src/gromacs/commandline/pargs.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  39
  40 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  41 #include <config.h>
  42 #endif
  43
  44 #include <cctype>
  45 #include <cstdio>
  46 #include <cstdlib>
  47 #include <cstring>
  48
  49 #ifdef HAVE_UNISTD_H
  50 #include <unistd.h>
  51 #endif
  52
  53 /* used for npri */
  54 #ifdef __sgi
  55 #include <sys/schedctl.h>
  56 #include <sys/sysmp.h>
  57 #endif
  58
  59 #include "gromacs/legacyheaders/gmx_fatal.h"
  60 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  61 #include "gromacs/legacyheaders/network.h"
  62 #include "gromacs/legacyheaders/smalloc.h"
  63 #include "gromacs/legacyheaders/string2.h"
  64 #include "gromacs/legacyheaders/thread_mpi/threads.h"
  65
  66 #include "gromacs/commandline/cmdlinehelpcontext.h"
  67 #include "gromacs/commandline/shellcompletions.h"
  68 #include "gromacs/commandline/wman.h"
  69 #include "gromacs/fileio/timecontrol.h"
  70 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  71 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  72
  73
  74 /* The source code in this file should be thread-safe.
  75       Please keep it that way. */
  76
  77 static void usage(const char *type, const char *arg)
  78 {
  79     GMX_ASSERT(arg != NULL, "NULL command-line argument should not occur");
  80     gmx_fatal(FARGS, "Expected %s argument for option %s\n", type, arg);
  81 }
  82
  83 /* Scan an int for argument argv[*i] from argument at argv[*i + 1].
  84  * eg: -p 32.  argv[*i] is only used for error reporting.
  85  * If there is no value, or the conversion is not successful, the
  86  * routine exits with an error, otherwise it returns the value found.
  87  * *i is incremented once.
  88  */
  89 static int iscan(int argc, char *argv[], int *i)
  90 {
  91     const char *const arg = argv[*i];
  92     if (argc <= (*i)+1)
  93     {
  94         usage("an integer", arg);
  95     }
  96     const char *const value = argv[++(*i)];
  97     char             *endptr;
  98     int               var = std::strtol(value, &endptr, 10);
  99     if (*value == '\0' || *endptr != '\0')
 100     {
 101         usage("an integer", arg);
 102     }
 103     return var;
 104 }
 105
 106 /* Same as above, but for large integer values */
 107 static gmx_int64_t istepscan(int argc, char *argv[], int *i)
 108 {
 109     const char *const arg = argv[*i];
 110     if (argc <= (*i)+1)
 111     {
 112         usage("an integer", arg);
 113     }
 114     const char *const value = argv[++(*i)];
 115     char             *endptr;
 116     gmx_int64_t       var = str_to_int64_t(value, &endptr);
 117     if (*value == '\0' || *endptr != '\0')
 118     {
 119         usage("an integer", arg);
 120     }
 121     return var;
 122 }
 123
 124 /* Routine similar to the above, but working on doubles. */
 125 static double dscan(int argc, char *argv[], int *i)
 126 {
 127     const char *const arg = argv[*i];
 128     if (argc <= (*i)+1)
 129     {
 130         usage("a real", arg);
 131     }
 132     const char *const value = argv[++(*i)];
 133     char             *endptr;
 134     double            var = std::strtod(value, &endptr);
 135     if (*value == '\0' || *endptr != '\0')
 136     {
 137         usage("a real", arg);
 138     }
 139     return var;
 140 }
 141
 142 /* Routine similar to the above, but working on strings. The pointer
 143  * returned is a pointer to the argv field.
 144  */
 145 static char *sscan(int argc, char *argv[], int *i)
 146 {
 147     if (argc > (*i)+1)
 148     {
 149         if ( (argv[(*i)+1][0] == '-') && (argc > (*i)+2) &&
 150              (argv[(*i)+2][0] != '-') )
 151         {
 152             fprintf(stderr, "Possible missing string argument for option %s\n\n",
 153                     argv[*i]);
 154         }
 155     }
 156     else
 157     {
 158         usage("a string", argv[*i]);
 159     }
 160
 161     return argv[++(*i)];
 162 }
 163
 164 gmx_bool is_hidden(t_pargs *pa)
 165 {
 166     return ((strstr(pa->desc, "HIDDEN") != NULL) ||
 167             (strstr(pa->desc, "[hidden]") != NULL));
 168 }
 169
 170 int nenum(const char *const enumc[])
 171 {
 172     int i;
 173
 174     i = 1;
 175     /* we *can* compare pointers directly here! */
 176     while (enumc[i] && enumc[0] != enumc[i])
 177     {
 178         i++;
 179     }
 180
 181     return i;
 182 }
 183
 184 /* Read a number of arguments from the command line.
 185  * For etINT, etREAL and etCHAR an extra argument is read (when present)
 186  * for etBOOL the gmx_boolean option is changed to the negate value
 187  */
 188 static void get_pargs(int *argc, char *argv[], int nparg, t_pargs pa[])
 189 {
 190     int       i, j, k, match;
 191     gmx_bool *bKeep;
 192     char      buf[32];
 193     char     *ptr;
 194
 195     snew(bKeep, *argc+1);
 196     bKeep[0]     = TRUE;
 197     bKeep[*argc] = TRUE;
 198
 199     for (i = 1; (i < *argc); i++)
 200     {
 201         bKeep[i] = TRUE;
 202         for (j = 0; (j < nparg); j++)
 203         {
 204             if (pa[j].type == etBOOL)
 205             {
 206                 sprintf(buf, "-no%s", pa[j].option+1);
 207                 if (strcmp(pa[j].option, argv[i]) == 0)
 208                 {
 209                     *pa[j].u.b = TRUE;
 210                     pa[j].bSet = TRUE;
 211                     bKeep[i]   = FALSE;
 212                 }
 213                 else if (strcmp(buf, argv[i]) == 0)
 214                 {
 215                     *pa[j].u.b = FALSE;
 216                     pa[j].bSet = TRUE;
 217                     bKeep[i]   = FALSE;
 218                 }
 219             }
 220             else if (strcmp(pa[j].option, argv[i]) == 0)
 221             {
 222                 if (pa[j].bSet)
 223                 {
 224                     fprintf(stderr, "Setting option %s more than once!\n",
 225                             pa[j].option);
 226                 }
 227                 pa[j].bSet = TRUE;
 228                 bKeep[i]   = FALSE;
 229                 switch (pa[j].type)
 230                 {
 231                     case etINT:
 232                         *pa[j].u.i = iscan(*argc, argv, &i);
 233                         break;
 234                     case etINT64:
 235                         *pa[j].u.is = istepscan(*argc, argv, &i);
 236                         break;
 237                     case etTIME:
 238                     case etREAL:
 239                         *pa[j].u.r = dscan(*argc, argv, &i);
 240                         break;
 241                     case etSTR:
 242                         *(pa[j].u.c) = sscan(*argc, argv, &i);
 243                         break;
 244                     case etENUM:
 245                         match = -1;
 246                         ptr   = sscan(*argc, argv, &i);
 247                         for (k = 1; (pa[j].u.c[k] != NULL); k++)
 248                         {
 249                             /* only check ptr against beginning of
 250                                pa[j].u.c[k] */
 251                             if (gmx_strncasecmp(ptr, pa[j].u.c[k], strlen(ptr)) == 0)
 252                             {
 253                                 if ( ( match == -1 ) ||
 254                                      ( strlen(pa[j].u.c[k]) <
 255                                        strlen(pa[j].u.c[match]) ) )
 256                                 {
 257                                     match = k;
 258                                 }
 259                             }
 260                         }
 261                         if (match != -1)
 262                         {
 263                             pa[j].u.c[0] = pa[j].u.c[match];
 264                         }
 265                         else
 266                         {
 267                             gmx_fatal(FARGS, "Invalid argument %s for option %s",
 268                                       ptr, pa[j].option);
 269                         }
 270                         break;
 271                     case etRVEC:
 272                         (*pa[j].u.rv)[0] = dscan(*argc, argv, &i);
 273                         if ( (i+1 == *argc) ||
 274                              ( (argv[i+1][0] == '-') &&
 275                                !isdigit(argv[i+1][1]) ) )
 276                         {
 277                             (*pa[j].u.rv)[1]     =
 278                                 (*pa[j].u.rv)[2] =
 279                                     (*pa[j].u.rv)[0];
 280                         }
 281                         else
 282                         {
 283                             bKeep[i]         = FALSE;
 284                             (*pa[j].u.rv)[1] = dscan(*argc, argv, &i);
 285                             if ( (i+1 == *argc) ||
 286                                  ( (argv[i+1][0] == '-') &&
 287                                    !isdigit(argv[i+1][1]) ) )
 288                             {
 289                                 gmx_fatal(FARGS,
 290                                           "%s: vector must have 1 or 3 real parameters",
 291                                           pa[j].option);
 292                             }
 293                             bKeep[i]         = FALSE;
 294                             (*pa[j].u.rv)[2] = dscan(*argc, argv, &i);
 295                         }
 296                         break;
 297                     default:
 298                         gmx_fatal(FARGS, "Invalid type %d in pargs", pa[j].type);
 299                 }
 300                 /* i may be incremented, so set it to not keep */
 301                 bKeep[i] = FALSE;
 302             }
 303         }
 304     }
 305
 306     /* Remove used entries */
 307     for (i = j = 0; (i <= *argc); i++)
 308     {
 309         if (bKeep[i])
 310         {
 311             argv[j++] = argv[i];
 312         }
 313     }
 314     (*argc) = j-1;
 315     sfree(bKeep);
 316 }
 317
 318 int opt2parg_int(const char *option, int nparg, t_pargs pa[])
 319 {
 320     int i;
 321
 322     for (i = 0; (i < nparg); i++)
 323     {
 324         if (strcmp(pa[i].option, option) == 0)
 325         {
 326             return *pa[i].u.i;
 327         }
 328     }
 329
 330     gmx_fatal(FARGS, "No integer option %s in pargs", option);
 331
 332     return 0;
 333 }
 334
 335 gmx_bool opt2parg_gmx_bool(const char *option, int nparg, t_pargs pa[])
 336 {
 337     int i;
 338
 339     for (i = 0; (i < nparg); i++)
 340     {
 341         if (strcmp(pa[i].option, option) == 0)
 342         {
 343             return *pa[i].u.b;
 344         }
 345     }
 346
 347     gmx_fatal(FARGS, "No boolean option %s in pargs", option);
 348
 349     return FALSE;
 350 }
 351
 352 real opt2parg_real(const char *option, int nparg, t_pargs pa[])
 353 {
 354     int i;
 355
 356     for (i = 0; (i < nparg); i++)
 357     {
 358         if (strcmp(pa[i].option, option) == 0)
 359         {
 360             return *pa[i].u.r;
 361         }
 362     }
 363
 364     gmx_fatal(FARGS, "No real option %s in pargs", option);
 365
 366     return 0.0;
 367 }
 368
 369 const char *opt2parg_str(const char *option, int nparg, t_pargs pa[])
 370 {
 371     int i;
 372
 373     for (i = 0; (i < nparg); i++)
 374     {
 375         if (strcmp(pa[i].option, option) == 0)
 376         {
 377             return *(pa[i].u.c);
 378         }
 379     }
 380
 381     gmx_fatal(FARGS, "No string option %s in pargs", option);
 382
 383     return NULL;
 384 }
 385
 386 gmx_bool opt2parg_bSet(const char *option, int nparg, t_pargs pa[])
 387 {
 388     int i;
 389
 390     for (i = 0; (i < nparg); i++)
 391     {
 392         if (strcmp(pa[i].option, option) == 0)
 393         {
 394             return pa[i].bSet;
 395         }
 396     }
 397
 398     gmx_fatal(FARGS, "No such option %s in pargs", option);
 399
 400     return FALSE; /* Too make some compilers happy */
 401 }
 402
 403 const char *opt2parg_enum(const char *option, int nparg, t_pargs pa[])
 404 {
 405     int i;
 406
 407     for (i = 0; (i < nparg); i++)
 408     {
 409         if (strcmp(pa[i].option, option) == 0)
 410         {
 411             return pa[i].u.c[0];
 412         }
 413     }
 414
 415     gmx_fatal(FARGS, "No such option %s in pargs", option);
 416
 417     return NULL;
 418 }
 419
 420 /********************************************************************
 421  * parse_common_args()
 422  */
 423
 424 static void set_default_time_unit(const char *time_list[], gmx_bool bCanTime)
 425 {
 426     int         i      = 0;
 427     const char *select = NULL;
 428
 429     if (bCanTime)
 430     {
 431         select = getenv("GMXTIMEUNIT");
 432         if (select != NULL)
 433         {
 434             i = 1;
 435             while (time_list[i] && strcmp(time_list[i], select) != 0)
 436             {
 437                 i++;
 438             }
 439         }
 440     }
 441     if (!bCanTime || select == NULL ||
 442         time_list[i] == NULL || strcmp(time_list[i], select) != 0)
 443     {
 444         /* Set it to the default: ps */
 445         i = 1;
 446         while (time_list[i] && strcmp(time_list[i], "ps") != 0)
 447         {
 448             i++;
 449         }
 450
 451     }
 452     time_list[0] = time_list[i];
 453 }
 454
 455 static void set_default_xvg_format(const char *xvg_list[])
 456 {
 457     int         i;
 458     const char *select;
 459
 460     select = getenv("GMX_VIEW_XVG");
 461     if (select == NULL)
 462     {
 463         /* The default is the first option */
 464         xvg_list[0] = xvg_list[1];
 465     }
 466     else
 467     {
 468         i = 1;
 469         while (xvg_list[i] && strcmp(xvg_list[i], select) != 0)
 470         {
 471             i++;
 472         }
 473         if (xvg_list[i] != NULL)
 474         {
 475             xvg_list[0] = xvg_list[i];
 476         }
 477         else
 478         {
 479             xvg_list[0] = xvg_list[exvgNONE];
 480         }
 481     }
 482 }
 483
 484 static int add_parg(int npargs, t_pargs *pa, t_pargs *pa_add)
 485 {
 486     memcpy(&(pa[npargs]), pa_add, sizeof(*pa_add));
 487
 488     return npargs+1;
 489 }
 490
 491 static char *mk_desc(t_pargs *pa, const char *time_unit_str)
 492 {
 493     char      *newdesc = NULL, *ndesc = NULL, *nptr = NULL;
 494     const char*ptr     = NULL;
 495     int        len, k;
 496
 497     /* First compute length for description */
 498     len = strlen(pa->desc)+1;
 499     if ((ptr = strstr(pa->desc, "HIDDEN")) != NULL)
 500     {
 501         len += 4;
 502     }
 503     if (pa->type == etENUM)
 504     {
 505         len += 10;
 506         for (k = 1; (pa->u.c[k] != NULL); k++)
 507         {
 508             len += strlen(pa->u.c[k])+12;
 509         }
 510     }
 511     snew(newdesc, len);
 512
 513     /* add label for hidden options */
 514     if (is_hidden(pa))
 515     {
 516         sprintf(newdesc, "[hidden] %s", ptr+6);
 517     }
 518     else
 519     {
 520         strcpy(newdesc, pa->desc);
 521     }
 522
 523     /* change '%t' into time_unit */
 524 #define TUNITLABEL "%t"
 525 #define NTUNIT strlen(TUNITLABEL)
 526     if (pa->type == etTIME)
 527     {
 528         while ( (nptr = strstr(newdesc, TUNITLABEL)) != NULL)
 529         {
 530             nptr[0] = '\0';
 531             nptr   += NTUNIT;
 532             len    += strlen(time_unit_str)-NTUNIT;
 533             snew(ndesc, len);
 534             strcpy(ndesc, newdesc);
 535             strcat(ndesc, time_unit_str);
 536             strcat(ndesc, nptr);
 537             sfree(newdesc);
 538             newdesc = ndesc;
 539             ndesc   = NULL;
 540         }
 541     }
 542 #undef TUNITLABEL
 543 #undef NTUNIT
 544
 545     /* Add extra comment for enumerateds */
 546     if (pa->type == etENUM)
 547     {
 548         strcat(newdesc, ": ");
 549         for (k = 1; (pa->u.c[k] != NULL); k++)
 550         {
 551             strcat(newdesc, "[TT]");
 552             strcat(newdesc, pa->u.c[k]);
 553             strcat(newdesc, "[tt]");
 554             /* Print a comma everywhere but at the last one */
 555             if (pa->u.c[k+1] != NULL)
 556             {
 557                 if (pa->u.c[k+2] == NULL)
 558                 {
 559                     strcat(newdesc, " or ");
 560                 }
 561                 else
 562                 {
 563                     strcat(newdesc, ", ");
 564                 }
 565             }
 566         }
 567     }
 568     return newdesc;
 569 }
 570
 571
 572 gmx_bool parse_common_args(int *argc, char *argv[], unsigned long Flags,
 573                            int nfile, t_filenm fnm[], int npargs, t_pargs *pa,
 574                            int ndesc, const char **desc,
 575                            int nbugs, const char **bugs,
 576                            output_env_t *oenv)
 577 {
 578     const char *manstr[] = {
 579         NULL, "no", "completion", NULL
 580     };
 581     /* This array should match the order of the enum in oenv.h */
 582     const char *xvg_format[] = { NULL, "xmgrace", "xmgr", "none", NULL };
 583     /* This array should match the order of the enum in oenv.h */
 584     const char *time_units[] = {
 585         NULL, "fs", "ps", "ns", "us", "ms", "s",
 586         NULL
 587     };
 588     int         nicelevel = 0, debug_level = 0;
 589     char       *deffnm    = NULL;
 590     real        tbegin    = 0, tend = 0, tdelta = 0;
 591     gmx_bool    bView     = FALSE;
 592
 593     t_pargs    *all_pa = NULL;
 594
 595 #ifdef __sgi
 596     int     npri      = 0;
 597     t_pargs npri_pa   = {
 598         "-npri", FALSE, etINT,   {&npri},
 599         "HIDDEN Set non blocking priority (try 128)"
 600     };
 601 #endif
 602     t_pargs nice_pa   = {
 603         "-nice", FALSE, etINT,   {&nicelevel},
 604         "Set the nicelevel"
 605     };
 606     t_pargs deffnm_pa = {
 607         "-deffnm", FALSE, etSTR, {&deffnm},
 608         "Set the default filename for all file options"
 609     };
 610     t_pargs begin_pa  = {
 611         "-b",    FALSE, etTIME,  {&tbegin},
 612         "First frame (%t) to read from trajectory"
 613     };
 614     t_pargs end_pa    = {
 615         "-e",    FALSE, etTIME,  {&tend},
 616         "Last frame (%t) to read from trajectory"
 617     };
 618     t_pargs dt_pa     = {
 619         "-dt",   FALSE, etTIME,  {&tdelta},
 620         "Only use frame when t MOD dt = first time (%t)"
 621     };
 622     t_pargs view_pa   = {
 623         "-w",    FALSE, etBOOL,  {&bView},
 624         "View output [TT].xvg[tt], [TT].xpm[tt], [TT].eps[tt] and [TT].pdb[tt] files"
 625     };
 626     t_pargs xvg_pa    = {
 627         "-xvg",  FALSE, etENUM,  {xvg_format},
 628         "xvg plot formatting"
 629     };
 630     t_pargs time_pa   = {
 631         "-tu",   FALSE, etENUM,  {time_units},
 632         "Time unit"
 633     };
 634     /* Maximum number of extra arguments */
 635 #define EXTRA_PA 16
 636
 637     t_pargs  pca_pa[] = {
 638         { "-man",  FALSE, etENUM,  {manstr},
 639           "HIDDENWrite manual and quit" },
 640         { "-debug", FALSE, etINT, {&debug_level},
 641           "HIDDENWrite file with debug information, 1: short, 2: also x and f" },
 642     };
 643 #define NPCA_PA asize(pca_pa)
 644     gmx_bool bXvgr;
 645     int      i, j, k, npall, max_pa;
 646
 647     // Handle the flags argument, which is a bit field
 648     // The FF macro returns whether or not the bit is set
 649 #define FF(arg) ((Flags & arg) == arg)
 650
 651     /* Check for double arguments */
 652     for (i = 1; (i < *argc); i++)
 653     {
 654         if (argv[i] && (strlen(argv[i]) > 1) && (!std::isdigit(argv[i][1])))
 655         {
 656             for (j = i+1; (j < *argc); j++)
 657             {
 658                 if ( (argv[i][0] == '-') && (argv[j][0] == '-') &&
 659                      (strcmp(argv[i], argv[j]) == 0) )
 660                 {
 661                     if (FF(PCA_NOEXIT_ON_ARGS))
 662                     {
 663                         fprintf(stderr, "Double command line argument %s\n",
 664                                 argv[i]);
 665                     }
 666                     else
 667                     {
 668                         gmx_fatal(FARGS, "Double command line argument %s\n",
 669                                   argv[i]);
 670                     }
 671                 }
 672             }
 673         }
 674     }
 675     debug_gmx();
 676
 677     /* Check ALL the flags ... */
 678     max_pa = NPCA_PA + EXTRA_PA + npargs+1;
 679     snew(all_pa, max_pa);
 680
 681     for (i = npall = 0; (i < static_cast<int>(NPCA_PA)); i++)
 682     {
 683         npall = add_parg(npall, all_pa, &(pca_pa[i]));
 684     }
 685
 686 #ifdef __sgi
 687     const char *envstr = getenv("GMXNPRIALL");
 688     if (envstr)
 689     {
 690         npri = strtol(envstr, NULL, 10);
 691     }
 692     if (FF(PCA_BE_NICE))
 693     {
 694         envstr = getenv("GMXNPRI");
 695         if (envstr)
 696         {
 697             npri = strtol(envstr, NULL, 10);
 698         }
 699     }
 700     npall = add_parg(npall, all_pa, &npri_pa);
 701 #endif
 702
 703     if (FF(PCA_BE_NICE))
 704     {
 705         nicelevel = 19;
 706     }
 707     npall = add_parg(npall, all_pa, &nice_pa);
 708
 709     if (FF(PCA_CAN_SET_DEFFNM))
 710     {
 711         npall = add_parg(npall, all_pa, &deffnm_pa);
 712     }
 713     if (FF(PCA_CAN_BEGIN))
 714     {
 715         npall = add_parg(npall, all_pa, &begin_pa);
 716     }
 717     if (FF(PCA_CAN_END))
 718     {
 719         npall = add_parg(npall, all_pa, &end_pa);
 720     }
 721     if (FF(PCA_CAN_DT))
 722     {
 723         npall = add_parg(npall, all_pa, &dt_pa);
 724     }
 725     if (FF(PCA_TIME_UNIT))
 726     {
 727         npall = add_parg(npall, all_pa, &time_pa);
 728     }
 729     if (FF(PCA_CAN_VIEW))
 730     {
 731         npall = add_parg(npall, all_pa, &view_pa);
 732     }
 733
 734     bXvgr = FALSE;
 735     for (i = 0; (i < nfile); i++)
 736     {
 737         bXvgr = bXvgr ||  (fnm[i].ftp == efXVG);
 738     }
 739     if (bXvgr)
 740     {
 741         npall = add_parg(npall, all_pa, &xvg_pa);
 742     }
 743
 744     /* Now append the program specific arguments */
 745     for (i = 0; (i < npargs); i++)
 746     {
 747         npall = add_parg(npall, all_pa, &(pa[i]));
 748     }
 749
 750     /* set etENUM options to default */
 751     for (i = 0; (i < npall); i++)
 752     {
 753         if (all_pa[i].type == etENUM)
 754         {
 755             all_pa[i].u.c[0] = all_pa[i].u.c[1];
 756         }
 757     }
 758     set_default_time_unit(time_units, FF(PCA_TIME_UNIT));
 759     set_default_xvg_format(xvg_format);
 760
 761     /* Now parse all the command-line options */
 762     get_pargs(argc, argv, npall, all_pa);
 763
 764     /* set program name, command line, and default values for output options */
 765     output_env_init(oenv, *argc, argv, (time_unit_t)nenum(time_units), bView,
 766                     (xvg_format_t)nenum(xvg_format), 0, debug_level);
 767
 768     /* Parse the file args */
 769     parse_file_args(argc, argv, nfile, fnm, deffnm, !FF(PCA_NOT_READ_NODE));
 770
 771     /* Open the debug file */
 772     if (debug_level > 0)
 773     {
 774         char buf[256];
 775
 776         if (gmx_mpi_initialized())
 777         {
 778             sprintf(buf, "%s%d.debug", output_env_get_short_program_name(*oenv),
 779                     gmx_node_rank());
 780         }
 781         else
 782         {
 783             sprintf(buf, "%s.debug", output_env_get_short_program_name(*oenv));
 784         }
 785
 786         init_debug(debug_level, buf);
 787         fprintf(stderr, "Opening debug file %s (src code file %s, line %d)\n",
 788                 buf, __FILE__, __LINE__);
 789     }
 790
 791     /* Now copy the results back... */
 792     for (i = 0, k = npall-npargs; (i < npargs); i++, k++)
 793     {
 794         memcpy(&(pa[i]), &(all_pa[k]), (size_t)sizeof(pa[i]));
 795     }
 796
 797
 798     for (i = 0; (i < npall); i++)
 799     {
 800         all_pa[i].desc = mk_desc(&(all_pa[i]), output_env_get_time_unit(*oenv));
 801     }
 802
 803 #if (defined __sgi && USE_SGI_FPE)
 804     doexceptions();
 805 #endif
 806
 807     bool bExit = false;
 808     try
 809     {
 810         const gmx::CommandLineHelpContext *context =
 811             gmx::GlobalCommandLineHelpContext::get();
 812         bExit = (context != NULL || strcmp(manstr[0], "no") != 0);
 813         if (!(FF(PCA_QUIET)))
 814         {
 815             if (context != NULL)
 816             {
 817                 write_man(*context, ndesc, desc, nfile, fnm, npall, all_pa, nbugs, bugs);
 818             }
 819             else if (!strcmp(manstr[0], "completion"))
 820             {
 821                 const char *program = output_env_get_short_program_name(*oenv);
 822                 /* one file each for csh, bash and zsh if we do completions */
 823                 write_completions("completion-zsh", program, nfile, fnm, npall, all_pa);
 824                 write_completions("completion-bash", program, nfile, fnm, npall, all_pa);
 825                 write_completions("completion-csh", program, nfile, fnm, npall, all_pa);
 826             }
 827         }
 828     }
 829     GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR;
 830
 831     /* Set the nice level */
 832 #ifdef __sgi
 833     if (npri != 0 && !bExit)
 834     {
 835         schedctl(MPTS_RTPRI, 0, npri);
 836     }
 837 #endif
 838
 839 #ifdef HAVE_UNISTD_H
 840 #ifndef GMX_NO_NICE
 841     /* The some system, e.g. the catamount kernel on cray xt3 do not have nice(2). */
 842     if (nicelevel != 0 && !bExit)
 843     {
 844         static gmx_bool            nice_set   = FALSE; /* only set it once */
 845         static tMPI_Thread_mutex_t init_mutex = TMPI_THREAD_MUTEX_INITIALIZER;
 846         tMPI_Thread_mutex_lock(&init_mutex);
 847         if (!nice_set)
 848         {
 849             if (nice(nicelevel) == -1)
 850             {
 851                 /* Do nothing, but use the return value to avoid warnings. */
 852             }
 853             nice_set = TRUE;
 854         }
 855         tMPI_Thread_mutex_unlock(&init_mutex);
 856     }
 857 #endif
 858 #endif
 859
 860     /* convert time options, must be done after printing! */
 861
 862     for (i = 0; i < npall; i++)
 863     {
 864         if (all_pa[i].type == etTIME && all_pa[i].bSet)
 865         {
 866             *all_pa[i].u.r *= output_env_get_time_invfactor(*oenv);
 867         }
 868     }
 869
 870     /* Extract Time info from arguments */
 871     if (FF(PCA_CAN_BEGIN) && opt2parg_bSet("-b", npall, all_pa))
 872     {
 873         setTimeValue(TBEGIN, opt2parg_real("-b", npall, all_pa));
 874     }
 875
 876     if (FF(PCA_CAN_END) && opt2parg_bSet("-e", npall, all_pa))
 877     {
 878         setTimeValue(TEND, opt2parg_real("-e", npall, all_pa));
 879     }
 880
 881     if (FF(PCA_CAN_DT) && opt2parg_bSet("-dt", npall, all_pa))
 882     {
 883         setTimeValue(TDELTA, opt2parg_real("-dt", npall, all_pa));
 884     }
 885
 886     /* clear memory */
 887     for (i = 0; i < npall; ++i)
 888     {
 889         sfree((void *)all_pa[i].desc);
 890     }
 891     sfree(all_pa);
 892
 893     if (!FF(PCA_NOEXIT_ON_ARGS))
 894     {
 895         if (*argc > 1)
 896         {
 897             gmx_cmd(argv[1]);
 898         }
 899     }
 900     return !bExit;
 901 #undef FF
 902 }