src/gromacs/coordinateio/requirements.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*!\internal
  36  * \file
  37  * \brief
  38  * Implements helper function to populate requirements from user input.
  39  *
  40  * \author Paul Bauer <paul.bauer.q@gmail.com>
  41  * \ingroup module_coordinateio
  42  */
  43
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "requirements.h"
  47
  48 #include <algorithm>
  49
  50 #include "gromacs/options/basicoptions.h"
  51 #include "gromacs/options/filenameoption.h"
  52 #include "gromacs/options/ioptionscontainer.h"
  53 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  54
  55 namespace gmx
  56 {
  57
  58 void OutputRequirementOptionDirector::initOptions(IOptionsContainer* options)
  59 {
  60     options->addOption(EnumOption<ChangeSettingType>("vel")
  61                                .enumValue(cChangeSettingTypeEnum)
  62                                .store(&velocity_)
  63                                .description("Save velocities from frame if possible"));
  64     options->addOption(EnumOption<ChangeSettingType>("force")
  65                                .enumValue(cChangeSettingTypeEnum)
  66                                .store(&force_)
  67                                .description("Save forces from frame if possible"));
  68     options->addOption(
  69             EnumOption<ChangeAtomsType>("atoms").enumValue(cChangeAtomsTypeEnum).store(&atoms_).description("Decide on providing new atom information from topology or using current frame atom information"));
  70     options->addOption(IntegerOption("precision")
  71                                .store(&prec_)
  72                                .defaultValue(prec_)
  73                                .storeIsSet(&setNewPrecision_)
  74                                .description("Set output precision to custom value"));
  75     options->addOption(RealOption("starttime")
  76                                .store(&startTimeValue_)
  77                                .defaultValue(startTimeValue_)
  78                                .timeValue()
  79                                .storeIsSet(&setNewStartTime_)
  80                                .description("Change start time for first frame"));
  81     options->addOption(RealOption("timestep")
  82                                .store(&timeStepValue_)
  83                                .defaultValue(timeStepValue_)
  84                                .timeValue()
  85                                .storeIsSet(&setNewTimeStep_)
  86                                .description("Change time between different frames"));
  87     options->addOption(RealOption("box")
  88                                .vector()
  89                                .storeVector(&newBoxVector_)
  90                                .valueCount(3)
  91                                .storeIsSet(&setNewBox_)
  92                                .description("New diagonal box vector for output frame"));
  93 }
  94
  95 OutputRequirements OutputRequirementOptionDirector::process() const
  96 {
  97     OutputRequirements requirements;
  98     /* If the user has just set the values directly without setting the flags,
  99      * we set the flags to state that user requested changes are there.*/
 100     if (setNewBox_)
 101     {
 102         requirements.box = ChangeFrameInfoType::Always;
 103         clear_mat(requirements.newBox);
 104         for (int i = 0; i < DIM; ++i)
 105         {
 106             requirements.newBox[i][i] = newBoxVector_[i];
 107         }
 108     }
 109     if (setNewPrecision_)
 110     {
 111         requirements.precision = ChangeFrameInfoType::Always;
 112         requirements.prec      = prec_;
 113     }
 114     if ((setNewTimeStep_ || setNewStartTime_))
 115     {
 116         requirements.startTimeValue = startTimeValue_;
 117         requirements.timeStepValue  = timeStepValue_;
 118         if (setNewTimeStep_ && setNewStartTime_)
 119         {
 120             requirements.frameTime = ChangeFrameTimeType::Both;
 121         }
 122         else if (setNewTimeStep_)
 123         {
 124             requirements.frameTime = ChangeFrameTimeType::TimeStep;
 125         }
 126         else
 127         {
 128             requirements.frameTime = ChangeFrameTimeType::StartTime;
 129         }
 130     }
 131     requirements.atoms    = atoms_;
 132     requirements.velocity = velocity_;
 133     requirements.force    = force_;
 134     return requirements;
 135 }
 136
 137 } // namespace gmx