src/gromacs/commandline/cmdlinemodulemanager.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7  * directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements gmx::CommandLineModuleManager.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_commandline
  41  */
  42 #include "cmdlinemodulemanager.h"
  43
  44 #include <cstdio>
  45
  46 #include <map>
  47 #include <string>
  48 #include <utility>
  49
  50 #include <boost/scoped_ptr.hpp>
  51
  52 #include "gromacs/legacyheaders/copyrite.h"
  53 #include "gromacs/legacyheaders/network.h"
  54
  55 #include "gromacs/commandline/cmdlinehelpcontext.h"
  56 #include "gromacs/commandline/cmdlinemodule.h"
  57 #include "gromacs/commandline/cmdlineparser.h"
  58 #include "gromacs/onlinehelp/helpformat.h"
  59 #include "gromacs/onlinehelp/helpmanager.h"
  60 #include "gromacs/onlinehelp/helptopic.h"
  61 #include "gromacs/onlinehelp/helpwritercontext.h"
  62 #include "gromacs/options/basicoptions.h"
  63 #include "gromacs/options/options.h"
  64 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  65 #include "gromacs/utility/file.h"
  66 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  67 #include "gromacs/utility/init.h"
  68 #include "gromacs/utility/programinfo.h"
  69 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  70
  71 namespace gmx
  72 {
  73
  74 //! Container type for mapping module names to module objects.
  75 typedef std::map<std::string, CommandLineModulePointer> CommandLineModuleMap;
  76
  77 class CommandLineHelpModule;
  78
  79 namespace
  80 {
  81
  82 /********************************************************************
  83  * RootHelpTopic
  84  */
  85
  86 struct RootHelpText
  87 {
  88     static const char        name[];
  89     static const char        title[];
  90     static const char *const text[];
  91 };
  92
  93 // The first two are not used.
  94 const char        RootHelpText::name[]  = "";
  95 const char        RootHelpText::title[] = "";
  96 const char *const RootHelpText::text[]  = {
  97     "Usage: [PROGRAM] <command> [<args>]",
  98 };
  99
 100 /*! \internal \brief
 101  * Help topic that forms the root of the help tree for the help subcommand.
 102  *
 103  * \ingroup module_commandline
 104  */
 105 class RootHelpTopic : public CompositeHelpTopic<RootHelpText>
 106 {
 107     public:
 108         /*! \brief
 109          * Creates a root help topic.
 110          *
 111          * \param[in] modules  List of modules for to use for module listings.
 112          *
 113          * Does not throw.
 114          */
 115         explicit RootHelpTopic(const CommandLineModuleMap &modules)
 116             : modules_(modules)
 117         {
 118         }
 119
 120         virtual void writeHelp(const HelpWriterContext &context) const;
 121
 122     private:
 123         void printModuleList(const HelpWriterContext &context) const;
 124
 125         const CommandLineModuleMap &modules_;
 126
 127         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(RootHelpTopic);
 128 };
 129
 130 void RootHelpTopic::writeHelp(const HelpWriterContext &context) const
 131 {
 132     if (context.outputFormat() != eHelpOutputFormat_Console)
 133     {
 134         // TODO: Implement once the situation with Redmine issue #969 is more
 135         // clear.
 136         GMX_THROW(NotImplementedError(
 137                           "Root help is not implemented for this output format"));
 138     }
 139     writeBasicHelpTopic(context, *this, helpText());
 140     // TODO: If/when this list becomes long, it may be better to only print
 141     // "common" commands here, and have a separate topic (e.g.,
 142     // "help commands") that prints the full list.
 143     printModuleList(context);
 144     context.writeTextBlock(
 145             "For additional help on a command, use '[PROGRAM] help <command>'");
 146     writeSubTopicList(context,
 147                       "\nAdditional help is available on the following topics:");
 148     context.writeTextBlock(
 149             "To access the help, use '[PROGRAM] help <topic>'.");
 150 }
 151
 152 void RootHelpTopic::printModuleList(const HelpWriterContext &context) const
 153 {
 154     if (context.outputFormat() != eHelpOutputFormat_Console)
 155     {
 156         // TODO: Implement once the situation with Redmine issue #969 is more
 157         // clear.
 158         GMX_THROW(NotImplementedError(
 159                           "Module list is not implemented for this output format"));
 160     }
 161     int maxNameLength = 0;
 162     CommandLineModuleMap::const_iterator module;
 163     for (module = modules_.begin(); module != modules_.end(); ++module)
 164     {
 165         int nameLength = static_cast<int>(module->first.length());
 166         if (module->second->shortDescription() != NULL
 167             && nameLength > maxNameLength)
 168         {
 169             maxNameLength = nameLength;
 170         }
 171     }
 172     File              &file = context.outputFile();
 173     TextTableFormatter formatter;
 174     formatter.addColumn(NULL, maxNameLength + 1, false);
 175     formatter.addColumn(NULL, 72 - maxNameLength, true);
 176     formatter.setFirstColumnIndent(4);
 177     file.writeLine();
 178     file.writeLine("Available commands:");
 179     for (module = modules_.begin(); module != modules_.end(); ++module)
 180     {
 181         const char *name        = module->first.c_str();
 182         const char *description = module->second->shortDescription();
 183         if (description != NULL)
 184         {
 185             formatter.clear();
 186             formatter.addColumnLine(0, name);
 187             formatter.addColumnLine(1, description);
 188             file.writeString(formatter.formatRow());
 189         }
 190     }
 191 }
 192
 193 /********************************************************************
 194  * ModuleHelpTopic declaration
 195  */
 196
 197 /*! \internal \brief
 198  * Help topic wrapper for a command-line module.
 199  *
 200  * This class implements HelpTopicInterface such that it wraps a
 201  * CommandLineModuleInterface, allowing subcommand "help <command>"
 202  * to produce the help for "<command>".
 203  *
 204  * \ingroup module_commandline
 205  */
 206 class ModuleHelpTopic : public HelpTopicInterface
 207 {
 208     public:
 209         //! Constructs a help topic for a specific module.
 210         ModuleHelpTopic(const CommandLineModuleInterface &module,
 211                         const CommandLineHelpModule      &helpModule)
 212             : module_(module), helpModule_(helpModule)
 213         {
 214         }
 215
 216         virtual const char *name() const { return module_.name(); }
 217         virtual const char *title() const { return NULL; }
 218         virtual bool hasSubTopics() const { return false; }
 219         virtual const HelpTopicInterface *findSubTopic(const char * /*name*/) const
 220         {
 221             return NULL;
 222         }
 223         virtual void writeHelp(const HelpWriterContext &context) const;
 224
 225     private:
 226         const CommandLineModuleInterface &module_;
 227         const CommandLineHelpModule      &helpModule_;
 228
 229         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(ModuleHelpTopic);
 230 };
 231
 232 /********************************************************************
 233  * HelpExportInterface
 234  */
 235
 236 /*! \internal \brief
 237  * Callbacks for exporting help information for command-line modules.
 238  *
 239  * \ingroup module_commandline
 240  */
 241 class HelpExportInterface
 242 {
 243     public:
 244         virtual ~HelpExportInterface() {};
 245
 246         /*! \brief
 247          * Called to export the help for each module.
 248          *
 249          * \param[in] tag     Unique tag for the module (gmx-something).
 250          * \param[in] module  Module for which the help should be exported.
 251          */
 252         virtual void exportModuleHelp(const std::string                &tag,
 253                                       const CommandLineModuleInterface &module) = 0;
 254 };
 255
 256 }   // namespace
 257
 258 /********************************************************************
 259  * CommandLineHelpModule
 260  */
 261
 262 /*! \internal \brief
 263  * Command-line module for producing help.
 264  *
 265  * This module implements the 'help' subcommand that is automatically added by
 266  * CommandLineModuleManager.
 267  *
 268  * \ingroup module_commandline
 269  */
 270 class CommandLineHelpModule : public CommandLineModuleInterface
 271 {
 272     public:
 273         /*! \brief
 274          * Creates a command-line help module.
 275          *
 276          * \param[in] modules  List of modules for to use for module listings.
 277          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
 278          */
 279         explicit CommandLineHelpModule(const CommandLineModuleMap &modules);
 280
 281         /*! \brief
 282          * Adds a top-level help topic.
 283          *
 284          * \param[in] topic  Help topic to add.
 285          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
 286          */
 287         void addTopic(HelpTopicPointer topic);
 288         //! Sets whether hidden options will be shown in help.
 289         void setShowHidden(bool bHidden) { bHidden_ = bHidden; }
 290         /*! \brief
 291          * Sets an override to show the help for the given module.
 292          *
 293          * If called, the help module directly prints the help for the given
 294          * module when called, skipping any other processing.
 295          */
 296         void setModuleOverride(const CommandLineModuleInterface &module)
 297         {
 298             moduleOverride_ = &module;
 299         }
 300
 301         //! Returns the context object for help output.
 302         const CommandLineHelpContext &context() const
 303         {
 304             return *context_;
 305         }
 306
 307         virtual const char *name() const { return "help"; }
 308         virtual const char *shortDescription() const
 309         {
 310             return "Print help information";
 311         }
 312
 313         virtual int run(int argc, char *argv[]);
 314         virtual void writeHelp(const CommandLineHelpContext &context) const;
 315
 316     private:
 317         void exportHelp(HelpExportInterface *exporter) const;
 318
 319         boost::scoped_ptr<RootHelpTopic>  rootTopic_;
 320         const CommandLineModuleMap       &modules_;
 321
 322         CommandLineHelpContext           *context_;
 323         const CommandLineModuleInterface *moduleOverride_;
 324         bool                              bHidden_;
 325
 326         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(CommandLineHelpModule);
 327 };
 328
 329 CommandLineHelpModule::CommandLineHelpModule(const CommandLineModuleMap &modules)
 330     : rootTopic_(new RootHelpTopic(modules)), modules_(modules),
 331       context_(NULL), moduleOverride_(NULL), bHidden_(false)
 332 {
 333 }
 334
 335 void CommandLineHelpModule::addTopic(HelpTopicPointer topic)
 336 {
 337     rootTopic_->addSubTopic(move(topic));
 338 }
 339
 340 int CommandLineHelpModule::run(int argc, char *argv[])
 341 {
 342     const char *const exportFormats[] = { "man", "html", "completion" };
 343     std::string       exportFormat;
 344     Options           options(NULL, NULL);
 345     options.addOption(StringOption("export").store(&exportFormat)
 346                           .enumValue(exportFormats));
 347     CommandLineParser(&options).parse(&argc, argv);
 348     if (!exportFormat.empty())
 349     {
 350         boost::scoped_ptr<HelpExportInterface> exporter;
 351         {
 352             GMX_THROW(NotImplementedError("This help format is not implemented"));
 353         }
 354         exportHelp(exporter.get());
 355         return 0;
 356     }
 357
 358     boost::scoped_ptr<CommandLineHelpContext> context(
 359             new CommandLineHelpContext(&File::standardOutput(),
 360                                        eHelpOutputFormat_Console));
 361     context->setShowHidden(bHidden_);
 362     context_ = context.get();
 363     if (moduleOverride_ != NULL)
 364     {
 365         ModuleHelpTopic(*moduleOverride_, *this).writeHelp(context->writerContext());
 366         return 0;
 367     }
 368
 369     HelpManager       helpManager(*rootTopic_, context->writerContext());
 370     try
 371     {
 372         for (int i = 1; i < argc; ++i)
 373         {
 374             helpManager.enterTopic(argv[i]);
 375         }
 376     }
 377     catch (const InvalidInputError &ex)
 378     {
 379         fprintf(stderr, "%s\n", ex.what());
 380         return 2;
 381     }
 382     helpManager.writeCurrentTopic();
 383     return 0;
 384 }
 385
 386 void CommandLineHelpModule::writeHelp(const CommandLineHelpContext &context) const
 387 {
 388     const HelpWriterContext &writerContext = context.writerContext();
 389     // TODO: Implement.
 390     if (writerContext.outputFormat() != eHelpOutputFormat_Console)
 391     {
 392         return;
 393     }
 394     writerContext.writeTextBlock(
 395             "Usage: [PROGRAM] help [<command>|<topic> [<subtopic> [...]]]");
 396     // TODO: More information.
 397 }
 398
 399 void CommandLineHelpModule::exportHelp(HelpExportInterface *exporter) const
 400 {
 401     // TODO: Would be nicer to have the file names supplied by the build system
 402     // and/or export a list of files from here.
 403     const char *const program =
 404         ProgramInfo::getInstance().invariantProgramName().c_str();
 405
 406     CommandLineModuleMap::const_iterator module;
 407     for (module = modules_.begin(); module != modules_.end(); ++module)
 408     {
 409         if (module->second->shortDescription() != NULL)
 410         {
 411             const char *const moduleName = module->first.c_str();
 412             std::string       tag(formatString("%s-%s", program, moduleName));
 413             exporter->exportModuleHelp(tag, *module->second);
 414         }
 415     }
 416 }
 417
 418 namespace
 419 {
 420
 421 /********************************************************************
 422  * ModuleHelpTopic implementation
 423  */
 424
 425 void ModuleHelpTopic::writeHelp(const HelpWriterContext & /*context*/) const
 426 {
 427     module_.writeHelp(helpModule_.context());
 428 }
 429
 430 /********************************************************************
 431  * CMainCommandLineModule
 432  */
 433
 434 /*! \internal \brief
 435  * Implements a CommandLineModuleInterface, given a function with C/C++ main()
 436  * signature.
 437  *
 438  * \ingroup module_commandline
 439  */
 440 class CMainCommandLineModule : public CommandLineModuleInterface
 441 {
 442     public:
 443         //! \copydoc gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction
 444         typedef CommandLineModuleManager::CMainFunction CMainFunction;
 445
 446         /*! \brief
 447          * Creates a wrapper module for the given main function.
 448          *
 449          * \param[in] name             Name for the module.
 450          * \param[in] shortDescription One-line description for the module.
 451          * \param[in] mainFunction     Main function to wrap.
 452          *
 453          * Does not throw.  This is essential for correct implementation of
 454          * CommandLineModuleManager::runAsMainCMain().
 455          */
 456         CMainCommandLineModule(const char *name, const char *shortDescription,
 457                                CMainFunction mainFunction)
 458             : name_(name), shortDescription_(shortDescription),
 459               mainFunction_(mainFunction)
 460         {
 461         }
 462
 463         virtual const char *name() const
 464         {
 465             return name_;
 466         }
 467         virtual const char *shortDescription() const
 468         {
 469             return shortDescription_;
 470         }
 471
 472         virtual int run(int argc, char *argv[])
 473         {
 474             return mainFunction_(argc, argv);
 475         }
 476         virtual void writeHelp(const CommandLineHelpContext &context) const
 477         {
 478             const HelpOutputFormat format = context.writerContext().outputFormat();
 479             const char            *type;
 480             switch (format)
 481             {
 482                 case eHelpOutputFormat_Console:
 483                     type = "help";
 484                     break;
 485                 default:
 486                     GMX_THROW(NotImplementedError(
 487                                       "Command-line help is not implemented for this output format"));
 488             }
 489             char *argv[4];
 490             int   argc = 3;
 491             // TODO: The constness should not be cast away.
 492             argv[0] = const_cast<char *>(name_);
 493             argv[1] = const_cast<char *>("-man");
 494             argv[2] = const_cast<char *>(type);
 495             argv[3] = NULL;
 496             GlobalCommandLineHelpContext global(context);
 497             mainFunction_(argc, argv);
 498         }
 499
 500     private:
 501         const char             *name_;
 502         const char             *shortDescription_;
 503         CMainFunction           mainFunction_;
 504
 505 };
 506
 507 }   // namespace
 508
 509 /********************************************************************
 510  * CommandLineModuleManager::Impl
 511  */
 512
 513 /*! \internal \brief
 514  * Private implementation class for CommandLineModuleManager.
 515  *
 516  * \ingroup module_commandline
 517  */
 518 class CommandLineModuleManager::Impl
 519 {
 520     public:
 521         /*! \brief
 522          * Initializes the implementation class.
 523          *
 524          * \param     programInfo  Program information for the running binary.
 525          */
 526         explicit Impl(ProgramInfo *programInfo);
 527
 528         /*! \brief
 529          * Helper method that adds a given module to the module manager.
 530          *
 531          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
 532          */
 533         void addModule(CommandLineModulePointer module);
 534         /*! \brief
 535          * Creates the help module if it does not yet exist.
 536          *
 537          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
 538          *
 539          * This method should be called before accessing \a helpModule_.
 540          */
 541         void ensureHelpModuleExists();
 542
 543         /*! \brief
 544          * Finds a module that matches a name.
 545          *
 546          * \param[in] name  Module name to find.
 547          * \returns   Iterator to the found module, or
 548          *      \c modules_.end() if not found.
 549          *
 550          * Does not throw.
 551          */
 552         CommandLineModuleMap::const_iterator
 553         findModuleByName(const std::string &name) const;
 554         /*! \brief
 555          * Finds a module that the name of the binary.
 556          *
 557          * \param[in] programInfo  Program information object to use.
 558          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
 559          * \returns   Iterator to the found module, or
 560          *      \c modules_.end() if not found.
 561          *
 562          * Checks whether the program is invoked through a symlink whose name
 563          * is different from ProgramInfo::realBinaryName(), and if so, checks
 564          * if a module name matches the name of the symlink.
 565          *
 566          * Note that the \p programInfo parameter is currently not necessary
 567          * (as the program info object is also contained as a member), but it
 568          * clarifies the control flow.
 569          */
 570         CommandLineModuleMap::const_iterator
 571         findModuleFromBinaryName(const ProgramInfo &programInfo) const;
 572
 573         /*! \brief
 574          * Processes command-line options for the wrapper binary.
 575          *
 576          * \param[in,out] argc On input, argc passed to run().
 577          *     On output, argc to be passed to the module.
 578          * \param[in,out] argv On input, argv passed to run().
 579          *     On output, argv to be passed to the module.
 580          * \throws    InvalidInputError if there are invalid options.
 581          * \returns   The module that should be run.
 582          *
 583          * Handles command-line options that affect the wrapper binary
 584          * (potentially changing the members of \c this in response to the
 585          * options).  Also finds the module that should be run and the
 586          * arguments that should be passed to it.
 587          */
 588         CommandLineModuleInterface *
 589         processCommonOptions(int *argc, char ***argv);
 590
 591         /*! \brief
 592          * Maps module names to module objects.
 593          *
 594          * Owns the contained modules.
 595          */
 596         CommandLineModuleMap         modules_;
 597         //! Information about the currently running program.
 598         ProgramInfo                 &programInfo_;
 599         /*! \brief
 600          * Module that implements help for the binary.
 601          *
 602          * The pointed module is owned by the \a modules_ container.
 603          */
 604         CommandLineHelpModule       *helpModule_;
 605         //! Settings for what to write in the startup header.
 606         BinaryInformationSettings    binaryInfoSettings_;
 607         //! If non-NULL, run this module in single-module mode.
 608         CommandLineModuleInterface  *singleModule_;
 609         //! Whether all stderr output should be suppressed.
 610         bool                         bQuiet_;
 611         //! Whether to write the startup information to stdout iso stderr.
 612         bool                         bStdOutInfo_;
 613
 614     private:
 615         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(Impl);
 616 };
 617
 618 CommandLineModuleManager::Impl::Impl(ProgramInfo *programInfo)
 619     : programInfo_(*programInfo), helpModule_(NULL), singleModule_(NULL),
 620       bQuiet_(false), bStdOutInfo_(false)
 621 {
 622     binaryInfoSettings_.copyright(true);
 623 }
 624
 625 void CommandLineModuleManager::Impl::addModule(CommandLineModulePointer module)
 626 {
 627     GMX_ASSERT(modules_.find(module->name()) == modules_.end(),
 628                "Attempted to register a duplicate module name");
 629     ensureHelpModuleExists();
 630     HelpTopicPointer helpTopic(new ModuleHelpTopic(*module, *helpModule_));
 631     modules_.insert(std::make_pair(std::string(module->name()),
 632                                    move(module)));
 633     helpModule_->addTopic(move(helpTopic));
 634 }
 635
 636 void CommandLineModuleManager::Impl::ensureHelpModuleExists()
 637 {
 638     if (helpModule_ == NULL)
 639     {
 640         helpModule_ = new CommandLineHelpModule(modules_);
 641         addModule(CommandLineModulePointer(helpModule_));
 642     }
 643 }
 644
 645 CommandLineModuleMap::const_iterator
 646 CommandLineModuleManager::Impl::findModuleByName(const std::string &name) const
 647 {
 648     // TODO: Accept unambiguous prefixes?
 649     return modules_.find(name);
 650 }
 651
 652 CommandLineModuleMap::const_iterator
 653 CommandLineModuleManager::Impl::findModuleFromBinaryName(
 654         const ProgramInfo &programInfo) const
 655 {
 656     std::string binaryName = programInfo.invariantProgramName();
 657     if (binaryName == programInfo.realBinaryName())
 658     {
 659         return modules_.end();
 660     }
 661     if (binaryName.compare(0, 2, "g_") == 0)
 662     {
 663         binaryName.erase(0, 2);
 664     }
 665     if (binaryName.compare(0, 3, "gmx") == 0)
 666     {
 667         binaryName.erase(0, 3);
 668     }
 669     return findModuleByName(binaryName);
 670 }
 671
 672 CommandLineModuleInterface *
 673 CommandLineModuleManager::Impl::processCommonOptions(int *argc, char ***argv)
 674 {
 675     // Check if we are directly invoking a certain module.
 676     CommandLineModuleInterface *module = singleModule_;
 677     if (module == NULL)
 678     {
 679         // Also check for invokation through named symlinks.
 680         CommandLineModuleMap::const_iterator moduleIter
 681             = findModuleFromBinaryName(programInfo_);
 682         if (moduleIter != modules_.end())
 683         {
 684             module = moduleIter->second.get();
 685         }
 686     }
 687
 688     bool bHelp      = false;
 689     bool bHidden    = false;
 690     bool bVersion   = false;
 691     bool bCopyright = true;
 692     // TODO: Print the common options into the help.
 693     // TODO: It would be nice to propagate at least the -quiet option to
 694     // the modules so that they can also be quiet in response to this.
 695     Options options(NULL, NULL);
 696     options.addOption(BooleanOption("h").store(&bHelp));
 697     options.addOption(BooleanOption("hidden").store(&bHidden));
 698     options.addOption(BooleanOption("quiet").store(&bQuiet_));
 699     options.addOption(BooleanOption("version").store(&bVersion));
 700     options.addOption(BooleanOption("copyright").store(&bCopyright));
 701
 702     if (module == NULL)
 703     {
 704         // If not in single-module mode, process options to the wrapper binary.
 705         // TODO: Ideally, this could be done by CommandLineParser.
 706         int argcForWrapper = 1;
 707         while (argcForWrapper < *argc && (*argv)[argcForWrapper][0] == '-')
 708         {
 709             ++argcForWrapper;
 710         }
 711         if (argcForWrapper > 1)
 712         {
 713             CommandLineParser(&options).parse(&argcForWrapper, *argv);
 714         }
 715         // If no action requested and there is a module specified, process it.
 716         if (argcForWrapper < *argc && !bHelp && !bVersion)
 717         {
 718             const char *moduleName = (*argv)[argcForWrapper];
 719             CommandLineModuleMap::const_iterator moduleIter
 720                 = findModuleByName(moduleName);
 721             if (moduleIter == modules_.end())
 722             {
 723                 std::string message =
 724                     formatString("'%s' is not a GROMACS command.", moduleName);
 725                 GMX_THROW(InvalidInputError(message));
 726             }
 727             module = moduleIter->second.get();
 728             programInfo_.setDisplayName(
 729                     programInfo_.realBinaryName() + "-" + moduleIter->first);
 730             *argc -= argcForWrapper;
 731             *argv += argcForWrapper;
 732             // After this point, argc and argv are the same independent of
 733             // which path is taken: (*argv)[0] is the module name.
 734         }
 735     }
 736     if (module != NULL)
 737     {
 738         // Recognize the common options also after the module name.
 739         // TODO: It could be nicer to only recognize -h/-hidden if module is not
 740         // null.
 741         CommandLineParser(&options).skipUnknown(true).parse(argc, *argv);
 742     }
 743     options.finish();
 744     binaryInfoSettings_.extendedInfo(bVersion);
 745     binaryInfoSettings_.copyright(bCopyright);
 746     if (bVersion)
 747     {
 748         bQuiet_      = false;
 749         bStdOutInfo_ = true;
 750         return NULL;
 751     }
 752     // If no module specified and no other action, show the help.
 753     // Also explicitly specifying -h for the wrapper binary goes here.
 754     if (module == NULL || bHelp)
 755     {
 756         ensureHelpModuleExists();
 757         if (module != NULL)
 758         {
 759             helpModule_->setModuleOverride(*module);
 760         }
 761         *argc  = 1;
 762         module = helpModule_;
 763     }
 764     if (module == helpModule_)
 765     {
 766         helpModule_->setShowHidden(bHidden);
 767     }
 768     return module;
 769 }
 770
 771 /********************************************************************
 772  * CommandLineModuleManager
 773  */
 774
 775 CommandLineModuleManager::CommandLineModuleManager(ProgramInfo *programInfo)
 776     : impl_(new Impl(programInfo))
 777 {
 778 }
 779
 780 CommandLineModuleManager::~CommandLineModuleManager()
 781 {
 782 }
 783
 784 void CommandLineModuleManager::setQuiet(bool bQuiet)
 785 {
 786     impl_->bQuiet_ = bQuiet;
 787 }
 788
 789 void CommandLineModuleManager::addModule(CommandLineModulePointer module)
 790 {
 791     impl_->addModule(move(module));
 792 }
 793
 794 void CommandLineModuleManager::addModuleCMain(
 795         const char *name, const char *shortDescription,
 796         CMainFunction mainFunction)
 797 {
 798     CommandLineModulePointer module(
 799             new CMainCommandLineModule(name, shortDescription, mainFunction));
 800     addModule(move(module));
 801 }
 802
 803 void CommandLineModuleManager::addHelpTopic(HelpTopicPointer topic)
 804 {
 805     impl_->ensureHelpModuleExists();
 806     impl_->helpModule_->addTopic(move(topic));
 807 }
 808
 809 int CommandLineModuleManager::run(int argc, char *argv[])
 810 {
 811     CommandLineModuleInterface *module;
 812     const bool                  bMaster = (!gmx_mpi_initialized() || gmx_node_rank() == 0);
 813     try
 814     {
 815         module = impl_->processCommonOptions(&argc, &argv);
 816     }
 817     catch (const std::exception &)
 818     {
 819         if (bMaster && !impl_->bQuiet_)
 820         {
 821             printBinaryInformation(stderr, impl_->programInfo_,
 822                                    impl_->binaryInfoSettings_);
 823         }
 824         throw;
 825     }
 826     if (!bMaster)
 827     {
 828         impl_->bQuiet_ = true;
 829     }
 830     if (!impl_->bQuiet_)
 831     {
 832         FILE *out = (impl_->bStdOutInfo_ ? stdout : stderr);
 833         printBinaryInformation(out, impl_->programInfo_,
 834                                impl_->binaryInfoSettings_);
 835         fprintf(out, "\n");
 836     }
 837     if (module == NULL)
 838     {
 839         return 0;
 840     }
 841     int rc = module->run(argc, argv);
 842     if (!impl_->bQuiet_)
 843     {
 844         gmx_thanx(stderr);
 845     }
 846     return rc;
 847 }
 848
 849 // static
 850 int CommandLineModuleManager::runAsMainSingleModule(
 851         int argc, char *argv[], CommandLineModuleInterface *module)
 852 {
 853     ProgramInfo &programInfo = gmx::init(&argc, &argv);
 854     try
 855     {
 856         CommandLineModuleManager manager(&programInfo);
 857         manager.impl_->singleModule_ = module;
 858         int rc = manager.run(argc, argv);
 859         gmx::finalize();
 860         return rc;
 861     }
 862     catch (const std::exception &ex)
 863     {
 864         printFatalErrorMessage(stderr, ex);
 865         return processExceptionAtExit(ex);
 866     }
 867 }
 868
 869 // static
 870 int CommandLineModuleManager::runAsMainCMain(
 871         int argc, char *argv[], CMainFunction mainFunction)
 872 {
 873     CMainCommandLineModule module(argv[0], NULL, mainFunction);
 874     return runAsMainSingleModule(argc, argv, &module);
 875 }
 876
 877 } // namespace gmx