }
 511
 512                     atoms_to_settles(dd, mtop, cginfo, at2settle_mt, cg0, cg1, ilst, &ireqt);
 513                 }
 514             }
 515             GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR
 516         }
 517
 518         /* Combine the generate settles and requested indices */
 519         for (int thread = 1; thread < dc->nthread; thread++)
 520         {
 521             if (thread > t0_set)
 522             {
 523                 ils_local->append(dc->ils[thread]);
 524             }
 525
 526             const std::vector<int>& ireqt = dc->requestedGlobalAtomIndices[thread];
 527             ireq->insert(ireq->end(), ireqt.begin(), ireqt.end());
 528         }
 529
 530         if (debug)
 531         {
 532             fprintf(debug, "Settles: total %3d\n", ils_local->size() / 4);
 533         }
 534     }
 535
 536     if (dd->constraint_comm)
 537     {
 538         int nral1;
 539
 540         at_end = setup_specat_communication(dd,
 541                                             ireq,
 542                                             dd->constraint_comm,
 543                                             dd->constraints->ga2la.get(),
 544                                             at_start,
 545                                             2,
 546                                             "constraint",
 547                                             " or lincs-order");
 548
 549         /* Fill in the missing indices */
 550         ga2la_specat = dd->constraints->ga2la.get();
 551
 552         nral1 = 1 + NRAL(F_CONSTR);
 553         for (i = 0; i < ilc_local->size(); i += nral1)
 554         {
 555             int* iap = ilc_local->iatoms.data() + i;
 556             for (j = 1; j < nral1; j++)
 557             {
 558                 if (iap[j] < 0)
 559                 {
 560                     const int* a = ga2la_specat->find(-iap[j] - 1);
 561                     GMX_ASSERT(a, "We have checked before that this atom index has been set");
 562                     iap[j] = *a;
 563                 }
 564             }
 565         }
 566
 567         nral1 = 1 + NRAL(F_SETTLE);
 568         for (i = 0; i < ils_local->size(); i += nral1)
 569         {
 570             int* iap = ils_local->iatoms.data() + i;
 571             for (j = 1; j < nral1; j++)
 572             {
 573                 if (iap[j] < 0)
 574                 {
 575                     const int* a = ga2la_specat->find(-iap[j] - 1);
 576                     GMX_ASSERT(a, "We have checked before that this atom index has been set");
 577                     iap[j] = *a;
 578                 }
 579             }
 580         }
 581     }
 582     else
 583     {
 584         // Currently unreachable
 585         at_end = at_start;
 586     }
 587
 588     return at_end;
 589 }
 590
 591 void init_domdec_constraints(gmx_domdec_t* dd, const gmx_mtop_t* mtop)
 592 {
 593     gmx_domdec_constraints_t* dc;
 594     const gmx_molblock_t*     molb;
 595
 596     if (debug)
 597     {
 598         fprintf(debug, "Begin init_domdec_constraints\n");
 599     }
 600
 601     dd->constraints = new gmx_domdec_constraints_t;
 602     dc              = dd->constraints;
 603
 604     dc->molb_con_offset.resize(mtop->molblock.size());
 605     dc->molb_ncon_mol.resize(mtop->molblock.size());
 606
 607     int ncon = 0;
 608     for (size_t mb = 0; mb < mtop->molblock.size(); mb++)
 609     {
 610         molb                    = &mtop->molblock[mb];
 611         dc->molb_con_offset[mb] = ncon;
 612         dc->molb_ncon_mol[mb]   = mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTR].size() / 3
 613                                 + mtop->moltype[molb->type].ilist[F_CONSTRNC].size() / 3;
 614         ncon += molb->nmol * dc->molb_ncon_mol[mb];
 615     }
 616
 617     if (ncon > 0)
 618     {
 619         dc->gc_req.resize(ncon);
 620     }
 621
 622     /* Use a hash table for the global to local index.
 623      * The number of keys is a rough estimate, it will be optimized later.
 624      */
 625     int numKeysEstimate = std::min(mtop->natoms / 20, mtop->natoms / (2 * dd->nnodes));
 626     dc->ga2la           = std::make_unique<gmx::HashedMap<int>>(numKeysEstimate);
 627
 628     dc->nthread = gmx_omp_nthreads_get(emntDomdec);
 629     dc->ils.resize(dc->nthread);
 630
 631     dd->constraint_comm = new gmx_domdec_specat_comm_t;
 632
 633     dc->requestedGlobalAtomIndices.resize(dc->nthread);
 634 }