src/gromacs/coordinateio/outputadapters/setatoms.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*!\internal
  36  * \file
  37  * \brief
  38  * Implements setatoms class.
  39  *
  40  * \author Paul Bauer <paul.bauer.q@gmail.com>
  41  * \ingroup module_coordinateio
  42  */
  43
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "setatoms.h"
  47
  48 #include <algorithm>
  49
  50 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  51 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  52
  53 namespace gmx
  54 {
  55
  56 void SetAtoms::checkAbilityDependencies(unsigned long abilities) const
  57 {
  58     if ((abilities & convertFlag(moduleRequirements_)) == 0U)
  59     {
  60         std::string errorMessage =
  61                 "Output file type does not support writing atom information. "
  62                 "You need to use PDB, GRO or TNG as the file type for this.";
  63         GMX_THROW(InconsistentInputError(errorMessage.c_str()));
  64     }
  65 }
  66
  67 void SetAtoms::processFrame(const int /*framenumber*/, t_trxframe* input)
  68 {
  69     switch (atomFlag_)
  70     {
  71         case (ChangeAtomsType::Never):
  72             input->bAtoms = false;
  73             input->atoms  = nullptr;
  74             break;
  75         case (ChangeAtomsType::Always):
  76             if (!haveAtoms(*input))
  77             {
  78                 GMX_THROW(
  79                         InconsistentInputError("Atoms needed by output but not "
  80                                                "available in input frame or topology"));
  81             }
  82             input->bAtoms = true;
  83             if (haveStructureFileAtoms())
  84             {
  85                 input->atoms = atoms();
  86             }
  87             break;
  88         case (ChangeAtomsType::PreservedIfPresent): break;
  89         case (ChangeAtomsType::AlwaysFromStructure):
  90             if (!haveStructureFileAtoms())
  91             {
  92                 GMX_THROW(
  93                         InconsistentInputError("Requested to add atoms information "
  94                                                "to coordinate frame when it was not available"));
  95             }
  96             input->bAtoms = true;
  97             input->atoms  = atoms();
  98             break;
  99         default: GMX_THROW(InconsistentInputError("Value for atom flag not understood"));
 100     }
 101 }
 102
 103 bool SetAtoms::haveFrameAtoms(const t_trxframe& input)
 104 {
 105     return input.bAtoms;
 106 }
 107
 108 } // namespace gmx