src/gromacs/commandline/tests/pargs.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Tests parse_common_args().
  39  *
  40  * Currently, negative tests are not possible, because those trigger
  41  * gmx_fatal() and terminate the whole test binary.
  42  *
  43  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  44  * \ingroup module_commandline
  45  */
  46 #include "gmxpre.h"
  47
  48 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  49
  50 #include <string>
  51
  52 #include <gtest/gtest.h>
  53
  54 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  55 #include "gromacs/utility/path.h"
  56 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  57 #include "gromacs/utility/textwriter.h"
  58
  59 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  60 #include "testutils/testasserts.h"
  61 #include "testutils/testfilemanager.h"
  62
  63 namespace
  64 {
  65
  66 using gmx::test::CommandLine;
  67
  68 class ParseCommonArgsTest : public ::testing::Test
  69 {
  70 public:
  71     enum FileArgumentType
  72     {
  73         efFull,
  74         efNoExtension,
  75         efEmptyValue
  76     };
  77
  78     ParseCommonArgsTest() : oenv_(nullptr), fileCount_(0) {}
  79     ~ParseCommonArgsTest() override { output_env_done(oenv_); }
  80
  81     int nfile() const { return fileCount_; }
  82
  83     void parseFromArgs(unsigned long flags, gmx::ArrayRef<t_filenm> fnm, gmx::ArrayRef<t_pargs> pa)
  84     {
  85         fileCount_ = fnm.size();
  86         bool bOk   = parse_common_args(
  87                 &args_.argc(), args_.argv(), flags, fnm.size(), fnm.data(), pa.size(), pa.data(), 0, nullptr, 0, nullptr, &oenv_);
  88         EXPECT_TRUE(bOk);
  89     }
  90     void parseFromArray(gmx::ArrayRef<const char* const> cmdline,
  91                         unsigned long                    flags,
  92                         gmx::ArrayRef<t_filenm>          fnm,
  93                         gmx::ArrayRef<t_pargs>           pa)
  94     {
  95         args_.initFromArray(cmdline);
  96         parseFromArgs(flags, fnm, pa);
  97     }
  98     std::string addFileArg(const char* name, const char* extension, FileArgumentType type)
  99     {
 100         std::string filename(tempFiles_.getTemporaryFilePath(extension));
 101         gmx::TextWriter::writeFileFromString(filename, "Dummy file");
 102         if (name != nullptr)
 103         {
 104             args_.append(name);
 105             switch (type)
 106             {
 107                 case efFull: args_.append(filename); break;
 108                 case efNoExtension: args_.append(gmx::Path::stripExtension(filename)); break;
 109                 case efEmptyValue: break;
 110             }
 111         }
 112         return filename;
 113     }
 114
 115     // This must be a member that persists until the end of the test,
 116     // because string arguments are not duplicated in the output.
 117     CommandLine args_;
 118
 119 private:
 120     gmx_output_env_t*          oenv_;
 121     size_t                     fileCount_;
 122     gmx::test::TestFileManager tempFiles_;
 123 };
 124
 125 /********************************************************************
 126  * Tests for different types of options
 127  */
 128
 129 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesIntegerArgs)
 130 {
 131     int               value1 = 0, value2 = 0, value3 = 3;
 132     t_pargs           pa[]      = { { "-i1", FALSE, etINT, { &value1 }, "Description" },
 133                      { "-i2", FALSE, etINT, { &value2 }, "Description" },
 134                      { "-i3", FALSE, etINT, { &value3 }, "Description" } };
 135     const char* const cmdline[] = { "test", "-i1", "2", "-i2", "-3" };
 136     parseFromArray(cmdline, 0, {}, pa);
 137     EXPECT_EQ(2, value1);
 138     EXPECT_EQ(-3, value2);
 139     EXPECT_EQ(3, value3);
 140 }
 141
 142 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesInt64Args)
 143 {
 144     int64_t           value1 = 0, value2 = 0, value3 = 3;
 145     t_pargs           pa[]      = { { "-i1", FALSE, etINT64, { &value1 }, "Description" },
 146                      { "-i2", FALSE, etINT64, { &value2 }, "Description" },
 147                      { "-i3", FALSE, etINT64, { &value3 }, "Description" } };
 148     const char* const cmdline[] = { "test", "-i1", "2", "-i2", "-3" };
 149     parseFromArray(cmdline, 0, {}, pa);
 150     EXPECT_EQ(2, value1);
 151     EXPECT_EQ(-3, value2);
 152     EXPECT_EQ(3, value3);
 153 }
 154
 155 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesRealArgs)
 156 {
 157     real              value1 = 0.0, value2 = 0.0, value3 = 2.5;
 158     t_pargs           pa[]      = { { "-r1", FALSE, etREAL, { &value1 }, "Description" },
 159                      { "-r2", FALSE, etREAL, { &value2 }, "Description" },
 160                      { "-r3", FALSE, etREAL, { &value3 }, "Description" } };
 161     const char* const cmdline[] = { "test", "-r1", "2", "-r2", "-.5" };
 162     parseFromArray(cmdline, 0, {}, pa);
 163     EXPECT_EQ(2.0, value1);
 164     EXPECT_EQ(-0.5, value2);
 165     EXPECT_EQ(2.5, value3);
 166 }
 167
 168 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesStringArgs)
 169 {
 170     const char *      value1 = "def", *value2 = "", *value3 = "default";
 171     t_pargs           pa[]      = { { "-s1", FALSE, etSTR, { &value1 }, "Description" },
 172                      { "-s2", FALSE, etSTR, { &value2 }, "Description" },
 173                      { "-s3", FALSE, etSTR, { &value3 }, "Description" } };
 174     const char* const cmdline[] = { "test", "-s1", "", "-s2", "test" };
 175     parseFromArray(cmdline, 0, {}, pa);
 176     EXPECT_STREQ("", value1);
 177     EXPECT_STREQ("test", value2);
 178     EXPECT_STREQ("default", value3);
 179 }
 180
 181 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesBooleanArgs)
 182 {
 183     gmx_bool          value1 = TRUE, value2 = FALSE, value3 = TRUE;
 184     t_pargs           pa[]      = { { "-b1", FALSE, etBOOL, { &value1 }, "Description" },
 185                      { "-b2", FALSE, etBOOL, { &value2 }, "Description" },
 186                      { "-b3", FALSE, etBOOL, { &value3 }, "Description" } };
 187     const char* const cmdline[] = { "test", "-nob1", "-b2" };
 188     parseFromArray(cmdline, 0, {}, pa);
 189     EXPECT_FALSE(value1);
 190     EXPECT_TRUE(value2);
 191     EXPECT_TRUE(value3);
 192 }
 193
 194 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesBooleanArgsToValuesOfSuitableEnum)
 195 {
 196     enum class LikeBool : bool
 197     {
 198         No  = false,
 199         Yes = true
 200     };
 201     // Set up the default values
 202     LikeBool value1 = LikeBool::No;
 203     LikeBool value2 = LikeBool::No;
 204     LikeBool value3 = LikeBool::No;
 205     LikeBool value4 = LikeBool::Yes;
 206     LikeBool value5 = LikeBool::Yes;
 207     LikeBool value6 = LikeBool::Yes;
 208     // Set up 6 options
 209     t_pargs pa[] = { { "-b1", FALSE, etBOOL, { &value1 }, "Description" },
 210                      { "-b2", FALSE, etBOOL, { &value2 }, "Description" },
 211                      { "-b3", FALSE, etBOOL, { &value3 }, "Description" },
 212                      { "-b4", FALSE, etBOOL, { &value4 }, "Description" },
 213                      { "-b5", FALSE, etBOOL, { &value5 }, "Description" },
 214                      { "-b6", FALSE, etBOOL, { &value6 }, "Description" } };
 215     // Set some to yes and no, leave some as default
 216     const char* const cmdline[] = { "test", "-b1", "-nob2", "-b4", "-nob5" };
 217
 218     parseFromArray(cmdline, 0, {}, pa);
 219     // Expetactions
 220     EXPECT_EQ(value1, LikeBool::Yes) << "set to yes";
 221     EXPECT_EQ(value2, LikeBool::No) << "set to no";
 222     EXPECT_EQ(value3, LikeBool::No) << "preserves the default of no";
 223     EXPECT_EQ(value4, LikeBool::Yes) << "set to yes";
 224     EXPECT_EQ(value5, LikeBool::No) << "set to no";
 225     EXPECT_EQ(value6, LikeBool::Yes) << "preserves the default of yes";
 226 }
 227
 228 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesVectorArgs)
 229 {
 230     rvec              value1 = { 0, 0, 0 }, value2 = { 0, 0, 0 }, value3 = { 1, 2, 3 };
 231     t_pargs           pa[]      = { { "-v1", FALSE, etRVEC, { &value1 }, "Description" },
 232                      { "-v2", FALSE, etRVEC, { &value2 }, "Description" },
 233                      { "-v3", FALSE, etRVEC, { &value3 }, "Description" } };
 234     const char* const cmdline[] = { "test", "-v1", "2", "1", "3", "-v2", "1" };
 235     parseFromArray(cmdline, 0, {}, pa);
 236     EXPECT_EQ(2.0, value1[XX]);
 237     EXPECT_EQ(1.0, value1[YY]);
 238     EXPECT_EQ(3.0, value1[ZZ]);
 239     EXPECT_EQ(1.0, value2[XX]);
 240     EXPECT_EQ(1.0, value2[YY]);
 241     EXPECT_EQ(1.0, value2[ZZ]);
 242     EXPECT_EQ(1.0, value3[XX]);
 243     EXPECT_EQ(2.0, value3[YY]);
 244     EXPECT_EQ(3.0, value3[ZZ]);
 245 }
 246
 247 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesTimeArgs)
 248 {
 249     real              value1 = 1.0, value2 = 2.0, value3 = 2.5;
 250     t_pargs           pa[]      = { { "-t1", FALSE, etTIME, { &value1 }, "Description" },
 251                      { "-t2", FALSE, etTIME, { &value2 }, "Description" },
 252                      { "-t3", FALSE, etTIME, { &value3 }, "Description" } };
 253     const char* const cmdline[] = { "test", "-t1", "2", "-t2", "-.5" };
 254     parseFromArray(cmdline, 0, {}, pa);
 255     EXPECT_EQ(2.0, value1);
 256     EXPECT_EQ(-0.5, value2);
 257     EXPECT_EQ(2.5, value3);
 258 }
 259
 260 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesTimeArgsWithTimeUnit)
 261 {
 262     real              value1 = 1.0, value2 = 2.0, value3 = 2.5;
 263     t_pargs           pa[]      = { { "-t1", FALSE, etTIME, { &value1 }, "Description" },
 264                      { "-t2", FALSE, etTIME, { &value2 }, "Description" },
 265                      { "-t3", FALSE, etTIME, { &value3 }, "Description" } };
 266     const char* const cmdline[] = { "test", "-t1", "2", "-t2", "-.5", "-tu", "ns" };
 267     parseFromArray(cmdline, PCA_TIME_UNIT, {}, pa);
 268     EXPECT_EQ(2000.0, value1);
 269     EXPECT_EQ(-500.0, value2);
 270     EXPECT_EQ(2.5, value3);
 271 }
 272
 273 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesEnumArgs)
 274 {
 275     const char*       value1[]  = { nullptr, "none", "on", "off", nullptr };
 276     const char*       value2[]  = { nullptr, "def", "value", "value_other", nullptr };
 277     const char*       value3[]  = { nullptr, "default", "value", nullptr };
 278     t_pargs           pa[]      = { { "-s1", FALSE, etENUM, { value1 }, "Description" },
 279                      { "-s2", FALSE, etENUM, { value2 }, "Description" },
 280                      { "-s3", FALSE, etENUM, { value3 }, "Description" } };
 281     const char* const cmdline[] = { "test", "-s1", "off", "-s2", "val" };
 282     parseFromArray(cmdline, 0, {}, pa);
 283     EXPECT_STREQ("off", value1[0]);
 284     EXPECT_STREQ("value", value2[0]);
 285     EXPECT_STREQ("default", value3[0]);
 286     EXPECT_EQ(value1[nenum(value1)], value1[0]);
 287     EXPECT_EQ(value2[nenum(value2)], value2[0]);
 288     EXPECT_EQ(value3[nenum(value3)], value3[0]);
 289 }
 290
 291 /********************************************************************
 292  * Tests for file name options (output files, not dependent on file system)
 293  */
 294
 295 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesFileArgs)
 296 {
 297     t_filenm          fnm[]     = { { efXVG, "-o1", "out1", ffOPTWR },
 298                        { efXVG, "-o2", "out2", ffOPTWR },
 299                        { efXVG, "-om", "outm", ffWRMULT },
 300                        { efXVG, "-om2", "outm2", ffWRMULT } };
 301     const char* const cmdline[] = { "test", "-o1",   "-o2",       "test",
 302                                     "-om",  "test1", "test2.xvg", "-om2" };
 303     parseFromArray(cmdline, 0, fnm, {});
 304     EXPECT_STREQ("out1.xvg", opt2fn_null("-o1", nfile(), fnm));
 305     EXPECT_STREQ("test.xvg", opt2fn_null("-o2", nfile(), fnm));
 306     gmx::ArrayRef<const std::string> files = opt2fns("-om", nfile(), fnm);
 307     EXPECT_EQ(2, files.size());
 308     if (files.size() != 2)
 309     {
 310         EXPECT_STREQ("test1.xvg", files[0].c_str());
 311         EXPECT_STREQ("test2.xvg", files[1].c_str());
 312     }
 313     EXPECT_STREQ("outm2.xvg", opt2fn("-om2", nfile(), fnm));
 314 }
 315
 316 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesFileArgsWithDefaults)
 317 {
 318     t_filenm          fnm[]     = { { efTPS, nullptr, nullptr, ffWRITE },
 319                        { efTRX, "-f2", nullptr, ffOPTWR },
 320                        { efTRX, "-f3", "trj3", ffWRITE },
 321                        { efXVG, "-o", "out", ffWRITE },
 322                        { efXVG, "-om", "outm", ffWRMULT } };
 323     const char* const cmdline[] = { "test" };
 324     parseFromArray(cmdline, 0, fnm, {});
 325     EXPECT_STREQ("topol.tpr", ftp2fn(efTPS, nfile(), fnm));
 326     EXPECT_STREQ("traj.xtc", opt2fn("-f2", nfile(), fnm));
 327     EXPECT_EQ(nullptr, opt2fn_null("-f2", nfile(), fnm));
 328     EXPECT_STREQ("trj3.xtc", opt2fn("-f3", nfile(), fnm));
 329     EXPECT_STREQ("out.xvg", opt2fn("-o", nfile(), fnm));
 330     EXPECT_STREQ("outm.xvg", opt2fn("-om", nfile(), fnm));
 331 }
 332
 333 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesFileArgsWithDefaultFileName)
 334 {
 335     t_filenm          fnm[]     = { { efTPS, "-s", nullptr, ffWRITE },
 336                        { efTRX, "-f2", nullptr, ffWRITE },
 337                        { efTRX, "-f3", "trj3", ffWRITE },
 338                        { efXVG, "-o", "out", ffWRITE },
 339                        { efXVG, "-om", "outm", ffWRMULT } };
 340     const char* const cmdline[] = { "test", "-deffnm", "def", "-f2", "other", "-o" };
 341     parseFromArray(cmdline, PCA_CAN_SET_DEFFNM, fnm, {});
 342     EXPECT_STREQ("def.tpr", ftp2fn(efTPS, nfile(), fnm));
 343     EXPECT_STREQ("other.xtc", opt2fn("-f2", nfile(), fnm));
 344     EXPECT_STREQ("def.xtc", opt2fn("-f3", nfile(), fnm));
 345     EXPECT_STREQ("def.xvg", opt2fn("-o", nfile(), fnm));
 346     EXPECT_STREQ("def.xvg", opt2fn("-om", nfile(), fnm));
 347 }
 348
 349 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParseFileArgsWithCustomDefaultExtension)
 350 {
 351     t_filenm          fnm[]     = { { efTRX, "-o1", "conf1.gro", ffWRITE },
 352                        { efTRX, "-o2", "conf2.pdb", ffWRITE },
 353                        { efTRX, "-o3", "conf3.gro", ffWRITE } };
 354     const char* const cmdline[] = { "test", "-o2", "-o3", "test" };
 355     parseFromArray(cmdline, PCA_CAN_SET_DEFFNM, fnm, {});
 356     EXPECT_STREQ("conf1.gro", opt2fn("-o1", nfile(), fnm));
 357     EXPECT_STREQ("conf2.pdb", opt2fn("-o2", nfile(), fnm));
 358     EXPECT_STREQ("test.gro", opt2fn("-o3", nfile(), fnm));
 359 }
 360
 361 /********************************************************************
 362  * Tests for file name options (input files, dependent on file system contents)
 363  */
 364
 365 TEST_F(ParseCommonArgsTest, HandlesNonExistentInputFiles)
 366 {
 367     t_filenm          fnm[] = { { efTPS, "-s", nullptr, ffREAD }, { efTRX, "-f", "trj", ffREAD },
 368                        { efTRX, "-f2", "trj2", ffREAD }, { efTRX, "-f3", "trj3", ffREAD },
 369                        { efTRX, "-f4", "trj4", ffREAD }, { efGRO, "-g", "cnf", ffREAD },
 370                        { efGRO, "-g2", "cnf2", ffREAD } };
 371     const char* const cmdline[] = { "test", "-f2", "-f3", "other", "-f4", "trj.gro", "-g2", "foo" };
 372     parseFromArray(cmdline, PCA_DISABLE_INPUT_FILE_CHECKING, fnm, {});
 373     EXPECT_STREQ("topol.tpr", ftp2fn(efTPS, nfile(), fnm));
 374     EXPECT_STREQ("trj.xtc", opt2fn("-f", nfile(), fnm));
 375     EXPECT_STREQ("trj2.xtc", opt2fn("-f2", nfile(), fnm));
 376     EXPECT_STREQ("other.xtc", opt2fn("-f3", nfile(), fnm));
 377     EXPECT_STREQ("trj.gro", opt2fn("-f4", nfile(), fnm));
 378     EXPECT_STREQ("cnf.gro", opt2fn("-g", nfile(), fnm));
 379     EXPECT_STREQ("foo.gro", opt2fn("-g2", nfile(), fnm));
 380 }
 381
 382 TEST_F(ParseCommonArgsTest, HandlesNonExistentOptionalInputFiles)
 383 {
 384     t_filenm fnm[] = { { efTPS, "-s", nullptr, ffOPTRD }, { efTRX, "-f", "trj", ffOPTRD } };
 385     const char* const cmdline[] = { "test" };
 386     parseFromArray(cmdline, 0, fnm, {});
 387     EXPECT_STREQ("topol.tpr", ftp2fn(efTPS, nfile(), fnm));
 388     EXPECT_STREQ("trj.xtc", opt2fn("-f", nfile(), fnm));
 389 }
 390
 391 TEST_F(ParseCommonArgsTest, AcceptsNonExistentInputFilesIfSpecified)
 392 {
 393     t_filenm          fnm[]     = { { efCPT, "-c", "file1", ffOPTRD | ffALLOW_MISSING },
 394                        { efCPT, "-c2", "file2", ffOPTRD | ffALLOW_MISSING },
 395                        { efCPT, "-c3", "file3", ffOPTRD | ffALLOW_MISSING },
 396                        { efCPT, "-c4", "file4", ffOPTRD | ffALLOW_MISSING },
 397                        { efTRX, "-f", "trj", ffOPTRD | ffALLOW_MISSING } };
 398     const char* const cmdline[] = { "test",        "-c2",        "-c3",
 399                                     "nonexistent", "-c4",        "nonexistent.cpt",
 400                                     "-f",          "nonexistent" };
 401     parseFromArray(cmdline, 0, fnm, {});
 402     EXPECT_STREQ("file1.cpt", opt2fn("-c", nfile(), fnm));
 403     EXPECT_STREQ("file2.cpt", opt2fn("-c2", nfile(), fnm));
 404     EXPECT_STREQ("nonexistent.cpt", opt2fn("-c3", nfile(), fnm));
 405     EXPECT_STREQ("nonexistent.cpt", opt2fn("-c4", nfile(), fnm));
 406     EXPECT_STREQ("nonexistent.xtc", opt2fn("-f", nfile(), fnm));
 407 }
 408
 409 TEST_F(ParseCommonArgsTest, HandlesCompressedFiles)
 410 {
 411     t_filenm fnm[] = { { efTRX, "-f", nullptr, ffREAD }, { efGRO, "-g", nullptr, ffREAD } };
 412     args_.append("test");
 413     std::string expectedF = addFileArg("-f", ".pdb.gz", efFull);
 414     std::string expectedG = addFileArg("-g", ".gro.Z", efFull);
 415     expectedF             = gmx::Path::stripExtension(expectedF);
 416     expectedG             = gmx::Path::stripExtension(expectedG);
 417     parseFromArgs(0, fnm, {});
 418     EXPECT_EQ(expectedF, opt2fn("-f", nfile(), fnm));
 419     EXPECT_EQ(expectedG, opt2fn("-g", nfile(), fnm));
 420 }
 421
 422 TEST_F(ParseCommonArgsTest, AcceptsUnknownTrajectoryExtension)
 423 {
 424     t_filenm fnm[] = { { efTRX, "-f", nullptr, ffREAD } };
 425     args_.append("test");
 426     std::string expected = addFileArg("-f", ".foo", efFull);
 427     parseFromArgs(0, fnm, {});
 428     EXPECT_EQ(expected, opt2fn("-f", nfile(), fnm));
 429 }
 430
 431 TEST_F(ParseCommonArgsTest, CompletesExtensionFromExistingFile)
 432 {
 433     args_.append("test");
 434     std::string expected1 = addFileArg("-f1", "1.xtc", efNoExtension);
 435     std::string expected2 = addFileArg("-f2", "2.gro", efNoExtension);
 436     std::string expected3 = addFileArg("-f3", "3.tng", efNoExtension);
 437     std::string expected4 = addFileArg("-f4", ".gro", efEmptyValue);
 438     std::string def4      = gmx::Path::stripExtension(expected4);
 439     t_filenm    fnm[]     = { { efTRX, "-f1", nullptr, ffREAD },
 440                        { efTRX, "-f2", nullptr, ffREAD },
 441                        { efTRX, "-f3", nullptr, ffREAD },
 442                        { efTRX, "-f4", def4.c_str(), ffREAD } };
 443     parseFromArgs(0, fnm, {});
 444     EXPECT_EQ(expected1, opt2fn("-f1", nfile(), fnm));
 445     EXPECT_EQ(expected2, opt2fn("-f2", nfile(), fnm));
 446     EXPECT_EQ(expected3, opt2fn("-f3", nfile(), fnm));
 447     EXPECT_EQ(expected4, opt2fn("-f4", nfile(), fnm));
 448 }
 449
 450 TEST_F(ParseCommonArgsTest, CompletesExtensionFromExistingFileWithDefaultFileName)
 451 {
 452     t_filenm fnm[] = { { efTRX, "-f1", nullptr, ffREAD },
 453                        { efSTO, "-f2", "foo", ffREAD },
 454                        { efTRX, "-f3", nullptr, ffREAD },
 455                        { efSTX, "-f4", nullptr, ffREAD } };
 456     args_.append("test");
 457     std::string expected1 = addFileArg("-f1", "1.trr", efNoExtension);
 458     std::string expected2 = addFileArg("-f2", ".pdb", efEmptyValue);
 459     std::string expected3 = addFileArg("-f3", ".trr", efEmptyValue);
 460     std::string expected4 = addFileArg(nullptr, ".pdb", efEmptyValue);
 461     std::string deffnm    = gmx::Path::stripExtension(expected3);
 462     args_.append("-deffnm");
 463     args_.append(deffnm);
 464     parseFromArgs(PCA_CAN_SET_DEFFNM, fnm, {});
 465     EXPECT_EQ(expected1, opt2fn("-f1", nfile(), fnm));
 466     EXPECT_EQ(expected2, opt2fn("-f2", nfile(), fnm));
 467     EXPECT_EQ(expected3, opt2fn("-f3", nfile(), fnm));
 468     EXPECT_EQ(expected4, opt2fn("-f4", nfile(), fnm));
 469 }
 470
 471 // This is needed e.g. for tune_pme, which passes unknown arguments on
 472 // to child mdrun processes that it spawns.
 473 TEST_F(ParseCommonArgsTest, CanKeepUnknownArgs)
 474 {
 475     int      ivalue = 0;
 476     gmx_bool bvalue = FALSE;
 477     t_pargs  pa[]   = {
 478         { "-i", FALSE, etINT, { &ivalue }, "Description" },
 479         { "-b", FALSE, etBOOL, { &bvalue }, "Description" },
 480     };
 481     t_filenm fnm[] = { { efXVG, "-o1", "out1", ffOPTWR }, { efXVG, "-o2", "out2", ffOPTWR } };
 482     const char* const cmdline[] = { "test", "foo", "-unk", "-o1",   "-unk2", "-o2",
 483                                     "test", "-i",  "2",    "-unk3", "-b",    "-unk4" };
 484     parseFromArray(cmdline, PCA_NOEXIT_ON_ARGS, fnm, pa);
 485     EXPECT_EQ(2, ivalue);
 486     EXPECT_TRUE(bvalue);
 487     EXPECT_STREQ("out1.xvg", opt2fn_null("-o1", nfile(), fnm));
 488     EXPECT_STREQ("test.xvg", opt2fn_null("-o2", nfile(), fnm));
 489     EXPECT_EQ(6, args_.argc());
 490     EXPECT_STREQ(cmdline[0], args_.arg(0));
 491     EXPECT_STREQ(cmdline[1], args_.arg(1));
 492     EXPECT_STREQ(cmdline[2], args_.arg(2));
 493     EXPECT_STREQ(cmdline[4], args_.arg(3));
 494     EXPECT_STREQ(cmdline[9], args_.arg(4));
 495     EXPECT_STREQ(cmdline[11], args_.arg(5));
 496 }
 497
 498 } // namespace