src/gromacs/correlationfunctions/gmx_lmcurve.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2016,2018, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal
  36  * \file
  37  * \brief
  38  * Defines a driver routine for lmfit, and a callback for it to use.
  39  *
  40  * \author David van der Spoel <david.vanderspoel@icm.uu.se>
  41  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  42  * \ingroup module_correlationfunctions
  43  */
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "gmx_lmcurve.h"
  47
  48 #include "config.h"
  49
  50 #include <cmath>
  51
  52 #if HAVE_LMFIT
  53 #include <lmmin.h>
  54 #include <lmstruct.h>
  55 #endif
  56
  57 #include "gromacs/correlationfunctions/expfit.h"
  58 #include "gromacs/math/functions.h"
  59 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  60 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  61
  62 #if HAVE_LMFIT
  63
  64 extern t_lmcurve lmcurves[effnNR+1];
  65
  66 typedef struct {
  67     const double* t;
  68     const double* y;
  69     const double* dy;
  70     double (*f)(const double t, const double* par);
  71 } lmcurve_data_struct;
  72
  73 //! Callback function used by lmmin
  74 static void lmcurve_evaluate(
  75         const double* par, const int m_dat, const void* data, double* fvec,
  76         int* info)
  77 {
  78     lmcurve_data_struct* D = (lmcurve_data_struct*)data;
  79     int                  i;
  80     for (i = 0; i < m_dat; i++)
  81     {
  82         double dy = D->dy[i];
  83         if (dy == 0)
  84         {
  85             dy = 1;
  86         }
  87         fvec[i] = (D->y[i] - D->f(D->t[i], par))/dy;
  88     }
  89     *info = 0;
  90 }
  91
  92 //! Calls lmmin with the given data, with callback function \c f.
  93 static void gmx_lmcurve(
  94         const int n_par, double* par, const int m_dat,
  95         const double* t, const double* y, const double *dy,
  96         double (*f)(double t, const double* par),
  97         const lm_control_struct* control, lm_status_struct* status)
  98 {
  99     lmcurve_data_struct data = { t, y, dy, f };
 100
 101     lmmin(n_par, par, m_dat, nullptr, (const void*)&data, lmcurve_evaluate,
 102           control, status);
 103 }
 104
 105 #endif
 106
 107 bool lmfit_exp(int          nfit,
 108                const double x[],
 109                const double y[],
 110                const double dy[],
 111                double       parm[],
 112                bool         bVerbose,
 113                int          eFitFn,
 114                int          nfix)
 115 {
 116     if ((eFitFn < 0) || (eFitFn >= effnNR))
 117     {
 118         fprintf(stderr, "fitfn = %d, should be in the range 0..%d\n",
 119                 eFitFn, effnNR-1);
 120         return false;
 121     }
 122 #if HAVE_LMFIT
 123     double             chisq, ochisq;
 124     gmx_bool           bCont;
 125     int                j;
 126     int                maxiter = 100;
 127     lm_control_struct  control;
 128     lm_status_struct  *status;
 129     int                nparam = effnNparams(eFitFn);
 130     int                p2;
 131     gmx_bool           bSkipLast;
 132
 133     /* Using default control structure for double precision fitting that
 134      * comes with the lmfit package (i.e. from the include file).
 135      */
 136     control            = lm_control_double;
 137     control.verbosity  = (bVerbose ? 1 : 0);
 138     control.n_maxpri   = 0;
 139     control.m_maxpri   = 0;
 140
 141     snew(status, 1);
 142     /* Initial params */
 143     chisq  = 1e12;
 144     j      = 0;
 145     if (bVerbose)
 146     {
 147         printf("%4s  %10s  Parameters\n", "Step", "chi^2");
 148     }
 149     /* Check whether we have to skip some params */
 150     if (nfix > 0)
 151     {
 152         do
 153         {
 154             p2        = 1 << (nparam-1);
 155             bSkipLast = ((p2 & nfix) == p2);
 156             if (bSkipLast)
 157             {
 158                 nparam--;
 159                 nfix -= p2;
 160             }
 161         }
 162         while ((nparam > 0) && (bSkipLast));
 163         if (bVerbose)
 164         {
 165             printf("Using %d out of %d parameters\n", nparam, effnNparams(eFitFn));
 166         }
 167     }
 168     do
 169     {
 170         ochisq = chisq;
 171         gmx_lmcurve(nparam, parm, nfit, x, y, dy,
 172                     lmcurves[eFitFn], &control, status);
 173         chisq = gmx::square(status->fnorm);
 174         if (bVerbose)
 175         {
 176             printf("status: fnorm = %g, nfev = %d, userbreak = %d\noutcome = %s\n",
 177                    status->fnorm, status->nfev, status->userbreak,
 178                    lm_infmsg[status->outcome]);
 179         }
 180         if (bVerbose)
 181         {
 182             int mmm;
 183             printf("%4d  %8g", j, chisq);
 184             for (mmm = 0; (mmm < effnNparams(eFitFn)); mmm++)
 185             {
 186                 printf("  %8g", parm[mmm]);
 187             }
 188             printf("\n");
 189         }
 190         j++;
 191         bCont = (fabs(ochisq - chisq) > fabs(control.ftol*chisq));
 192     }
 193     while (bCont && (j < maxiter));
 194
 195     sfree(status);
 196 #else
 197     gmx_fatal(FARGS, "This build of GROMACS was not configured with support "
 198               "for lmfit, so the requested fitting cannot be performed. "
 199               "See the install guide for instructions on how to build "
 200               "GROMACS with lmfit supported.");
 201     GMX_UNUSED_VALUE(nfit);
 202     GMX_UNUSED_VALUE(x);
 203     GMX_UNUSED_VALUE(y);
 204     GMX_UNUSED_VALUE(dy);
 205     GMX_UNUSED_VALUE(parm);
 206     GMX_UNUSED_VALUE(bVerbose);
 207     GMX_UNUSED_VALUE(eFitFn);
 208     GMX_UNUSED_VALUE(nfix);
 209 #endif
 210     return true;
 211 }