src/gromacs/commandline/cmdlinemodulemanager.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements gmx::CommandLineModuleManager.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_commandline
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "cmdlinemodulemanager.h"
  45
  46 #include <cstdio>
  47
  48 #include <string>
  49 #include <utility>
  50
  51 #include "gromacs/commandline/cmdlinehelpcontext.h"
  52 #include "gromacs/commandline/cmdlineinit.h"
  53 #include "gromacs/commandline/cmdlinemodule.h"
  54 #include "gromacs/commandline/cmdlineparser.h"
  55 #include "gromacs/commandline/cmdlineprogramcontext.h"
  56 #include "gromacs/legacyheaders/copyrite.h"
  57 #include "gromacs/math/utilities.h"
  58 #include "gromacs/options/basicoptions.h"
  59 #include "gromacs/options/options.h"
  60 #include "gromacs/utility/basenetwork.h"
  61 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  62 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  63 #include "gromacs/utility/futil.h"
  64 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  65 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  66 #include "gromacs/utility/sysinfo.h"
  67
  68 #include "cmdlinehelpmodule.h"
  69 #include "cmdlinemodulemanager-impl.h"
  70
  71 namespace gmx
  72 {
  73
  74 namespace
  75 {
  76
  77 //! \addtogroup module_commandline
  78 //! \{
  79
  80 /********************************************************************
  81  * CMainCommandLineModule
  82  */
  83
  84 /*! \brief
  85  * Implements a CommandLineModuleInterface, given a function with C/C++ main()
  86  * signature.
  87  */
  88 class CMainCommandLineModule : public CommandLineModuleInterface
  89 {
  90     public:
  91         //! \copydoc gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction
  92         typedef CommandLineModuleManager::CMainFunction CMainFunction;
  93
  94         /*! \brief
  95          * Creates a wrapper module for the given main function.
  96          *
  97          * \param[in] name             Name for the module.
  98          * \param[in] shortDescription One-line description for the module.
  99          * \param[in] mainFunction     Main function to wrap.
 100          *
 101          * Does not throw.  This is essential for correct implementation of
 102          * CommandLineModuleManager::runAsMainCMain().
 103          */
 104         CMainCommandLineModule(const char *name, const char *shortDescription,
 105                                CMainFunction mainFunction)
 106             : name_(name), shortDescription_(shortDescription),
 107               mainFunction_(mainFunction)
 108         {
 109         }
 110
 111         virtual const char *name() const
 112         {
 113             return name_;
 114         }
 115         virtual const char *shortDescription() const
 116         {
 117             return shortDescription_;
 118         }
 119
 120         virtual void init(CommandLineModuleSettings * /*settings*/)
 121         {
 122         }
 123         virtual int run(int argc, char *argv[])
 124         {
 125             return mainFunction_(argc, argv);
 126         }
 127         virtual void writeHelp(const CommandLineHelpContext &context) const
 128         {
 129             writeCommandLineHelpCMain(context, name_, mainFunction_);
 130         }
 131
 132     private:
 133         const char             *name_;
 134         const char             *shortDescription_;
 135         CMainFunction           mainFunction_;
 136 };
 137
 138 //! \}
 139
 140 }   // namespace
 141
 142 /********************************************************************
 143  * CommandLineCommonOptionsHolder
 144  */
 145
 146 CommandLineCommonOptionsHolder::CommandLineCommonOptionsHolder()
 147     : options_(NULL, NULL), bHelp_(false), bHidden_(false),
 148       bQuiet_(false), bVersion_(false), bCopyright_(true),
 149       niceLevel_(19), bBackup_(true), bFpexcept_(false), debugLevel_(0)
 150 {
 151     binaryInfoSettings_.copyright(true);
 152 }
 153
 154 CommandLineCommonOptionsHolder::~CommandLineCommonOptionsHolder()
 155 {
 156 }
 157
 158 void CommandLineCommonOptionsHolder::initOptions()
 159 {
 160     options_.addOption(BooleanOption("h").store(&bHelp_)
 161                            .description("Print help and quit"));
 162     options_.addOption(BooleanOption("hidden").store(&bHidden_)
 163                            .hidden()
 164                            .description("Show hidden options in help"));
 165     options_.addOption(BooleanOption("quiet").store(&bQuiet_)
 166                            .description("Do not print common startup info or quotes"));
 167     options_.addOption(BooleanOption("version").store(&bVersion_)
 168                            .description("Print extended version information and quit"));
 169     options_.addOption(BooleanOption("copyright").store(&bCopyright_)
 170                            .description("Print copyright information on startup"));
 171     options_.addOption(IntegerOption("nice").store(&niceLevel_)
 172                            .description("Set the nicelevel (default depends on command)"));
 173     options_.addOption(BooleanOption("backup").store(&bBackup_)
 174                            .description("Write backups if output files exist"));
 175     options_.addOption(BooleanOption("fpexcept").store(&bFpexcept_)
 176                            .hidden().description("Enable floating-point exceptions"));
 177     options_.addOption(IntegerOption("debug").store(&debugLevel_)
 178                            .hidden().defaultValueIfSet(1)
 179                            .description("Write file with debug information, "
 180                                         "1: short (default), 2: also x and f"));
 181 }
 182
 183 bool CommandLineCommonOptionsHolder::finishOptions()
 184 {
 185     options_.finish();
 186     binaryInfoSettings_.extendedInfo(bVersion_);
 187     // The latter condition suppresses the copyright with
 188     // -quiet -version.
 189     binaryInfoSettings_.copyright(bCopyright_ && !bQuiet_);
 190     return !bVersion_;
 191 }
 192
 193 void CommandLineCommonOptionsHolder::adjustFromSettings(
 194         const CommandLineModuleSettings &settings)
 195 {
 196     if (!options_.isSet("nice"))
 197     {
 198         niceLevel_ = settings.defaultNiceLevel();
 199     }
 200 }
 201
 202 /********************************************************************
 203  * CommandLineModuleManager::Impl
 204  */
 205
 206 /*! \internal \brief
 207  * Private implementation class for CommandLineModuleManager.
 208  *
 209  * \ingroup module_commandline
 210  */
 211 class CommandLineModuleManager::Impl
 212 {
 213     public:
 214         /*! \brief
 215          * Initializes the implementation class.
 216          *
 217          * \param[in] binaryName     Name of the running binary
 218          *     (without Gromacs binary suffix or .exe on Windows).
 219          * \param     programContext Program information for the running binary.
 220          */
 221         Impl(const char *binaryName, CommandLineProgramContext *programContext);
 222
 223         /*! \brief
 224          * Helper method that adds a given module to the module manager.
 225          *
 226          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
 227          */
 228         void addModule(CommandLineModulePointer module);
 229         /*! \brief
 230          * Creates the help module if it does not yet exist.
 231          *
 232          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
 233          *
 234          * This method should be called before accessing \a helpModule_.
 235          */
 236         void ensureHelpModuleExists();
 237
 238         /*! \brief
 239          * Finds a module that matches a name.
 240          *
 241          * \param[in] name  Module name to find.
 242          * \returns   Iterator to the found module, or
 243          *      \c modules_.end() if not found.
 244          *
 245          * Does not throw.
 246          */
 247         CommandLineModuleMap::const_iterator
 248         findModuleByName(const std::string &name) const;
 249
 250         /*! \brief
 251          * Processes command-line options for the wrapper binary.
 252          *
 253          * \param[in,out] optionsHolder Common options.
 254          * \param[in,out] argc          On input, argc passed to run().
 255          *     On output, argc to be passed to the module.
 256          * \param[in,out] argv          On input, argv passed to run().
 257          *     On output, argv to be passed to the module.
 258          * \throws    InvalidInputError if there are invalid options.
 259          * \returns   The module that should be run.
 260          *
 261          * Handles command-line options that affect the wrapper binary
 262          * (potentially changing the members of \c this in response to the
 263          * options).  Also finds the module that should be run and the
 264          * arguments that should be passed to it.
 265          */
 266         CommandLineModuleInterface *
 267         processCommonOptions(CommandLineCommonOptionsHolder *optionsHolder,
 268                              int *argc, char ***argv);
 269
 270         /*! \brief
 271          * Maps module names to module objects.
 272          *
 273          * Owns the contained modules.
 274          */
 275         CommandLineModuleMap         modules_;
 276         /*! \brief
 277          * List of groupings for modules for help output.
 278          *
 279          * Owns the contained module group data objects.
 280          * CommandLineModuleGroup objects point to the data objects contained
 281          * here.
 282          */
 283         CommandLineModuleGroupList   moduleGroups_;
 284         //! Information about the currently running program.
 285         CommandLineProgramContext   &programContext_;
 286         //! Name of the binary.
 287         std::string                  binaryName_;
 288         /*! \brief
 289          * Module that implements help for the binary.
 290          *
 291          * The pointed module is owned by the \a modules_ container.
 292          */
 293         CommandLineHelpModule       *helpModule_;
 294         //! If non-NULL, run this module in single-module mode.
 295         CommandLineModuleInterface  *singleModule_;
 296         //! Stores the value set with setQuiet().
 297         bool                         bQuiet_;
 298
 299     private:
 300         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(Impl);
 301 };
 302
 303 CommandLineModuleManager::Impl::Impl(const char                *binaryName,
 304                                      CommandLineProgramContext *programContext)
 305     : programContext_(*programContext),
 306       binaryName_(binaryName != NULL ? binaryName : ""),
 307       helpModule_(NULL), singleModule_(NULL),
 308       bQuiet_(false)
 309 {
 310     GMX_RELEASE_ASSERT(binaryName_.find('-') == std::string::npos,
 311                        "Help export does not currently work with binary names with dashes");
 312 }
 313
 314 void CommandLineModuleManager::Impl::addModule(CommandLineModulePointer module)
 315 {
 316     GMX_ASSERT(modules_.find(module->name()) == modules_.end(),
 317                "Attempted to register a duplicate module name");
 318     ensureHelpModuleExists();
 319     HelpTopicPointer helpTopic(helpModule_->createModuleHelpTopic(*module));
 320     modules_.insert(std::make_pair(std::string(module->name()),
 321                                    move(module)));
 322     helpModule_->addTopic(move(helpTopic));
 323 }
 324
 325 void CommandLineModuleManager::Impl::ensureHelpModuleExists()
 326 {
 327     if (helpModule_ == NULL)
 328     {
 329         helpModule_ = new CommandLineHelpModule(programContext_, binaryName_,
 330                                                 modules_, moduleGroups_);
 331         addModule(CommandLineModulePointer(helpModule_));
 332     }
 333 }
 334
 335 CommandLineModuleMap::const_iterator
 336 CommandLineModuleManager::Impl::findModuleByName(const std::string &name) const
 337 {
 338     // TODO: Accept unambiguous prefixes?
 339     return modules_.find(name);
 340 }
 341
 342 CommandLineModuleInterface *
 343 CommandLineModuleManager::Impl::processCommonOptions(
 344         CommandLineCommonOptionsHolder *optionsHolder, int *argc, char ***argv)
 345 {
 346     // Check if we are directly invoking a certain module.
 347     CommandLineModuleInterface *module = singleModule_;
 348
 349     // TODO: It would be nice to propagate at least the -quiet option to
 350     // the modules so that they can also be quiet in response to this.
 351
 352     if (module == NULL)
 353     {
 354         // If not in single-module mode, process options to the wrapper binary.
 355         // TODO: Ideally, this could be done by CommandLineParser.
 356         int argcForWrapper = 1;
 357         while (argcForWrapper < *argc && (*argv)[argcForWrapper][0] == '-')
 358         {
 359             ++argcForWrapper;
 360         }
 361         if (argcForWrapper > 1)
 362         {
 363             CommandLineParser(optionsHolder->options())
 364                 .parse(&argcForWrapper, *argv);
 365         }
 366         // If no action requested and there is a module specified, process it.
 367         if (argcForWrapper < *argc && !optionsHolder->shouldIgnoreActualModule())
 368         {
 369             const char *moduleName = (*argv)[argcForWrapper];
 370             CommandLineModuleMap::const_iterator moduleIter
 371                 = findModuleByName(moduleName);
 372             if (moduleIter == modules_.end())
 373             {
 374                 std::string message =
 375                     formatString("'%s' is not a GROMACS command.", moduleName);
 376                 GMX_THROW(InvalidInputError(message));
 377             }
 378             module = moduleIter->second.get();
 379             *argc -= argcForWrapper;
 380             *argv += argcForWrapper;
 381             // After this point, argc and argv are the same independent of
 382             // which path is taken: (*argv)[0] is the module name.
 383         }
 384     }
 385     if (module != NULL)
 386     {
 387         if (singleModule_ == NULL)
 388         {
 389             programContext_.setDisplayName(binaryName_ + " " + module->name());
 390         }
 391         // Recognize the common options also after the module name.
 392         // TODO: It could be nicer to only recognize -h/-hidden if module is not
 393         // null.
 394         CommandLineParser(optionsHolder->options())
 395             .skipUnknown(true).parse(argc, *argv);
 396     }
 397     if (!optionsHolder->finishOptions())
 398     {
 399         return NULL;
 400     }
 401     // If no module specified and no other action, show the help.
 402     // Also explicitly specifying -h for the wrapper binary goes here.
 403     if (module == NULL || optionsHolder->shouldShowHelp())
 404     {
 405         ensureHelpModuleExists();
 406         if (module != NULL)
 407         {
 408             helpModule_->setModuleOverride(*module);
 409         }
 410         *argc  = 1;
 411         module = helpModule_;
 412     }
 413     if (module == helpModule_)
 414     {
 415         helpModule_->setShowHidden(optionsHolder->shouldShowHidden());
 416     }
 417     return module;
 418 }
 419
 420 /********************************************************************
 421  * CommandLineModuleManager
 422  */
 423
 424 CommandLineModuleManager::CommandLineModuleManager(
 425         const char *binaryName, CommandLineProgramContext *programContext)
 426     : impl_(new Impl(binaryName, programContext))
 427 {
 428 }
 429
 430 CommandLineModuleManager::~CommandLineModuleManager()
 431 {
 432 }
 433
 434 void CommandLineModuleManager::setQuiet(bool bQuiet)
 435 {
 436     impl_->bQuiet_ = bQuiet;
 437 }
 438
 439 void CommandLineModuleManager::setOutputRedirect(File *output)
 440 {
 441     impl_->ensureHelpModuleExists();
 442     impl_->helpModule_->setOutputRedirect(output);
 443 }
 444
 445 void CommandLineModuleManager::setSingleModule(CommandLineModuleInterface *module)
 446 {
 447     impl_->singleModule_ = module;
 448 }
 449
 450 void CommandLineModuleManager::addModule(CommandLineModulePointer module)
 451 {
 452     impl_->addModule(move(module));
 453 }
 454
 455 void CommandLineModuleManager::addModuleCMain(
 456         const char *name, const char *shortDescription,
 457         CMainFunction mainFunction)
 458 {
 459     CommandLineModulePointer module(
 460             new CMainCommandLineModule(name, shortDescription, mainFunction));
 461     addModule(move(module));
 462 }
 463
 464 CommandLineModuleGroup CommandLineModuleManager::addModuleGroup(
 465         const char *title)
 466 {
 467     const char *const                 binaryName = impl_->binaryName_.c_str();
 468     CommandLineModuleGroupDataPointer group(
 469             new CommandLineModuleGroupData(impl_->modules_, binaryName, title));
 470     impl_->moduleGroups_.push_back(move(group));
 471     return CommandLineModuleGroup(impl_->moduleGroups_.back().get());
 472 }
 473
 474 void CommandLineModuleManager::addHelpTopic(HelpTopicPointer topic)
 475 {
 476     impl_->ensureHelpModuleExists();
 477     impl_->helpModule_->addTopic(move(topic));
 478 }
 479
 480 int CommandLineModuleManager::run(int argc, char *argv[])
 481 {
 482     CommandLineModuleInterface    *module;
 483     const bool                     bMaster = (gmx_node_rank() == 0);
 484     bool                           bQuiet  = impl_->bQuiet_ || !bMaster;
 485     CommandLineCommonOptionsHolder optionsHolder;
 486     try
 487     {
 488         optionsHolder.initOptions();
 489         module = impl_->processCommonOptions(&optionsHolder, &argc, &argv);
 490     }
 491     catch (const std::exception &)
 492     {
 493         bQuiet |= optionsHolder.shouldBeQuiet();
 494         if (!bQuiet)
 495         {
 496             printBinaryInformation(stderr, impl_->programContext_,
 497                                    optionsHolder.binaryInfoSettings());
 498         }
 499         throw;
 500     }
 501     bQuiet |= optionsHolder.shouldBeQuiet();
 502     if (!bQuiet)
 503     {
 504         FILE *out = optionsHolder.startupInfoFile();
 505         printBinaryInformation(out, impl_->programContext_,
 506                                optionsHolder.binaryInfoSettings());
 507         fprintf(out, "\n");
 508     }
 509     if (module == NULL)
 510     {
 511         return 0;
 512     }
 513
 514     CommandLineModuleSettings settings;
 515     module->init(&settings);
 516     optionsHolder.adjustFromSettings(settings);
 517
 518     gmx_set_max_backup_count(optionsHolder.shouldBackup() ? -1 : 0);
 519
 520     // Open the debug file.
 521     if (optionsHolder.debugLevel() > 0)
 522     {
 523         std::string filename(impl_->programContext_.programName());
 524         if (gmx_node_num() > 1)
 525         {
 526             filename.append(formatString("%d", gmx_node_rank()));
 527         }
 528         filename.append(".debug");
 529
 530         fprintf(stderr, "Will write debug log file: %s\n", filename.c_str());
 531         gmx_init_debug(optionsHolder.debugLevel(), filename.c_str());
 532     }
 533     // Set the nice level unless disabled in the configuration.
 534     if (optionsHolder.niceLevel() != 0)
 535     {
 536         static bool bNiceSet = false; // Only set it once.
 537         if (!bNiceSet)
 538         {
 539             // TODO: Diagnostic if this fails and the user explicitly requested it.
 540             gmx_set_nice(optionsHolder.niceLevel());
 541             bNiceSet = true;
 542         }
 543     }
 544     if (optionsHolder.enableFPExceptions())
 545     {
 546         //TODO: currently it is always enabled for mdrun (verlet) and tests.
 547         gmx_feenableexcept();
 548     }
 549
 550     int rc = 0;
 551     if (!(module == impl_->helpModule_ && !bMaster))
 552     {
 553         rc = module->run(argc, argv);
 554     }
 555     if (!bQuiet)
 556     {
 557         gmx_thanx(stderr);
 558     }
 559     return rc;
 560 }
 561
 562 // static
 563 int CommandLineModuleManager::runAsMainSingleModule(
 564         int argc, char *argv[], CommandLineModuleInterface *module)
 565 {
 566     CommandLineProgramContext &programContext = gmx::initForCommandLine(&argc, &argv);
 567     try
 568     {
 569         CommandLineModuleManager manager(NULL, &programContext);
 570         manager.setSingleModule(module);
 571         int rc = manager.run(argc, argv);
 572         gmx::finalizeForCommandLine();
 573         return rc;
 574     }
 575     catch (const std::exception &ex)
 576     {
 577         printFatalErrorMessage(stderr, ex);
 578         return processExceptionAtExitForCommandLine(ex);
 579     }
 580 }
 581
 582 // static
 583 int CommandLineModuleManager::runAsMainCMain(
 584         int argc, char *argv[], CMainFunction mainFunction)
 585 {
 586     CMainCommandLineModule module(argv[0], NULL, mainFunction);
 587     return runAsMainSingleModule(argc, argv, &module);
 588 }
 589
 590 /********************************************************************
 591  * CommandLineModuleGroupData
 592  */
 593
 594 void CommandLineModuleGroupData::addModule(const char *name,
 595                                            const char *description)
 596 {
 597     CommandLineModuleMap::const_iterator moduleIter = allModules_.find(name);
 598     GMX_RELEASE_ASSERT(moduleIter != allModules_.end(),
 599                        "Non-existent module added to a group");
 600     if (description == NULL)
 601     {
 602         description = moduleIter->second->shortDescription();
 603         GMX_RELEASE_ASSERT(description != NULL,
 604                            "Module without a description added to a group");
 605     }
 606     std::string       tag(formatString("%s-%s", binaryName_, name));
 607     modules_.push_back(std::make_pair(tag, description));
 608 }
 609
 610 /********************************************************************
 611  * CommandLineModuleGroup
 612  */
 613
 614 void CommandLineModuleGroup::addModule(const char *name)
 615 {
 616     impl_->addModule(name, NULL);
 617 }
 618
 619 void CommandLineModuleGroup::addModuleWithDescription(const char *name,
 620                                                       const char *description)
 621 {
 622     impl_->addModule(name, description);
 623 }
 624
 625 } // namespace gmx