src/gromacs/domdec/box.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2009,2010,2014,2015,2017 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36
  37 /*! \internal \file
  38  *
  39  * \brief This file defines functions used by the domdec module
  40  * for (bounding) box and pbc information generation.
  41  *
  42  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  43  * \ingroup module_domdec
  44  */
  45
  46 #include "gmxpre.h"
  47
  48 #include "box.h"
  49
  50 #include "config.h"
  51
  52 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  53 #include "gromacs/domdec/domdec_network.h"
  54 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  55 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  56 #include "gromacs/math/functions.h"
  57 #include "gromacs/math/vec.h"
  58 #include "gromacs/mdlib/nsgrid.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  61 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  62 #include "gromacs/topology/block.h"
  63 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  64 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  65
  66 #include "domdec_internal.h"
  67
  68 /*! \brief Calculates the average and standard deviation in 3D of atoms */
  69 static void calc_pos_av_stddev(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x, rvec av, rvec stddev, const MPI_Comm* mpiCommunicator)
  70 {
  71     dvec s1, s2;
  72
  73     clear_dvec(s1);
  74     clear_dvec(s2);
  75
  76     for (const gmx::RVec& coord : x)
  77     {
  78         for (int d = 0; d < DIM; d++)
  79         {
  80             s1[d] += coord[d];
  81             s2[d] += coord[d] * coord[d];
  82         }
  83     }
  84
  85     /* With mpiCommunicator != nullptr, x.size() is the home atom count */
  86     int numAtoms = x.size();
  87 #if GMX_MPI
  88     if (mpiCommunicator)
  89     {
  90         constexpr int c_bufSize = 7;
  91         double        sendBuffer[c_bufSize];
  92         double        receiveBuffer[c_bufSize];
  93
  94         for (int d = 0; d < DIM; d++)
  95         {
  96             sendBuffer[d]       = s1[d];
  97             sendBuffer[DIM + d] = s2[d];
  98         }
  99         sendBuffer[6] = numAtoms;
 100
 101         MPI_Allreduce(sendBuffer, receiveBuffer, c_bufSize, MPI_DOUBLE, MPI_SUM, *mpiCommunicator);
 102
 103         for (int d = 0; d < DIM; d++)
 104         {
 105             s1[d] = receiveBuffer[d];
 106             s2[d] = receiveBuffer[DIM + d];
 107         }
 108         numAtoms = gmx::roundToInt(receiveBuffer[6]);
 109     }
 110 #else  // GMX_MPI
 111     GMX_UNUSED_VALUE(mpiCommunicator);
 112 #endif // GMX_MPI
 113
 114     dsvmul(1.0 / numAtoms, s1, s1);
 115     dsvmul(1.0 / numAtoms, s2, s2);
 116
 117     for (int d = 0; d < DIM; d++)
 118     {
 119         av[d]     = s1[d];
 120         stddev[d] = std::sqrt(s2[d] - s1[d] * s1[d]);
 121     }
 122 }
 123
 124 /*! \brief Determines if dimensions require triclinic treatment and stores this info in ddbox */
 125 static void set_tric_dir(const ivec* dd_nc, gmx_ddbox_t* ddbox, const matrix box)
 126 {
 127     int   npbcdim, d, i, j;
 128     rvec *v, *normal;
 129     real  dep, inv_skew_fac2;
 130
 131     npbcdim = ddbox->npbcdim;
 132     normal  = ddbox->normal;
 133     for (d = 0; d < DIM; d++)
 134     {
 135         ddbox->tric_dir[d] = 0;
 136         for (j = d + 1; j < npbcdim; j++)
 137         {
 138             if (box[j][d] != 0)
 139             {
 140                 ddbox->tric_dir[d] = 1;
 141                 if (dd_nc != nullptr && (*dd_nc)[j] > 1 && (*dd_nc)[d] == 1)
 142                 {
 143                     gmx_fatal(FARGS,
 144                               "Domain decomposition has not been implemented for box vectors that "
 145                               "have non-zero components in directions that do not use domain "
 146                               "decomposition: ncells = %d %d %d, box vector[%d] = %f %f %f",
 147                               (*dd_nc)[XX], (*dd_nc)[YY], (*dd_nc)[ZZ], j + 1, box[j][XX],
 148                               box[j][YY], box[j][ZZ]);
 149                 }
 150             }
 151         }
 152
 153         /* Construct vectors v for dimension d that are perpendicular
 154          * to the triclinic plane of dimension d. Each vector v[i] has
 155          * v[i][i]=1 and v[i][d]!=0 for triclinic dimensions, while the third
 156          * component is zero. These are used for computing the distance
 157          * to a triclinic plane given the distance along dimension d.
 158          * Set the trilinic skewing factor that translates
 159          * the thickness of a slab perpendicular to this dimension
 160          * into the real thickness of the slab.
 161          */
 162         if (ddbox->tric_dir[d])
 163         {
 164             inv_skew_fac2 = 1;
 165             v             = ddbox->v[d];
 166             if (d == XX || d == YY)
 167             {
 168                 /* Normalize such that the "diagonal" is 1 */
 169                 svmul(1 / box[d + 1][d + 1], box[d + 1], v[d + 1]);
 170                 for (i = 0; i < d; i++)
 171                 {
 172                     v[d + 1][i] = 0;
 173                 }
 174                 inv_skew_fac2 += gmx::square(v[d + 1][d]);
 175                 if (d == XX)
 176                 {
 177                     /* Normalize such that the "diagonal" is 1 */
 178                     svmul(1 / box[d + 2][d + 2], box[d + 2], v[d + 2]);
 179                     /* Set v[d+2][d+1] to zero by shifting along v[d+1] */
 180                     dep = v[d + 2][d + 1] / v[d + 1][d + 1];
 181                     for (i = 0; i < DIM; i++)
 182                     {
 183                         v[d + 2][i] -= dep * v[d + 1][i];
 184                     }
 185                     inv_skew_fac2 += gmx::square(v[d + 2][d]);
 186
 187                     cprod(v[d + 1], v[d + 2], normal[d]);
 188                 }
 189                 else
 190                 {
 191                     /* cross product with (1,0,0) */
 192                     normal[d][XX] = 0;
 193                     normal[d][YY] = v[d + 1][ZZ];
 194                     normal[d][ZZ] = -v[d + 1][YY];
 195                 }
 196                 if (debug)
 197                 {
 198                     fprintf(debug, "box[%d]  %.3f %.3f %.3f\n", d, box[d][XX], box[d][YY], box[d][ZZ]);
 199                     for (i = d + 1; i < DIM; i++)
 200                     {
 201                         fprintf(debug, "  v[%d]  %.3f %.3f %.3f\n", i, v[i][XX], v[i][YY], v[i][ZZ]);
 202                     }
 203                 }
 204             }
 205             ddbox->skew_fac[d] = 1.0 / std::sqrt(inv_skew_fac2);
 206             /* Set the normal vector length to skew_fac */
 207             dep = ddbox->skew_fac[d] / norm(normal[d]);
 208             svmul(dep, normal[d], normal[d]);
 209
 210             if (debug)
 211             {
 212                 fprintf(debug, "skew_fac[%d] = %f\n", d, ddbox->skew_fac[d]);
 213                 fprintf(debug, "normal[%d]  %.3f %.3f %.3f\n", d, normal[d][XX], normal[d][YY],
 214                         normal[d][ZZ]);
 215             }
 216         }
 217         else
 218         {
 219             ddbox->skew_fac[d] = 1;
 220
 221             for (i = 0; i < DIM; i++)
 222             {
 223                 clear_rvec(ddbox->v[d][i]);
 224                 ddbox->v[d][i][i] = 1;
 225             }
 226             clear_rvec(normal[d]);
 227             normal[d][d] = 1;
 228         }
 229     }
 230 }
 231
 232 /*! \brief This function calculates bounding box and pbc info and populates ddbox */
 233 static void low_set_ddbox(int                            numPbcDimensions,
 234                           int                            numBoundedDimensions,
 235                           const ivec*                    dd_nc,
 236                           const matrix                   box,
 237                           bool                           calculateUnboundedSize,
 238                           gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x,
 239                           const MPI_Comm*                mpiCommunicator,
 240                           gmx_ddbox_t*                   ddbox)
 241 {
 242     rvec av, stddev;
 243     real b0, b1;
 244     int  d;
 245
 246     ddbox->npbcdim     = numPbcDimensions;
 247     ddbox->nboundeddim = numBoundedDimensions;
 248
 249     for (d = 0; d < numBoundedDimensions; d++)
 250     {
 251         ddbox->box0[d]     = 0;
 252         ddbox->box_size[d] = box[d][d];
 253     }
 254
 255     if (ddbox->nboundeddim < DIM && calculateUnboundedSize)
 256     {
 257         calc_pos_av_stddev(x, av, stddev, mpiCommunicator);
 258
 259         /* GRID_STDDEV_FAC * stddev
 260          * gives a uniform load for a rectangular block of cg's.
 261          * For a sphere it is not a bad approximation for 4x1x1 up to 4x2x2.
 262          */
 263         for (d = ddbox->nboundeddim; d < DIM; d++)
 264         {
 265             b0 = av[d] - GRID_STDDEV_FAC * stddev[d];
 266             b1 = av[d] + GRID_STDDEV_FAC * stddev[d];
 267             if (debug)
 268             {
 269                 fprintf(debug, "Setting global DD grid boundaries to %f - %f\n", b0, b1);
 270             }
 271             ddbox->box0[d]     = b0;
 272             ddbox->box_size[d] = b1 - b0;
 273         }
 274     }
 275
 276     set_tric_dir(dd_nc, ddbox, box);
 277 }
 278
 279 void set_ddbox(const gmx_domdec_t&            dd,
 280                bool                           masterRankHasTheSystemState,
 281                const matrix                   box,
 282                bool                           calculateUnboundedSize,
 283                gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x,
 284                gmx_ddbox_t*                   ddbox)
 285 {
 286     if (!masterRankHasTheSystemState || DDMASTER(dd))
 287     {
 288         bool needToReduceCoordinateData     = (!masterRankHasTheSystemState && dd.nnodes > 1);
 289         gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> xRef = constArrayRefFromArray(
 290                 x.data(), masterRankHasTheSystemState ? x.size() : dd.comm->atomRanges.numHomeAtoms());
 291
 292         low_set_ddbox(dd.unitCellInfo.npbcdim, dd.unitCellInfo.numBoundedDimensions, &dd.numCells,
 293                       box, calculateUnboundedSize, xRef,
 294                       needToReduceCoordinateData ? &dd.mpi_comm_all : nullptr, ddbox);
 295     }
 296
 297     if (masterRankHasTheSystemState)
 298     {
 299         dd_bcast(&dd, sizeof(gmx_ddbox_t), ddbox);
 300     }
 301 }
 302
 303 void set_ddbox_cr(const t_commrec&               cr,
 304                   const ivec*                    dd_nc,
 305                   const t_inputrec&              ir,
 306                   const matrix                   box,
 307                   gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x,
 308                   gmx_ddbox_t*                   ddbox)
 309 {
 310     if (MASTER(&cr))
 311     {
 312         low_set_ddbox(ePBC2npbcdim(ir.ePBC), inputrec2nboundeddim(&ir), dd_nc, box, true, x, nullptr, ddbox);
 313     }
 314
 315     gmx_bcast(sizeof(gmx_ddbox_t), ddbox, &cr);
 316 }