src/gromacs/domdec/atomdistribution.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /* \internal \file
  36  *
  37  * \brief Implements the atom distribution constructor
  38  *
  39  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  40  * \ingroup module_domdec
  41  */
  42
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include "atomdistribution.h"
  46
  47 #include "gromacs/math/vec.h"
  48
  49 #include "domdec_internal.h"
  50
  51 /*! \brief Returns the total number of rank, determined from the DD grid dimensions */
  52 static int numRanks(const ivec numCells)
  53 {
  54     return numCells[XX] * numCells[YY] * numCells[ZZ];
  55 }
  56
  57 AtomDistribution::AtomDistribution(const ivec numCells, int numAtomGroups, int numAtoms) :
  58     domainGroups(numRanks(numCells)),
  59     atomGroups(numAtomGroups),
  60     intBuffer(2 * numRanks(numCells)),
  61     rvecBuffer(numRanks(numCells) > c_maxNumRanksUseSendRecvForScatterAndGather ? numAtoms : 0)
  62 {
  63     for (int d = 0; d < DIM; d++)
  64     {
  65         cellSizesBuffer[d].resize(numCells[d] + 1);
  66     }
  67 }
  68
  69 void get_commbuffer_counts(AtomDistribution* ma, int** counts, int** disps)
  70 {
  71     GMX_ASSERT(ma != nullptr, "Need a valid AtomDistribution struct (on the master rank)");
  72
  73     /* Make the rvec count and displacement arrays */
  74     int numRanks = ma->intBuffer.size() / 2;
  75     *counts      = ma->intBuffer.data();
  76     *disps       = ma->intBuffer.data() + numRanks;
  77     for (int rank = 0; rank < numRanks; rank++)
  78     {
  79         (*counts)[rank] = ma->domainGroups[rank].numAtoms * sizeof(rvec);
  80         (*disps)[rank]  = (rank == 0 ? 0 : (*disps)[rank - 1] + (*counts)[rank - 1]);
  81     }
  82 }