d20af6deba3f3790b682e4bf3408503c6716a2f9
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / commandline / cmdlinehelpmodule.cpp
1 /*
2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
3  *
4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
8  *
9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
12  * of the License, or (at your option) any later version.
13  *
14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
17  * Lesser General Public License for more details.
18  *
19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
20  * License along with GROMACS; if not, see
21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
23  *
24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
25  * consider that scientific software is very special. Version
26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
30  * official version at http://www.gromacs.org.
31  *
32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
34  */
35 /*! \internal \file
36  * \brief
37  * Implements gmx::CommandLineHelpModule.
38  *
39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
40  * \ingroup module_commandline
41  */
42 #include "gmxpre.h"
43
44 #include "cmdlinehelpmodule.h"
45
46 #include <string>
47 #include <vector>
48
49 #include <boost/scoped_ptr.hpp>
50
51 #include "gromacs/commandline/cmdlinehelpcontext.h"
52 #include "gromacs/commandline/cmdlinehelpwriter.h"
53 #include "gromacs/commandline/cmdlineparser.h"
54 #include "gromacs/onlinehelp/helpformat.h"
55 #include "gromacs/onlinehelp/helpmanager.h"
56 #include "gromacs/onlinehelp/helptopic.h"
57 #include "gromacs/onlinehelp/helpwritercontext.h"
58 #include "gromacs/options/basicoptions.h"
59 #include "gromacs/options/options.h"
60 #include "gromacs/utility/baseversion.h"
61 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
62 #include "gromacs/utility/file.h"
63 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
64 #include "gromacs/utility/programcontext.h"
65 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
66
67 #include "shellcompletions.h"
68
69 namespace gmx
70 {
71
72 namespace
73 {
74 class HelpExportInterface;
75 class RootHelpTopic;
76 }   // namespace
77
78 /********************************************************************
79  * CommandLineHelpModuleImpl declaration
80  */
81
82 class CommandLineHelpModuleImpl
83 {
84     public:
85         CommandLineHelpModuleImpl(const ProgramContextInterface    &programContext,
86                                   const std::string                &binaryName,
87                                   const CommandLineModuleMap       &modules,
88                                   const CommandLineModuleGroupList &groups);
89
90         void exportHelp(HelpExportInterface *exporter) const;
91
92         boost::scoped_ptr<RootHelpTopic>  rootTopic_;
93         const ProgramContextInterface    &programContext_;
94         std::string                       binaryName_;
95         const CommandLineModuleMap       &modules_;
96         const CommandLineModuleGroupList &groups_;
97
98         CommandLineHelpContext           *context_;
99         const CommandLineModuleInterface *moduleOverride_;
100         bool                              bHidden_;
101
102         File                             *outputOverride_;
103
104         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(CommandLineHelpModuleImpl);
105 };
106
107 namespace
108 {
109
110 /********************************************************************
111  * RootHelpTopic
112  */
113
114 struct RootHelpText
115 {
116     static const char        name[];
117     static const char        title[];
118     static const char *const text[];
119 };
120
121 // The first two are not used.
122 const char        RootHelpText::name[]  = "";
123 const char        RootHelpText::title[] = "";
124 const char *const RootHelpText::text[]  = { "" };
125
126 /*! \brief
127  * Help topic that forms the root of the help tree for the help subcommand.
128  *
129  * \ingroup module_commandline
130  */
131 class RootHelpTopic : public CompositeHelpTopic<RootHelpText>
132 {
133     public:
134         /*! \brief
135          * Creates a root help topic.
136          *
137          * Does not throw.
138          */
139         explicit RootHelpTopic(const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule)
140             : helpModule_(helpModule)
141         {
142         }
143
144         virtual void writeHelp(const HelpWriterContext &context) const;
145
146     private:
147         const CommandLineHelpModuleImpl  &helpModule_;
148
149         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(RootHelpTopic);
150 };
151
152 void RootHelpTopic::writeHelp(const HelpWriterContext &context) const
153 {
154     if (context.outputFormat() != eHelpOutputFormat_Console)
155     {
156         // TODO: Implement once the situation with Redmine issue #969 is more
157         // clear.
158         GMX_THROW(NotImplementedError(
159                           "Root help is not implemented for this output format"));
160     }
161     {
162         CommandLineCommonOptionsHolder optionsHolder;
163         CommandLineHelpContext         cmdlineContext(*helpModule_.context_);
164         cmdlineContext.setModuleDisplayName(helpModule_.binaryName_);
165         optionsHolder.initOptions();
166         // TODO: Add <command> [<args>] into the synopsis.
167         CommandLineHelpWriter(*optionsHolder.options())
168             .writeHelp(cmdlineContext);
169     }
170     // TODO: Consider printing a list of "core" commands. Would require someone
171     // to determine such a set...
172     writeSubTopicList(context,
173                       "Additional help is available on the following topics:");
174     context.writeTextBlock(
175             "To access the help, use '[PROGRAM] help <topic>'.[BR]"
176             "For help on a command, use '[PROGRAM] help <command>'.");
177 }
178
179 /********************************************************************
180  * CommandsHelpTopic
181  */
182
183 /*! \brief
184  * Help topic for listing the commands.
185  *
186  * \ingroup module_commandline
187  */
188 class CommandsHelpTopic : public HelpTopicInterface
189 {
190     public:
191         /*! \brief
192          * Creates a command list help topic.
193          *
194          * \param[in]     helpModule Help module to get module information from.
195          *
196          * Does not throw.
197          */
198         explicit CommandsHelpTopic(const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule)
199             : helpModule_(helpModule)
200         {
201         }
202
203         virtual const char *name() const { return "commands"; }
204         virtual const char *title() const { return "List of available commands"; }
205         virtual bool hasSubTopics() const { return false; }
206         virtual const HelpTopicInterface *findSubTopic(const char * /*name*/) const
207         {
208             return NULL;
209         }
210
211         virtual void writeHelp(const HelpWriterContext &context) const;
212
213     private:
214         const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule_;
215
216         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(CommandsHelpTopic);
217 };
218
219 void CommandsHelpTopic::writeHelp(const HelpWriterContext &context) const
220 {
221     if (context.outputFormat() != eHelpOutputFormat_Console)
222     {
223         GMX_THROW(NotImplementedError(
224                           "Module list is not implemented for this output format"));
225     }
226     int maxNameLength = 0;
227     const CommandLineModuleMap           &modules = helpModule_.modules_;
228     CommandLineModuleMap::const_iterator  module;
229     for (module = modules.begin(); module != modules.end(); ++module)
230     {
231         int nameLength = static_cast<int>(module->first.length());
232         if (module->second->shortDescription() != NULL
233             && nameLength > maxNameLength)
234         {
235             maxNameLength = nameLength;
236         }
237     }
238     context.writeTextBlock(
239             "Usage: [PROGRAM] [<options>] <command> [<args>][PAR]"
240             "Available commands:");
241     File              &file = context.outputFile();
242     TextTableFormatter formatter;
243     formatter.addColumn(NULL, maxNameLength + 1, false);
244     formatter.addColumn(NULL, 72 - maxNameLength, true);
245     formatter.setFirstColumnIndent(4);
246     for (module = modules.begin(); module != modules.end(); ++module)
247     {
248         const char *name        = module->first.c_str();
249         const char *description = module->second->shortDescription();
250         if (description != NULL)
251         {
252             formatter.clear();
253             formatter.addColumnLine(0, name);
254             formatter.addColumnLine(1, description);
255             file.writeString(formatter.formatRow());
256         }
257     }
258     context.writeTextBlock(
259             "For help on a command, use '[PROGRAM] help <command>'.");
260 }
261
262 /********************************************************************
263  * ModuleHelpTopic
264  */
265
266 /*! \brief
267  * Help topic wrapper for a command-line module.
268  *
269  * This class implements HelpTopicInterface such that it wraps a
270  * CommandLineModuleInterface, allowing subcommand "help <command>"
271  * to produce the help for "<command>".
272  *
273  * \ingroup module_commandline
274  */
275 class ModuleHelpTopic : public HelpTopicInterface
276 {
277     public:
278         //! Constructs a help topic for a specific module.
279         ModuleHelpTopic(const CommandLineModuleInterface &module,
280                         const CommandLineHelpModuleImpl  &helpModule)
281             : module_(module), helpModule_(helpModule)
282         {
283         }
284
285         virtual const char *name() const { return module_.name(); }
286         virtual const char *title() const { return NULL; }
287         virtual bool hasSubTopics() const { return false; }
288         virtual const HelpTopicInterface *findSubTopic(const char * /*name*/) const
289         {
290             return NULL;
291         }
292         virtual void writeHelp(const HelpWriterContext &context) const;
293
294     private:
295         const CommandLineModuleInterface &module_;
296         const CommandLineHelpModuleImpl  &helpModule_;
297
298         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(ModuleHelpTopic);
299 };
300
301 void ModuleHelpTopic::writeHelp(const HelpWriterContext & /*context*/) const
302 {
303     CommandLineHelpContext context(*helpModule_.context_);
304     const char *const      program = helpModule_.binaryName_.c_str();
305     context.setModuleDisplayName(formatString("%s %s", program, module_.name()));
306     module_.writeHelp(context);
307 }
308
309 /********************************************************************
310  * HelpExportInterface
311  */
312
313 /*! \brief
314  * Callbacks for exporting help information for command-line modules.
315  *
316  * \ingroup module_commandline
317  */
318 class HelpExportInterface
319 {
320     public:
321         //! Shorthand for a list of modules contained in a group.
322         typedef CommandLineModuleGroupData::ModuleList ModuleGroupContents;
323
324         virtual ~HelpExportInterface() {};
325
326         /*! \brief
327          * Called once before exporting individual modules.
328          *
329          * Can, e.g., open shared output files (e.g., if the output is written
330          * into a single file, or if a separate index is required) and write
331          * headers into them.
332          */
333         virtual void startModuleExport() = 0;
334         /*! \brief
335          * Called to export the help for each module.
336          *
337          * \param[in] module      Module for which the help should be exported.
338          * \param[in] tag         Unique tag for the module (gmx-something).
339          * \param[in] displayName Display name for the module (gmx something).
340          */
341         virtual void exportModuleHelp(
342             const CommandLineModuleInterface &module,
343             const std::string                &tag,
344             const std::string                &displayName) = 0;
345         /*! \brief
346          * Called after all modules have been exported.
347          *
348          * Can close files opened in startModuleExport(), write footers to them
349          * etc.
350          */
351         virtual void finishModuleExport() = 0;
352
353         /*! \brief
354          * Called once before exporting module groups.
355          *
356          * Can, e.g., open a single output file for listing all the groups.
357          */
358         virtual void startModuleGroupExport() = 0;
359         /*! \brief
360          * Called to export the help for each module group.
361          *
362          * \param[in] title    Title for the group.
363          * \param[in] modules  List of modules in the group.
364          */
365         virtual void exportModuleGroup(const char                *title,
366                                        const ModuleGroupContents &modules) = 0;
367         /*! \brief
368          * Called after all module groups have been exported.
369          *
370          * Can close files opened in startModuleGroupExport(), write footers to them
371          * etc.
372          */
373         virtual void finishModuleGroupExport() = 0;
374 };
375
376 /*! \internal \brief
377  * Adds hyperlinks to modules within this binary.
378  *
379  * \param[in,out] links      Links are added here.
380  * \param[in]     helpModule Help module to get module information from.
381  * \throws        std::bad_alloc if out of memory.
382  *
383  * Initializes a HelpLinks object with links to modules defined in
384  * \p helpModule.
385  *
386  * \ingroup module_commandline
387  */
388 void initProgramLinks(HelpLinks *links, const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule)
389 {
390     const char *const                    program = helpModule.binaryName_.c_str();
391     CommandLineModuleMap::const_iterator module;
392     for (module = helpModule.modules_.begin();
393          module != helpModule.modules_.end();
394          ++module)
395     {
396         if (module->second->shortDescription() != NULL)
397         {
398             std::string linkName("[gmx-" + module->first + "]");
399             std::string targetName(
400                     formatString("%s-%s", program, module->first.c_str()));
401             std::string displayName(
402                     formatString("[TT]%s %s[tt]", program, module->first.c_str()));
403             links->addLink(linkName, targetName, displayName);
404         }
405     }
406 }
407
408 /********************************************************************
409  * HelpExportMan
410  */
411
412 /*! \internal \brief
413  * Implements export for man pages.
414  *
415  * \ingroup module_commandline
416  */
417 class HelpExportMan : public HelpExportInterface
418 {
419     public:
420         //! Initializes man page exporter.
421         explicit HelpExportMan(const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule)
422             : links_(eHelpOutputFormat_Man)
423         {
424             initProgramLinks(&links_, helpModule);
425         }
426
427         virtual void startModuleExport() {}
428         virtual void exportModuleHelp(
429             const CommandLineModuleInterface &module,
430             const std::string                &tag,
431             const std::string                &displayName);
432         virtual void finishModuleExport() {}
433
434         virtual void startModuleGroupExport();
435         virtual void exportModuleGroup(const char                *title,
436                                        const ModuleGroupContents &modules);
437         virtual void finishModuleGroupExport();
438
439     private:
440         HelpLinks                links_;
441         boost::scoped_ptr<File>  man7File_;
442         std::string              man7Footer_;
443 };
444
445 void HelpExportMan::exportModuleHelp(
446         const CommandLineModuleInterface &module,
447         const std::string                &tag,
448         const std::string                &displayName)
449 {
450     File file("man1/" + tag + ".1", "w");
451
452     // TODO: It would be nice to remove the VERSION prefix from the version
453     // string to make it shorter.
454     file.writeLine(formatString(".TH %s 1 \"\" \"%s\" \"GROMACS Manual\"\n",
455                                 tag.c_str(), gmx_version()));
456     file.writeLine(".SH NAME");
457     file.writeLine(formatString("%s - %s", tag.c_str(),
458                                 module.shortDescription()));
459     file.writeLine();
460
461     CommandLineHelpContext context(&file, eHelpOutputFormat_Man, &links_);
462     context.setModuleDisplayName(displayName);
463     module.writeHelp(context);
464
465     file.writeLine(".SH SEE ALSO");
466     file.writeLine(".BR gromacs(7)");
467     file.writeLine();
468     file.writeLine("More information about \\fBGROMACS\\fR is available at <\\fIhttp://www.gromacs.org/\\fR>.");
469 }
470
471 void HelpExportMan::startModuleGroupExport()
472 {
473     const char *const programListPlaceholder = "@PROGMANPAGES@";
474
475     const std::string man7Template = gmx::File::readToString("man7/gromacs.7.in");
476     const size_t      index        = man7Template.find(programListPlaceholder);
477     GMX_RELEASE_ASSERT(index != std::string::npos,
478                        "gromacs.7.in must contain a @PROGMANPAGES@ line");
479     std::string header = man7Template.substr(0, index);
480     man7Footer_ = man7Template.substr(index + std::strlen(programListPlaceholder));
481     header      = replaceAll(header, "@VERSION@", gmx_version());
482     man7File_.reset(new File("man7/gromacs.7", "w"));
483     man7File_->writeLine(header);
484 }
485
486 void HelpExportMan::exportModuleGroup(const char                *title,
487                                       const ModuleGroupContents &modules)
488 {
489     man7File_->writeLine(formatString(".Sh \"%s\"", title));
490     man7File_->writeLine(formatString(".IX Subsection \"%s\"", title));
491     man7File_->writeLine(".Vb");
492     man7File_->writeLine(".ta 16n");
493
494     ModuleGroupContents::const_iterator module;
495     for (module = modules.begin(); module != modules.end(); ++module)
496     {
497         const std::string &tag(module->first);
498         man7File_->writeLine(formatString("\\&  %s\t%s",
499                                           tag.c_str(), module->second));
500     }
501
502     man7File_->writeLine(".Ve");
503 }
504
505 void HelpExportMan::finishModuleGroupExport()
506 {
507     man7File_->writeLine(man7Footer_);
508     man7File_->close();
509 }
510
511 /********************************************************************
512  * HelpExportHtml
513  */
514
515 /*! \internal
516  * \brief
517  * Implements export for HTML help.
518  *
519  * This whole class can go once docs/old-html/ no longer requires header.html
520  * that it generates.
521  *
522  * \ingroup module_commandline
523  */
524 class HelpExportHtml : public HelpExportInterface
525 {
526     public:
527         //! Initializes HTML exporter.
528         HelpExportHtml();
529
530         virtual void startModuleExport() {}
531         virtual void exportModuleHelp(
532             const CommandLineModuleInterface & /*module*/,
533             const std::string                & /*tag*/,
534             const std::string                & /*displayName*/) {}
535         virtual void finishModuleExport() {}
536
537         virtual void startModuleGroupExport() {}
538         virtual void exportModuleGroup(const char                * /*title*/,
539                                        const ModuleGroupContents & /*modules*/) {}
540         virtual void finishModuleGroupExport() {}
541 };
542
543 HelpExportHtml::HelpExportHtml()
544 {
545     std::string header = gmx::File::readToString("header.html.in");
546     header = replaceAll(header, "@VERSION@", gmx_version());
547     gmx::File::writeFileFromString("header.html", header);
548 }
549
550 /********************************************************************
551  * HelpExportReStructuredText
552  */
553
554 /*! \internal \brief
555  * Implements export for web pages as reStructuredText.
556  *
557  * \ingroup module_commandline
558  */
559 class HelpExportReStructuredText : public HelpExportInterface
560 {
561     public:
562         //! Initializes reST exporter.
563         explicit HelpExportReStructuredText(
564             const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule);
565
566         virtual void startModuleExport();
567         virtual void exportModuleHelp(
568             const CommandLineModuleInterface &module,
569             const std::string                &tag,
570             const std::string                &displayName);
571         virtual void finishModuleExport();
572
573         virtual void startModuleGroupExport();
574         virtual void exportModuleGroup(const char                *title,
575                                        const ModuleGroupContents &modules);
576         virtual void finishModuleGroupExport();
577
578     private:
579         HelpLinks                links_;
580         boost::scoped_ptr<File>  indexFile_;
581 };
582
583 HelpExportReStructuredText::HelpExportReStructuredText(
584         const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule)
585     : links_(eHelpOutputFormat_Rst)
586 {
587 #if 0       // TODO: Investigate how these links can be made to work again.
588     File             linksFile("links.dat", "r");
589     std::string      line;
590     while (linksFile.readLine(&line))
591     {
592         links_.addLink(line, "../online/" + line, line);
593     }
594     linksFile.close();
595 #endif
596     initProgramLinks(&links_, helpModule);
597 }
598
599 void HelpExportReStructuredText::startModuleExport()
600 {
601     indexFile_.reset(new File("programs/byname.rst", "w"));
602     indexFile_->writeLine("Tools by Name");
603     indexFile_->writeLine("=============");
604 }
605
606 void HelpExportReStructuredText::exportModuleHelp(
607         const CommandLineModuleInterface &module,
608         const std::string                &tag,
609         const std::string                &displayName)
610 {
611     // TODO: Ideally, the file would only be touched if it really changes.
612     // This would make Sphinx reruns much faster.
613     File file("programs/" + tag + ".rst", "w");
614     file.writeLine(formatString(".. _%s:", displayName.c_str()));
615     file.writeLine();
616     file.writeLine(displayName);
617     file.writeLine(std::string(displayName.length(), '='));
618     CommandLineHelpContext context(&file, eHelpOutputFormat_Rst, &links_);
619     context.setModuleDisplayName(displayName);
620     module.writeHelp(context);
621     file.close();
622
623     indexFile_->writeLine(formatString("* :doc:`%s <%s>` - %s",
624                                        displayName.c_str(), tag.c_str(),
625                                        module.shortDescription()));
626 }
627
628 void HelpExportReStructuredText::finishModuleExport()
629 {
630     indexFile_->close();
631     indexFile_.reset();
632 }
633
634 void HelpExportReStructuredText::startModuleGroupExport()
635 {
636     indexFile_.reset(new File("programs/bytopic.rst", "w"));
637     indexFile_->writeLine("Tools by Topic");
638     indexFile_->writeLine("==============");
639 }
640
641 void HelpExportReStructuredText::exportModuleGroup(
642         const char                *title,
643         const ModuleGroupContents &modules)
644 {
645     indexFile_->writeLine(title);
646     indexFile_->writeLine(std::string(std::strlen(title), '-'));
647
648     ModuleGroupContents::const_iterator module;
649     for (module = modules.begin(); module != modules.end(); ++module)
650     {
651         const std::string     &tag(module->first);
652         std::string            displayName(tag);
653         // TODO: This does not work if the binary name would contain a dash,
654         // but that is not currently the case.
655         const size_t           dashPos = displayName.find('-');
656         GMX_RELEASE_ASSERT(dashPos != std::string::npos,
657                            "There should always be at least one dash in the tag");
658         displayName[dashPos] = ' ';
659         indexFile_->writeLine(formatString("| :doc:`%s <%s>` - %s",
660                                            displayName.c_str(), tag.c_str(),
661                                            module->second));
662     }
663     indexFile_->writeLine();
664 }
665
666 void HelpExportReStructuredText::finishModuleGroupExport()
667 {
668     indexFile_->close();
669     indexFile_.reset();
670 }
671
672 /********************************************************************
673  * HelpExportCompletion
674  */
675
676 /*! \internal \brief
677  * Implements export for command-line completion.
678  *
679  * \ingroup module_commandline
680  */
681 class HelpExportCompletion : public HelpExportInterface
682 {
683     public:
684         //! Initializes completion exporter.
685         explicit HelpExportCompletion(const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule);
686
687         virtual void startModuleExport();
688         virtual void exportModuleHelp(
689             const CommandLineModuleInterface &module,
690             const std::string                &tag,
691             const std::string                &displayName);
692         virtual void finishModuleExport();
693
694         virtual void startModuleGroupExport() {}
695         virtual void exportModuleGroup(const char                * /*title*/,
696                                        const ModuleGroupContents & /*modules*/) {}
697         virtual void finishModuleGroupExport() {}
698
699     private:
700         ShellCompletionWriter    bashWriter_;
701         std::vector<std::string> modules_;
702 };
703
704 HelpExportCompletion::HelpExportCompletion(
705         const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule)
706     : bashWriter_(helpModule.binaryName_, eShellCompletionFormat_Bash)
707 {
708 }
709
710 void HelpExportCompletion::startModuleExport()
711 {
712     bashWriter_.startCompletions();
713 }
714
715 void HelpExportCompletion::exportModuleHelp(
716         const CommandLineModuleInterface &module,
717         const std::string                 & /*tag*/,
718         const std::string                 & /*displayName*/)
719 {
720     modules_.push_back(module.name());
721     {
722         CommandLineHelpContext context(&bashWriter_);
723         // We use the display name to pass the name of the module to the
724         // completion writer.
725         context.setModuleDisplayName(module.name());
726         module.writeHelp(context);
727     }
728 }
729
730 void HelpExportCompletion::finishModuleExport()
731 {
732     CommandLineCommonOptionsHolder optionsHolder;
733     optionsHolder.initOptions();
734     bashWriter_.writeWrapperCompletions(modules_, *optionsHolder.options());
735     bashWriter_.finishCompletions();
736 }
737
738 }   // namespace
739
740 /********************************************************************
741  * CommandLineHelpModuleImpl implementation
742  */
743 CommandLineHelpModuleImpl::CommandLineHelpModuleImpl(
744         const ProgramContextInterface    &programContext,
745         const std::string                &binaryName,
746         const CommandLineModuleMap       &modules,
747         const CommandLineModuleGroupList &groups)
748     : rootTopic_(new RootHelpTopic(*this)), programContext_(programContext),
749       binaryName_(binaryName), modules_(modules), groups_(groups),
750       context_(NULL), moduleOverride_(NULL), bHidden_(false),
751       outputOverride_(NULL)
752 {
753 }
754
755 void CommandLineHelpModuleImpl::exportHelp(HelpExportInterface *exporter) const
756 {
757     // TODO: Would be nicer to have the file names supplied by the build system
758     // and/or export a list of files from here.
759     const char *const program = binaryName_.c_str();
760
761     exporter->startModuleExport();
762     CommandLineModuleMap::const_iterator module;
763     for (module = modules_.begin(); module != modules_.end(); ++module)
764     {
765         if (module->second->shortDescription() != NULL)
766         {
767             const char *const moduleName = module->first.c_str();
768             std::string       tag(formatString("%s-%s", program, moduleName));
769             std::string       displayName(formatString("%s %s", program, moduleName));
770             exporter->exportModuleHelp(*module->second, tag, displayName);
771         }
772     }
773     exporter->finishModuleExport();
774
775     exporter->startModuleGroupExport();
776     CommandLineModuleGroupList::const_iterator group;
777     for (group = groups_.begin(); group != groups_.end(); ++group)
778     {
779         exporter->exportModuleGroup((*group)->title(), (*group)->modules());
780     }
781     exporter->finishModuleGroupExport();
782 }
783
784 /********************************************************************
785  * CommandLineHelpModule
786  */
787
788 CommandLineHelpModule::CommandLineHelpModule(
789         const ProgramContextInterface    &programContext,
790         const std::string                &binaryName,
791         const CommandLineModuleMap       &modules,
792         const CommandLineModuleGroupList &groups)
793     : impl_(new Impl(programContext, binaryName, modules, groups))
794 {
795 }
796
797 CommandLineHelpModule::~CommandLineHelpModule()
798 {
799 }
800
801 HelpTopicPointer CommandLineHelpModule::createModuleHelpTopic(
802         const CommandLineModuleInterface &module) const
803 {
804     return HelpTopicPointer(new ModuleHelpTopic(module, *impl_));
805 }
806
807 void CommandLineHelpModule::addTopic(HelpTopicPointer topic)
808 {
809     impl_->rootTopic_->addSubTopic(move(topic));
810 }
811
812 void CommandLineHelpModule::setShowHidden(bool bHidden)
813 {
814     impl_->bHidden_ = bHidden;
815 }
816
817 void CommandLineHelpModule::setModuleOverride(
818         const CommandLineModuleInterface &module)
819 {
820     impl_->moduleOverride_ = &module;
821 }
822
823 void CommandLineHelpModule::setOutputRedirect(File *output)
824 {
825     impl_->outputOverride_ = output;
826 }
827
828 int CommandLineHelpModule::run(int argc, char *argv[])
829 {
830     // Add internal topics lazily here.
831     addTopic(HelpTopicPointer(new CommandsHelpTopic(*impl_)));
832
833     const char *const exportFormats[] = { "man", "html", "rst", "completion" };
834     std::string       exportFormat;
835     Options           options(NULL, NULL);
836     options.addOption(StringOption("export").store(&exportFormat)
837                           .enumValue(exportFormats));
838     CommandLineParser(&options).parse(&argc, argv);
839     if (!exportFormat.empty())
840     {
841         boost::scoped_ptr<HelpExportInterface> exporter;
842         if (exportFormat == "man")
843         {
844             exporter.reset(new HelpExportMan(*impl_));
845         }
846         else if (exportFormat == "html")
847         {
848             exporter.reset(new HelpExportHtml());
849         }
850         else if (exportFormat == "rst")
851         {
852             exporter.reset(new HelpExportReStructuredText(*impl_));
853         }
854         else if (exportFormat == "completion")
855         {
856             exporter.reset(new HelpExportCompletion(*impl_));
857         }
858         else
859         {
860             GMX_THROW(NotImplementedError("This help format is not implemented"));
861         }
862         impl_->exportHelp(exporter.get());
863         return 0;
864     }
865
866     File *outputFile = &File::standardOutput();
867     if (impl_->outputOverride_ != NULL)
868     {
869         outputFile = impl_->outputOverride_;
870     }
871     HelpLinks                                 links(eHelpOutputFormat_Console);
872     initProgramLinks(&links, *impl_);
873     boost::scoped_ptr<CommandLineHelpContext> context(
874             new CommandLineHelpContext(outputFile,
875                                        eHelpOutputFormat_Console, &links));
876     context->setShowHidden(impl_->bHidden_);
877     if (impl_->moduleOverride_ != NULL)
878     {
879         context->setModuleDisplayName(impl_->programContext_.displayName());
880         impl_->moduleOverride_->writeHelp(*context);
881         return 0;
882     }
883     impl_->context_ = context.get();
884
885     HelpManager helpManager(*impl_->rootTopic_, context->writerContext());
886     try
887     {
888         for (int i = 1; i < argc; ++i)
889         {
890             helpManager.enterTopic(argv[i]);
891         }
892     }
893     catch (const InvalidInputError &ex)
894     {
895         fprintf(stderr, "%s\n", ex.what());
896         return 2;
897     }
898     helpManager.writeCurrentTopic();
899     return 0;
900 }
901
902 void CommandLineHelpModule::writeHelp(const CommandLineHelpContext &context) const
903 {
904     const HelpWriterContext &writerContext = context.writerContext();
905     // TODO: Implement.
906     if (writerContext.outputFormat() != eHelpOutputFormat_Console)
907     {
908         return;
909     }
910     writerContext.writeTextBlock(
911             "Usage: [PROGRAM] help [<command>|<topic> [<subtopic> [...]]]");
912     // TODO: More information.
913 }
914
915 } // namespace gmx