src/gromacs/correlationfunctions/tests/correlationdataset.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements helper class for autocorrelation tests
  38  *
  39  * \author Anders G&auml;rden&auml;s <anders.gardenas@gmail.com>
  40  * \ingroup module_correlationfunctions
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "correlationdataset.h"
  45
  46 #include <cmath>
  47
  48 #include <sstream>
  49
  50 #include "gromacs/fileio/xvgr.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/oenv.h"
  52 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  53
  54 #include "testutils/testfilemanager.h"
  55
  56 CorrelationDataSet::CorrelationDataSet(const std::string &fileName)
  57 {
  58     std::string fileNm = gmx::test::TestFileManager::getInputFilePath(fileName.c_str());
  59     nrLines_    = read_xvg(fileNm.c_str(), &tempValues_, &nrColumns_);
  60
  61     dt_         = tempValues_[0][1] - tempValues_[0][0];
  62     startTime_  = tempValues_[0][0];
  63     endTime_    = tempValues_[0][nrLines_-1];
  64 }
  65
  66 CorrelationDataSet::~CorrelationDataSet()
  67 {
  68     // Allocated in read_xvg, destroyed here.
  69     for (int i = 0; i < nrColumns_; i++)
  70     {
  71         sfree(tempValues_[i]);
  72         tempValues_[i] = NULL;
  73     }
  74     sfree(tempValues_);
  75     tempValues_ = NULL;
  76 }
  77
  78 real CorrelationDataSet::getValue(int set, int time) const
  79 {
  80     if (set+1 < nrColumns_)
  81     {
  82         return tempValues_[set+1][time];
  83     }
  84     else
  85     {
  86         return 0;
  87     }
  88 }