src/gromacs/commandline/pargs.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /*! \file
  38  * \brief
  39  * Declares \c t_pargs, parse_common_args() and related methods.
  40  *
  41  * \inpublicapi
  42  * \ingroup module_commandline
  43  */
  44 #ifndef GMX_COMMANDLINE_PARGS_H
  45 #define GMX_COMMANDLINE_PARGS_H
  46
  47 #include "gromacs/commandline/filenm.h"
  48 #include "gromacs/fileio/oenv.h"
  49 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  50 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  51 #include "gromacs/utility/real.h"
  52
  53 struct gmx_output_env_t;
  54
  55 /*! \addtogroup module_commandline
  56  * \{
  57  */
  58
  59 /** Command line argument type. */
  60 enum
  61 {
  62     etINT,
  63     etINT64,
  64     etREAL,
  65     etTIME,
  66     etSTR,
  67     etBOOL,
  68     etRVEC,
  69     etENUM,
  70     etNR
  71 };
  72
  73 /*! \brief
  74  * Command-line argument definition for C code.
  75  *
  76  * \inpublicapi
  77  */
  78 typedef struct
  79 {
  80     /** Name of the argument (with leading dash included). */
  81     const char* option;
  82     /** Whether the argument is set (should be initialized to `FALSE`). */
  83     gmx_bool bSet;
  84     /** Type of the argument (one of the enums in pargs.h). */
  85     int type;
  86     /*! \brief
  87      * Pointer to variable that is to receive the value.
  88      *
  89      * The expected type depends on the value of \a type.
  90      * If an argument is not set by the user, then the pointed value is not
  91      * changed.  In other words, the initial value for the variable defines the
  92      * default value.
  93      */
  94     union {
  95         /*! \brief
  96          * Generic pointer for operations that do not need type information.
  97          *
  98          * Needs to be the first member to use initialized arrays.
  99          */
 100         void* v;
 101         /** Integer value for etINT. */
 102         int* i;
 103         /** Integer value for etINT64. */
 104         int64_t* is;
 105         /** Real value for etREAL and etTIME. */
 106         real* r;
 107         /*! \brief
 108          * String value for etSTR and etENUM.
 109          *
 110          * For etSTR, this should point to a `const char *` variable, which
 111          * will receive a pointer to the string value (caller should not free
 112          * the string).
 113          *
 114          * For etENUM, this should be an array of `const char *` values, where
 115          * the first and last values are `NULL`, and the other values define
 116          * the allowed enum values.  The first non-NULL value is the default
 117          * value.  After the arguments are parsed, the first element in the array
 118          * points to the selected enum value (pointers will be equal).
 119          */
 120         const char** c;
 121         /** Boolean value for etBOOL. */
 122         gmx_bool* b;
 123         /** Vector value for etRVEC. */
 124         rvec* rv;
 125     } u;
 126     /*! \brief
 127      * Description for the argument.
 128      *
 129      * If the string starts with `HIDDEN`, then the argument is hidden from
 130      * normal help listing and shell completions.
 131      */
 132     const char* desc;
 133 } t_pargs;
 134
 135 /*! \brief
 136  * Returns ordinal number for an etENUM argument.
 137  *
 138  * \param[in] enumc  Array passed to `t_pargs` for an etENUM argument.
 139  * \returns   Index of selected enum value in the array.
 140  *
 141  * See t_pargs::u::c for the expected format of the array, including how the
 142  * first element should be initialized.
 143  * Note that the return value starts at one instead of zero: if the first enum
 144  * value is selected, this returns 1.
 145  */
 146 int nenum(const char* const enumc[]);
 147
 148 /*! \brief
 149  * Returns value of an etINT option.
 150  *
 151  * \param[in] option Name of etINT argument to query.
 152  * \param[in] nparg  Number of elements in \p pa.
 153  * \param[in] pa     Array of arguments.
 154  * \returns   Value of \p option.
 155  *
 156  * \p option must specify a valid argument in \p pa of the correct type.
 157  */
 158 int opt2parg_int(const char* option, int nparg, t_pargs pa[]);
 159
 160 /*! \brief
 161  * Returns value of an etBOOL option.
 162  *
 163  * \param[in] option Name of etBOOL argument to query.
 164  * \param[in] nparg  Number of elements in \p pa.
 165  * \param[in] pa     Array of arguments.
 166  * \returns   Value of \p option.
 167  *
 168  * \p option must specify a valid argument in \p pa of the correct type.
 169  */
 170 gmx_bool opt2parg_bool(const char* option, int nparg, t_pargs pa[]);
 171
 172 /*! \brief
 173  * Returns value of an etREAL/etTIME option.
 174  *
 175  * \param[in] option Name of etREAL/etTIME argument to query.
 176  * \param[in] nparg  Number of elements in \p pa.
 177  * \param[in] pa     Array of arguments.
 178  * \returns   Value of \p option.
 179  *
 180  * \p option must specify a valid argument in \p pa of the correct type.
 181  */
 182 real opt2parg_real(const char* option, int nparg, t_pargs pa[]);
 183
 184 /*! \brief
 185  * Returns value of an etSTR option.
 186  *
 187  * \param[in] option Name of etSTR argument to query.
 188  * \param[in] nparg  Number of elements in \p pa.
 189  * \param[in] pa     Array of arguments.
 190  * \returns   Value of \p option.
 191  *
 192  * \p option must specify a valid argument in \p pa of the correct type.
 193  */
 194 const char* opt2parg_str(const char* option, int nparg, t_pargs pa[]);
 195
 196 /*! \brief
 197  * Returns value of an etENUM option.
 198  *
 199  * \param[in] option Name of etENUM argument to query.
 200  * \param[in] nparg  Number of elements in \p pa.
 201  * \param[in] pa     Array of arguments.
 202  * \returns   Value of \p option.
 203  *
 204  * \p option must specify a valid argument in \p pa of the correct type.
 205  */
 206 const char* opt2parg_enum(const char* option, int nparg, t_pargs pa[]);
 207
 208 /*! \brief
 209  * Returns whether an argument has been set.
 210  *
 211  * \param[in] option Name of argument to check.
 212  * \param[in] nparg  Number of elements in \p pa.
 213  * \param[in] pa     Array of arguments.
 214  * \returns   `true` if \p option has been set.
 215  *
 216  * \p option must specify a valid argument in \p pa.
 217  */
 218 gmx_bool opt2parg_bSet(const char* option, int nparg, const t_pargs* pa);
 219
 220
 221 /** Add option -w to view output files (must be implemented in program). */
 222 #define PCA_CAN_VIEW (1 << 5)
 223 /** Add option to set begin time for trajectory reading. */
 224 #define PCA_CAN_BEGIN (1 << 6)
 225 /** Add option to set end time for trajectory reading. */
 226 #define PCA_CAN_END (1 << 7)
 227 /** Add option to set time step for trajectory reading. */
 228 #define PCA_CAN_DT (1 << 14)
 229 /** Add all options for trajectory time control. */
 230 #define PCA_CAN_TIME (PCA_CAN_BEGIN | PCA_CAN_END | PCA_CAN_DT)
 231 /** Add option -tu to set time unit for output. */
 232 #define PCA_TIME_UNIT (1 << 15)
 233 /** Add option -deffnm to set default for all file options. */
 234 #define PCA_CAN_SET_DEFFNM (1 << 10)
 235 /** Do not raise a fatal error when invalid options are encountered. */
 236 #define PCA_NOEXIT_ON_ARGS (1 << 11)
 237 /** Don't do any special processing for ffREAD files */
 238 #define PCA_DISABLE_INPUT_FILE_CHECKING (1 << 17)
 239
 240 /*! \brief
 241  * Parse command-line arguments.
 242  *
 243  * Some common default arguments are also recognized in addition to those
 244  * provided through \p pa.  The set of recognized default arguments is affected
 245  * by \p Flags.
 246  *
 247  * Recognized arguments are removed from the list.
 248  *
 249  * For full functionality, this function needs to be used within a function
 250  * that is passed to gmx_run_cmain().  It should be called as the first thing in
 251  * that function.  Initialization code can be executed before it, but you need
 252  * to be aware that if the program is executed with -h and MPI, the code before
 253  * parse_common_args() only executes on the master node.
 254  *
 255  * If the return value is `FALSE`, the program should return immediately (this
 256  * is necessary for -h and a few other cases).
 257  *
 258  * \see gmx_run_cmain().
 259  */
 260 gmx_bool parse_common_args(int*               argc,
 261                            char*              argv[],
 262                            unsigned long      Flags,
 263                            int                nfile,
 264                            t_filenm           fnm[],
 265                            int                npargs,
 266                            t_pargs*           pa,
 267                            int                ndesc,
 268                            const char**       desc,
 269                            int                nbugs,
 270                            const char**       bugs,
 271                            gmx_output_env_t** oenv);
 272
 273 /*! \} */
 274
 275 #endif